BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-285C17
Chromosome7 (Build37)
Map Location 67,009,445 - 67,113,386
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC664788
Upstream geneAtp10a, LOC621446, LOC668811, LOC668813, LOC668815, EG668818, Ube3a, LOC100040985, LOC100041010, LOC100041029, LOC100041051, Pwcr1
Downstream geneSnrpn, Snurf, EG664849, LOC100041201, LOC100041211, LOC664896, LOC100041229
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-285C17.bB6Ng01-285C17.g
ACCGA083686GA083687
length8811,144
definitionB6Ng01-285C17.b B6Ng01-285C17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(67,009,445 - 67,010,327)(67,112,243 - 67,113,386)
sequence
gaattcatgcagcaattcccatgttccttaccatttaactcaggtgacct
agggcaagtcagcaacaccacaacagttcgatggagactcagttggacga
cataaactctcagccaatgctgtggggccatttcctctgcatgttttcca
tgaaccatactggaaagggaatgcaaccctgtgaagacaacacaaagaac
atgccccgattacagtgggaccaatgcaaaaccacatggattatgggctt
accatgtactatgggcttgtcatatctcacaggcaccctcaacactcctg
ctcttaccaacctcttcacactgcccttccagatctcacttgctgttact
ctcaggccttggatgtgaacatgccatgccctttgtctcaagtgcttgct
gggtcctcagctcactctaaggacttaaggatgatatgtgagctgcaata
caggtactcaacactttctcttaggtctttgccatcaacttcctccacca
gtgtcctgagcatagttttcaagggaatgaaggctcttctccaagcatgc
agtcagaaaaagccaataacaagggcaatcaaaggtccccttgcctatgc
agtcgaagaaggaggaggcagctctgaataactacaccagcaatattggg
cctccaaggatatctaagccaacaacttttgagccttcaatcatggctcc
agtccttctctgatcattacttctgggtctttgcatgaggtaaaatcaaa
ctcctctgagagttcagaattccagctcatgggaagcaggcttcattttc
acagctgaaaggaacccccctctctctccctctctctgtgttagtgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gaattcctaagcaactgcattttttgtatgtttgtatttgacattatttc
tgtgttttttcctgaggccatttaaatggaataatttaactagattatag
cttgttaaacttaagggtgtaatggtataaacttacaacctctttttgat
cattatgtaggactattagtactttgatgccagactggataaaggctctc
ccaaaattgaacagtaaacgtaaacgtttaaagtagttgtgtacagaatt
ttgttttaatcttcatcatatgctgaagtgtttacctaagttcaggaaat
aatattgatatatcaatactaactaatatataagccttattcatatttgt
gaatcttattcagttttttattactaatgtaatgattttttatgattcat
atttgacacacgtatcaaaaaatagtaaaacagttgtgtcattcttaaca
ttttttaaaaaaagtatattatgtataattttcacatacaatttaatttt
aacttatttgtaaaaaaatgtgggatttatattttggaaatatttctata
ttcctcattttaaaatatgcacttttatcatgctctcctaacatgaaagc
cttaccacttttgtttttgtttattggtctattgatttttgttagtgatc
ctgcttacagcactattttttttaacataaatcaggctgtgccactgtat
cacttcttcctagcaactattgattgcctatagatccccaagaagtgtac
ggttatatgaaacacaccccataaataatcgaacacagatttatgcttta
cattctccatctatgggtgctgtgaagccatttttacagaagccatttca
tgtcccgatggcagcattttgtgagcgctttgctcttaattttgaaactt
accttttcaaagccacttgctcaagatggttacagctcagtattgactgt
ttcactgatgctaaaagatgcttctcttacatgaaaataaatttagagca
attgtttagcttaacttcgttccatattggtaccattttggctcattgtt
acttgggaagtatgattggtttgattgctgttgaacagaatgacttgaac
aacaagcacttcatcctgagaaggccaagtatagattcaatttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_67009445_67010327
seq2: B6Ng01-285C17.b_46_926

seq1  GAATTCATGCAGCAATTCCCATGTTCCTTACCATTTAACTCAGGTGACCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGCAGCAATTCCCATGTTCCTTACCATTTAACTCAGGTGACCT  50

seq1  AGGGCAAGTCAGCAACACCACAACAGTTCGATGGAGACTCAGTTGGACGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCAAGTCAGCAACACCACAACAGTTCGATGGAGACTCAGTTGGACGA  100

seq1  CATAAACACTCAGCCAATGCTGTGGGGCCATTTCCTCTGCATGTTTTCCA  150
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAACTCTCAGCCAATGCTGTGGGGCCATTTCCTCTGCATGTTTTCCA  150

seq1  TGGACCATTCTGGAAAGGGAATGCAACCCTGTGAAGACAACACAAAGAAC  200
      || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCATACTGGAAAGGGAATGCAACCCTGTGAAGACAACACAAAGAAC  200

seq1  ATGCCCTGATTACAGTGGGACCAATGCAAAACCACATGGATTATGGGCTT  250
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCCGATTACAGTGGGACCAATGCAAAACCACATGGATTATGGGCTT  250

seq1  ACCATGTACTATGGGCTTGTCATATCTCACAGGCACCCTCAACACTCCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGTACTATGGGCTTGTCATATCTCACAGGCACCCTCAACACTCCTG  300

seq1  CTCTTACCAACCTCTTCACACTGCCCTTCCAGATCTCACTTGCTGTTACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTACCAACCTCTTCACACTGCCCTTCCAGATCTCACTTGCTGTTACT  350

seq1  CTCAGGCCTTGGATGTGAACATGCCATGCCCTTTGTCTCAAGTGCTTGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGCCTTGGATGTGAACATGCCATGCCCTTTGTCTCAAGTGCTTGCT  400

seq1  GGGTCCTCAGCTCACTCTAAGGACTTAAGGATGATATGTGAGCTGCAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCCTCAGCTCACTCTAAGGACTTAAGGATGATATGTGAGCTGCAATA  450

seq1  CTGGTACTCAACACTTTCTCTTAGGTCTTTGCCATCAACTTCCTCCACCA  500
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTACTCAACACTTTCTCTTAGGTCTTTGCCATCAACTTCCTCCACCA  500

seq1  GTGTCCTGAGCATAGTTTTCACGGGAATGAAGGCTCTTCTCCAAGCATGC  550
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCTGAGCATAGTTTTCAAGGGAATGAAGGCTCTTCTCCAAGCATGC  550

seq1  AGTCAGAAAAAGCCAATAACAAGGGCAATCATAGGTCCCCTTGCCTATGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGAAAAAGCCAATAACAAGGGCAATCAAAGGTCCCCTTGCCTATGC  600

seq1  AGTCGAAGAAGGAGGAGGCAGCTCTGAATAACTCCACCAGCAAAATTGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||
seq2  AGTCGAAGAAGGAGGAGGCAGCTCTGAATAACTACACCAGCAATATTGGG  650

seq1  CCTCCAAGGATATCTAAGCCAACAACTTTTGAGCCTTCAATCATGGCTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCAAGGATATCTAAGCCAACAACTTTTGAGCCTTCAATCATGGCTCC  700

seq1  AGTCCTTCTCTGATCATTGCTTCTGGGACTTTGCATGAGGTAAAATCAAA  750
      |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTTCTCTGATCATTACTTCTGGGTCTTTGCATGAGGTAAAATCAAA  750

seq1  CTCCTCTGAGAGTTCAGAATTCCAGCTCATGGGAAGCAGGCTTCATTTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCTGAGAGTTCAGAATTCCAGCTCATGGGAAGCAGGCTTCATTTTC  800

seq1  ACAGCTGAAAGGAACCCCCCTCTCTCTCCCTCTCTCTGTGTTAATGTGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ACAGCTGAAAGGAACCCCCCTCTCTCTCCCTCTCTCTGTGTTAGTGTGTG  850

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  883
      |||||||||||||||||||||||||||||||  
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT--  881

seq1: chr7_67112243_67113386
seq2: B6Ng01-285C17.g_65_1208 (reverse)

seq1  AAAAATGAATCTATAC-TGGCTTTCTTCAGGATGGAAAGTGCTTTGTGGT  49
      |||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||  |||||| |||| ||
seq2  AAAATTGAATCTATACTTGGCCTTC-TCAGGATG--AAGTGC-TTGTTGT  46

seq1  ACAAATTCATTCTTGTTC-ACAGCAATC-AACCAACCATACTT-CCAAGT  96
       | || |||||| ||||| ||||||||| |||||| ||||||| ||||||
seq2  TC-AAGTCATTC-TGTTCAACAGCAATCAAACCAATCATACTTCCCAAGT  94

seq1  -ACAATGAGCC-AAATGGTACAAATATGGAACG-AGTTAAGCTAAACAAT  143
       |||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AACAATGAGCCAAAATGGTACCAATATGGAACGAAGTTAAGCTAAACAAT  144

seq1  TGCTTCTAAATTTA-TTTCATGTAAGAGAAGCATCTTTTTAGCATCAGTG  192
      ||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGC-TCTAAATTTATTTTCATGTAAGAGAAGCATC-TTTTAGCATCAGTG  192

seq1  AAACAGTCAATACTGAGCTGTAACCATCTTTGAGCAAGTGGCTTTG-AAA  241
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
seq2  AAACAGTCAATACTGAGCTGTAACCATC-TTGAGCAAGTGGCTTTGAAAA  241

seq1  GGTAAGTTTCAAAATTTAAGAGCAAAGCGCTCAC-AAATGCTGCCATCGG  290
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GGTAAGTTTCAAAA-TTAAGAGCAAAGCGCTCACAAAATGCTGCCATCGG  290

seq1  GACATGAAATGGCTTCTGTAAAAATGGCTTCACAGCACCCATAGATGGAG  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGAAATGGCTTCTGTAAAAATGGCTTCACAGCACCCATAGATGGAG  340

seq1  AATGTAAAGCATAAATCTGTGTTCGATTATTTATGGGGTGTGTTTCATAT  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAAAGCATAAATCTGTGTTCGATTATTTATGGGGTGTGTTTCATAT  390

seq1  AACCGTACACTTCTTGGGGATCTATAGGCAATCAATAGTTGCTAGGAAGA  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCGTACACTTCTTGGGGATCTATAGGCAATCAATAGTTGCTAGGAAGA  440

seq1  AGTGATACAGTGGCACAGCCTGATTTATGTTAAAAAAAATAGTGCTGTAA  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATACAGTGGCACAGCCTGATTTATGTTAAAAAAAATAGTGCTGTAA  490

seq1  GCAGGATCACTAACAAAAATCAATAGACCAATAAACAAAAACAAAAGTGG  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGATCACTAACAAAAATCAATAGACCAATAAACAAAAACAAAAGTGG  540

seq1  TAAGGCTTTCATGTTAGGAGAGCATGATAAAAGTGCATATTTTAAAATGA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGCTTTCATGTTAGGAGAGCATGATAAAAGTGCATATTTTAAAATGA  590

seq1  GGAATATAGAAATATTTCCAAAATATAAATCCCACATTTTTTTACAAATA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATATAGAAATATTTCCAAAATATAAATCCCACATTTTTTTACAAATA  640

seq1  AGTTAAAATTAAATTGTATGTGAAAATTATACATAATATACTTTTTTTAA  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAAATTAAATTGTATGTGAAAATTATACATAATATACTTTTTTTAA  690

seq1  AAAATGTTAAGAATGACACAACTGTTTTACTATTTTTTGATACGTGTGTC  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTTAAGAATGACACAACTGTTTTACTATTTTTTGATACGTGTGTC  740

seq1  AAATATGAATCATAAAAAATCATTACATTAGTAATAAAAAACTGAATAAG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGAATCATAAAAAATCATTACATTAGTAATAAAAAACTGAATAAG  790

seq1  ATTCACAAATATGAATAAGGCTTATATATTAGTTAGTATTGATATATCAA  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACAAATATGAATAAGGCTTATATATTAGTTAGTATTGATATATCAA  840

seq1  TATTATTTCCTGAACTTAGGTAAACACTTCAGCATATGATGAAGATTAAA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATTTCCTGAACTTAGGTAAACACTTCAGCATATGATGAAGATTAAA  890

seq1  ACAAAATTCTGTACACAACTACTTTAAACGTTTACGTTTACTGTTCAATT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATTCTGTACACAACTACTTTAAACGTTTACGTTTACTGTTCAATT  940

seq1  TTGGGAGAGCCTTTATCCAGTCTGGCATCAAAGTACTAATAGTCCTACAT  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGAGAGCCTTTATCCAGTCTGGCATCAAAGTACTAATAGTCCTACAT  990

seq1  AATGATCAAAAAGAGGTTGTAAGTTTATACCATTACACCCTTAAGTTTAA  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATCAAAAAGAGGTTGTAAGTTTATACCATTACACCCTTAAGTTTAA  1040

seq1  CAAGCTATAATCTAGTTAAATTATTCCATTTAAATGGCCTCAGGAAAAAA  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTATAATCTAGTTAAATTATTCCATTTAAATGGCCTCAGGAAAAAA  1090

seq1  CACAGAAATAATGTCAAATACAAACATACAAAAAATGCAGTTGCTTAGGA  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAAATAATGTCAAATACAAACATACAAAAAATGCAGTTGCTTAGGA  1140

seq1  ATTC  1144
      ||||
seq2  ATTC  1144