BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-274L03
Chromosome7 (Build37)
Map Location 144,034,499 - 144,185,444
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMgmt
Upstream geneLOC668764, LOC546009, EG621677, EG668771
Downstream geneEG621804, Ebf3, 9430038I01Rik, Txnl2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-274L03.bB6Ng01-274L03.g
ACCGA075932GA075933
length1,127770
definitionB6Ng01-274L03.b B6Ng01-274L03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(144,034,499 - 144,035,605)(144,184,677 - 144,185,444)
sequence
gaattccactccactgctccttagtcaccaggccagccgccttgtcaaat
gtgtggctgagtttcatctctgccctgatgacaatgaaggccatggcatc
tattaatcttcactacagtccctaggaactagttaagcatgaagggtgac
agccccgagccctaggggccttgacaactgcaggtcctcggggcattacg
aatcagggatctcgggagtgagaaataagttcagctgcttttctgcctcc
tggtcactggaggcccagcagcctgtctcctcggctgtaaggactgggcc
ttaactgtcaagtgctagtcaagtaggtttgtcaacaaccccgagcagga
caggaggcagaatgggctcagcagatgaaatactacactgtcacctatgt
cctagcccagctggtcctgctacagcccaagtggcccaatggcttatgta
tgggcaagtctagggtccatctgttgaatgaaggcctgattatttccatt
ccaagtccatgcacagtgacacagcctgtctctctctacatctatatcaa
caggccactctggcaagacacacacacacacacacacacacacacacaca
cagcaccagggtctcatgcccatcttccaagttaggacagcagccacccc
tgctcagatgctgatattcccactgaacccatgtttttttgttttgcttt
gctttgtttttcttcaagcaatacagagcaatgctccttacctttaaaaa
ggaaatttacgagtccagcctagggatttatctcccacctccttaggtcc
ccacccctccttaagtgataagaagcaaactggaacaagactctgggggt
gtcatgctgtcaaaaaaattctttaatgaaaattaaagccctcacacact
cattgggtgctatttcgggctgcagctgagtgactaccttccatgcgtct
gctgggcctagcggcctcccgtctgaaacttgctgcatgtcagctcctgg
ccccaagggaatacggccggaattattttataccttgaaggtggtcttat
tgcagggcaaatagcattcccatgaaccacgaacttctgtctgttgtgtg
cttggagaacttgcccattcagagcag

gaattcaaaacagtgcaagagaaacagctgcatgcctctaagcacgcctt
accaatctgatttaaaagaagtcctaatttttcaagaaacgcttgcttgg
gttattaatactttcagaacatggactgcctcctggttcagaactgagaa
tgtctattaagtactgacagctcacctttaaaaagcagaatggggccaac
ctttctgtcatttcctggagcttgagagtaccaaaacgtgatataacagg
attgggtgttgttgttgttgttgttattgttgtcgttgtttaaataatca
aggattcaaagcagttcagccctcaaggcctaaagagagcaggtggcaga
catctcctttagatctgtcagcaacccagggcctccacatttgagatctt
tggtagataccagtccagttgctaaaggtgggaagggaaatgttgaacaa
aaaaagaagagacatggaggacatatcccaaacagctgctcaaaacttct
ctacagtatggcactccttaaaggtcacagtgagaccagaagggcagttg
tcacactgtggtccatgctcaggaacaccagctcccttcccatccccggg
taatatttgtaaaagtgccaagcatcgctatagagcatgtattagtaatt
cacaagagcagactggcatgtaggtcacacagccacagggagcagcagag
tgaagatcctctgatctagaaagacacatgtgcatgagtaccaacaacat
tctgtccagacccatggatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_144034499_144035605
seq2: B6Ng01-274L03.b_48_1174

seq1  GAATTCCACTCCACTGCTCCTTAGTCACCAGGCCAGCCGCCTTGTCAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACTCCACTGCTCCTTAGTCACCAGGCCAGCCGCCTTGTCAAAT  50

seq1  GTGTGGCTGAGTTTCATCTCTGCCCTGATGACAATGAAGGCCATGGCATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGCTGAGTTTCATCTCTGCCCTGATGACAATGAAGGCCATGGCATC  100

seq1  TATTAATCTTCACTACAGTCCCTAGGAACTAGTTAAGCATGAAGGGTGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAATCTTCACTACAGTCCCTAGGAACTAGTTAAGCATGAAGGGTGAC  150

seq1  AGCCCCGAGCCCTAGGGGCCTTGACAACTGCAGGTCCTCGGGGCATTACG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCGAGCCCTAGGGGCCTTGACAACTGCAGGTCCTCGGGGCATTACG  200

seq1  AATCAGGGATCTCGGGAGTGAGAAATAAGTTCAGCTGCTTTTCTGCCTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGGGATCTCGGGAGTGAGAAATAAGTTCAGCTGCTTTTCTGCCTCC  250

seq1  TGGTCACTGGAGGCCCAGCAGCCTGTCTCCTCGGCTGTAAGGACTGGGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCACTGGAGGCCCAGCAGCCTGTCTCCTCGGCTGTAAGGACTGGGCC  300

seq1  TTAACTGTCAAGTGCTAGTCAAGTAGGTTTGTCAACAACCCCGAGCAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTGTCAAGTGCTAGTCAAGTAGGTTTGTCAACAACCCCGAGCAGGA  350

seq1  CAGGAGGCAGAATGGGCTCAGCAGATGAAATACTACACTGTCACCTATGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGGCAGAATGGGCTCAGCAGATGAAATACTACACTGTCACCTATGT  400

seq1  CCTAGCCCAGCTGGTCCTGCTACAGCCCAAGTGGCCCAATGGCTTATGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCCCAGCTGGTCCTGCTACAGCCCAAGTGGCCCAATGGCTTATGTA  450

seq1  TGGGCAAGTCTAGGGTCCATCTGTTGAATGAAGGCCTGATTATTTCCATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAAGTCTAGGGTCCATCTGTTGAATGAAGGCCTGATTATTTCCATT  500

seq1  CCAAGTCCATGCACAGTGACACAGCCTGTCTCTCTCTACATCTATATCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTCCATGCACAGTGACACAGCCTGTCTCTCTCTACATCTATATCAA  550

seq1  CAGGCCACTCTGGCAAGACACACACACACACACACACACACACACACACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCCACTCTGGCAAGACACACACACACACACACACACACACACACACA  600

seq1  CAGCACCAGGGTCTCATGCCCATCTTCCAAGTTAGGACAGCAGCCACCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACCAGGGTCTCATGCCCATCTTCCAAGTTAGGACAGCAGCCACCCC  650

seq1  TGCTCAGATGCTGATATTCCCACTGAACCCATGTTTTTTTGTTTTGCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCAGATGCTGATATTCCCACTGAACCCATGTTTTTTTGTTTTGCTTT  700

seq1  GCTTTGTTTTTCTTCAAGCAATACAGAGCAATGCTCCTTACCTTTAAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGTTTTTCTTCAAGCAATACAGAGCAATGCTCCTTACCTTTAAAAA  750

seq1  GGAAATTTACGAGTCCAGCCTAGGGATTTATCTCCCACCTCCTTA-GTCC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GGAAATTTACGAGTCCAGCCTAGGGATTTATCTCCCACCTCCTTAGGTCC  800

seq1  CCACCCCTCCTTAAGTGATAAGAAGC-AACTGGAACAAGACTCT-GGGGT  847
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
seq2  CCACCCCTCCTTAAGTGATAAGAAGCAAACTGGAACAAGACTCTGGGGGT  850

seq1  GTCATGCTGTCAAAAAAATTC-TTAATG-AAATTAAAGCCCTCACACACT  895
      ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGCTGTCAAAAAAATTCTTTAATGAAAATTAAAGCCCTCACACACT  900

seq1  CATT-GGTGCTATTTCGGGCTGCAGCTGAGTGACTACC-TCCATGCGTCT  943
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CATTGGGTGCTATTTCGGGCTGCAGCTGAGTGACTACCTTCCATGCGTCT  950

seq1  GCT-GGCCTAGCGG-CTCCCGTCTGAAAACTTGCTGCATGTCAGCTCCTG  991
      ||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGCCTAGCGGCCTCCCGTCTG-AAACTTGCTGCATGTCAGCTCCTG  999

seq1  GCCCC-AGGGAATAGGGGCGGAA-TATTTTATACC-TGAA-GTGGCCTTA  1037
      ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| |||| |||| ||||
seq2  GCCCCAAGGGAATACGGCCGGAATTATTTTATACCTTGAAGGTGGTCTTA  1049

seq1  TTTCCAGGC-AATAGCA-TCCCATGAAACACGA--CTCTG-CTG-TGTGT  1081
      || |  ||| ||||||| ||||||||| |||||   |||| ||| |||||
seq2  TTGCAGGGCAAATAGCATTCCCATGAACCACGAACTTCTGTCTGTTGTGT  1099

seq1  GCTTGGAG-ACATG-CCACTCAGAGCAG  1107
      |||||||| || || ||| |||||||||
seq2  GCTTGGAGAACTTGCCCATTCAGAGCAG  1127


seq1: chr7_144184677_144185444
seq2: B6Ng01-274L03.g_67_836 (reverse)

seq1  AATCCATGGGTCTGGACAG-ATGTTGTTGGTACTCATGCACATGTGTC-T  48
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AATCCATGGGTCTGGACAGAATGTTGTTGGTACTCATGCACATGTGTCTT  50

seq1  TCTAGATCAGAGGATCTTCACTCTGCTGCTCCCTGTGGCTGTGTGACCTA  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGATCAGAGGATCTTCACTCTGCTGCTCCCTGTGGCTGTGTGACCTA  100

seq1  CATGCCAGTCTGCTCTTGTGAATTACTAATACATGCTCTATAGCGATGCT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCAGTCTGCTCTTGTGAATTACTAATACATGCTCTATAGCGATGCT  150

seq1  TGGCACTTTTACAAATATTACCCGGGGATGGGAAGGGAGCTGGTGTTCCT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACTTTTACAAATATTACCCGGGGATGGGAAGGGAGCTGGTGTTCCT  200

seq1  GAGCATGGACCACAGTGTGACAACTGCCCTTCTGGTCTCACTGTGACCTT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATGGACCACAGTGTGACAACTGCCCTTCTGGTCTCACTGTGACCTT  250

seq1  TAAGGAGTGCCATACTGTAGAGAAGTTTTGAGCAGCTGTTTGGGATATGT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGAGTGCCATACTGTAGAGAAGTTTTGAGCAGCTGTTTGGGATATGT  300

seq1  CCTCCATGTCTCTTCTTTTTTTGTTCAACATTTCCCTTCCCACCTTTAGC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCATGTCTCTTCTTTTTTTGTTCAACATTTCCCTTCCCACCTTTAGC  350

seq1  AACTGGACTGGTATCTACCAAAGATCTCAAATGTGGAGGCCCTGGGTTGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGACTGGTATCTACCAAAGATCTCAAATGTGGAGGCCCTGGGTTGC  400

seq1  TGACAGATCTAAAGGAGATGTCTGCCACCTGCTCTCTTTAGGCCTTGAGG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGATCTAAAGGAGATGTCTGCCACCTGCTCTCTTTAGGCCTTGAGG  450

seq1  GCTGAACTGCTTTGAATCCTTGATTATTTAAACAACGACAACAATAACAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAACTGCTTTGAATCCTTGATTATTTAAACAACGACAACAATAACAA  500

seq1  CAACAACAACAACACCCAATCCTGTTATATCACGTTTTGGTACTCTCAAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAACAACAACACCCAATCCTGTTATATCACGTTTTGGTACTCTCAAG  550

seq1  CTCCAGGAAATGACAGAAAGGTTGGCCCCATTCTGCTTTTTAAAGGTGAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGGAAATGACAGAAAGGTTGGCCCCATTCTGCTTTTTAAAGGTGAG  600

seq1  CTGTCAGTACTTAATAGACATTCTCAGTTCTGAACCAGGAGGCAGTCCAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCAGTACTTAATAGACATTCTCAGTTCTGAACCAGGAGGCAGTCCAT  650

seq1  GTTCTGAAAGTATTAATAACCCAAGCAAGCGTTTCTTGAAAAATTAGGAC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGAAAGTATTAATAACCCAAGCAAGCGTTTCTTGAAAAATTAGGAC  700

seq1  TTCTTTTAAATCAGATTGGTAAGGCGTGCTTAGAGGCATGCAGCTGTTTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTAAATCAGATTGGTAAGGCGTGCTTAGAGGCATGCAGCTGTTTC  750

seq1  TCTTGCACTGTTTTGAATTC  768
      ||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCACTGTTTTGAATTC  770


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |