BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-262P12
Chromosome7 (Build37)
Map Location 108,175,769 - 108,368,503
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100049539, EG435996, Fchsd2, EG622673
Upstream geneChrdl2, Pold3, 2610209A20Rik, Kcne3, LOC631577, Pgm2l1, Gpx2-ps1, P4ha3, Ppme1, AU020772, Ucp3, Ucp2, Dnajb13, LOC667112, Chchd8, Mrpl48, LOC100041155, Rab6, LOC100041167, Plekhb1, B930006L02Rik, LOC100041204, Tnfrsf19l, Arhgef17, P2ry6, P2ry2
Downstream geneAtg16l2, Stard10, Centd2, Pde2a, Art2a, EG630138, Art2b, Clpb, Phox2a, Inppl1, Folr2, Folr1, 3200002M19Rik, F930017I19Rik, 2400001E08Rik, Lrrc51, LOC667222, Numa1, Il18bp, Rnf121, Trpc2, Art5, Art1, Chrna10, Nup98
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-262P12.bB6Ng01-262P12.g
ACCGA067252GA067253
length1,0271,109
definitionB6Ng01-262P12.b B6Ng01-262P12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,175,769 - 108,176,794)(108,367,366 - 108,368,503)
sequence
gaattctcatgacagccttgcaagataggtactattatagtccccatgtg
acagttgacaaagttgaggcatagagaggttgtgtaatttatccctgcgc
acacagataatgactggttcagtcagaaccctatggtatctgacttcaga
cttcaggctattttccactctgacaggcatggagatcaatcctatctatt
aatatctggtcaaaagcctgtctctttagcattgcagtggggttcctggg
gcagaagtatgcataataactaattaatctgttttatctacctcaggagc
cttggttgtcttttcattaattcattgaatcctcttgattccttccttca
acaaatatcgattgagttgattaaataggacatgtcctgtagtgggtact
gaggtaccaagtactaggggtaccaagctaaattagttatggtcctggtc
tttaaggagcctgaagtacaagggacaggaagtagctcatggttagctag
agaagcagcatgactcagagaggggcaggctctgggttagctcatcctca
tttgctcagcaatttcccgctacctcgccctgggaccttctcttatctgc
agtttatgtaacatcaccacaagtttttgtggttttgcgtgtcttccttt
tcctccccactgggtatccagattgggctggtaaatgacatagttgtcac
tcattggtgagagacagggagccaaagaaaggatggactctgcacaggac
agggcactttagaatgaaccctctggccgaagtgcgggatgagatggaat
ggatggaaggtggagagttgactgctcagtagtctgggtagatcgtggga
gctgaggaaagactgccgcgtgcaggagggaagacagctctatgttaaga
attgtagggattttctatattcagttaccaatgtgtattgagcatcaggt
accaggcatgtgtgccatgtgttgggaactcatcaaaaacaagataggca
gtctctttcacgcagtctggagggaaa
gaattctaggacagacagctctacacagagtaaccttgtctctgaatgaa
tgaatgaatgaatgaataaataaataaataaataaataaataaataaata
aataaataaatataatctggcacctggaaagatggctcagtggttaaaag
catggctgattttgcagaggatccaggtttatatcctagcacctacatgg
tgggttacaaccatgtcaactccagactcaggggattgaatgccctcttg
acacttgacacatgctggcaaaatacttgtgtgtataaaactataacaat
aagaatctacagcttaggagaaagtgtttgcaaactgggtttcctataaa
gaactttaacttagaacatttaagatcatggctgggtgtggcagcaacac
ctttaatcctagtacttgggaggcaaaggcaggcagatctgagctgaggc
tagtgtggtttacagagtgaattccaggagagctaaggctacacagagaa
ataaatatatgggactgaaagtaagtaaataagaaatgaaaaaaaataaa
aggaaacaaaatagaatatattagcttataattcagtaaaaaatacaacc
taattttaaagattgatgaaagatctaagtaaacatttcaccaatatgat
gatattaaataactactaagcccttgaagggaagcccaataccagtaatt
tttagaagaatgcatgctgaagcaggggctgggaatagaacatagtcagg
ggaagtgcatttgcttcatagaacagggcccaaggttttattccaagcat
taaaaaaaaagggggggggcaaagcaagtgcctatgagatggctcagtag
gtacagccacctgctgccaagcctggtgatggacacttagtactcacagg
gtaaaagaggagaccctattctcacaggttgtcttttggcttccacattc
atgactacccccaggtccccacacacatacatactaaataaatattaacc
acaagaagcagctatatgaacatcatagcagatattctactgcaagatac
agcaatgtatagctgaaatggctgcagttctcaacaaagaccatgattca
atattataa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_108175769_108176794
seq2: B6Ng01-262P12.b_45_1071

seq1  GAATTCTCATGACAGCCTTGCAAGATAGGTACTATTATAGTCCCCATGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATGACAGCCTTGCAAGATAGGTACTATTATAGTCCCCATGTG  50

seq1  ACAGTTGACAAAGTTGAGGCATAGAGAGGTTGTGTAATTTATCCCTGCGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTGACAAAGTTGAGGCATAGAGAGGTTGTGTAATTTATCCCTGCGC  100

seq1  ACACAGATAATGACTGGTTCAGTCAGAACCCTATGGTATCTGACTTCAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGATAATGACTGGTTCAGTCAGAACCCTATGGTATCTGACTTCAGA  150

seq1  CTTCAGGCTATTTTCCACTCTGACAGGCATGGAGATCAATCCTATCTATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGGCTATTTTCCACTCTGACAGGCATGGAGATCAATCCTATCTATT  200

seq1  AATATCTGGTCAAAAGCCTGTCTCTTTAGCATTGCAGTGGGGTTCCTGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCTGGTCAAAAGCCTGTCTCTTTAGCATTGCAGTGGGGTTCCTGGG  250

seq1  GCAGAAGTATGCATAATAACTAATTAATCTGTTTTATCTACCTCAGGAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAGTATGCATAATAACTAATTAATCTGTTTTATCTACCTCAGGAGC  300

seq1  CTTGGTTGTCTTTTCATTAATTCATTGAATCCTCTTGATTCCTTCCTTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTTGTCTTTTCATTAATTCATTGAATCCTCTTGATTCCTTCCTTCA  350

seq1  ACAAATATCGATTGAGTTGATTAAATAGGACATGTCCTGTAGTGGGTACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATATCGATTGAGTTGATTAAATAGGACATGTCCTGTAGTGGGTACT  400

seq1  GAGGTACCAAGTACTAGGGGTACCAAGCTAAATTAGTTATGGTCCTGGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTACCAAGTACTAGGGGTACCAAGCTAAATTAGTTATGGTCCTGGTC  450

seq1  TTTAAGGAGCCTGAAGTACAAGGGACAGGAAGTAGCTCATGGTTAGCTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGGAGCCTGAAGTACAAGGGACAGGAAGTAGCTCATGGTTAGCTAG  500

seq1  AGAAGCAGCATGACTCAGAGAGGGGCAGGCTCTGGGTTAGCTCATCCTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCAGCATGACTCAGAGAGGGGCAGGCTCTGGGTTAGCTCATCCTCA  550

seq1  TTTGCTCAGCAATTTCCCGCTACCTCGCCCTGGGACCTTCTCTTATCTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTCAGCAATTTCCCGCTACCTCGCCCTGGGACCTTCTCTTATCTGC  600

seq1  AGTTTATGTAACATCACCACAAGTTTTTGTGGTTTTGCGTGTCTTCCTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTATGTAACATCACCACAAGTTTTTGTGGTTTTGCGTGTCTTCCTTT  650

seq1  TCCTCCCCACTGGGTATCCAGATTGGGCTGGTAAATGACATAGTTGTCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCCCACTGGGTATCCAGATTGGGCTGGTAAATGACATAGTTGTCAC  700

seq1  TCATTGGTGAGAGACAGGGAGCCAAAGAAAGGATGGACTCTGCACAGGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGGTGAGAGACAGGGAGCCAAAGAAAGGATGGACTCTGCACAGGAC  750

seq1  AGGGCACTTTAGAATGAACCCTCTGGCCGAAGTGCGGGATGAGATGGAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCACTTTAGAATGAACCCTCTGGCCGAAGTGCGGGATGAGATGGAAT  800

seq1  GGATGGAAGGTGGAGAGTTGACTGCTCAGTAGTCTGGGTAGATCGTGGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGAAGGTGGAGAGTTGACTGCTCAGTAGTCTGGGTAGATCGTGGGA  850

seq1  GCTGAGGAAAGACTGCCGCGTGCAGGAGGGAAGACAGCTCTATGTTAAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGGAAAGACTGCCGCGTGCAGGAGGGAAGACAGCTCTATGTTAAGA  900

seq1  ATTGTAGGGATTTTCTA-ATTCAGTTAGCAATGTGTATTGAGCATCAGGT  949
      ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTAGGGATTTTCTATATTCAGTTACCAATGTGTATTGAGCATCAGGT  950

seq1  ACCAGGCATG-GTGCCATGTGTTGGGAACTCATCAGAAACAAGATAGGCA  998
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ACCAGGCATGTGTGCCATGTGTTGGGAACTCATCAAAAACAAGATAGGCA  1000

seq1  GTCTCTTTCACGCAGTCTGGAGGAGAAA  1026
      ||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GTCTCTTTCACGCAGTCTGGAGG-GAAA  1027

seq1: chr7_108367366_108368503
seq2: B6Ng01-262P12.g_67_1175 (reverse)

seq1  TTATATATATTTAAATCATGGTGCTTTTGTTGAGAAACTGCAAACCATTT  50
      ||||| ||| || |||||||||   ||||||||| |||||| | |||  |
seq2  TTATA-ATA-TTGAATCATGGT--CTTTGTTGAG-AACTGC-AGCCA--T  42

seq1  TTCAGCTTATTAACATTTGCTGTATCCTGCCATGTAGATATTCTTGCTAT  100
      |||||| |||  ||| |||||||||| |||   ||||| ||   ||||||
seq2  TTCAGC-TAT--ACA-TTGCTGTATCTTGC--AGTAGA-ATATCTGCTAT  85

seq1  GATGTTCCATTATAGCTTGCTTTCCTTGTTTGGTTTTATATTTTATTTAG  150
      |||||||   |||||| |||||  |||||   | || ||| |||||||||
seq2  GATGTTC--ATATAGC-TGCTT--CTTGT---GGTTAATA-TTTATTTAG  126

seq1  TATGTATGTGTGTTGGGGACCTGGGGGTAGTCATGAATGTGGAAGCCAAA  200
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATGTGTG-TGGGGACCTGGGGGTAGTCATGAATGTGGAAGCCAAA  175

seq1  AGACAACCTGTGAGAATAGGTTCTCTTCTTTTACCCTGTGAGTACTAAGT  250
      |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAACCTGTGAGAATAGGGTCTCCTCTTTTACCCTGTGAGTACTAAGT  225

seq1  GTCCATCACCAGGCTTGGCAGCAGGTGGCTGTACCTACTGAGCCATCTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATCACCAGGCTTGGCAGCAGGTGGCTGTACCTACTGAGCCATCTCA  275

seq1  TAGGCACTTGCTTTGCCCCCCCCCTTTTTTTTTAATGCTTGGAATAAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCACTTGCTTTGCCCCCCCCCTTTTTTTTTAATGCTTGGAATAAAAC  325

seq1  CTTGGGCCCTGTTCTATGAAGCAAATGCACTTCCCCTGACTATGTTCTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGCCCTGTTCTATGAAGCAAATGCACTTCCCCTGACTATGTTCTAT  375

seq1  TCCCAGCCCCTGCTTCAGCATGCATTCTTCTAAAAATTACTGGTATTGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGCCCCTGCTTCAGCATGCATTCTTCTAAAAATTACTGGTATTGGG  425

seq1  CTTCCCTTCAAGGGCTTAGTAGTTATTTAATATCATCATATTGGTGAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCTTCAAGGGCTTAGTAGTTATTTAATATCATCATATTGGTGAAAT  475

seq1  GTTTACTTAGATCTTTCATCAATCTTTAAAATTAGGTTGTATTTTTTACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACTTAGATCTTTCATCAATCTTTAAAATTAGGTTGTATTTTTTACT  525

seq1  GAATTATAAGCTAATATATTCTATTTTGTTTCCTTTTATTTTTTTTCATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTATAAGCTAATATATTCTATTTTGTTTCCTTTTATTTTTTTTCATT  575

seq1  TCTTATTTACTTACTTTCAGTCCCATATATTTATTTCTCTGTGTAGCCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATTTACTTACTTTCAGTCCCATATATTTATTTCTCTGTGTAGCCTT  625

seq1  AGCTCTCCTGGAATTCACTCTGTAAACCACACTAGCCTCAGCTCAGATCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTCCTGGAATTCACTCTGTAAACCACACTAGCCTCAGCTCAGATCT  675

seq1  GCCTGCCTTTGCCTCCCAAGTACTAGGATTAAAGGTGTTGCTGCCACACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCCTTTGCCTCCCAAGTACTAGGATTAAAGGTGTTGCTGCCACACC  725

seq1  CAGCCATGATCTTAAATGTTCTAAGTTAAAGTTCTTTATAGGAAACCCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCATGATCTTAAATGTTCTAAGTTAAAGTTCTTTATAGGAAACCCAG  775

seq1  TTTGCAAACACTTTCTCCTAAGCTGTAGATTCTTATTGTTATAGTTTTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAAACACTTTCTCCTAAGCTGTAGATTCTTATTGTTATAGTTTTAT  825

seq1  ACACACAAGTATTTTGCCAGCATGTGTCAAGTGTCAAGAGGGCATTCAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAAGTATTTTGCCAGCATGTGTCAAGTGTCAAGAGGGCATTCAAT  875

seq1  CCCCTGAGTCTGGAGTTGACATGGTTGTAACCCACCATGTAGGTGCTAGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGAGTCTGGAGTTGACATGGTTGTAACCCACCATGTAGGTGCTAGG  925

seq1  ATATAAACCTGGATCCTCTGCAAAATCAGCCATGCTTTTAACCACTGAGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAACCTGGATCCTCTGCAAAATCAGCCATGCTTTTAACCACTGAGC  975

seq1  CATCTTTCCAGGTGCCAGATTATATTTATTTATTTATTTATTTATTTATT  1050
      ||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTTCCAGGTGCCAGATTA----TATTTATTTATTTATTTATTTATT  1021

seq1  TATTTATTTATTTATTTATTTATTCATTCATTCATTCATTCATTCAGAGA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATTTATTTATTTATTTATTCATTCATTCATTCATTCATTCAGAGA  1071

seq1  CAAGGTTACTCTGTGTAGAGCTGTCTGTCCTAGAATTC  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTTACTCTGTGTAGAGCTGTCTGTCCTAGAATTC  1109