BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-280G15
Chromosome7 (Build37)
Map Location 151,532,203 - 151,678,192
singlet/doubletdoublet
Overlap geneShank2, Cttn, Ppfia1
Upstream geneKcnq1, Cdkn1c, Slc22a18, Phlda2, Nap1l4, Cars, Tnfrsf26, Tnfrsf22, Tnfrsf23, Osbpl5, Mrgprg, Mrgpre, Nadsyn1, Dhcr7, Gm498
Downstream geneFadd, Tmem16a, LOC669079, LOC677315, Fgf3, Fgf4, Fgf15, Oraov1, Ccnd1, 1810010D01Rik, LOC100040049, Tpcn2, Mrgprf, Mrgprd
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-280G15.bB6Ng01-280G15.g
ACCGA080146GA080147
length1,0711,109
definitionB6Ng01-280G15.b B6Ng01-280G15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(151,532,203 - 151,533,273)(151,677,085 - 151,678,192)
sequence
gaattcttcacagtttgtttttgtggctcttcagtatgaacttcataatg
taatgatgtggcttagagaacccaatcaaggattatacatccctgaatgg
aaaggacctagggacttataacttctttgagtcttggtggtgtgctcagg
atctggacccaacttgacccactcacagtcttcagaggactgtcccccac
aggcttccagagggatgagagccatgaagttgcttacctacagatagaca
catctgcctctggggtctgcaccattccacataagtcttccagatgacag
ctgcctaactgtagctcaggttctgacatcagcaccccttgctaggtgtc
ccagagtgggtactgagtcactcttccatcctccattgactggggattct
gagttccctcagaggatgtctgggctccacggttcctcgtgtggcacagt
ctccagatggagagaagaggctgtgccctcatgatacccagccaggtgtg
ctgcaggcttcaggtttaccacccacgctgatccacagaggttagagaag
aggcctcagaatggcagatgaggggcagtgctttcaagactccatggtat
ccaaagttgtcaagggaacagagtaacgatgtctgctgtccttcctacct
gctcgcatgagtgcttcatttgtcccatcatcctctgggccctcagtcct
cagaacacatatcaacccaattttccccaagtggataacaccactgacag
aaaaaaatgaggctgaagagagggacagagactgactggtatggagactt
ctttgaagctgcacagagctcttgactatcttctaagcagggcaactgag
tcactgacccctgttcggtagaccagtgggatacaaatgagaatgtggct
tcctagctccagccctgtgcttcctgctgacactgacattcatccagacg
cagaagccccacctgccacccctccctcatgagtgggactcccactaagt
gtcttgtcacagttcagtgccccagcccatctttctctgtccccagctgt
gtcactagtacttactagggc
gaattcactgtgtagaccaggctaggcttggactcacagagatctaccct
cctctgcctcctgaatgctaggattaaaggtgcaccccattacctgcaat
tttgggggaggggataccattctcgtaggtataaggacactcagcaccaa
atatccacctgccaacatgtttgtgttctttctggccagggtaaaagggt
gtgatgcctagtgctacatgaacttaggtttgaggactactgggtgtcac
tcaagctactggtcattctttgagaggaggtgggattctctgggataaag
ggctcagccagctcctcatgcaggcactctgtagtaaacacagctagtgt
gctatgaatggtgccagcagctggagcctggaagaaggtggtgagcacct
gttgtgttttagaaacctgtcaaagctatctactaactggttcttttgaa
tgtctccctcataggcacgagctgctggaggaggcccgcaggcaaggctt
gccttttgcacagtgggatgggcccacagtggtagtgtggttagaggtga
gtcctcttcacgtgctgcactataggaactcagcaaggcctctcacactt
gcctgatgttctggccctcttgttgtcatgtctagctctgggttgggatg
cctgcctggtatgtggctgcttgccgagcaaatgtcaagagtggtgccat
catgtcagccctgtcagacactgagatccagcgggagattggcatcagca
ccccctgcataggctgaagctgcggctggccatccaagagataatgtcac
tgactagcccttctgctccacccacatccaggacggtaagtctcccgtga
ggtgctcttatgctcagggaggaaggactgtctcctggaaaggcttctta
taggtcgttgtaacccccagaaggtctccatttaaaacatggctgcagaa
tgcccttagaacttgctttgtatgatttggatgacccaagactagcaagc
atttttgggctaggatacagattatgtacaggtacctgcttagcatgtga
acgtaccagtacccagcactgaacaatgtttctatgaagcctggctgaag
ttgagtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_151532203_151533273
seq2: B6Ng01-280G15.b_48_1118

seq1  GAATTCTTCACAGTTTGTTTTTGTGGCTCTTCAGTATGAACTTCATAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCACAGTTTGTTTTTGTGGCTCTTCAGTATGAACTTCATAATG  50

seq1  TAATGATGTGGCTTAGAGAACCCAATCAAGGATTATACATCCCTGAATGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGATGTGGCTTAGAGAACCCAATCAAGGATTATACATCCCTGAATGG  100

seq1  AAAGGACCTAGGGACTTATAACTTCTTTGAGTCTTGGTGGTGTGCTCAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGACCTAGGGACTTATAACTTCTTTGAGTCTTGGTGGTGTGCTCAGG  150

seq1  ATCTGGACCCAACTTGACCCACTCACAGTCTTCAGAGGACTGTCCCCCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGACCCAACTTGACCCACTCACAGTCTTCAGAGGACTGTCCCCCAC  200

seq1  AGGCTTCCAGAGGGATGAGAGCCATGAAGTTGCTTACCTACAGATAGACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTCCAGAGGGATGAGAGCCATGAAGTTGCTTACCTACAGATAGACA  250

seq1  CATCTGCCTCTGGGGTCTGCACCATTCCACATAAGTCTTCCAGATGACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGCCTCTGGGGTCTGCACCATTCCACATAAGTCTTCCAGATGACAG  300

seq1  CTGCCTAACTGTAGCTCAGGTTCTGACATCAGCACCCCTTGCTAGGTGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTAACTGTAGCTCAGGTTCTGACATCAGCACCCCTTGCTAGGTGTC  350

seq1  CCAGAGTGGGTACTGAGTCACTCTTCCATCCTCCATTGACTGGGGATTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGTGGGTACTGAGTCACTCTTCCATCCTCCATTGACTGGGGATTCT  400

seq1  GAGTTCCCTCAGAGGATGTCTGGGCTCCACGGTTCCTCGTGTGGCACAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCCCTCAGAGGATGTCTGGGCTCCACGGTTCCTCGTGTGGCACAGT  450

seq1  CTCCAGATGGAGAGAAGAGGCTGTGCCCTCATGATACCCAGCCAGGTGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGATGGAGAGAAGAGGCTGTGCCCTCATGATACCCAGCCAGGTGTG  500

seq1  CTGCAGGCTTCAGGTTTACCACCCACGCTGATCCACAGAGGTTAGAGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGGCTTCAGGTTTACCACCCACGCTGATCCACAGAGGTTAGAGAAG  550

seq1  AGGCCTCAGAATGGCAGATGAGGGGCAGTGCTTTCAAGACTCCATGGTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTCAGAATGGCAGATGAGGGGCAGTGCTTTCAAGACTCCATGGTAT  600

seq1  CCAAAGTTGTCAAGGGAACAGAGTAACGATGTCTGCTGTCCTTCCTACCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGTTGTCAAGGGAACAGAGTAACGATGTCTGCTGTCCTTCCTACCT  650

seq1  GCTCGCATGAGTGCTTCATTTGTCCCATCATCCTCTGGGCCCTCAGTCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCGCATGAGTGCTTCATTTGTCCCATCATCCTCTGGGCCCTCAGTCCT  700

seq1  CAGAACACATATCAACCCAATTTTCCCCAAGTGGATAACACCACTGACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACACATATCAACCCAATTTTCCCCAAGTGGATAACACCACTGACAG  750

seq1  AAAAAAATGAGGCTGAAGAGAGGGACAGAGACTGACTGGTATGGAGACTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAATGAGGCTGAAGAGAGGGACAGAGACTGACTGGTATGGAGACTT  800

seq1  CTTTGAAGCTGCACAGAGCTCTTGACTATCTTCTAAGCAGGGCAACTGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAAGCTGCACAGAGCTCTTGACTATCTTCTAAGCAGGGCAACTGAG  850

seq1  TCACTGACCCCTGTTCGGTAGACCAGTGGGATACAAATGAGAATGTGGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGACCCCTGTTCGGTAGACCAGTGGGATACAAATGAGAATGTGGCT  900

seq1  TCCTAGCTCCAGCCCTGTGCTTCCTGCTGACACTGACATTCATCCAGACG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGCTCCAGCCCTGTGCTTCCTGCTGACACTGACATTCATCCAGACG  950

seq1  CAGAAGGCCCCACCTGCCACCCCTCCCTCATGAGTGGGACTCCCACTAAG  1000
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAA-GCCCCACCTGCCACCCCTCCCTCATGAGTGGGACTCCCACTAAG  999

seq1  TGTC-TGTCACAGGTTCAGTGCCCCAGCCCATC-TTCTCTGTCCCCAGCT  1048
      |||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TGTCTTGTCACA-GTTCAGTGCCCCAGCCCATCTTTCTCTGTCCCCAGCT  1048

seq1  GTGTCACTAGTACCTACTAGGGC  1071
      ||||||||||||| |||||||||
seq2  GTGTCACTAGTACTTACTAGGGC  1071

seq1: chr7_151677085_151678192
seq2: B6Ng01-280G15.g_70_1178 (reverse)

seq1  CACACTCAACTTCAGCCAGGCTTTCATGAAAACCTTTGTCCAGTGCTGGT  50
      ||||||||||||||||||||| ||||| | || | |||| ||||||||| 
seq2  CACACTCAACTTCAGCCAGGC-TTCAT-AGAAACATTGTTCAGTGCTGGG  48

seq1  TACTGGTACCTTTCACATGCTAAGCAGGTA-CTGTACATAAATCTGTATC  99
      |||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
seq2  TACTGGTA-CGTTCACATGCTAAGCAGGTACCTGTACAT-AATCTGTATC  96

seq1  CTAGCCC-AAAATGCTTGCTAGTCTTGGGTCATCCAATTCATAC-AAGCA  147
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
seq2  CTAGCCCAAAAATGCTTGCTAGTCTTGGGTCATCCAAATCATACAAAGCA  146

seq1  AGTTCTAA-GGCA-TCTGCAGCCATGTTTTAAAT-GAGACCTTCTGGGGG  194
      |||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGTTCTAAGGGCATTCTGCAGCCATGTTTTAAATGGAGACCTTCTGGGGG  196

seq1  TTACAACGACCTATAAGAAAGCCTTCCAGGAGACAGTCCTTCCTCCCTGA  244
      |||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAACGACCTATAAGAAGCCTTTCCAGGAGACAGTCCTTCCTCCCTGA  246

seq1  GCATAAGAGCACCTCACGGGAGACTTACCGTCCTGGATGTGGGTGGAGCA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAAGAGCACCTCACGGGAGACTTACCGTCCTGGATGTGGGTGGAGCA  296

seq1  GAAGGGCTAGTCAGTGACATTATCTCTTGGATGGCCAGCCGCAGCTTCAG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGCTAGTCAGTGACATTATCTCTTGGATGGCCAGCCGCAGCTTCAG  346

seq1  CCTATGCAGGGGGTTGCTGATGCCAATCTCCCGCTGGATCTCAGTGTCTG  394
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGCAGGGGG-TGCTGATGCCAATCTCCCGCTGGATCTCAGTGTCTG  395

seq1  ACAGGGCTGACATGATGGCACCACTCTTGACATTTGCTCGGCAAGCAGCC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGCTGACATGATGGCACCACTCTTGACATTTGCTCGGCAAGCAGCC  445

seq1  ACATACCAGGCAGGCATCCCAACCCAGAGCTAGACATGACAACAAGAGGG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACCAGGCAGGCATCCCAACCCAGAGCTAGACATGACAACAAGAGGG  495

seq1  CCAGAACATCAGGCAAGTGTGAGAGGCCTTGCTGAGTTCCTATAGTGCAG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAACATCAGGCAAGTGTGAGAGGCCTTGCTGAGTTCCTATAGTGCAG  545

seq1  CACGTGAAGAGGACTCACCTCTAACCACACTACCACTGTGGGCCCATCCC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTGAAGAGGACTCACCTCTAACCACACTACCACTGTGGGCCCATCCC  595

seq1  ACTGTGCAAAAGGCAAGCCTTGCCTGCGGGCCTCCTCCAGCAGCTCGTGC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGCAAAAGGCAAGCCTTGCCTGCGGGCCTCCTCCAGCAGCTCGTGC  645

seq1  CTATGAGGGAGACATTCAAAAGAACCAGTTAGTAGATAGCTTTGACAGGT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGAGGGAGACATTCAAAAGAACCAGTTAGTAGATAGCTTTGACAGGT  695

seq1  TTCTAAAACACAACAGGTGCTCACCACCTTCTTCCAGGCTCCAGCTGCTG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAAACACAACAGGTGCTCACCACCTTCTTCCAGGCTCCAGCTGCTG  745

seq1  GCACCATTCATAGCACACTAGCTGTGTTTACTACAGAGTGCCTGCATGAG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCATTCATAGCACACTAGCTGTGTTTACTACAGAGTGCCTGCATGAG  795

seq1  GAGCTGGCTGAGCCCTTTATCCCAGAGAATCCCACCTCCTCTCAAAGAAT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGGCTGAGCCCTTTATCCCAGAGAATCCCACCTCCTCTCAAAGAAT  845

seq1  GACCAGTAGCTTGAGTGACACCCAGTAGTCCTCAAACCTAAGTTCATGTA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGTAGCTTGAGTGACACCCAGTAGTCCTCAAACCTAAGTTCATGTA  895

seq1  GCACTAGGCATCACACCCTTTTACCCTGGCCAGAAAGAACACAAACATGT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTAGGCATCACACCCTTTTACCCTGGCCAGAAAGAACACAAACATGT  945

seq1  TGGCAGGTGGATATTTGGTGCTGAGTGTCCTTATACCTACGAGAATGGTA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGGTGGATATTTGGTGCTGAGTGTCCTTATACCTACGAGAATGGTA  995

seq1  TCCCCTCCCCCAAAATTGCAGGTAATGGGGTGCACCTTTAATCCTAGCAT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTCCCCCAAAATTGCAGGTAATGGGGTGCACCTTTAATCCTAGCAT  1045

seq1  TCAGGAGGCAGAGGAGGGTAGATCTCTGTGAGTCCAAGCCTAGCCTGGTC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAGGCAGAGGAGGGTAGATCTCTGTGAGTCCAAGCCTAGCCTGGTC  1095

seq1  TACACAGTGAATTC  1108
      ||||||||||||||
seq2  TACACAGTGAATTC  1109