BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-279H24
Chromosome7 (Build37)
Map Location 5,849,464 - 5,979,886
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041666, V1rd6, EG384525, EG269859
Upstream geneLOC384524, Zfp628, Nat14, A430110N23Rik, LOC665049, Gm1079, Gm1078, Zfp579, Fiz1, Zfp524, 6430526N21Rik, 4632433K11Rik, Zfp784, Zfp580, Ccdc106, U2af2, Epn1, Rfpl4, Rasl2-9, EG665126, V1rd5, V1rd3, EG665150, Nlrp2, EG272350, V1rd4, EG665163, V1rd10, EG630071, EG665255, EG636697, EG636705, LOC636731, LOC673215, V1rd2, LOC100041627, LOC100041637, V1rd1, LOC100041647, V1rd11
Downstream geneNlrp4c, Zfp787, Zfp444, Galp, Zfp371, EG627821, Zfp667, Zfp583, LOC100042467, LOC100042459, Zfp78, Zfp28, LOC100042450, Olfr1344, GA_x5J8B7W3DQU-679632-679375, Olfr1336, Olfr1346, Olfr5, Olfr1347, Olfr1348, Olfr1349, LOC665328, Olfr1350, Zim2, Zim1, Peg3, Usp29, LOC627961, Aurkc
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-279H24.bB6Ng01-279H24.g
ACCGA079465GA079466
length9191,110
definitionB6Ng01-279H24.b B6Ng01-279H24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,849,464 - 5,850,166)(5,978,856 - 5,979,886)
sequence
gaattcactattcatctggacctggcttcagcaacccaggtcaccctcca
tgactgacctgacatgaagggcaccatgagctgtctttagtttctcagat
gtctccttccactgtgccaagagctcatgggctctgtcgaccaccaactc
ttgctatcctttggtgacagttgagcctcctgtctgtagacaatggctag
gcccacatgtcctaaatgtattacataatttccagtgccacatttaggag
ttaatccacaaggtcttatgcctaatcatatttggcaaatggatataact
cattatgcagaatttggaaaattaaaatatatacatgtttgtattggcac
ttgttcaggatttctttttgcttctctgcctgctggagaagcctccaaaa
atgtaattgatcattgcctacaagcctttaatgccatgggattgcctaaa
cttattaagacagataacaggccatcctattctagcaaaaaatttacttc
attttataaagaattcagcatcaaacataaaactggaattccttatgaaa
gacccacaatgtgaggactcccccacgttctgactcaggagaggcgacac
cccaaaatcacccacaagaaacggtcttgctgcaaactgcaagaggattt
ttattcaagagcgctctcgggcccaaggtcatacaccacgcaggggtaga
ggaccgtggcgccccaagtagctgagtaagggggtatttaaaggaagaaa
ccacaactcaaggaagtggggagggtgttgttggaaaaaaaataccaaag
ataacagttaagagtcacaagaaagtgcaaagtcacaagtgtcacaagga
aatacctggtaacccaggaagctggtgggtgaaggaatgtcactatctgt
tttatgaccagcacacctc
gaattcttcatgcaaatgaaaacttcatgtacctcagcctctgccaatga
tgtgcactcacctctaaaccctcccgacaccttaaggtttatatatcctt
tgtttacacctaataagaagagctatttcactgaaaactgtctccagaga
cagccttttctactgtgctcacactggctgagattctgctaactcaccta
cccagctgagcttcattccttccagtaaagcaagtgccaggacacccaaa
gtgcagaagcaggcctgggccagcagttgtcacacaattaggattcagca
ggacagcaacctctggcatcatcctaaagaccccaagcctccataatctg
agggctagcagtctatattttcttttgtttttgatttaaacaatcagatt
tggttaagatgtattgaaaggacatcttaaattatctgtccatggcacgc
tccggtgttagaaagtccccaaacttctgcctgaaccccaccagcctacc
taggcattggcagaatcctcctatctttttctatgcaaatgaaacaaatc
aaatcaaaacaaaagaaaacaaacccaccaccaccaacaattacacaaca
gctaataaatactaatatgttgagcataagccattggggttctgttcagg
aacttttcccctgtgcccatgtgttccaggctttccccctttttctcttt
tattagattcagtgtatctggttttatgtggaggtccttgatccacctgg
gcttgagctttgtacaaggagataagaatggattcttctacatgctaact
gccagttgaatcagcaccatttgttgaaaatgctgtcttttctgccccac
ctggggatccatcccataaataaccaccaaaacaagacactattatggat
gccaacaagagcttgctgaaaggagcctgatatagctgtctgctgagagg
ctctgcatatgcttgacaaataaagaagtggattctcacagccatccatt
gatggagcacagggtccccaatgaggagctagagaaagtacccagggagc
tgaggagttgagctccataggaggaacaacagtatgactacagtaccttc
agaagctccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_5849464_5850166
seq2: B6Ng01-279H24.b_43_745

seq1  GAATTCACTATTCATCTGGACCTGGCTTCAGCAACCCAGGTCACCCTCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTATTCATCTGGACCTGGCTTCAGCAACCCAGGTCACCCTCCA  50

seq1  TGACTGACCTGACATGAAGGGCACCATGAGCTGTCTTTAGTTTCTCAGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGACCTGACATGAAGGGCACCATGAGCTGTCTTTAGTTTCTCAGAT  100

seq1  GTCTCCTTCCACTGTGCCAAGAGCTCATGGGCTCTGTCGACCACCAACTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCTTCCACTGTGCCAAGAGCTCATGGGCTCTGTCGACCACCAACTC  150

seq1  TTGCTATCCTTTGGTGACAGTTGAGCCTCCTGTCTGTAGACAATGGCTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTATCCTTTGGTGACAGTTGAGCCTCCTGTCTGTAGACAATGGCTAG  200

seq1  GCCCACATGTCCTAAATGTATTACATAATTTCCAGTGCCACATTTAGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACATGTCCTAAATGTATTACATAATTTCCAGTGCCACATTTAGGAG  250

seq1  TTAATCCACAAGGTCTTATGCCTAATCATATTTGGCAAATGGATATAACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCCACAAGGTCTTATGCCTAATCATATTTGGCAAATGGATATAACT  300

seq1  CATTATGCAGAATTTGGAAAATTAAAATATATACATGTTTGTATTGGCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATGCAGAATTTGGAAAATTAAAATATATACATGTTTGTATTGGCAC  350

seq1  TTGTTCAGGATTTCTTTTTGCTTCTCTGCCTGCTGGAGAAGCCTCCAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCAGGATTTCTTTTTGCTTCTCTGCCTGCTGGAGAAGCCTCCAAAA  400

seq1  ATGTAATTGATCATTGCCTACAAGCCTTTAATGCCATGGGATTGCCTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAATTGATCATTGCCTACAAGCCTTTAATGCCATGGGATTGCCTAAA  450

seq1  CTTATTAAGACAGATAACAGGCCATCCTATTCTAGCAAAAAATTTACTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTAAGACAGATAACAGGCCATCCTATTCTAGCAAAAAATTTACTTC  500

seq1  ATTTTATAAAGAATTCAGCATCAAACATAAAACTGGAATTCCTTATGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATAAAGAATTCAGCATCAAACATAAAACTGGAATTCCTTATGAAA  550

seq1  GACCCACAATGTGAGGACTCCCCCACGTTCTGACTCAGGAGAGGCGACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCACAATGTGAGGACTCCCCCACGTTCTGACTCAGGAGAGGCGACAC  600

seq1  CCCAAAATCACCCACAAGAAACGGTCTTGCTGCAAACTGCAAGAGGATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAATCACCCACAAGAAACGGTCTTGCTGCAAACTGCAAGAGGATTT  650

seq1  TTATTCAAGAGCGCTCTCGGGCCCAAGGTCATACACCACGCAGGGGTAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCAAGAGCGCTCTCGGGCCCAAGGTCATACACCACGCAGGGGTAGA  700

seq1  GGA  703
      |||
seq2  GGA  703

seq1: chr7_5978856_5979886
seq2: B6Ng01-279H24.g_151_1174 (reverse)

seq1  GGGAGC-TCTGAGGGTACTGGTTAGTTCATACTGTTGTTCCTCCTATGGA  49
      |||||| ||||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCTTCTGAAGGTACTG--TAG-TCATACTGTTGTTCCTCCTATGGA  47

seq1  GCTTCAAACTCCTTCAGCTCCCTGGGTACTTTCTCTAGCTCCTTCATTGG  99
      |||   |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GCT--CAACTCC-TCAGCTCCCTGGGTACTTTCTCTAGCTCC-TCATTGG  93

seq1  GGACCCTGTGCTCCATCCAATGGATGGCTGTGAGAATCCACTTCTTTATT  149
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCCTGTGCTCCAT-CAATGGATGGCTGTGAGAATCCACTTCTTTATT  142

seq1  TGTCAAGCATATGCAGAGCCTCTCAGCAGACAGCTATATCAGGCTCCTTT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAGCATATGCAGAGCCTCTCAGCAGACAGCTATATCAGGCTCCTTT  192

seq1  CAGCAAGCTCTTGTTGGCATCCATAATAGTGTCTTGTTTTGGTGGTTATT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAGCTCTTGTTGGCATCCATAATAGTGTCTTGTTTTGGTGGTTATT  242

seq1  TATGGGATGGATCCCCAGGTGGGGCAGAAAAGACAGCATTTTCAACAAAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGATGGATCCCCAGGTGGGGCAGAAAAGACAGCATTTTCAACAAAT  292

seq1  GGTGCTGATTCAACTGGCAGTTAGCATGTAGAAGAATCCATTCTTATCTC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTGATTCAACTGGCAGTTAGCATGTAGAAGAATCCATTCTTATCTC  342

seq1  CTTGTACAAAGCTCAAGCCCAGGTGGATCAAGGACCTCCACATAAAACCA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTACAAAGCTCAAGCCCAGGTGGATCAAGGACCTCCACATAAAACCA  392

seq1  GATACACTGAATCTAATAAAAGAGAAAAAGGGGGAAAGCCTGGAACACAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACACTGAATCTAATAAAAGAGAAAAAGGGGGAAAGCCTGGAACACAT  442

seq1  GGGCACAGGGGAAAAGTTCCTGAACAGAACCCCAATGGCTTATGCTCAAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACAGGGGAAAAGTTCCTGAACAGAACCCCAATGGCTTATGCTCAAC  492

seq1  ATATTAGTATTTATTAGCTGTTGTGTAATTGTTGGTGGTGGTGGGTTTGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAGTATTTATTAGCTGTTGTGTAATTGTTGGTGGTGGTGGGTTTGT  542

seq1  TTTCTTTTGTTTTGATTTGATTTGTTTCATTTGCATAGAAAAAGATAGGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTTGTTTTGATTTGATTTGTTTCATTTGCATAGAAAAAGATAGGA  592

seq1  GGATTCTGCCAATGCCTAGGTAGGCTGGTGGGGTTCAGGCAGAAGTTTGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTCTGCCAATGCCTAGGTAGGCTGGTGGGGTTCAGGCAGAAGTTTGG  642

seq1  GGACTTTCTAACACCGGAGCGTGCCATGGACAGATAATTTAAGATGTCCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTTCTAACACCGGAGCGTGCCATGGACAGATAATTTAAGATGTCCT  692

seq1  TTCAATACATCTTAACCAAATCTGATTGTTTAAATCAAAAACAAAAGAAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATACATCTTAACCAAATCTGATTGTTTAAATCAAAAACAAAAGAAA  742

seq1  ATATAGACTGCTAGCCCTCAGATTATGGAGGCTTGGGGTCTTTAGGATGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGACTGCTAGCCCTCAGATTATGGAGGCTTGGGGTCTTTAGGATGA  792

seq1  TGCCAGAGGTTGCTGTCCTGCTGAATCCTAATTGTGTGACAACTGCTGGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGAGGTTGCTGTCCTGCTGAATCCTAATTGTGTGACAACTGCTGGC  842

seq1  CCAGGCCTGCTTCTGCACTTTGGGTGTCCTGGCACTTGCTTTACTGGAAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCCTGCTTCTGCACTTTGGGTGTCCTGGCACTTGCTTTACTGGAAG  892

seq1  GAATGAAGCTCAGCTGGGTAGGTGAGTTAGCAGAATCTCAGCCAGTGTGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAAGCTCAGCTGGGTAGGTGAGTTAGCAGAATCTCAGCCAGTGTGA  942

seq1  GCACAGTAGAAAAGGCTGTCTCTGGAGACAGTTTTCAGTGAAATAGCTCT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGTAGAAAAGGCTGTCTCTGGAGACAGTTTTCAGTGAAATAGCTCT  992

seq1  TCTTATTAGGTGTAAACAAAGGATATATAAAC  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATTAGGTGTAAACAAAGGATATATAAAC  1024