BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-263C06
Chromosome7 (Build37)
Map Location 17,621,673 - 17,790,737
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHif3a, Psg16, LOC100042844, LOC640145, Ceacam3, Psg29
Upstream geneZfp541, Napa, Kptn, Slc8a2, Mrg2, Dhx34, Gpr77, C5ar1, 2610014I16Rik, Ccdc9, Bbc3, Sae1, BC057627, Tmem160, Npas1, LOC629352, Grlf1, LOC670915, LOC100038912, Ceacam15, EG666641, LOC434127, Ceacam9, Ap2s1, Slc1a5, Fkrp, Strn4, Prkd2, Dact3, Gng8, Ptgir, Calm3, EG434128, 0710005I19Rik, LOC100042835, LOC434130, Ppp5c
Downstream geneLOC414361, LOC671132, LOC100042868, Psg-ps1, LOC666767, Psg30, Ppia-ps7_184.1, Ceacam14, EG381852, Ceacam11, Ceacam13, LOC384560, Ceacam12, Igfl3, LOC671190
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-263C06.bB6Ng01-263C06.g
ACCGA067382GA067383
length927972
definitionB6Ng01-263C06.b B6Ng01-263C06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,621,673 - 17,622,598)(17,789,764 - 17,790,737)
sequence
gaattctgcccatgcagcatctccacagttcatcgtctccaaacaggctc
tccagggaagaactgtagccatagcccccactgacagatagaggagccga
ggcttcacaagcagccgacccaaaacctcatggctgggagttaccttgtg
gagctatcttaacctggctaagctctgaagtggacttgtatctgggtcca
ggagaccttggcttccaccccaaggggtagccttccttcttatccttcct
tcttatccttccgtagcatctctctttctttccacagggctcaggagaac
agggaagggttgtgggcaccttctgcattggacagttttatgtcaacttg
acacaagctagagtcatctgagaggagggggcctcaattgagaaaatgcc
tccttaagactgggttgtaggcaagcctgtagggcattgtcttaatcagt
gattgatcggggagggcccatgggctgggtggtgctatcccagggctaga
ggttctgggttgtataagaaagtaggttgagcatgtgagggggagtaagc
cagcaagcagcacccctccatggcttctgcatcagctcctgcctccaggt
tcctgccctgcttgagttcctgtcctgacttccttcagtgatggcctagg
atgtggaggtggtcctggtgtttcatcacagagaaaagcaaccctaagat
accctccctcaccctcccctaaagtgcttcccctcctctttcagttactt
ctgggaccatccagggaggaagaggcctgacgtttctgtagagccagact
ttatgactcaaccaagggctcaatggagaatgcacgaagggggggctctg
ggatcctgctggtccgggagttgtcgaccttggcagaagaaactctggga
tggagggagacaagagctgtcatcatc
gaattctgaccattgccactgttctctaacacgtgtgtcctgtgataaat
gctcaaacctaaacatgggcacaatgtcgagggaaaaataggcacagtcc
aggcctgacacttatctgtatgtctagtggaaagagacccacccagcacc
ccaagttcacaaagaatcacttacggttcacgtggaggaatgtgaatgtt
gttgatacagtttctgcatgtttattgaaggttcgtagggtgtaataacc
tctgtccttctgggtaacattgtggatcatcagggatccgttgttgtaca
atgtctctctatcgctgtgtacatataagtcagacgccactgcatacagt
gcaattccatgtttcctatttgtcctccctttaaaccaggcaaaggctgt
aagattccctggcagattattgacaaggaaaagaacatcttctccttcaa
ccacttgggatggcaataattcaatggtgactttggaagtggtagacaga
taccagcaggttaagaaggaggctaaaggaaaaagagagagaaatcctca
gtattaagcaggtgtgatcagcactcagcttacgtcttgggaagggatgt
gtagcccctgcttaatggaggtgagcaacatgacctccattccctcagag
tctctcactgtgttgtcaactctctgcacaattctctattcagtgtttgc
ctggatttccatgtagcattcccatatttagtgggaagatacctctctga
cccacttttctagagagtcctcagtttctgacttttattttctgttccct
attgtacaacaaatcacctcctcacatcatcttccagatcctctgacttc
tggtccactagaatcaagaatctgtgaagacagggcttaatctgaggttg
ttgggagcttcagttcctggaaatatgcaaatactagtggataaataaag
aaagggagggaaggaagggagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_17621673_17622598
seq2: B6Ng01-263C06.b_50_976

seq1  GAATTCTGCCCATGCAGCATCTCCACAGTTCAT-GTCTCCAAACAGGCTC  49
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCCCATGCAGCATCTCCACAGTTCATCGTCTCCAAACAGGCTC  50

seq1  TCCAGGGAAGAACTGTAGCCATAGCCCCCACTGACAGATAGAGGAGCCGA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGGAAGAACTGTAGCCATAGCCCCCACTGACAGATAGAGGAGCCGA  100

seq1  GGCTTCACAAGCAGCCGACCCAAAACCTCATGGCTGGGAGTTACCTTGTG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCACAAGCAGCCGACCCAAAACCTCATGGCTGGGAGTTACCTTGTG  150

seq1  GAGCTATCTTAACCTGGCTAAGCTCTGAAGTGGACTTGTATCTGGGTCCA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTATCTTAACCTGGCTAAGCTCTGAAGTGGACTTGTATCTGGGTCCA  200

seq1  GGAGACCTTGGCTTCCACCCCAAGGGGTAGCCTTCCTTCTTATCCTTCCT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACCTTGGCTTCCACCCCAAGGGGTAGCCTTCCTTCTTATCCTTCCT  250

seq1  TCTTATCCTTCCGTAGCATCTCTCTTTCTTTCCACAGGGCTCAGGAGAAC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATCCTTCCGTAGCATCTCTCTTTCTTTCCACAGGGCTCAGGAGAAC  300

seq1  AGGGAAGGGTTGTGGGCACCTTCTGCATTGGACAGTTTTATGTCAACTTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAGGGTTGTGGGCACCTTCTGCATTGGACAGTTTTATGTCAACTTG  350

seq1  ACACAAGCTAGAGTCATCTGAGAGGAGGGGGCCTCAATTGAGAAAATGCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAGCTAGAGTCATCTGAGAGGAGGGGGCCTCAATTGAGAAAATGCC  400

seq1  TCCTTAAGACTGGGTTGTAGGCAAGCCTGTAGGGCATTGTCTTAATCAGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAAGACTGGGTTGTAGGCAAGCCTGTAGGGCATTGTCTTAATCAGT  450

seq1  GATTGATCGGGGAGGGCCCATGGGCTGGGTGGTGCTATCCCAGGGCTAGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGATCGGGGAGGGCCCATGGGCTGGGTGGTGCTATCCCAGGGCTAGA  500

seq1  GGTTCTGGGTTGTATAAGAAAGTAGGTTGAGCATGTGAGGGGGAGTAAGC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTGGGTTGTATAAGAAAGTAGGTTGAGCATGTGAGGGGGAGTAAGC  550

seq1  CAGCAAGCAGCACCCCTCCATGGCTTCTGCATCAGCTCCTGCCTCCAGGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAGCAGCACCCCTCCATGGCTTCTGCATCAGCTCCTGCCTCCAGGT  600

seq1  TCCTGCCCTGCTTGAGTTCCTGTCCTGACTTCCTTCAGTGATGGCCTAGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCCCTGCTTGAGTTCCTGTCCTGACTTCCTTCAGTGATGGCCTAGG  650

seq1  ATGTGGAGGTGGTCCTGGTGTTTCATCACAGAGAAAAGCAACCCTAAGAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGAGGTGGTCCTGGTGTTTCATCACAGAGAAAAGCAACCCTAAGAT  700

seq1  ACCCTCCCTCACCCTCCCCTAAGGTGCTTCCCCTCCTCTTTCAGTTACTT  749
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCCCTCACCCTCCCCTAAAGTGCTTCCCCTCCTCTTTCAGTTACTT  750

seq1  CTGGGACCATCCAGGGAGGAAGAGGCCTGACGTTTCTGTAGAGCCAGACT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGACCATCCAGGGAGGAAGAGGCCTGACGTTTCTGTAGAGCCAGACT  800

seq1  TTATGACTCACCCAAGGGCTCA--TGAGAATGCACGA--GGGGGGCTCTG  845
      |||||||||| |||||||||||   ||||||||||||  |||||||||||
seq2  TTATGACTCAACCAAGGGCTCAATGGAGAATGCACGAAGGGGGGGCTCTG  850

seq1  GGATCCTGCTGGTTCCCCGGGAGTTGTCGACCTT-GCAGAAGGAAACTCT  894
      |||||||||||||   |||||||||||||||||| |||||| ||||||||
seq2  GGATCCTGCTGGT---CCGGGAGTTGTCGACCTTGGCAGAA-GAAACTCT  896

seq1  GGGGAGTGAGGGAGACAAGAGCTGTCATCATC  926
       ||||  |||||||||||||||||||||||||
seq2  -GGGATGGAGGGAGACAAGAGCTGTCATCATC  927

seq1: chr7_17789764_17790737
seq2: B6Ng01-263C06.g_68_1039 (reverse)

seq1  CCTCCCTTCCTTCCCTCCCCTTTCTTTTATTTATCCACTAGTATTTGCAT  50
      |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCTTCCTTCCCT-CCCTTTC-TTTATTTATCCACTAGTATTTGCAT  48

seq1  ATTTCCAGGAACTGAAGCTCCCAACAACCTCAGATTAAGCCCTGTCTTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCAGGAACTGAAGCTCCCAACAACCTCAGATTAAGCCCTGTCTTCA  98

seq1  CAGATTCTTGATTCTAGTGGACCAGAAGTCAGAGGATCTGGAAGATGATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTCTTGATTCTAGTGGACCAGAAGTCAGAGGATCTGGAAGATGATG  148

seq1  TGAGGAGGTGATTTGTTGTACAATAGGGAACAGAAAATAAAAGTCAGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAGGTGATTTGTTGTACAATAGGGAACAGAAAATAAAAGTCAGAAA  198

seq1  CTGAGGACTCTCTAGAAAAGTGGGTCAGAGAGGTATCTTCCCACTAAATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGACTCTCTAGAAAAGTGGGTCAGAGAGGTATCTTCCCACTAAATA  248

seq1  TGGGAATGCTACATGGAAATCCAGGCAAACACTGAATAGAGAATTGTGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAATGCTACATGGAAATCCAGGCAAACACTGAATAGAGAATTGTGCA  298

seq1  GAGAGTTGACAACACAGTGAGAGACTCTGAGGGAATGGAGGTCATGTTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTTGACAACACAGTGAGAGACTCTGAGGGAATGGAGGTCATGTTGC  348

seq1  TCACCTCCATTAAGCAGGGGCTACACATCCCTTCCCAAGACGTAAGCTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTCCATTAAGCAGGGGCTACACATCCCTTCCCAAGACGTAAGCTGA  398

seq1  GTGCTGATCACACCTGCTTAATACTGAGGATTTCTCTCTCTTTTTCCTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGATCACACCTGCTTAATACTGAGGATTTCTCTCTCTTTTTCCTTT  448

seq1  AGCCTCCTTCTTAACCTGCTGGTATCTGTCTACCACTTCCAAAGTCACCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCCTTCTTAACCTGCTGGTATCTGTCTACCACTTCCAAAGTCACCA  498

seq1  TTGAATTATTGCCATCCCAAGTGGTTGAAGGAGAAGATGTTCTTTTCCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATTATTGCCATCCCAAGTGGTTGAAGGAGAAGATGTTCTTTTCCTT  548

seq1  GTCAATAATCTGCCAGGGAATCTTACAGCCTTTGCCTGGTTTAAAGGGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAATAATCTGCCAGGGAATCTTACAGCCTTTGCCTGGTTTAAAGGGAG  598

seq1  GACAAATAGGAAACATGGAATTGCACTGTATGCAGTGGCGTCTGACTTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAATAGGAAACATGGAATTGCACTGTATGCAGTGGCGTCTGACTTAT  648

seq1  ATGTACACAGCGATAGAGAGACATTGTACAACAACGGATCCCTGATGATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACACAGCGATAGAGAGACATTGTACAACAACGGATCCCTGATGATC  698

seq1  CACAATGTTACCCAGAAGGACAGAGGTTATTACACCCTACGAACCTTCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATGTTACCCAGAAGGACAGAGGTTATTACACCCTACGAACCTTCAA  748

seq1  TAAACATGCAGAAACTGTATCAACAACATTCACATTCCTCCACGTGAACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACATGCAGAAACTGTATCAACAACATTCACATTCCTCCACGTGAACC  798

seq1  GTAAGTGATTCTTTGTGAACTTGGGGTGCTGGGTGGGTCTCTTTCCACTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGTGATTCTTTGTGAACTTGGGGTGCTGGGTGGGTCTCTTTCCACTA  848

seq1  GACATACAGATAAGTGTCAGGCCTGGACTGTGCCTATTTTTCCCTCGACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATACAGATAAGTGTCAGGCCTGGACTGTGCCTATTTTTCCCTCGACA  898

seq1  TTGTGCCCATGTTTAGGTTTGAGCATTTATCACAGGACACACGTGTTAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCCCATGTTTAGGTTTGAGCATTTATCACAGGACACACGTGTTAGA  948

seq1  GAACAGTGGCAATGGTCAGAATTC  974
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGTGGCAATGGTCAGAATTC  972