BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-263E23
Chromosome7 (Build37)
Map Location 121,913,474 - 121,977,129
singlet/doubletdoublet
Overlap geneInsc
Upstream geneSpon1, Rras2, LOC668451, Copb1, Psma1, 4933406I18Rik, Pde3b, Cyp2r1, Calca, LOC100043295, Calcb
Downstream geneEG627967, LOC668472, Sox6, LOC100042779
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-263E23.bB6Ng01-263E23.g
ACCGA067512GA067513
length1,1081,123
definitionB6Ng01-263E23.b B6Ng01-263E23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(121,913,474 - 121,914,579)(121,975,975 - 121,977,129)
sequence
gaattccagggcagccaaggctacacagggaaactctgtctcaaaaaaga
aaagaaaagaaaagaaaagaaaagaaaagaaaagaaaagaaaagagaaga
gaagaaaagaaaaggaatgaattgtttgctaaaactctctagtggggtgg
agtcaatccctctctctttggctctcctaaagccatcattagaagaggta
tagggagttgacacacagttcttgcatgttccctaggacacagaacacca
ttagaagtgtaacttaaagttttctgtacatccagaggcaaatgataaaa
agtcatatctttgtttgtagtccatatggtgaaactcagacttggtaaga
catagctgtcagactgcctgagagatgtggctgcttcggcttcaggtagc
tggtggtagagctttcctaagatgatcaagtatggccatctatggtatgt
ggctacctggctttaacttcttattcaccatgtggctggtgaaaattctg
gagccccatctgtcctccagtcccttcatgtttaagatggatataatgac
catacataccatgcagggttggtatagggctaggcaaataaatacacgca
acatatcagagctaagtaagagactactatttaacaaatgtctgctaatg
ccaggattactctgtctaggtattgttagagaattcttctgggatcctct
cttctgaccttctcccccattagtgggtgacagaatttaaacctgaaaca
gttggtaaagccctggtagggagggtacagtctacttgctgctgatctgc
ccatcctggccctgtgtgacattaaattgggttgtgaaacaccagcactt
ctggcaatgtggtcctgagctgctcagacaaagcctgttccagggctgga
gaagtggttgggacagtgaagaggaggccagactgccctagcttaattct
gctcttgggccataaccgaacttcagtttctttatctggtgaaccgtgaa
catttaatacttatatcagcggggtttttttaaatataaattctttctct
ggtgtgtctctgtatctcttcctctgtgtgtctgtctatctgtctcaaca
cctcacac
gaattcccctaaagtgggatgggcaggagtgtcagttaaacacctacagt
cttccttgtgctgtgccagtgcatttggatccatctttaaagaaaagagg
gagatgtgcagacatggaaactgaatctcacatgagcagccacagatatt
atttcttgagcatttactctggcccatctgatcttcacagtaatccattt
ttactgtgacattatcaattaaatacctgatattgtgacctgctgagatc
ttacacccagtaaggaacagtgatcacaaaaccctcattctttctgtact
tcatgatgtctattgtttcagctccttgacttattcccagtgatgccctc
atagccataggtttcagtcctattagggaggcaatgtctacctccaaggt
attgcattccctgtagaacagtccagatgtgaccatcaaatatctagaac
tcatgatccaggactaggatcacagatgttagccaagtaacatcctcata
gtgaatgctcccctcatcccctgaccggggaaaaaatcattgagggcatc
tgactctgtccaagcttacgtctctatatccaggttttggtatgggacca
ctctactgctagatttgtccccaggggcaaagagtacccctcaccctcat
gcacttgccattgatactgacacgttgattattagcacagccatctaagt
gccttttaattttgctgcacatttatttgaactacggtcctagtcacctg
ggatgtgttaggaagattaaactgaggatatcagtgactcacttataaat
gtttccagggaatggcaagaaattggagggctatttcccaccaaagaaca
gagccctggcatcctgcccagaagatatatcccatctgctgactctgtga
gtgggctgaacagtgcatcttcctggggatgggttaaataagaagccttt
ctctctggggatattcagtctgggaagaaacaggaacggtatctaacaca
gtgagttgtttgagcatgcatgctttgatgttatattgaaagtttctcac
agtttgcatagtcttatacaaattgtcctgtcttaagaattgcaatgtag
ctgctgtccaattgcatctgtag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_121913474_121914579
seq2: B6Ng01-263E23.b_44_1151

seq1  GAATTCCAGGGCAGCCAAGGCTACACAGGGAAACTCTGTCTCAAAAAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGGCAGCCAAGGCTACACAGGGAAACTCTGTCTCAAAAAAGA  50

seq1  AAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAGAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAGAAGA  100

seq1  GAAGAAAAGAAAAGGAATGAATTGTTTGCTAAAACTCTCTAGTGGGGTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAAAGAAAAGGAATGAATTGTTTGCTAAAACTCTCTAGTGGGGTGG  150

seq1  AGTCAATCCCTCTCTCTTTGGCTCTCCTAAAGCCATCATTAGAAGAGGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAATCCCTCTCTCTTTGGCTCTCCTAAAGCCATCATTAGAAGAGGTA  200

seq1  TAGGGAGTTGACACACAGTTCTTGCATGTTCCCTAGGACACAGAACACCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAGTTGACACACAGTTCTTGCATGTTCCCTAGGACACAGAACACCA  250

seq1  TTAGAAGTGTAACTTAAAGTTTTCTGTACATCCAGAGGCAAATGATAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAGTGTAACTTAAAGTTTTCTGTACATCCAGAGGCAAATGATAAAA  300

seq1  AGTCATATCTTTGTTTGTAGTCCATATGGTGAAACTCAGACTTGGTAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATATCTTTGTTTGTAGTCCATATGGTGAAACTCAGACTTGGTAAGA  350

seq1  CATAGCTGTCAGACTGCCTGAGAGATGTGGCTGCTTCGGCTTCAGGTAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCTGTCAGACTGCCTGAGAGATGTGGCTGCTTCGGCTTCAGGTAGC  400

seq1  TGGTGGTAGAGCTTTCCTAAGATGATCAAGTATGGCCATCTATGGTATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGTAGAGCTTTCCTAAGATGATCAAGTATGGCCATCTATGGTATGT  450

seq1  GGCTACCTGGCTTTAACTTCTTATTCACCATGTGGCTGGTGAAAATTCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTACCTGGCTTTAACTTCTTATTCACCATGTGGCTGGTGAAAATTCTG  500

seq1  GAGCCCCATCTGTCCTCCAGTCCCTTCATGTTTAAGATGGATATAATGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCCATCTGTCCTCCAGTCCCTTCATGTTTAAGATGGATATAATGAC  550

seq1  CATACATACCATGCAGGGTTGGTATAGGGCTAGGCAAATAAATACACGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATACCATGCAGGGTTGGTATAGGGCTAGGCAAATAAATACACGCA  600

seq1  ACATATCAGAGCTAAGTAAGAGACTACTATTTAACAAATGTCTGCTAATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATCAGAGCTAAGTAAGAGACTACTATTTAACAAATGTCTGCTAATG  650

seq1  CCAGGATTACTCTGTCTAGGTATTGTTAGAGAATTCTTCTGGGATCCTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGATTACTCTGTCTAGGTATTGTTAGAGAATTCTTCTGGGATCCTCT  700

seq1  CTTCTGACCTTCTCCCCCATTAGTGGGTGACAGAATTTAAACCTGAAACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGACCTTCTCCCCCATTAGTGGGTGACAGAATTTAAACCTGAAACA  750

seq1  GTTGGTAAAGCCCTGGTAGGGAGGGTACAGTCTACTTGCTGCTGATCTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTAAAGCCCTGGTAGGGAGGGTACAGTCTACTTGCTGCTGATCTGC  800

seq1  CCATCCTGGCCCTGTGTGACATTAAATTGGGTTGTGAAACACCAGCACTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCTGGCCCTGTGTGACATTAAATTGGGTTGTGAAACACCAGCACTT  850

seq1  CTGGCAATGTGGTCCTGAGCTGCTCAGACAAAGCCTGTTCCAGGGCTGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCAATGTGGTCCTGAGCTGCTCAGACAAAGCCTGTTCCAGGGCTGGA  900

seq1  GAAGTGGTTGGGACAGTGAAGAGGAGGCCAGACTGCCCTAGCTTAATTCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGGTTGGGACAGTGAAGAGGAGGCCAGACTGCCCTAGCTTAATTCT  950

seq1  GCTCTT-GGCCATAACCGAACTTCAGTTTCTTTATCT-GTGAACCGTGAA  998
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GCTCTTGGGCCATAACCGAACTTCAGTTTCTTTATCTGGTGAACCGTGAA  1000

seq1  CAATTTATACTTATATCAGCGGGGTTTTTTTTAAATATAAATTCTTTCTC  1048
      || || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAATACTTATATCAGCGGGG-TTTTTTTAAATATAAATTCTTTCTC  1049

seq1  T-GTGTGTCTCTGTATCTCTTTCTCTGTGTGTCTGTCTATCTGTCTCACA  1097
      | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGGTGTGTCTCTGTATCTCTTCCTCTGTGTGTCTGTCTATCTGTCTCA-A  1098

seq1  CA-CACACAC  1106
      || | |||||
seq2  CACCTCACAC  1108

seq1: chr7_121975975_121977129
seq2: B6Ng01-263E23.g_64_1186 (reverse)

seq1  CTACAGATGCACATGTGACACAGCAGCTACATCTGCAATGTCTTTAGGGA  50
      |||||||||||  ||    ||||||||||||| |||||| |||| |  ||
seq2  CTACAGATGCAATTG---GACAGCAGCTACAT-TGCAAT-TCTTAA--GA  43

seq1  CAGGGACATATTTTAATATAAGAACTAAATGCCAAACTGTGGAGAAACTT  100
      || ||||| ||||   |||||| |||  ||| |||||||| |||||||||
seq2  CA-GGACA-ATTT--GTATAAG-ACT--ATG-CAAACTGT-GAGAAACTT  84

seq1  TCCAAATAATAAACAATCCAAAGCATGCATGCTCCAAACAACCTTCCACT  150
      || | |||| |       ||||||||||||||| ||||||||    ||||
seq2  TCAATATAACA------TCAAAGCATGCATGCT-CAAACAAC---TCACT  124

seq1  GTTGTTAGATACCCGTTCCTGTTTCTTTCCCAGACTGAATTATCCCCAGA  200
      | ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
seq2  G-TGTTAGATA-CCGTTCCTGTTTC-TTCCCAGACTGAA-TATCCCCAGA  170

seq1  GAAGAAAGGCCTTCTTATTTAACCCATCCCCAGGAAGATGCACTGTTCAG  250
      | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-AGAAAGG-CTTCTTATTTAACCCATCCCCAGGAAGATGCACTGTTCAG  218

seq1  CCCACTCACAGAGTCAGCAGATGGGATATATCTTCTGGGCAGGATGCCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTCACAGAGTCAGCAGATGGGATATATCTTCTGGGCAGGATGCCAG  268

seq1  GGCTCTGTTCTTTGGTGGGAAATAGCCCTCCAATTTCTTGCCATTCCCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTGTTCTTTGGTGGGAAATAGCCCTCCAATTTCTTGCCATTCCCTG  318

seq1  GAAACATTTATAAGTGAGTCACTGATATCCTCAGTTTAATCTTCCTAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACATTTATAAGTGAGTCACTGATATCCTCAGTTTAATCTTCCTAACA  368

seq1  CATCCCAGGTGACTAGGACCGTAGTTCAAATAAATGTGCAGCAAAATTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCAGGTGACTAGGACCGTAGTTCAAATAAATGTGCAGCAAAATTAA  418

seq1  AAGGCACTTAGATGGCTGTGCTAATAATCAACGTGTCAGTATCAATGGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCACTTAGATGGCTGTGCTAATAATCAACGTGTCAGTATCAATGGCA  468

seq1  AGTGCATGAGGGTGAGGGGTACTCTTTGCCCCTGGGGACAAATCTAGCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCATGAGGGTGAGGGGTACTCTTTGCCCCTGGGGACAAATCTAGCAG  518

seq1  TAGAGTGGTCCCATACCAAAACCTGGATATAGAGACGTAAGCTTGGACAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTGGTCCCATACCAAAACCTGGATATAGAGACGTAAGCTTGGACAG  568

seq1  AGTCAGATGCCCTCAATGATTTTTTCCCCGGTCAGGGGATGAGGGGAGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGATGCCCTCAATGATTTTTTCCCCGGTCAGGGGATGAGGGGAGCA  618

seq1  TTCACTATGAGGATGTTACTTGGCTAACATCTGTGATCCTAGTCCTGGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTATGAGGATGTTACTTGGCTAACATCTGTGATCCTAGTCCTGGAT  668

seq1  CATGAGTTCTAGATATTTGATGGTCACATCTGGACTGTTCTACAGGGAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGTTCTAGATATTTGATGGTCACATCTGGACTGTTCTACAGGGAAT  718

seq1  GCAATACCTTGGAGGTAGACATTGCCTCCCTAATAGGACTGAAACCTATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATACCTTGGAGGTAGACATTGCCTCCCTAATAGGACTGAAACCTATG  768

seq1  GCTATGAGGGCATCACTGGGAATAAGTCAAGGAGCTGAAACAATAGACAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGAGGGCATCACTGGGAATAAGTCAAGGAGCTGAAACAATAGACAT  818

seq1  CATGAAGTACAGAAAGAATGAGGGTTTTGTGATCACTGTTCCTTACTGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAGTACAGAAAGAATGAGGGTTTTGTGATCACTGTTCCTTACTGGG  868

seq1  TGTAAGATCTCAGCAGGTCACAATATCAGGTATTTAATTGATAATGTCAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGATCTCAGCAGGTCACAATATCAGGTATTTAATTGATAATGTCAC  918

seq1  AGTAAAAATGGATTACTGTGAAGATCAGATGGGCCAGAGTAAATGCTCAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAAAATGGATTACTGTGAAGATCAGATGGGCCAGAGTAAATGCTCAA  968

seq1  GAAATAATATCTGTGGCTGCTCATGTGAGATTCAGTTTCCATGTCTGCAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAATATCTGTGGCTGCTCATGTGAGATTCAGTTTCCATGTCTGCAC  1018

seq1  ATCTCCCTCTTTTCTTTAAAGATGGATCCAAATGCACTGGCACAGCACAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCCTCTTTTCTTTAAAGATGGATCCAAATGCACTGGCACAGCACAA  1068

seq1  GGAAGACTGTAGGTGTTTAACTGACACTCCTGCCCATCCCACTTTAGGGG  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGACTGTAGGTGTTTAACTGACACTCCTGCCCATCCCACTTTAGGGG  1118

seq1  AATTC  1155
      |||||
seq2  AATTC  1123