BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-285C04
Chromosome7 (Build37)
Map Location 99,788,631 - 99,918,546
singlet/doubletdoublet
Overlap genePcf11, LOC676240, LOC100040007, 4632427E13Rik, Rab30
Upstream geneDlg2, Ccdc90b, Ankrd42
Downstream gene4632434I11Rik, Prcp, A830059I20Rik, LOC100040298, LOC666783
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-285C04.bB6Ng01-285C04.g
ACCGA083660GA083661
length1,1681,147
definitionB6Ng01-285C04.b B6Ng01-285C04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,917,398 - 99,918,546)(99,788,631 - 99,789,767)
sequence
gaattcagagatcttctgtctctgttaaagtacagcctgtaaactacctt
ggagggaccccatcctgaaattaccaaatctaccatacctgggcctgaac
tggctgtgtcccgggctgaccttgaactcaggaatctgactgcctttgta
tctttctcacaagctggatcttagtgtagctgcctctcttcctttagatc
tgtgaagctccttaaacaattcacattgcatccttatatttttgcatatt
taagagattatatatttttgaactcatgtctttagagttctttttccaca
gccttaagggctgttgtgaatgctcagcatctaccattttgctgagacat
tagccacacctttgcctcccagactcatacagtgtctaagattatcatgg
agtcattagcattaacagggaggacgttcctcagaggaacataataatat
gtacaatattatacaaacaagccttatgcccatggcagccagggacactc
atggctggccctgtcccagaggcaggaaccatgtcaccaagggcatacag
aacatattcaacccatcacacaaagcattcaaattttataagtaggagaa
aggaaggcattgcaagatcctgtgcatttaatgagctggttgcacctatt
tgtcagaactaaatcaattatgttgcaagggtatttgttttaggccttat
ttggcatggggtaaaatccatgtctcatttctcttgcagaattccttagt
tctctggcccacaaaccccaggatgcctcagaatatagttcgaaatcaca
tcttttaaatggctatgcaaaaaggtaaacctcccacacaggcacagaga
acctcccagctgcccacacaaacttcatcagtcccgaggcaccagccagg
ctgtcacgccttcaggaacctttgatgctcagtagagctcactgtgcaca
cactctctctcttgtaagtgctcagaaagcatggggcagagcagtgcggg
tttgtcatcctaacactcagacacccagcagaggcagctcgtcacggagt
gagactatcaataaatctacagtaggtaggtatcagaacatggttagcag
ccgtgagtcattcatcagcttgcttgcaagttccatgctcacgtttctgg
tctctcatgaaaggacta
gaattctttggtctatgcatttgtacctggtgccctcaagaggctagagg
aaacagttgaaactctagggtctagactacagttgtgagctgccattctg
gtgctgcgattcaaaccagagttcccaagagccactgatactcgtaactg
ctgagccatctctgactcccgcctgctttcctaagtgagagaagacaagc
tggcctccctcccacaggtcagttctaggcatgactctagagggaggggc
tagctcagggcaagttaagtcctcccacaggtcagttctaggcatgactc
tagagggaggggctagctcagggcaagttaagtcctcccacaggtcagtt
ctaggcatgactctagagggagggggctagctcagggcaagttaagtcct
cccacaggtcagttctaggcatgactctagagggaggggctagctcaggg
caagttaagtcctcccacaggtcagttctaggcatgactctagagggagg
gggctagctcagggcaagttaagtcctcccacaggtcagttctaggcatg
actctagagggagggggctagctcagggcaaattaagttttgacacccgt
ttctattcctctatcctcatgtgctccataaacttgtttactttcaaaaa
taagaggctcactgttttgcccaactcctgggctcaagtgatttcctatc
tcaatagctaggaccatgccattacacccttttctgcccatgcactcctc
aaagacaatgcctcttcatattatgccatttattaagatgtcctttgcct
tgacatgggtaatttttggttcttggtttactcctttgctaagaacatat
tacctcaagaaattgacactgttttgaatgacagaaaactagcatcatat
gaatttgaaggcatctgtttttaacattatgtgaatgggaggagagaatc
atacatgtagtgctcatgtcgagtcagagaatgacttagggagttgtaca
ccacgtggttcttttggtattaaccccagctcataaagacttcagcagtc
agtagggctttacctactggatcctctcttgcccacacaaggagagagat
ttggccctctgcatgccaagtttctcagtttgatagcctcaacccca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_99917398_99918546
seq2: B6Ng01-285C04.b_87_1217 (reverse)

seq1  TAGTCTTTTCATGAG---GCAGAAACGTGAGCATGGAGACCTGGGCCAGC  47
      ||||| |||||||||    |||||||||||||||||| || |  || |||
seq2  TAGTCCTTTCATGAGAGACCAGAAACGTGAGCATGGA-ACTT--GCAAGC  47

seq1  AAAGCTGATGGATGACTCCACCGCTGGCTTTACCATGTTCCTGATACTTA  97
       ||||||||| |||||| ||| ||||   | |||||||| ||||||| ||
seq2  -AAGCTGATGAATGACT-CACGGCTG--CTAACCATGTT-CTGATACCTA  92

seq1  CTTACTTGTAGATTTATTTGGATAAGGTCTCACTCCGTGGACGAGGCTGG  147
      | ||| ||||||||||||  ||||  |||||||||||| ||||| |||| 
seq2  CCTAC-TGTAGATTTATT--GATA--GTCTCACTCCGT-GACGA-GCTGC  135

seq1  CTTCCTGCCTGGGTGTCTGGAGTGTTAGGATGACAAACCCGCACTGCTCT  197
      ||  ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CT--CTG-CTGGGTGTCT-GAGTGTTAGGATGACAAACCCGCACTGCTCT  181

seq1  GCCCCATGCTTTCTGAGCACTTACAAGAGAGAGAGTGTGTGCACAGTGAG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCATGCTTTCTGAGCACTTACAAGAGAGAGAGTGTGTGCACAGTGAG  231

seq1  CTCTACTGAGCATCAAAGGTTCCTTGAAGGCGTGACAGCCTGGCTGGTGC  297
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACTGAGCATCAAAGGTTCC-TGAAGGCGTGACAGCCTGGCTGGTGC  280

seq1  CTCGGGACCTGATGAAGTTTGTGTGGGCAGCTGGGAGGTTCTCTGTGCCT  347
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGGA-CTGATGAAGTTTGTGTGGGCAGCTGGGAGGTTCTCTGTGCCT  329

seq1  GTGTGGGAGGTTTACCTTTTTGCATAGCCATTTAAAAGATGTGATTTCGA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGGAGGTTTACCTTTTTGCATAGCCATTTAAAAGATGTGATTTCGA  379

seq1  ACTATATTCTGAGGCATCCTGGGGTTTGTGGGCCAGAGAACTAAGGAATT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATATTCTGAGGCATCCTGGGGTTTGTGGGCCAGAGAACTAAGGAATT  429

seq1  CTGCAAGAGAAATGAGACATGGATTTTACCCCATGCCAAATAAGGCCTAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAAGAGAAATGAGACATGGATTTTACCCCATGCCAAATAAGGCCTAA  479

seq1  AACAAATACCCTTGCAACATAATTGATTTAGTTCTGACAAATAGGTGCAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATACCCTTGCAACATAATTGATTTAGTTCTGACAAATAGGTGCAA  529

seq1  CCAGCTCATTAAATGCACAGGATCTTGCAATGCCTTCCTTTCTCCTACTT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTCATTAAATGCACAGGATCTTGCAATGCCTTCCTTTCTCCTACTT  579

seq1  ATAAAATTTGAATGCTTTGTGTGATGGGTTGAATATGTTCTGTATGCCCT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATTTGAATGCTTTGTGTGATGGGTTGAATATGTTCTGTATGCCCT  629

seq1  TGGTGACATGGTTCCTGCCTCTGGGACAGGGCCAGCCATGAGTGTCCCTG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGACATGGTTCCTGCCTCTGGGACAGGGCCAGCCATGAGTGTCCCTG  679

seq1  GCTGCCATGGGCATAAGGCTTGTTTGTATAATATTGTACATATTATTATG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCATGGGCATAAGGCTTGTTTGTATAATATTGTACATATTATTATG  729

seq1  TTCCTCTGAGGAACGTCCTCCCTGTTAATGCTAATGACTCCATGATAATC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCTGAGGAACGTCCTCCCTGTTAATGCTAATGACTCCATGATAATC  779

seq1  TTAGACACTGTATGAGTCTGGGAGGCAAAGGTGTGGCTAATGTCTCAGCA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACACTGTATGAGTCTGGGAGGCAAAGGTGTGGCTAATGTCTCAGCA  829

seq1  AAATGGTAGATGCTGAGCATTCACAACAGCCCTTAAGGCTGTGGAAAAAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGTAGATGCTGAGCATTCACAACAGCCCTTAAGGCTGTGGAAAAAG  879

seq1  AACTCTAAAGACATGAGTTCAAAAATATATAATCTCTTAAATATGCAAAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTAAAGACATGAGTTCAAAAATATATAATCTCTTAAATATGCAAAA  929

seq1  ATATAAGGATGCAATGTGAATTGTTTAAGGAGCTTCACAGATCTAAAGGA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAGGATGCAATGTGAATTGTTTAAGGAGCTTCACAGATCTAAAGGA  979

seq1  AGAGAGGCAGCTACACTAAGATCCAGCTTGTGAGAAAGATACAAAGGCAG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGCAGCTACACTAAGATCCAGCTTGTGAGAAAGATACAAAGGCAG  1029

seq1  TCAGATTCCTGAGTTCAAGGTCAGCCCGGGACACAGCCAGTTCAGGCCCA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATTCCTGAGTTCAAGGTCAGCCCGGGACACAGCCAGTTCAGGCCCA  1079

seq1  GGTATGGTAGATTTGGTAATTTCAGGATGGGGTCCCTCCAAGGTAGTTTA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGGTAGATTTGGTAATTTCAGGATGGGGTCCCTCCAAGGTAGTTTA  1129

seq1  CA  1149
      ||
seq2  CA  1131

seq1: chr7_99788631_99789767
seq2: B6Ng01-285C04.g_67_1213

seq1  GAATTCTTTGGTCTATGCATTTGTACCTGGTGCCCTCAAGAGGCTAGAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGGTCTATGCATTTGTACCTGGTGCCCTCAAGAGGCTAGAGG  50

seq1  AAACAGTTGAAACTCTAGGGTCTAGACTACAGTTGTGAGCTGCCATTCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGTTGAAACTCTAGGGTCTAGACTACAGTTGTGAGCTGCCATTCTG  100

seq1  GTGCTGCGATTCAAACCAGAGTTCCCAAGAGCCACTGATACTCGTAACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGCGATTCAAACCAGAGTTCCCAAGAGCCACTGATACTCGTAACTG  150

seq1  CTGAGCCATCTCTGACTCCCGCCTGCTTTCCTAAGTGAGAGAAGACAAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCCATCTCTGACTCCCGCCTGCTTTCCTAAGTGAGAGAAGACAAGC  200

seq1  TGGCCTCCCTCCCACAGGTCAGTTCTAGGCATGACTCTAGAGGGAGGGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTCCCTCCCACAGGTCAGTTCTAGGCATGACTCTAGAGGGAGGGGC  250

seq1  TAGCTCAGGGCAAGTTAAGTCCTCCCACAGGTCAGTTCTAGGCATGACTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCAGGGCAAGTTAAGTCCTCCCACAGGTCAGTTCTAGGCATGACTC  300

seq1  TAGAGGGAGGGGCTAGCTCAGGGCAAGTTAAGTCCTCCCACAGGTCAGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGGAGGGGCTAGCTCAGGGCAAGTTAAGTCCTCCCACAGGTCAGTT  350

seq1  CTAGGCATGACTCTAGAGGGAGGGGGCTAGCTCAGGGCAAGTTAAGTCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCATGACTCTAGAGGGAGGGGGCTAGCTCAGGGCAAGTTAAGTCCT  400

seq1  CCCACAGGTCAGTTCTAGGCATGACTCTAGAGGGAGGGGCTAGCTCAGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACAGGTCAGTTCTAGGCATGACTCTAGAGGGAGGGGCTAGCTCAGGG  450

seq1  CAAGTTAAGTCCTCCCACAGGTCAGTTCTAGGCATGACTCTAGAGGGAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTAAGTCCTCCCACAGGTCAGTTCTAGGCATGACTCTAGAGGGAGG  500

seq1  GGGCTAGCTCAGGGCAAGTTAAGTCCTCCCACAGGTCAGTTCTAGGCATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTAGCTCAGGGCAAGTTAAGTCCTCCCACAGGTCAGTTCTAGGCATG  550

seq1  ACTCTAGAGGGAGGGGGCTAGCTCAGGGCAAATTAAGTTTTGACACCCGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTAGAGGGAGGGGGCTAGCTCAGGGCAAATTAAGTTTTGACACCCGT  600

seq1  TTCTATTCCTCTATCCTCATGTGCTCCATAAACTTGTTTACTTTCAAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTCCTCTATCCTCATGTGCTCCATAAACTTGTTTACTTTCAAAAA  650

seq1  TAAGAGGCTCACTGTTTTGCCCAACTCCTGGGCTCAAGTGATTTCCTATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGGCTCACTGTTTTGCCCAACTCCTGGGCTCAAGTGATTTCCTATC  700

seq1  TCAATAGCTAGGACCATGCCATTACACCCTTTTCTGCCCATGCACTCCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATAGCTAGGACCATGCCATTACACCCTTTTCTGCCCATGCACTCCTC  750

seq1  AAAGACAATGCCTCTTCATATTATGCCATTTATTAAGATGTCCTTTGCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACAATGCCTCTTCATATTATGCCATTTATTAAGATGTCCTTTGCCT  800

seq1  TGACATGGGTAATTTTTGGTTCTTGGTTTACTCCTTTGCTAAAGAACATA  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGACATGGGTAATTTTTGGTTCTTGGTTTACTCCTTTGCT-AAGAACATA  849

seq1  TTACCTCAAGAAATTGACACTGTTTTGAATGACAGAAAACTAGCATCATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTCAAGAAATTGACACTGTTTTGAATGACAGAAAACTAGCATCATA  899

seq1  TGAA-TTGAAGGCATCTGTTTTTAACATTATGTGAAT-GGAGGAGAGAAT  948
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGAATTTGAAGGCATCTGTTTTTAACATTATGTGAATGGGAGGAGAGAAT  949

seq1  CATACATGTAGTGCTCATGTCGAAGTCAGAGAATGACTTAGGGAAGTTGT  998
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| 
seq2  CATACATGTAGTGCTCATGTCG-AGTCAGAGAATGACTTAGGG-AGTTG-  996

seq1  TACACCACGTGGTTC-TTTGGTATTAAACCCAGCTCATAAAGACTTCAGC  1047
      ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TACACCACGTGGTTCTTTTGGTATTAACCCCAGCTCATAAAGACTTCAGC  1046

seq1  AGTCAGTA--GCTTTACCTACTGGAT-CTCTCTGGCCCACA-----AGAG  1089
      ||||||||  |||||||||||||||| |||||| |||||||     ||||
seq2  AGTCAGTAGGGCTTTACCTACTGGATCCTCTCTTGCCCACACAAGGAGAG  1096

seq1  AGA-TTGGCCCTCTGCCTGCCCATTTTCTCATTTTG-TAG-CTCAAACCC  1136
      ||| |||||||||||| |||| | ||||||| |||| ||| ||||| |||
seq2  AGATTTGGCCCTCTGCATGCCAAGTTTCTCAGTTTGATAGCCTCAACCCC  1146

seq1  A  1137
      |
seq2  A  1147