BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-283J19
Chromosome7 (Build37)
Map Location 102,109,036 - 102,276,817
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040132
Upstream geneEG545982, EG666816
Downstream geneLOC666823, Frda-ps
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-283J19.bB6Ng01-283J19.g
ACCGA082531GA082532
length1,1201,141
definitionB6Ng01-283J19.b B6Ng01-283J19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(102,275,694 - 102,276,817)(102,109,036 - 102,110,082)
sequence
gaattccttgcaaatgaaagagttttgaaaaaagggcagggtcactgaaa
taagtaagtttgcaagagcatcctggggaatgatgttaaagtggagacca
ggtgagcatctggagacagtagtcccagagacacagggccagccaggtcc
agaagctaggtaaaggggaagggctgagaaggaggccacagagcttaatg
agatgagcacatgggttgtggagcactccagtaagatcgcagagcctgag
tgtagtaggacaccagcatggctaaaggcagtttctcctctctctgaagt
cttgaaagaagaaggatgaaagcttgagcacacttgaaaacaagcctcag
ggtttccactggatcctggtaccactgtgtcaataaaaacagattttaat
atcttctccatatctatttaggctatagtagcaaataggcctttcacttt
agggaaatgtttagcagtattagaacacacccatgttttatttcatggga
cagagttgctggtactatttattctttaaatatacatttttttcatttat
atataattcacgtggttcataaaatgttacaggattacaatagtgatatt
ttgaaaaaaattacaggtgacaagccatgaacattagtatacttttcatc
attgaacaaaggatgtgttgttacatttcaagtatttcccaataagattg
cctggttttgaaggtccaaaaccaaaagtaattcacaagctattctactt
tcttccccaaaatactatagagtagttagccctgaaccttacacaaagaa
ccatgttaacacatagtgagagtggaaattgtcttccttggggaagataa
caccaattggttatcccataccaaatggtcagtactgaaaacatacattc
taggaacattatacagactgagtgggttatatttaggaatggatatacat
ataacaaacattactataaaaggcttggattgaaagagaacaaggagggt
catatgcaacagttggagaaaaaaagcaaaagaaagatgagctaatatag
ttagtctcaaaaatagaagtaagaaaagcaatgcagaggtctttagaacc
cacaggcagattgtcatgac

gaattctcgcctagtgaataggccttttgtataattaaacagttttggtt
atccccaagaaacagatgccactattactctttttgggatttcttgttac
gctggtcattgctttaattcaaaggctatagaactggatagaaaactgat
agtttttgtctcttgaaagcttacatagcaccttcagatgctatcagaac
gagtacttatggaggatgatgccagctctgttccaggtcagatctccaag
tcctgtgtctgaattatgtgatatcttcaacagtaaaactttactttcaa
agtctgtggtaaactaaggacaatggcaatagcttatattatttggataa
tatcttggacttccctgatcaatatctcaaatggacttgagttttgttac
caagtctctggcccgtaagcagtagcatcacaaccctcaaatagcaaaaa
aattatagaaactatcatatatgtattatataacttataatacaaatatg
atagtttcgttatatgtgtgtatagtaatgtgtatacacatatataaaat
atatttaagcaaacataaaataatatattttcttattgtttttttttaaa
gtatctttcctgatataactgagtctacagagaagtgtgtttatagtcca
aggtaggattctaaatttctcctcttcacagcagaagtaaaaagtgggtc
actgtgaagtaaagtgaggtatagcaatgacttaaaaaaatacttttatg
tctccaccatagaaacaggaaaacatcacaaaaccttactctgtccaaag
ctgcctctacaactcctcttattagactcagaaaaaaaggtcacagggaa
agttcaaggtgcctcttgtcccttttcagaaacagccagagaattatcaa
tgtataaaagttcatacttaacgaagaacattagtgatactcactgaaag
atgattttttttcctcaaattaaaacaaatggttttctccccattatccc
aactgaaaatcaaggtgactgttaccatgtcaaaaatatttttatcacca
gaaaagactatacgggggattgtctgtctttttgttccttatttacaagt
tatgaagaaatgaattatggatactatggattatagttctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_102275694_102276817
seq2: B6Ng01-283J19.b_45_1164 (reverse)

seq1  GTCATGACAATCTGCCTGTG---TCTAAAGACCCTTCCTGCATTGCTTTT  47
      ||||||||||||||||||||   ||||||||||    |||||||||||||
seq2  GTCATGACAATCTGCCTGTGGGTTCTAAAGACC---TCTGCATTGCTTTT  47

seq1  C-TACTCTTATTTTTGAGACTAAACTATTATTAGCTCATCTTTCTTTTGC  96
      | ||||  ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTTCTATTTTTGAGACT-AACTA-TATTAGCTCATCTTTCTTTTGC  95

seq1  TTTTTTTTCTCCAAACTGTTGCATATGACCCTCCTTGTTCTCTTTCAAAT  146
       ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  -TTTTTTTCTCC-AACTGTTGCATATGACCCTCCTTGTTCTCTTTC-AAT  142

seq1  CCAAGCCTTTTATAGTAATGTTTGTTATATGTATATCCATTCCTAAATAT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCCTTTTATAGTAATGTTTGTTATATGTATATCCATTCCTAAATAT  192

seq1  AACCCACTCAGTCTGTATAATGTTCCTAGAATGTATGTTTTCAGTACTGA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCACTCAGTCTGTATAATGTTCCTAGAATGTATGTTTTCAGTACTGA  242

seq1  CCATTTGGTATGGGATAACCAATTGGTGTTATCTTCCCCAAGGAAGACAA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTGGTATGGGATAACCAATTGGTGTTATCTTCCCCAAGGAAGACAA  292

seq1  TTTCCACTCTCACTATGTGTTAACATGGTTCTTTGTGTAAGGTTCAGGGC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCACTCTCACTATGTGTTAACATGGTTCTTTGTGTAAGGTTCAGGGC  342

seq1  TAACTACTCTATAGTATTTTGGGGAAGAAAGTAGAATAGCTTGTGAATTA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTACTCTATAGTATTTTGGGGAAGAAAGTAGAATAGCTTGTGAATTA  392

seq1  CTTTTGGTTTTGGACCTTCAAAACCAGGCAATCTTATTGGGAAATACTTG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGGTTTTGGACCTTCAAAACCAGGCAATCTTATTGGGAAATACTTG  442

seq1  AAATGTAACAACACATCCTTTGTTCAATGATGAAAAGTATACTAATGTTC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTAACAACACATCCTTTGTTCAATGATGAAAAGTATACTAATGTTC  492

seq1  ATGGCTTGTCACCTGTAATTTTTTTCAAAATATCACTATTGTAATCCTGT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTTGTCACCTGTAATTTTTTTCAAAATATCACTATTGTAATCCTGT  542

seq1  AACATTTTATGAACCACGTGAATTATATATAAATGAAAAAAATGTATATT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTTTATGAACCACGTGAATTATATATAAATGAAAAAAATGTATATT  592

seq1  TAAAGAATAAATAGTACCAGCAACTCTGTCCCATGAAATAAAACATGGGT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAATAAATAGTACCAGCAACTCTGTCCCATGAAATAAAACATGGGT  642

seq1  GTGTTCTAATACTGCTAAACATTTCCCTAAAGTGAAAGGCCTATTTGCTA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCTAATACTGCTAAACATTTCCCTAAAGTGAAAGGCCTATTTGCTA  692

seq1  CTATAGCCTAAATAGATATGGAGAAGATATTAAAATCTGTTTTTATTGAC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGCCTAAATAGATATGGAGAAGATATTAAAATCTGTTTTTATTGAC  742

seq1  ACAGTGGTACCAGGATCCAGTGGAAACCCTGAGGCTTGTTTTCAAGTGTG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGGTACCAGGATCCAGTGGAAACCCTGAGGCTTGTTTTCAAGTGTG  792

seq1  CTCAAGCTTTCATCCTTCTTCTTTCAAGACTTCAGAGAGAGGAGAAACTG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGCTTTCATCCTTCTTCTTTCAAGACTTCAGAGAGAGGAGAAACTG  842

seq1  CCTTTAGCCATGCTGGTGTCCTACTACACTCAGGCTCTGCGATCTTACTG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTAGCCATGCTGGTGTCCTACTACACTCAGGCTCTGCGATCTTACTG  892

seq1  GAGTGCTCCACAACCCATGTGCTCATCTCATTAAGCTCTGTGGCCTCCTT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGCTCCACAACCCATGTGCTCATCTCATTAAGCTCTGTGGCCTCCTT  942

seq1  CTCAGCCCTTCCCCTTTACCTAGCTTCTGGACCTGGCTGGCCCTGTGTCT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCCCTTCCCCTTTACCTAGCTTCTGGACCTGGCTGGCCCTGTGTCT  992

seq1  CTGGGACTACTGTCTCCAGATGCTCACCTGGTCTCCACTTTAACATCATT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGACTACTGTCTCCAGATGCTCACCTGGTCTCCACTTTAACATCATT  1042

seq1  CCCCAGGATGCTCTTGCAAACTTACTTATTTCAGTGACCCTGCCCTTTTT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGGATGCTCTTGCAAACTTACTTATTTCAGTGACCCTGCCCTTTTT  1092

seq1  TCAAAACTCTTTCATTTGCAAGGAATTC  1124
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAACTCTTTCATTTGCAAGGAATTC  1120


seq1: chr7_102109036_102110082
seq2: B6Ng01-283J19.g_165_1204

seq1  CTGGTCATTGCTTTAATTCAAAGGCTATAGAACTGGATAGAAAACTGATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCATTGCTTTAATTCAAAGGCTATAGAACTGGATAGAAAACTGATA  50

seq1  GTTTTTGTCTCTTGAAAGCTTACATAGCACCTTCAGATGCTATCAGAACG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTGTCTCTTGAAAGCTTACATAGCACCTTCAGATGCTATCAGAACG  100

seq1  AGTACTTATGGAGGATGATGCCAGCTCTGTTCCAGGTCAGATCTCCAAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTTATGGAGGATGATGCCAGCTCTGTTCCAGGTCAGATCTCCAAGT  150

seq1  CCTGTGTCTGAATTATGTGATATCTTCAACAGTAAAACTTTACTTTCAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGTCTGAATTATGTGATATCTTCAACAGTAAAACTTTACTTTCAAA  200

seq1  GTCTGTGGTAAACTAAGGACAATGGCAATAGCTTATATTATTTGGATAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTGGTAAACTAAGGACAATGGCAATAGCTTATATTATTTGGATAAT  250

seq1  ATCTTGGACTTCCCTGATCAATATCTCAAATGGACTTGAGTTTTGTTACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGGACTTCCCTGATCAATATCTCAAATGGACTTGAGTTTTGTTACC  300

seq1  AAGTCTCTGGCCCGTAAGCAGTAGCATCACAACCCTCAAATAGCAAAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTCTGGCCCGTAAGCAGTAGCATCACAACCCTCAAATAGCAAAAAA  350

seq1  ATTATAGAAACTATCATATATGTATTATATAACTTATAATACAAATATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAGAAACTATCATATATGTATTATATAACTTATAATACAAATATGA  400

seq1  TAGTTTCGTTATATGTGTGTATAGTAATGTGTATACACATATATAAAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTCGTTATATGTGTGTATAGTAATGTGTATACACATATATAAAATA  450

seq1  TATTTAAGCAAACATAAAATAATATATTTTCTTATTGTTTTTTTTTAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAAGCAAACATAAAATAATATATTTTCTTATTGTTTTTTTTTAAAG  500

seq1  TATCTTTCCTGATATAACTGAGTCTACAGAGAAGTGTGTTTATAGTCCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTTCCTGATATAACTGAGTCTACAGAGAAGTGTGTTTATAGTCCAA  550

seq1  GGTAGGATTCTAAATTTCTCCTCTTCACAGCAGAAGTAAAAAGTGGGTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGGATTCTAAATTTCTCCTCTTCACAGCAGAAGTAAAAAGTGGGTCA  600

seq1  CTGTGAAGTAAAGTGAGGTATAGCAATGACTTAAAAAAATACTTTTATGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAAGTAAAGTGAGGTATAGCAATGACTTAAAAAAATACTTTTATGT  650

seq1  CTCCACCATAGAAACAGGAAAACATCACAAAACCTTACTCTGTCCAAAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACCATAGAAACAGGAAAACATCACAAAACCTTACTCTGTCCAAAGC  700

seq1  TGCCTCTACAACTCCTCTTATTAGACTCAGAAAAAAAGGTCACAGGG-AA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TGCCTCTACAACTCCTCTTATTAGACTCAGAAAAAAAGGTCACAGGGAAA  750

seq1  GTTCAAGGTGCCTCTTGTCCCTTTTCAGAAACAGCCAGAGAATTATCAAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAGGTGCCTCTTGTCCCTTTTCAGAAACAGCCAGAGAATTATCAAT  800

seq1  GTATAAAAGTTCATACTTAACGAAGAACATTAGTGATACTCACTGAAAGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAAAAGTTCATACTTAACGAAGAACATTAGTGATACTCACTGAAAGA  850

seq1  TGA-TTTTTTTCCTCAAAATTAAAACAAAATGGTTTTTCTCCCCATTATC  898
      ||| ||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||
seq2  TGATTTTTTTTCCTC-AAATTAAAAC-AAATGG-TTTTCTCCCCATTATC  897

seq1  CCAACTGAAAATCAAAGGTGACTGTTACCCATGTCAAAAATA-TTTTATC  947
      ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
seq2  CCAACTGAAAATC-AAGGTGACTGTTA-CCATGTCAAAAATATTTTTATC  945

seq1  ACCAGAAAGAAACTTAATAAGGGGGGTTGTCTGTTCCTTTTTGTTCCCTA  997
      |||||||| | |||  ||| ||||| ||||||||  ||||||||||| ||
seq2  ACCAGAAA-AGACT--ATACGGGGGATTGTCTGT--CTTTTTGTTCCTTA  990

seq1  TTTAC-AGTTATGAAAGAAAATGATTTATGATTACTAT-GATTATAGTTC  1045
      ||||| |||||||||   |||||| |||||  |||||| |||||||||||
seq2  TTTACAAGTTATGAA--GAAATGAATTATGGATACTATGGATTATAGTTC  1038

seq1  TC  1047
      ||
seq2  TC  1040


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |