BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-285J14
Chromosome7 (Build37)
Map Location 95,891,558 - 95,999,690
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG621562
Upstream geneGrm5, Ctsc, LOC100039756, Rab38, LOC100039924, LOC666598
Downstream geneTmem135, LOC100039969, Fzd4, Prss23, LOC100040001, Me3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-285J14.bB6Ng01-285J14.g
ACCGA084008GA084009
length1,176903
definitionB6Ng01-285J14.b B6Ng01-285J14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(95,891,558 - 95,892,730)(95,998,789 - 95,999,690)
sequence
gaattcaggatttatgtgtatgtgtatgacattttcaaataataaaataa
tcaataaagtatatatgaaagtagtagaagaaacatggtaaaagacaagt
gatgacaatgggaggtcaacagatttgaagcatgtcatacatgaacagac
ttaaaggtactgaatgtagtctaatgatatatcttttgagtgcagtatca
tggtatttctgtgtttaatcagctcctgtggtagtgaatcaagcatggat
gtgacaaggtcaatgactgcatcccttgaactagaaatatagtctgtctg
ggtctgttgtagatcaacatctcagaccaggtgattgtggtatttcaagt
tagaacatatatatttggcacatggccttaagtaaaaagtcttcctaagt
ttagtttgcaattcagtataactatgatttataatggtagctacttctca
gattattatgaaaattaaatggtaatgcatgtaaaacagctagctaattg
acacacagtgaaaactaaactgtttcattattctattttaagccccaatt
caaatgtcacttcctttttctcccagattgttttatgtttctcattattt
aaaaattatataaaaaatgtcatgggggaaagtgtcacataattttaagt
acaaaaaaattataaaacagtagttatgatagtgtgaagttaacaaagaa
atacttttgtaatatccagattttccaaatattccataacaaaaaattta
tatgtagaataaaaataacaatactatattgtactagccattcatagtat
ggtcatttagcagagtaatgtgtacacacagtctcattgcccatcaattt
tcttactgatcatttccaaattacttgcgtattcttattatataatttca
tgtttttaactaatacatacatttaattcttgctgttttcaatttcaccc
cacttttatctatgtattttagagaccattatttctttctatgctaatat
ccaatttcatagttttctatatctctgtagagtatccttataatattttc
ataactattattttttttgccattagtatgtatctattgtatacattcta
tatatatacataccatattatatatggtatggccaaagcttgaacctcta
cttttatgatatttttgtgtcaaatg

gaattcttgatgggcaaaaagatgtttaattacaaaggcaaaatcacaat
cctgattcacatccattggttacgttaatattactcatattaggctccac
cgtcattatgtgcctcaaatttcatcctttaggtagtctttacaaaaata
taacaaatatatttcataataaaacccagacaaaatgaaattcagaaata
ttttgccaaattagtatcctcatcttttgacaactttcagaattaaggaa
gataaaaataaactgatgaatcactcaagattaaaggataatagaaataa
ggatgcggctgataattgaaaggtatgatcctaattggatgctagaaagg
ataacatatctttgggggatattagtggagttctctgtcaaaatagatta
cagatcatataacatgtgataacactattatgtttcatttgtggatcact
ataagtgattatgtatatcttttcacttaggctatgtaatgtgttgttat
ataagatcaagcaaatttatgattaaagtgtcttattctcaagggttagt
aaaagaagatatacaaaattagaagatggcacatggcacctacacattaa
ctactagatgctcttgaaatatactaaggataatttaaaaattgacatcc
tataggaatgtgtgagggtggaaaggcaccagaggttcggtagcaaagat
ggtggaggaacattgaaatacgaacagaatgggctgaatccctttttgca
gagcccaagccctaggggtggcttgcttagttccaacttaaaaattaagg
caactacagattctaagaaccatggcttcagaaattgtgcactgcacttt
cagaaccagatagaacatggagagggaggggaaagggaaagataagggaa
cgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_95891558_95892730
seq2: B6Ng01-285J14.b_44_1219

seq1  GAATTCAGGATTTATGTGTATGTGTATGACATTTTCAAATAATAAAATAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGATTTATGTGTATGTGTATGACATTTTCAAATAATAAAATAA  50

seq1  TCAATAAAGTATATATGAAAGTAGTAGAAGAAACATGGTAAAAGACAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATAAAGTATATATGAAAGTAGTAGAAGAAACATGGTAAAAGACAAGT  100

seq1  GATGACAATGGGAGGTCAACAGATTTGAAGCATGTCATACATGAACAGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACAATGGGAGGTCAACAGATTTGAAGCATGTCATACATGAACAGAC  150

seq1  TTAAAGGTACTGAATGTAGTCTAATGATATATCTTTTGAGTGCAGTATCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGGTACTGAATGTAGTCTAATGATATATCTTTTGAGTGCAGTATCA  200

seq1  TGGTATTTCTGTGTTTAATCAGCTCCTGTGGTAGTGAATCAAGCATGGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATTTCTGTGTTTAATCAGCTCCTGTGGTAGTGAATCAAGCATGGAT  250

seq1  GTGACAAGGTCAATGACTGCATCCCTTGAACTAGAAATATAGTCTGTCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAAGGTCAATGACTGCATCCCTTGAACTAGAAATATAGTCTGTCTG  300

seq1  GGTCTGTTGTAGATCAACATCTCAGACCAGGTGATTGTGGTATTTCAAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGTTGTAGATCAACATCTCAGACCAGGTGATTGTGGTATTTCAAGT  350

seq1  TAGAACATATATATTTGGCACATGGCCTTAAGTAAAAAGTCTTCCTAAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACATATATATTTGGCACATGGCCTTAAGTAAAAAGTCTTCCTAAGT  400

seq1  TTAGTTTGCAATTCAGTATAACTATGATTTATAATGGTAGCTACTTCTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTTGCAATTCAGTATAACTATGATTTATAATGGTAGCTACTTCTCA  450

seq1  GATTATTATGAAAATTAAATGGTAATGCATGTAAAACAGCTAGCTAATTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATTATGAAAATTAAATGGTAATGCATGTAAAACAGCTAGCTAATTG  500

seq1  ACACACAGTGAAAACTAAACTGTTTCATTATTCTATTTTAAGCCCCAATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAGTGAAAACTAAACTGTTTCATTATTCTATTTTAAGCCCCAATT  550

seq1  CAAATGTCACTTCCTTTTTCTCCCAGATTGTTTTATGTTTCTCATTATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGTCACTTCCTTTTTCTCCCAGATTGTTTTATGTTTCTCATTATTT  600

seq1  AAAAATTATATAAAAAATGTCATGGGGGAAAGTGTCACATAATTTTAAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTATATAAAAAATGTCATGGGGGAAAGTGTCACATAATTTTAAGT  650

seq1  ACAAAAAAATTATAAAACAGTAGTTATGATAGTGTGAAGTTAACAAAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAAAATTATAAAACAGTAGTTATGATAGTGTGAAGTTAACAAAGAA  700

seq1  ATACTTTTGTAATATCCAGATTTTCCAAATATTCCATAACAAAAAATTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTTTGTAATATCCAGATTTTCCAAATATTCCATAACAAAAAATTTA  750

seq1  TATGTAGAATAAAAATAACAATACTATATTGTACTAGCCATTCATAGTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAGAATAAAAATAACAATACTATATTGTACTAGCCATTCATAGTAT  800

seq1  GGTCATTTAGCAGAGTAATGTGTACACACAGTCTCATTGCCCATCAATTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATTTAGCAGAGTAATGTGTACACACAGTCTCATTGCCCATCAATTT  850

seq1  TCTTACTGATCATTTCCAAATTACTTGCGTATTCTTATTATATAATTTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACTGATCATTTCCAAATTACTTGCGTATTCTTATTATATAATTTCA  900

seq1  TGTTTTTAACTAATACATACATTTAATTCTTGCTGTTTTCAATTTCACCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTAACTAATACATACATTTAATTCTTGCTGTTTTCAATTTCACCC  950

seq1  CACTTTTATCTATGTATTTTAGAGACCATTATTTCTTTCTTATGCTAATA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CACTTTTATCTATGTATTTTAGAGACCATTATTTCTTTC-TATGCTAATA  999

seq1  TCCAATTTCATAGTTTTCTATATCTCTGTAGAGTATCCTTATAATATTTT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATTTCATAGTTTTCTATATCTCTGTAGAGTATCCTTATAATATTTT  1049

seq1  CATTAAACTATTA-TTTTTTTGCCATTAGTATGTATCCTATGTATACATT  1099
      |||  |||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||||||
seq2  CAT--AACTATTATTTTTTTTGCCATTAGTATGTATCTATTGTATACATT  1097

seq1  CTATATATATACATA-CATATAATATAT-GTATTG-CAAAGC-TGAACTC  1145
      ||||||||||||||| ||||| |||||| |||| | |||||| |||||  
seq2  CTATATATATACATACCATATTATATATGGTATGGCCAAAGCTTGAACCT  1147

seq1  CTAATTTTTATGATTATTTTTGT---AAATG  1173
      || | |||||||| |||||||||   |||||
seq2  CT-ACTTTTATGA-TATTTTTGTGTCAAATG  1176


seq1: chr7_95998789_95999690
seq2: B6Ng01-285J14.g_66_968 (reverse)

seq1  ACGTTCCCTTATCTTTCCC-TTCCCCTCCCTCTCCATGTTCTATCTGGTT  49
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTCCCTTATCTTTCCCTTTCCCCTCCCTCTCCATGTTCTATCTGGTT  50

seq1  CTGAAAGTGCAGTGCACAATTTCTGAAGCCATGGTTCTTAGAATCTGTAG  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAGTGCAGTGCACAATTTCTGAAGCCATGGTTCTTAGAATCTGTAG  100

seq1  TTGCCTTAATTTTTAAGTTGGAACTAAGCAAGCCACCCCTAGGGCTTGGG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTTAATTTTTAAGTTGGAACTAAGCAAGCCACCCCTAGGGCTTGGG  150

seq1  CTCTGCAAAAAGGGATTCAGCCCATTCTGTTCGTATTTCAATGTTCCTCC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCAAAAAGGGATTCAGCCCATTCTGTTCGTATTTCAATGTTCCTCC  200

seq1  ACCATCTTTGCTACCGAACCTCTGGTGCCTTTCCACCCTCACACATTCCT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCTTTGCTACCGAACCTCTGGTGCCTTTCCACCCTCACACATTCCT  250

seq1  ATAGGATGTCAATTTTTAAATTATCCTTAGTATATTTCAAGAGCATCTAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGATGTCAATTTTTAAATTATCCTTAGTATATTTCAAGAGCATCTAG  300

seq1  TAGTTAATGTGTAGGTGCCATGTGCCATCTTCTAATTTTGTATATCTTCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTAATGTGTAGGTGCCATGTGCCATCTTCTAATTTTGTATATCTTCT  350

seq1  TTTACTAACCCTTGAGAATAAGACACTTTAATCATAAATTTGCTTGATCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTAACCCTTGAGAATAAGACACTTTAATCATAAATTTGCTTGATCT  400

seq1  TATATAACAACACATTACATAGCCTAAGTGAAAAGATATACATAATCACT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAACAACACATTACATAGCCTAAGTGAAAAGATATACATAATCACT  450

seq1  TATAGTGATCCACAAATGAAACATAATAGTGTTATCACATGTTATATGAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTGATCCACAAATGAAACATAATAGTGTTATCACATGTTATATGAT  500

seq1  CTGTAATCTATTTTGACAGAGAACTCCACTAATATCCCCCAAAGATATGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAATCTATTTTGACAGAGAACTCCACTAATATCCCCCAAAGATATGT  550

seq1  TATCCTTTCTAGCATCCAATTAGGATCATACCTTTCAATTATCAGCCGCA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTTTCTAGCATCCAATTAGGATCATACCTTTCAATTATCAGCCGCA  600

seq1  TCCTTATTTCTATTATCCTTTAATCTTGAGTGATTCATCAGTTTATTTTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTATTTCTATTATCCTTTAATCTTGAGTGATTCATCAGTTTATTTTT  650

seq1  ATCTTCCTTAATTCTGAAAGTTGTCAAAAGATGAGGATACTAATTTGGCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCCTTAATTCTGAAAGTTGTCAAAAGATGAGGATACTAATTTGGCA  700

seq1  AAATATTTCTGAATTTCATTTTGTCTGGGTTTTATTATGAAATATATTTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTTCTGAATTTCATTTTGTCTGGGTTTTATTATGAAATATATTTG  750

seq1  TTATATTTTTGTAAAGACTACCTAAAGGATGAAATTTGAGGCACATAATG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTTTTGTAAAGACTACCTAAAGGATGAAATTTGAGGCACATAATG  800

seq1  ACGGTGGAGCCTAATATGAGTAATATTAACGTAACCAATGGATGTGAATC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGTGGAGCCTAATATGAGTAATATTAACGTAACCAATGGATGTGAATC  850

seq1  AGGATTGTGATTTTGCCTTTGTAATTAAACATCTTTTTGCCCATCAAGAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTGTGATTTTGCCTTTGTAATTAAACATCTTTTTGCCCATCAAGAA  900

seq1  TTC  902
      |||
seq2  TTC  903


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |