BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-271I19
Chromosome7 (Build37)
Map Location 37,888,345 - 38,019,621
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043874
Upstream geneLOC100043872, EG668988, LOC668507, Tshz3
Downstream geneZfp536, LOC100043453, EG627844, C80913, Ccne1, 1600014C10Rik, Plekhf1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-271I19.bB6Ng01-271I19.g
ACCGA073600GA073601
length1,1501,025
definitionB6Ng01-271I19.b B6Ng01-271I19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,018,479 - 38,019,621)(37,888,345 - 37,889,380)
sequence
gaattcagagttcaggggatgtgtttgagatcagcaggctgctcatggac
attacccacggcaatgctggcatgtccaaaggagattttgatccatgacg
atactaagggagagtatggagaagtcattgagaagatggagccccatata
tactggtctttatgctaggatggtgtctgaacccagccctaccagggctc
ctgcctttttggctgtggttttattggtaggtgtcaggtgagtgaagcag
ttactgtcctttctgcatgtgacaatccctactctactgggattttcagt
tctcagctggattagaaaggagacggaattgaaataatcactgcttgcca
gaaactccattgtcaatcttcctcactggaatgtgagcttcaaggagtgt
tttaaaaatgttaacgaatgtcttctgctttctcaggatcgctccagaag
ataatctgtgtgcctgtctgtcctcaagccttccttgcaccactcgggct
tccctcagtgtgccagcccttgggtccgtgggtggtcttataaaagcagt
agttttccttttcccagtgtgtgccctgttttgagtagcgtagctgagct
cagctcctccaccaagtgatacattaatgaagttgcatgagactcaacct
caacccttgttctccaaccatgtcccctcccatcccaaactaccccatct
ttgctcatatgcggcatcaagcatcagcaagactggctatgtttgagtgg
agtgtggtggttcttgagtttgagtctaaggtcagatcatagggattgat
taaaaagatgctctccacactttcgagtcaaagtggagacctgctgaggt
gtattagaggagtcggtggaagcagagactaaagataggactggggcaat
gtctcattcagtcaagggttagctctgcaataatgaggaaatggagttag
atcatcaccagaacctctgaagctagatcattcccagaaaatctggggat
ggcagagcatgctcataaccccagttgggggaaatgatgacctcctgaat
tcagagggctcactgggccacccgtcaatgctcaactcgtagttctccta
gccagaaaaacctgtctcaaataaacaaaggtttgtgtctctttggataa


gaattccacacctctcattacatggaaggcaaggagagagagagaggtcc
tggttaggaattagtcagcatctgtagcttgccaaagggacacagcagtc
ggccaccagctaacaggacctctgaccagcacggatgaccctgtgtgcta
atgagaaaggaaaatgatatctacctatatgtttgggacacacacccaca
gggaagcgtacctgcttccctgctgtcttttctgtctgctgggtgtttat
tattttatgatctccctggatcaccacctctgctctctctgcagcaccct
gtcagcactctcctctgaagtgttgaactggtgatgttcacaggacactc
tggccactattggccaagcactcggtggtctgtaggagaagcaggcatgt
ccgcatcacgacagttctctgatgagtaaaaactcctaggctcacagtaa
gtgtgggtctcatccaccagaacaccgcttcaggggtccaatgtcacttt
gagaatggaaaatgtctccggatgtgagaagcatttaacttgtcttacca
cacacagatcccccaagctaaatattgtgtttgctcatgacttgattgac
atagcattgggatgtagggttcatttccattctcaccctgagggagaaag
tatggaagattcccccctaccatagcaatttttttgttgttgtttgttat
ttttgaatgcctcgtggtttttcaccctcttaggtaattacatttcttaa
gacatcctgtcttttggcatctatcaaaacaaagaagaaagatgaaagag
ttgctgataaaaaaaaatcccctcatcacggctgactccatgggggcaga
ggacctctcccactatcgaaggtccaacagacagaaggactcagaatgtt
ctagatgtgaccgaaaccagtgcagcaatttctaagcaaagccgagattt
caagcagcaacctcagtgctacatctaacaagatgggaacacaagacacc
actgtcatgagaattctgtataaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_38018479_38019621
seq2: B6Ng01-271I19.b_47_1196 (reverse)

seq1  TTATCCCAAGAGACACAA--CCTTGTTT-CTTGAGACAGGGTTTTACTGG  47
      |||||| |||||||||||  | ||||||  |||||||| |||||| ||||
seq2  TTATCCAAAGAGACACAAACCTTTGTTTATTTGAGACA-GGTTTTTCTGG  49

seq1  CCTGGAGATC-ACTGATTGAGCA-TGGCTGGTTGGCCAGTGAG-CCTCTA  94
      |  ||||| | ||   ||||||| || | ||| | |||||||| ||||| 
seq2  CTAGGAGAACTACGAGTTGAGCATTGACGGGTGGCCCAGTGAGCCCTCT-  98

seq1  GAATCCAGGA-GTCATCACTGCCCCAAACTGGGGTTATGAGCATGCTCTG  143
      |||| ||||| ||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGAGGTCATCATTTCCCCCAACTGGGGTTATGAGCATGCTCTG  148

seq1  CCATCCCCAGATTTTCTGGGAATGATCTAGCTTCAGA-GTTCTGGTGATG  192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CCATCCCCAGATTTTCTGGGAATGATCTAGCTTCAGAGGTTCTGGTGATG  198

seq1  ATCTAACTCCA-TTCCTCATTATTGCAGAGCTAACCCTTGACTGATTGAG  241
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ATCTAACTCCATTTCCTCATTATTGCAGAGCTAACCCTTGACTGAATGAG  248

seq1  ACATTGCCCCAGTCCTTATCTTTAGTCTCTGCTTCCACCGACTCCTCTAA  291
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGCCCCAGTCC-TATCTTTAGTCTCTGCTTCCACCGACTCCTCTAA  297

seq1  TACACCTCAGCAGGTCTCCACTTTGACTCGAAAGTGT-GAGAGCATCTTT  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TACACCTCAGCAGGTCTCCACTTTGACTCGAAAGTGTGGAGAGCATCTTT  347

seq1  TTAATCAATCCCTATGATCTGACCTTAGACTCAAACTCAAGAACCACCAC  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCAATCCCTATGATCTGACCTTAGACTCAAACTCAAGAACCACCAC  397

seq1  ACTCCACTCAAACATAGCCAGTCTTGCTGATGCTTGATGCCGCATATGAG  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCACTCAAACATAGCCAGTCTTGCTGATGCTTGATGCCGCATATGAG  447

seq1  CAAAGATGGGGTAGTTTGGGATGGGAGGGGACATGGTTGGAGAACAAGGG  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGATGGGGTAGTTTGGGATGGGAGGGGACATGGTTGGAGAACAAGGG  497

seq1  TTGAGGTTGAGTCTCATGCAACTTCATTAATGTATCACTTGGTGGAGGAG  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGTTGAGTCTCATGCAACTTCATTAATGTATCACTTGGTGGAGGAG  547

seq1  CTGAGCTCAGCTACGCTACTCAAAACAGGGCACACACTGGGAAAAGGAAA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCTCAGCTACGCTACTCAAAACAGGGCACACACTGGGAAAAGGAAA  597

seq1  ACTACTGCTTTTATAAGACCACCCACGGACCCAAGGGCTGGCACACTGAG  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTGCTTTTATAAGACCACCCACGGACCCAAGGGCTGGCACACTGAG  647

seq1  GGAAGCCCGAGTGGTGCAAGGAAGGCTTGAGGACAGACAGGCACACAGAT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCCCGAGTGGTGCAAGGAAGGCTTGAGGACAGACAGGCACACAGAT  697

seq1  TATCTTCTGGAGCGATCCTGAGAAAGCAGAAGACATTCGTTAACATTTTT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTCTGGAGCGATCCTGAGAAAGCAGAAGACATTCGTTAACATTTTT  747

seq1  AAAACACTCCTTGAAGCTCACATTCCAGTGAGGAAGATTGACAATGGAGT  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACACTCCTTGAAGCTCACATTCCAGTGAGGAAGATTGACAATGGAGT  797

seq1  TTCTGGCAAGCAGTGATTATTTCAATTCCGTCTCCTTTCTAATCCAGCTG  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGCAAGCAGTGATTATTTCAATTCCGTCTCCTTTCTAATCCAGCTG  847

seq1  AGAACTGAAAATCCCAGTAGAGTAGGGATTGTCACATGCAGAAAGGACAG  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTGAAAATCCCAGTAGAGTAGGGATTGTCACATGCAGAAAGGACAG  897

seq1  TAACTGCTTCACTCACCTGACACCTACCAATAAAACCACAGCCAAAAAGG  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGCTTCACTCACCTGACACCTACCAATAAAACCACAGCCAAAAAGG  947

seq1  CAGGAGCCCTGGTAGGGCTGGGTTCAGACACCATCCTAGCATAAAGACCA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGCCCTGGTAGGGCTGGGTTCAGACACCATCCTAGCATAAAGACCA  997

seq1  GTATATATGGGGCTCCATCTTCTCAATGACTTCTCCATACTCTCCCTTAG  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATATGGGGCTCCATCTTCTCAATGACTTCTCCATACTCTCCCTTAG  1047

seq1  TATCGTCATGGATCAAAATCTCCTTTGGACATGCCAGCATTGCCGTGGGT  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCGTCATGGATCAAAATCTCCTTTGGACATGCCAGCATTGCCGTGGGT  1097

seq1  AATGTCCATGAGCAGCCTGCTGATCTCAAACACATCCCCTGAACTCTGAA  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCCATGAGCAGCCTGCTGATCTCAAACACATCCCCTGAACTCTGAA  1147

seq1  TTC  1143
      |||
seq2  TTC  1150


seq1: chr7_37888345_37889380
seq2: B6Ng01-271I19.g_65_1089

seq1  GAATTCCACACCTCTCATTACATGGAAGGCAAGGAGAGAGAGAGAGGTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACACCTCTCATTACATGGAAGGCAAGGAGAGAGAGAGAGGTCC  50

seq1  TGGTTAGGAATTAGTCAGCATCTGTAGCTTGCCAAAGGGACACAGCAGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTAGGAATTAGTCAGCATCTGTAGCTTGCCAAAGGGACACAGCAGTC  100

seq1  GGCCACCAGCTAACAGGACCTCTGACCAGCACGGATGACCCTGTGTGCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACCAGCTAACAGGACCTCTGACCAGCACGGATGACCCTGTGTGCTA  150

seq1  ATGAGAAAGGAAAATGATATCTACCTATATGTTTGGGACACACACCCACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAAAGGAAAATGATATCTACCTATATGTTTGGGACACACACCCACA  200

seq1  GGGAAGCGTACCTGCTTCCCTGCTGTCTTTTCTGTCTGCTGGGTGTTTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGCGTACCTGCTTCCCTGCTGTCTTTTCTGTCTGCTGGGTGTTTAT  250

seq1  TATTTTATGATCTCCCTGGATCACCACCTCTGCTCTCTCTGCAGCACCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTATGATCTCCCTGGATCACCACCTCTGCTCTCTCTGCAGCACCCT  300

seq1  GTCAGCACTCTCCTCTGAAGTGTTGAACTGGTGATGTTCACAGGACACTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCACTCTCCTCTGAAGTGTTGAACTGGTGATGTTCACAGGACACTC  350

seq1  TGGCCACTATTGGCCAAGCACTCGGTGGTCTGTAGGAGAAGCAGGCATGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCACTATTGGCCAAGCACTCGGTGGTCTGTAGGAGAAGCAGGCATGT  400

seq1  CCGCATCACGACAGTTCTCTGATGAGTAAAAACTCCTAGGCTCACAGTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCATCACGACAGTTCTCTGATGAGTAAAAACTCCTAGGCTCACAGTAA  450

seq1  GTGTGGGTCTCATCCACCAGAACACCGCTTCAGGGGTCCAATGTCACTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGGTCTCATCCACCAGAACACCGCTTCAGGGGTCCAATGTCACTTT  500

seq1  GAGAATGGAAAATGTCTCCGGATGTGAGAAGCATTTAACTTGTCTTACCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATGGAAAATGTCTCCGGATGTGAGAAGCATTTAACTTGTCTTACCA  550

seq1  CACACAGATCCCCCAAGCTAAATATTGTGTTTGCTCATGACTTGATTGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGATCCCCCAAGCTAAATATTGTGTTTGCTCATGACTTGATTGAC  600

seq1  ATAGCATTGGGATGTAGGGTTCATTTCCATTCTCACCCTGAGGGAGAAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCATTGGGATGTAGGGTTCATTTCCATTCTCACCCTGAGGGAGAAAG  650

seq1  TATGGAAGATTCCCCCCTACCATAGCAATTTTTTTGTTGTTGTTTGTTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGAAGATTCCCCCCTACCATAGCAATTTTTTTGTTGTTGTTTGTTAT  700

seq1  TTTTGAATGCCTCGTGGTTTTTCACCCTCTTAGGTAATTACATTTCTTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAATGCCTCGTGGTTTTTCACCCTCTTAGGTAATTACATTTCTTAA  750

seq1  GACATCCTGTCTTTTGGCATCTATCAAAACAAAGAAGAAAGATGAAAGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATCCTGTCTTTTGGCATCTATCAAAACAAAGAAGAAAGATGAAAGAG  800

seq1  TTGCTGATAAAAAAAAATCCCCTCATCACGGCTGACTCCATGGGGGCAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGATAAAAAAAAATCCCCTCATCACGGCTGACTCCATGGGGGCAGA  850

seq1  GGACCTCTCCCACTATCGAAGGTCCAAACAGACAGAAGGACTCAGGAATG  900
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
seq2  GGACCTCTCCCACTATCGAAGGTCC-AACAGACAGAAGGACTCA-GAATG  898

seq1  TTCTAGATGTGACCGAAAACCAGTGCAGCAATTTCTAAGGCAAAGCCGAG  950
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTCTAGATGTGACCG-AAACCAGTGCAGCAATTTCTAA-GCAAAGCCGAG  946

seq1  ATTTCAAAGCAGCAACCTCAGTGGCTACATCCTAACAAAGATTGGGAACA  1000
      ||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| ||||||||
seq2  ATTTC-AAGCAGCAACCTCAGT-GCTACAT-CTAAC-AAGA-TGGGAACA  991

seq1  C-AGACACCACTGGTCCAATGAGAATTCTGTATAAAG  1036
      | |||||||||| |||  |||||||||||||||||||
seq2  CAAGACACCACT-GTC--ATGAGAATTCTGTATAAAG  1025


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |