BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-280D22
Chromosome7 (Build37)
Map Location 80,418,864 - 80,569,501
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930429H19Rik, LOC665588, Rgma
Upstream geneMctp2, LOC100042880, LOC233391, LOC665570, LOC100042029, EG384643, LOC625243
Downstream geneChd2, 1810026B05Rik, EG665610, LOC244061, A830073O21Rik, St8sia2, LOC100042127, LOC100042140, LOC546979, Slco3a1, EG665308
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-280D22.bB6Ng01-280D22.g
ACCGA080019GA080020
length8151,156
definitionB6Ng01-280D22.b B6Ng01-280D22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,568,689 - 80,569,501)(80,418,864 - 80,420,030)
sequence
gaattcatgggagtcagagtgtgtcctccccacccccaccccattttatc
tctgctgtgaagcagcttcagttgcaaattggtgtgttgtatgagtgcat
acagggcagagagaaggccaccaggcaggagacaatgtcccattcttagt
tggggatggaaccagaggacagctggggaggtcggggtgaccaggacaaa
gcttgtccttctcagaggtcaggcctttcccagcaccaagctccagtggc
ttgagcaagaggcttctgtaaagccaccgcttgctctggagcccagcagg
gacagagccatcgaagagcttcagtgtcagaaggacacaattacaactag
atcctggggacaggctgctcattggagggagttctcaacagaagcatggg
gcctgccttcttggaatttattttaagtggggtgggtactctagacaagc
aaactgcaagcagacaaaatgccacctaagggagaaaagaagcaagatta
caagatgtgtgttctgttagccccaccaagggccaacagaggtagccgtg
atggaggccctgcaggatacataatatgtgcttggctggtcacattgtta
gagaggatggtcgggccactagacgcactgaagatggagaccactcctgc
aacctgtccatgtttgctttctatttcagagataaacacaatgacttgta
actttaattttttcaaatcctgtttttaatgatggttcttaaacgcttta
acctttcttgtagcccccccccccttcagagttagtaaaaaggatatggg
gggtggggggtagag

gaattcacacacaatttaacgaaccctgaaaaaacaaaagatgatgcagg
gagctggaaaggactccaggaagttggtgccatgtcccacatggaaaatt
ttagagcaagcaaggttgggggtggagttccaggaagctagtcagatgat
gtgccctgaagtgggagataggagccaaggtaattccaagagccattggt
atggtaggtctagtcaaccaggctctactagcagacatgattgattaaca
gaggtgaagcaggaagggacaaaacataagaggggacttccacaaaatca
tgggttccatgtcaatggtgtggactaccagaagaattctatgagaatgt
tcagtagggactaggtcttatcttccactatttgtggacagaaggctaac
tcaaagtctgctgaaagtttactctcttaatgtgaccagaatgttcccag
ggactggctgcctcatccacgtagtgtttgggaagaactgttgtttgctg
tggaaagcactgctgtggagagcattgtgcctgagtcctcctagcctgtg
tgcctaaccatttctttttaattttttttcacataaatggatgttttgcc
tgcatgtcttagctgtgtgcctcaagcatacctgatattcttggaggaca
gaggagggcatccaatcccacgggggctggagttacagatagttgtgagc
cataatgttggtgctggaatggaacccaggtcctctgggagagaagccag
tagtcttaccagctgagccatctctctggccccgtggattccactttcaa
cagtgactggttttggtcctcccaggagggagttctgatcccacaggccc
tggtgaaagatgactagatgacttcgctggactattcttcctttactcaa
catcctgaattttctcttaaaccccaactcagatttgatcccagacatat
ttgccacactttaaaatcacatgtgagatattaacgaatttatctgtatc
tgtcttattctttcatgcttacgcattcgcacactgtgacaacagctact
tgaaattccagaaggctttttttggacattttatctttttgttcttcaca
catacgagacagctgctaaattaaacagcttttctctaggagcttcaatc
tgattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_80568689_80569501
seq2: B6Ng01-280D22.b_47_861 (reverse)

seq1  CTCTACCCCC--ACCCCCATATCCTTTTTACTAACTCTGAAGGGGGGGGG  48
      ||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACCCCCCACCCCCCATATCCTTTTTACTAACTCTGAAGGGGGGGGG  50

seq1  GGCTACAAGAAAGGTTAAAGCGTTTAAGAACCATCATTAAAAACAGGATT  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTACAAGAAAGGTTAAAGCGTTTAAGAACCATCATTAAAAACAGGATT  100

seq1  TGAAAAAATTAAAGTTACAAGTCATTGTGTTTATCTCTGAAATAGAAAGC  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAAATTAAAGTTACAAGTCATTGTGTTTATCTCTGAAATAGAAAGC  150

seq1  AAACATGGACAGGTTGCAGGAGTGGTCTCCATCTTCAGTGCGTCTAGTGG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATGGACAGGTTGCAGGAGTGGTCTCCATCTTCAGTGCGTCTAGTGG  200

seq1  CCCGACCATCCTCTCTAACAATGTGACCAGCCAAGCACATATTATGTATC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGACCATCCTCTCTAACAATGTGACCAGCCAAGCACATATTATGTATC  250

seq1  CTGCAGGGCCTCCATCACGGCTACCTCTGTTGGCCCTTGGTGGGGCTAAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGGGCCTCCATCACGGCTACCTCTGTTGGCCCTTGGTGGGGCTAAC  300

seq1  AGAACACACATCTTGTAATCTTGCTTCTTTTCTCCCTTAGGTGGCATTTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACACACATCTTGTAATCTTGCTTCTTTTCTCCCTTAGGTGGCATTTT  350

seq1  GTCTGCTTGCAGTTTGCTTGTCTAGAGTACCCACCCCACTTAAAATAAAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCTTGCAGTTTGCTTGTCTAGAGTACCCACCCCACTTAAAATAAAT  400

seq1  TCCAAGAAGGCAGGCCCCATGCTTCTGTTGAGAACTCCCTCCAATGAGCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGAAGGCAGGCCCCATGCTTCTGTTGAGAACTCCCTCCAATGAGCA  450

seq1  GCCTGTCCCCAGGATCTAGTTGTAATTGTGTCCTTCTGACACTGAAGCTC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTCCCCAGGATCTAGTTGTAATTGTGTCCTTCTGACACTGAAGCTC  500

seq1  TTCGATGGCTCTGTCCCTGCTGGGCTCCAGAGCAAGCGGTGGCTTTACAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGATGGCTCTGTCCCTGCTGGGCTCCAGAGCAAGCGGTGGCTTTACAG  550

seq1  AAGCCTCTTGCTCAAGCCACTGGAGCTTGGTGCTGGGAAAGGCCTGACCT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTCTTGCTCAAGCCACTGGAGCTTGGTGCTGGGAAAGGCCTGACCT  600

seq1  CTGAGAAGGACAAGCTTTGTCCTGGTCACCCCGACCTCCCCAGCTGTCCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAAGGACAAGCTTTGTCCTGGTCACCCCGACCTCCCCAGCTGTCCT  650

seq1  CTGGTTCCATCCCCAACTAAGAATGGGACATTGTCTCCTGCCTGGTGGCC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTCCATCCCCAACTAAGAATGGGACATTGTCTCCTGCCTGGTGGCC  700

seq1  TTCTCTCTGCCCTGTATGCACTCATACAACACACCAATTTGCAACTGAAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTCTGCCCTGTATGCACTCATACAACACACCAATTTGCAACTGAAG  750

seq1  CTGCTTCACAGCAGAGATAAAATGGGGTGGGGGTGGGGAGGACACACTCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCACAGCAGAGATAAAATGGGGTGGGGGTGGGGAGGACACACTCT  800

seq1  GACTCCCATGAATTC  813
      |||||||||||||||
seq2  GACTCCCATGAATTC  815


seq1: chr7_80418864_80420030
seq2: B6Ng01-280D22.g_65_1220

seq1  GAATTCACACACAATTTAACGAACCCTGAAAAAACAAAAGATGATGCAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACACACAATTTAACGAACCCTGAAAAAACAAAAGATGATGCAGG  50

seq1  GAGCTGGAAAGGACTCCAGGAAGTTGGTGCCATGTCCCACATGGAAAATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGGAAAGGACTCCAGGAAGTTGGTGCCATGTCCCACATGGAAAATT  100

seq1  TTAGAGCAAGCAAGGTTGGGGGTGGAGTTCCAGGAAGCTAGTCAGATGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGCAAGCAAGGTTGGGGGTGGAGTTCCAGGAAGCTAGTCAGATGAT  150

seq1  GTGCCCTGAAGTGGGAGATAGGAGCCAAGGTAATTCCAAGAGCCATTGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCTGAAGTGGGAGATAGGAGCCAAGGTAATTCCAAGAGCCATTGGT  200

seq1  ATGGTAGGTCTAGTCAACCAGGCTCTACTAGCAGACATGATTGATTAACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTAGGTCTAGTCAACCAGGCTCTACTAGCAGACATGATTGATTAACA  250

seq1  GAGGTGAAGCAGGAAGGGACAAAACATAAGAGGGGACTTCCACAAAATCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGAAGCAGGAAGGGACAAAACATAAGAGGGGACTTCCACAAAATCA  300

seq1  TGGGTTCCATGTCAATGGTGTGGACTACCAGAAGAATTCTATGAGAATGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTCCATGTCAATGGTGTGGACTACCAGAAGAATTCTATGAGAATGT  350

seq1  TCAGTAGGGACTAGGTCTTATCTTCCACTATTTGTGGACAGAAGGCTAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTAGGGACTAGGTCTTATCTTCCACTATTTGTGGACAGAAGGCTAAC  400

seq1  TCAAAGTCTGCTGAAAGTTTACTCTCTTAATGTGACCAGAATGTTCCCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGTCTGCTGAAAGTTTACTCTCTTAATGTGACCAGAATGTTCCCAG  450

seq1  GGACTGGCTGCCTCATCCACGTAGTGTTTGGGAAGAACTGTTGTTTGCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGGCTGCCTCATCCACGTAGTGTTTGGGAAGAACTGTTGTTTGCTG  500

seq1  TGGAAAGCACTGCTGTGGAGAGCATTGTGCCTGAGTCCTCCTAGCCTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAGCACTGCTGTGGAGAGCATTGTGCCTGAGTCCTCCTAGCCTGTG  550

seq1  TGCCTAACCATTTCTTTTTAATTTTTTTTCACATAAATGGATGTTTTGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTAACCATTTCTTTTTAATTTTTTTTCACATAAATGGATGTTTTGCC  600

seq1  TGCATGTCTTAGCTGTGTGCCTCAAGCATACCTGATATTCTTGGAGGACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGTCTTAGCTGTGTGCCTCAAGCATACCTGATATTCTTGGAGGACA  650

seq1  GAGGAGGGCATCCAATCCCACGGGGGCTGGAGTTACAGATAGTTGTGAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGGGCATCCAATCCCACGGGGGCTGGAGTTACAGATAGTTGTGAGC  700

seq1  CATAATGTTGGTGCTGGAATGGAACCCAGGTCCTCTGGGAGAGAAGCCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATGTTGGTGCTGGAATGGAACCCAGGTCCTCTGGGAGAGAAGCCAG  750

seq1  TAGTCTTACCAGCTGAGCCATCTCTCTGGCCCCGTGGATTCCAC-TTCAA  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TAGTCTTACCAGCTGAGCCATCTCTCTGGCCCCGTGGATTCCACTTTCAA  800

seq1  CAGTGACTGGTTTTGGTCCTCCCAGGAGGGAGTTCTGATCCCACAGGCCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGACTGGTTTTGGTCCTCCCAGGAGGGAGTTCTGATCCCACAGGCCC  850

seq1  TGGTGAAAGATGACTAGATGAACTTCGCTGGACTATTCTTCCTTTACTCA  899
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGAAAGATGACTAGATG-ACTTCGCTGGACTATTCTTCCTTTACTCA  899

seq1  ACATCCTGAATTTTCTCTTAAACCCCAACTCAGATTTGATCCCAGACATA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCCTGAATTTTCTCTTAAACCCCAACTCAGATTTGATCCCAGACATA  949

seq1  TTTGCCCAACACTTTAAAATCACATGTGAGATATTAACGAAATTTAATCT  999
      ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||
seq2  TTTGCC--ACACTTTAAAATCACATGTGAGATATTAACGAA--TTTATCT  995

seq1  GTATCTGTCTTATTCTTTCATGCTTAACGCATTCGCACACTGTGGACAAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||
seq2  GTATCTGTCTTATTCTTTCATGCTT-ACGCATTCGCACACTGT-GAC-AA  1042

seq1  CAGCTACTTGAAA-TCCAGAAAGCCTTTTTTGGACATTTTATC-TTTTGT  1097
      ||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||| ||||||
seq2  CAGCTACTTGAAATTCCAGAAGGCTTTTTTTGGACATTTTATCTTTTTGT  1092

seq1  --CTCACACATAGGAAGGAACAAGCTGCTAAATATAAACAAGCTTTTTCT  1145
         ||||||||| ||  ||   ||||||||||| ||||| ||| ||||||
seq2  TCTTCACACATACGA--GA--CAGCTGCTAAAT-TAAAC-AGC-TTTTCT  1135

seq1  CTAGGAGGTTTAAATCTGATTT  1167
      |||||| | || ||||||||||
seq2  CTAGGA-GCTTCAATCTGATTT  1156


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |