BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-267K09
Chromosome7 (Build37)
Map Location 80,826,522 - 80,969,259
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC244061, A830073O21Rik
Upstream geneLOC665570, LOC100042029, EG384643, LOC625243, 4930429H19Rik, LOC665588, Rgma, Chd2, 1810026B05Rik, EG665610
Downstream geneSt8sia2, LOC100042127, LOC100042140, LOC546979, Slco3a1, EG665308, EG665641, 0610006L08Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-267K09.bB6Ng01-267K09.g
ACCGA070713GA070714
length1,230890
definitionB6Ng01-267K09.b B6Ng01-267K09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,968,031 - 80,969,259)(80,826,522 - 80,827,412)
sequence
gaattccctcctggaaggaggagagaagcttcaacgaccaggaaggtaaa
gaaggctcaggaaattcataaaacttagaagatcacaagttatgagatcc
acagtgcccttcaaggctataaaagcagcttaggtactgaggaatgaaga
ctttccccatcagaggtacctgtaagtcacccaggtagctttcctagctc
accatccatgctagggcaggctttctggtgaggcagctgcctttgagtgc
tcctctaagtaaccccaataaactcattggttcaccaagctagacttggc
tagaatcattgtagttttggcatttcatcagtggcatgcagatgtacact
cacatctgcctagggaaaaattacaccctccatccctccattcattctgt
aacctctcaccagcattaatacttctcacccattactccatggcccctga
ctcttgagacatggagccctcgttaccaaccccattaatggagacagaac
ccttgtatcaaatatttgtaagcagtcaagaaatatggatgcctgatgtc
ctctgtttaaagggatatggctgtttggagagtcctgtaattctaaacga
aagtgtttccagtgttcttacatccccgccactaagtggctacccagaga
tacaaagccaaatggacctcatcctttcctgtaaggaatttactgtctag
ttggaaaaggaaacacagaaataccagaattcttgtctccctaagtgaag
ctgaagttgaagtaacccagcctgcctgtgttactgacacccacttcaac
tctgtacctttggagcaatgataacaggttgttagctcacctgcatgaaa
gtttttgccctagcgagcatttcctagtcacagcatgaacacggtcattg
aaagatctcatattctgttttgtgttacatggttttgtacttttgttaaa
ggaaggttctggtggtaggacgcagtggggacgggatatgagtgcttaag
gacagagtcgccaacttggcccttggtctcaggcgcttctcctctttctt
cctggagtcctcaaaacacttcaatcctatacattctttatgcagatgac
taggacaggcttggtactcaagtgtttccttctgttttagttggtttaac
tggaaccagctgcccacctaggacttaggaggccattataaatttctaca
ggataggcctgccgtaacaggaaaatccac

gaattctctggtgtttctcagagtttagaacactggctgggtggtgatgg
ccacggggtgaataaggtgatcctagggctgtagctgagttggttgagtg
cttgcccaggatgcttgatggcctgggttctatctccaccatggcatcac
ctgtagtcccagtgctggggaggggagcataagcagaatcgtcagatgca
caggggtcaaggccagcctggaacacaggaaaaataaaaaggtaatgccg
acctcactgattccaagggcgctatctccttatctcccgttgagattgct
tgatttatttattgttttctgctcagtcagtcgctgagtcttagggctga
gaagatggagccgggactccagctgttgttttctgtccctacctgggctc
tatctgctccacaagtaaggaggtgacccttgaggagtttacatatggag
actagctgactttcctgcctgtctttcttctccgatggtacctggtcatt
gtaattgaatggtatttttaatattttccaaatgcccctctcaccctttg
tctgacgatccgacaaataggcgcatgaattaggtggggcaggcagactt
cacttaaaatggaaaatgaggcacagtgaggctaaatgacttgtcactca
ctggtcagcacgatagcagaagggcaggggtcccactcagccgtctaggt
ctttcttccctcctctcccaacctgttatcttttcagatgccaattattt
gtatttttatttaaaaattgtgaacattttttatacagtatgttttgata
atatttattccccttcttcaactccttctagatctttcctacccttttac
ccactcagtgtgtgtgtgtgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_80968031_80969259
seq2: B6Ng01-267K09.b_46_1275 (reverse)

seq1  GTGGATTTTCCTGT--CAGCGAGGCTTCCCTGTTAGATATTTATGTATTC  48
      ||||||||||||||  | ||  | ||  |||| |||| |||||  || | 
seq2  GTGGATTTTCCTGTTACGGCAGGCCTATCCTG-TAGAAATTTA--TAATG  47

seq1  GCCTCCT-AGTCCTA-GTGGCAACCTTGTTCAAGTTAAA-CAACTAAAAC  95
      ||||||| ||||||| ||||  | || |||| ||||||| ||||||||||
seq2  GCCTCCTAAGTCCTAGGTGGGCAGCTGGTTCCAGTTAAACCAACTAAAAC  97

seq1  AGAGGGAACAACTTGAGTA-CAAGCCTGTCCTAGTCATCTGCATAAAGAA  144
      ||| ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGAAACACTTGAGTACCAAGCCTGTCCTAGTCATCTGCATAAAGAA  147

seq1  TGTATAGGAATTTGAAGTGTTTTGA-GACT-CAGGAAGGAAAGAGGAG-A  191
      |||||||||  |||||||||||||| |||| |||||| |||||||||| |
seq2  TGTATAGGA--TTGAAGTGTTTTGAGGACTCCAGGAA-GAAAGAGGAGAA  194

seq1  GCGCCTGAGACCAAGGGCCAAGTTGGCGACTCTGTCCTTAAGCACTCATA  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCCTGAGACCAAGGGCCAAGTTGGCGACTCTGTCCTTAAGCACTCATA  244

seq1  TCCCGTCCCCACTGCGTCCTACCACCAGAACCTTCCTTTTAACAAAAGTA  291
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TCCCGTCCCCACTGCGTCCTACCACCAGAACCTTCC-TTTAACAAAAGTA  293

seq1  CAAAAACCATGTAACACAAAACAGAATATGAGATCTTTCAATGACCGTGT  341
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-AAAACCATGTAACACAAAACAGAATATGAGATCTTTCAATGACCGTGT  342

seq1  TCATGCTGTGACTAGGAAATGCTCGCTAGGGCAAAAACTTTCATGCAGGT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCTGTGACTAGGAAATGCTCGCTAGGGCAAAAACTTTCATGCAGGT  392

seq1  GAGCTAACAACCTGTTATCATTGCTCCAAAGGTACAGAGTTGAAGTGGGT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTAACAACCTGTTATCATTGCTCCAAAGGTACAGAGTTGAAGTGGGT  442

seq1  GTCAGTAACACAGGCAGGCTGGGTTACTTCAACTTCAGCTTCACTTAGGG  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTAACACAGGCAGGCTGGGTTACTTCAACTTCAGCTTCACTTAGGG  492

seq1  AGACAAGAATTCTGGTATTTCTGTGTTTCCTTTTCCAACTAGACAGTAAA  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAGAATTCTGGTATTTCTGTGTTTCCTTTTCCAACTAGACAGTAAA  542

seq1  TTCCTTACAGGAAAGGATGAGGTCCATTTGGCTTTGTATCTCTGGGTAGC  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTACAGGAAAGGATGAGGTCCATTTGGCTTTGTATCTCTGGGTAGC  592

seq1  CACTTAGTGGCGGGGATGTAAGAACACTGGAAACACTTTCGTTTAGAATT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTAGTGGCGGGGATGTAAGAACACTGGAAACACTTTCGTTTAGAATT  642

seq1  ACAGGACTCTCCAAACAGCCATATCCCTTTAAACAGAGGACATCAGGCAT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGACTCTCCAAACAGCCATATCCCTTTAAACAGAGGACATCAGGCAT  692

seq1  CCATATTTCTTGACTGCTTACAAATATTTGATACAAGGGTTCTGTCTCCA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATTTCTTGACTGCTTACAAATATTTGATACAAGGGTTCTGTCTCCA  742

seq1  TTAATGGGGTTGGTAACGAGGGCTCCATGTCTCAAGAGTCAGGGGCCATG  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGGGGTTGGTAACGAGGGCTCCATGTCTCAAGAGTCAGGGGCCATG  792

seq1  GAGTAATGGGTGAGAAGTATTAATGCTGGTGAGAGGTTACAGAATGAATG  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAATGGGTGAGAAGTATTAATGCTGGTGAGAGGTTACAGAATGAATG  842

seq1  GAGGGATGGAGGGTGTAATTTTTCCCTAGGCAGATGTGAGTGTACATCTG  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGATGGAGGGTGTAATTTTTCCCTAGGCAGATGTGAGTGTACATCTG  892

seq1  CATGCCACTGATGAAATGCCAAAACTACAATGATTCTAGCCAAGTCTAGC  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCACTGATGAAATGCCAAAACTACAATGATTCTAGCCAAGTCTAGC  942

seq1  TTGGTGAACCAATGAGTTTATTGGGGTTACTTAGAGGAGCACTCAAAGGC  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGAACCAATGAGTTTATTGGGGTTACTTAGAGGAGCACTCAAAGGC  992

seq1  AGCTGCCTCACCAGAAAGCCTGCCCTAGCATGGATGGTGAGCTAGGAAAG  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCCTCACCAGAAAGCCTGCCCTAGCATGGATGGTGAGCTAGGAAAG  1042

seq1  CTACCTGGGTGACTTACAGGTACCTCTGATGGGGAAAGTCTTCATTCCTC  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTGGGTGACTTACAGGTACCTCTGATGGGGAAAGTCTTCATTCCTC  1092

seq1  AGTACCTAAGCTGCTTTTATAGCCTTGAAGGGCACTGTGGATCTCATAAC  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACCTAAGCTGCTTTTATAGCCTTGAAGGGCACTGTGGATCTCATAAC  1142

seq1  TTGTGATCTTCTAAGTTTTATGAATTTCCTGAGCCTTCTTTACCTTCCTG  1191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGATCTTCTAAGTTTTATGAATTTCCTGAGCCTTCTTTACCTTCCTG  1192

seq1  GTCGTTGAAGCTTCTCTCCTCCTTCCAGGAGGGAATTC  1229
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGTTGAAGCTTCTCTCCTCCTTCCAGGAGGGAATTC  1230


seq1: chr7_80826522_80827412
seq2: B6Ng01-267K09.g_68_957

seq1  GAATTCTCTGGTGTTTCTCAGAGTTTAGAACACTGGCTGGGTGGTGATGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGGTGTTTCTCAGAGTTTAGAACACTGGCTGGGTGGTGATGG  50

seq1  CCACGGGGTGAATAAGGTGATCCTAGGGCTGTAGCTGAGTTGGTTGAGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGGGGTGAATAAGGTGATCCTAGGGCTGTAGCTGAGTTGGTTGAGTG  100

seq1  CTTGCCCAGGATGCTTGATGGCCTGGGTTCTATCTCCACCATGGCATCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCCAGGATGCTTGATGGCCTGGGTTCTATCTCCACCATGGCATCAC  150

seq1  CTGTAGTCCCAGTGCTGGGGAGGGGAGCATAAGCAGAATCGTCAGATGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGTCCCAGTGCTGGGGAGGGGAGCATAAGCAGAATCGTCAGATGCA  200

seq1  CAGGGGTCAAGGCCAGCCTGGAACACAGGAAAAATAAAAAGGTAATGCCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGTCAAGGCCAGCCTGGAACACAGGAAAAATAAAAAGGTAATGCCG  250

seq1  ACCTCACTGATTCCAAGGGCGCTATCTCCTTATCTCCCGTTGAGATTGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCACTGATTCCAAGGGCGCTATCTCCTTATCTCCCGTTGAGATTGCT  300

seq1  TGATTTATTTATTGTTTTCTGCTCAGTCAGTCGCTGAGTCTTAGGGCTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTATTTATTGTTTTCTGCTCAGTCAGTCGCTGAGTCTTAGGGCTGA  350

seq1  GAAGATGGAGCCGGGACTCCAGCTGTTGTTTTCTGTCCCTACCTGGGCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATGGAGCCGGGACTCCAGCTGTTGTTTTCTGTCCCTACCTGGGCTC  400

seq1  TATCTGCTCCACAAGTAAGGAGGTGACCCTTGAGGAGTTTACATATGGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGCTCCACAAGTAAGGAGGTGACCCTTGAGGAGTTTACATATGGAG  450

seq1  ACTAGCTGACTTTCCTGCCTGTCTTTCTTCTCCGATGGTACCTGGTCATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGCTGACTTTCCTGCCTGTCTTTCTTCTCCGATGGTACCTGGTCATT  500

seq1  GTAATTGAATGGTATTTTTAATATTTTCCAAATGCCCCTCTCACCCTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTGAATGGTATTTTTAATATTTTCCAAATGCCCCTCTCACCCTTTG  550

seq1  TCTGACGATCCGACAAATAGGCGCATGAATTAGGTGGGGCAGGCAGACTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACGATCCGACAAATAGGCGCATGAATTAGGTGGGGCAGGCAGACTT  600

seq1  CACTTAAAATGGAAAATGAGGCACAGTGAGGCTAAATGACTTGTCACTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTAAAATGGAAAATGAGGCACAGTGAGGCTAAATGACTTGTCACTCA  650

seq1  CTGGTCAGCACGATAGCAGAAGGGCAGGGGTCCCACTCAGCCGTCTAGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCAGCACGATAGCAGAAGGGCAGGGGTCCCACTCAGCCGTCTAGGT  700

seq1  CTTTCTTCCCTCCTCTCCCAACCTGTTATCTTTTCAGATGCCAATTATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTTCCCTCCTCTCCCAACCTGTTATCTTTTCAGATGCCAATTATTT  750

seq1  GTATTTTTATTTAAAAATTGTGAACATTTTTTATACAGTATGTTTTGATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTTTATTTAAAAATTGTGAACATTTTTTATACAGTATGTTTTGATA  800

seq1  ATATTTATTCCCCTTCTTCAACTCCTTCTAGATCTTTCCTACCCTTTTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTATTCCCCTTCTTCAACTCCTTCTAGATCTTTCCTACCCTTTTAC  850

seq1  CCACTCAGGTGTGTGTGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  891
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCA-GTGTGTGTGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  890


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |