BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-291A22
Chromosome7 (Build37)
Map Location 17,066,585 - 17,243,600
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC629352, Grlf1, LOC670915, LOC100038912
Upstream geneEG545921, LOC100042762, Obox1, LOC100042765, Obox3, LOC100042771, Obox5, EG638338, Obox6, Crx, Crxos1, Sepw1, Gltscr2, Ehd2, Gltscr1, Zfp541, Napa, Kptn, Slc8a2, Mrg2, Dhx34, Gpr77, C5ar1, 2610014I16Rik, Ccdc9, Bbc3, Sae1, BC057627, Tmem160, Npas1
Downstream geneCeacam15, EG666641, LOC434127, Ceacam9, Ap2s1, Slc1a5, Fkrp, Strn4, Prkd2, Dact3, Gng8, Ptgir, Calm3, EG434128, 0710005I19Rik, LOC100042835, LOC434130, Ppp5c, Hif3a, Psg16, LOC100042844, LOC640145, Ceacam3, Psg29, LOC414361, LOC671132
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-291A22.bB6Ng01-291A22.g
ACCGA088045GA088046
length1,1391,103
definitionB6Ng01-291A22.b B6Ng01-291A22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,066,585 - 17,067,717)(17,242,502 - 17,243,600)
sequence
gaattcttgtccttgtatgagatggagtggctgatccaggagctggctaa
gtgtgagatgggcgcctacaacatcaacacccggcttgccttccctgatc
atcctgaaaaacccggcaagatgtgtgaggcttgccacaagatccagccc
aaagccctgggccggatgaagacctgtatgaaaactgagaacaccagtcc
attgttaccccacggggttcggggagccagcaaagtcaacaccttccttc
cccgccctccttctggagctctaccagacccccaacacccagtatcacca
ccatcctgtctgctgccatttaatatcctcttattttcccatggggcaga
gtttgcacaaagtccccatactatagggagagctacttaggaggtcggga
gttgggaggggtctggggaggctgcaatgccctgcacctctccctgtctc
acactcctcaataaaataatcttaaactgaaaaaaaaaaaaacaaaaggt
tccgtgttttgtttttacttaaggcttttaccatgcatgctaccatgtta
ataaatgtcttttgtagagaggacgacttcctgtgtccctccctctgaga
tcttcctcctcctccttgctcttttctcctctttctcccttcctaaaagc
tatgtcatataaaacaaatcaattaatggatgaatggcaaaggagggact
gttgtactccatgccttagcggcccctcaggaacctgggtgtgcaagccc
ggccttttgcctcccacaggccatcctacactttttccctcagcagtgaa
ccttccagaacatcaaggtgctttgagactgccctgctttgaattcctgt
cctgacttccttcaatgatcaacagtggttttggaaacataagccaaatt
aaaccctttcctccccaagtgagtttggtcatggtggtgaggaggccaaa
cttattccatcttgggactggccttcattctgaaaacaaacaacaaacaa
caaataaataagccaaaaatctgaagacttggacctgcagcctaaaccca
agcttggcaaccagttaccaggaggaccccatgggcgtgtccttggacaa
tcctggcgtaattttccagcaacatcaattcaaaggtgg
gaattcactctgtagaccaggctggcctcgagctcagagatccacctgcc
tctgcctcccaagtgctgggattaaaggtgtggtgtggccaatgcctggc
tcatatagaacttttttcattttaattttatatgtaatcgtgctttgcct
ggctgcctgtaggtctgattaagggtgttagatcccacggaactggattc
acagtcagtcgtgagctgcgatgtggctgctgagaatttaacttgggtct
tctggaagagtagccatcttccccaccctgagatatagaacttttaaggt
atcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacatacaca
taaaacacttctaaaggtgacagtcctgggaagagactatcagactggcc
tgagggcatgtcagtggcacattctcatgattactgattgatgtgggagg
tcccagccccctgtggacctctcatccataggtaactgagtctagactgt
ttaagaaatagtgaacgtgatcctggaagtagggcagtaaacataattcc
cccacggactctgcttcagttcctgcctcctggtttcagccttcagttcc
atggatgttgagctgtaaactgtccctggaagggacaggaagcagtaggc
atgggatgagagaaaacatgacccatagtcctgtgactctgggaagggct
cccatggctcaggtgtgaaggaataagagcagcacaggtgtgaggcagag
ctggagatgagacaagcaggcacagagaacatggtgtcctctcctctcct
tttcttcaaggggctcctgctcacaggtgagacaagccctgaccgtgtct
gggagaaggggacctcagaggacaagagggccccaaggggattcactttc
ttcctgaatcctggaggagacaggacacagaggccgaacagggtctgtgc
agctggaaagctttggggacaggaagtatcaagggcagggagccatgtta
tacttttattcaaaccgagtcacataccctgttgttaggtcctatgtgcc
tgacagctggggtccagaagagggttctttatgaaccaatgtggggggac
aca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_17066585_17067717
seq2: B6Ng01-291A22.b_46_1184

seq1  GAATTCTTGTCCTTGTATGAGATGGAGTGGCTGATCCAGGAGCTGGCTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGTCCTTGTATGAGATGGAGTGGCTGATCCAGGAGCTGGCTAA  50

seq1  GTGTGAGATGGGCGCCTACAACATCAACACCCGGCTTGCCTTCCCTGATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAGATGGGCGCCTACAACATCAACACCCGGCTTGCCTTCCCTGATC  100

seq1  ATCCTGAAAAACCCGGCAAGATGTGTGAGGCTTGCCACAAGATCCAGCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGAAAAACCCGGCAAGATGTGTGAGGCTTGCCACAAGATCCAGCCC  150

seq1  AAAGCCCTGGGCCGGATGAAGACCTGTATGAAAACTGAGAACACCAGTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCCTGGGCCGGATGAAGACCTGTATGAAAACTGAGAACACCAGTCC  200

seq1  ATTGTTACCCCACGGGGTTCGGGGAGCCAGCAAAGTCAACACCTTCCTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTACCCCACGGGGTTCGGGGAGCCAGCAAAGTCAACACCTTCCTTC  250

seq1  CCCGCCCTCCTTCTGGAGCTCTACCAGACCCCCAACACCCAGTATCACCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGCCCTCCTTCTGGAGCTCTACCAGACCCCCAACACCCAGTATCACCA  300

seq1  CCATCCTGTCTGCTGCCATTTAATATCCTCTTATTTTCCCATGGGGCAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCTGTCTGCTGCCATTTAATATCCTCTTATTTTCCCATGGGGCAGA  350

seq1  GTTTGCACAAAGTCCCCATACTATAGGGAGAGCTACTTAGGAGGTCGGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCACAAAGTCCCCATACTATAGGGAGAGCTACTTAGGAGGTCGGGA  400

seq1  GTTGGGAGGGGTCTGGGGAGGCTGCAATGCCCTGCACCTCTCCCTGTCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGAGGGGTCTGGGGAGGCTGCAATGCCCTGCACCTCTCCCTGTCTC  450

seq1  ACACTCCTCAATAAAATAATCTTAAACTGAAAAAAAAAAAAACAAAAGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCCTCAATAAAATAATCTTAAACTGAAAAAAAAAAAAACAAAAGGT  500

seq1  TCCGTGTTTTGTTTTTACTTAAGGCTTTTACCATGCATGCTACCATGTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGTGTTTTGTTTTTACTTAAGGCTTTTACCATGCATGCTACCATGTTA  550

seq1  ATAAATGTCTTTTGTAGAGAGGACGACTTCCTGTGTCCCTCCCTCTGAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATGTCTTTTGTAGAGAGGACGACTTCCTGTGTCCCTCCCTCTGAGA  600

seq1  TCTTCCTCCTCCTCCTTGCTCTTTTCTCCTCTTTCTCCCTTCCTAAAAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCTCCTCCTCCTTGCTCTTTTCTCCTCTTTCTCCCTTCCTAAAAGC  650

seq1  TATGTCATATAAAACAAATCAATTAATGGATGAATGGCAAAGGAGGGACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCATATAAAACAAATCAATTAATGGATGAATGGCAAAGGAGGGACT  700

seq1  GTTGTACTCCATGCCTTAGCGGCCCCTCAGGAACCTGGGTGTGCAAGCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTACTCCATGCCTTAGCGGCCCCTCAGGAACCTGGGTGTGCAAGCCC  750

seq1  GGCCTTTTGCCTCCCACAGGCCATCCTACAC-TTTTCCCTCAGCAGTGAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTTTGCCTCCCACAGGCCATCCTACACTTTTTCCCTCAGCAGTGAA  800

seq1  CCTTCCAGAACATC-AGGTGCTTTGAGACTGCCCTGC-TTGAATTCCTGT  847
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CCTTCCAGAACATCAAGGTGCTTTGAGACTGCCCTGCTTTGAATTCCTGT  850

seq1  CCTGACTTCCTTCAATGATCAACAGTGG-TTTGGAAACATAAGCCAAA-T  895
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
seq2  CCTGACTTCCTTCAATGATCAACAGTGGTTTTGGAAACATAAGCCAAATT  900

seq1  AAACCCTTTCCTCCCCAAGTGAGTTTGGTCATGGT-GTGA-GAGGCCAAA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
seq2  AAACCCTTTCCTCCCCAAGTGAGTTTGGTCATGGTGGTGAGGAGGCCAAA  950

seq1  CTTATTCCATCTTGGGACTGGCC-TCTATCTGAAAACAAACAAACAAACA  992
      ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| ||||||| 
seq2  CTTATTCCATCTTGGGACTGGCCTTCATTCTGAAAACAAAC-AACAAAC-  998

seq1  AACAAATAAATAAGCCAAAAAATCCTGAGAACTT-GACCTGCAG-CTAAA  1040
      |||||||||||||||||||||   ||||  |||| ||||||||| |||||
seq2  AACAAATAAATAAGCCAAAAA--TCTGAAGACTTGGACCTGCAGCCTAAA  1046

seq1  CCCAAGCT--GCACCCAAGTACCAGGAAGAACCCCAT-GGCGTGTCCTTG  1087
      ||||||||  ||| |||  ||||||| || ||||||| ||||||||||||
seq2  CCCAAGCTTGGCAACCAGTTACCAGG-AGGACCCCATGGGCGTGTCCTTG  1095

seq1  GCCCATTCCCTGGCGTTATTTCCCAGCAACCATCAA-TCAAAGGTGG  1133
      | | ||  |||||||| |||| ||||||| |||||| ||||||||||
seq2  GACAAT--CCTGGCGTAATTTTCCAGCAA-CATCAATTCAAAGGTGG  1139

seq1: chr7_17242502_17243600
seq2: B6Ng01-291A22.g_68_1170 (reverse)

seq1  TGTGT-CCCCCACATTGG-TCATAGAGACCCCTC-TCTGGACCCCAGCTG  47
      ||||| |||||||||||| ||||| ||| ||||| |||||||||||||||
seq2  TGTGTCCCCCCACATTGGTTCATAAAGAACCCTCTTCTGGACCCCAGCTG  50

seq1  TCA-GCACATAGGAAAACT-ACAACAGGTAATGTTGACTCGGTTTGAAT-  94
      ||| |||||||||  | || ||||||||  ||| ||||||||||||||| 
seq2  TCAGGCACATAGG--ACCTAACAACAGGGTATG-TGACTCGGTTTGAATA  97

seq1  AAAGTATAACATGGCTCCCCTGCCCTTGATACTTCCTGTCCCCAAAGC-T  143
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AAAGTATAACATGGCT-CCCTGCCCTTGATACTTCCTGTCCCCAAAGCTT  146

seq1  TCCAGCTGCACAGGCCCTGTTCGGCCTCTGTGTCCTGTCTCCT-CAGGAT  192
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TCCAGCTGCACAGACCCTGTTCGGCCTCTGTGTCCTGTCTCCTCCAGGAT  196

seq1  TCAGGAAGAAAGTGAATCCCCTTGGGGCCCTCTTGTCCTCTGAGGTCCCC  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAAGAAAGTGAATCCCCTTGGGGCCCTCTTGTCCTCTGAGGTCCCC  246

seq1  TTCTCCCAGACACGGTCAGGGCTTGTCTCACCTGTGAGCAGGAGCCCCTT  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCCAGACACGGTCAGGGCTTGTCTCACCTGTGAGCAGGAGCCCCTT  296

seq1  GAAGAAAAGGAGAGGAGAGGACACCATGTTCTCTGTGCCTGCTTGTCTCA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAAAGGAGAGGAGAGGACACCATGTTCTCTGTGCCTGCTTGTCTCA  346

seq1  TCTCCAGCTCTGCCTCACACCTGTGCTGCTCTTATTCCTTCACACCTGAG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAGCTCTGCCTCACACCTGTGCTGCTCTTATTCCTTCACACCTGAG  396

seq1  CCATGGGAGCCCTTCCCAGAGTCACAGGACTATGGGTCATGTTTTCTCTC  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGGAGCCCTTCCCAGAGTCACAGGACTATGGGTCATGTTTTCTCTC  446

seq1  ATCCCATGCCTACTGCTTCCTGTCCCTTCCAGGGACAGTTTACAGCTCAA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCATGCCTACTGCTTCCTGTCCCTTCCAGGGACAGTTTACAGCTCAA  496

seq1  CATCCATGGAACTGAAGGCTGAAACCAGGAGGCAGGAACTGAAGCAGAGT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCATGGAACTGAAGGCTGAAACCAGGAGGCAGGAACTGAAGCAGAGT  546

seq1  CCGTGGGGGAATTATGTTTACTGCCCTACTTCCAGGATCACGTTCACTAT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTGGGGGAATTATGTTTACTGCCCTACTTCCAGGATCACGTTCACTAT  596

seq1  TTCTTAAACAGTCTAGACTCAGTTACCTATGGATGAGAGGTCCACAGGGG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAAACAGTCTAGACTCAGTTACCTATGGATGAGAGGTCCACAGGGG  646

seq1  GCTGGGACCTCCCACATCAATCAGTAATCATGAGAATGTGCCACTGACAT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGACCTCCCACATCAATCAGTAATCATGAGAATGTGCCACTGACAT  696

seq1  GCCCTCAGGCCAGTCTGATAGTCTCTTCCCAGGACTGTCACCTTTAGAAG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCAGGCCAGTCTGATAGTCTCTTCCCAGGACTGTCACCTTTAGAAG  746

seq1  TGTTTTATGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTATGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  796

seq1  GTGTGATACCTTAAAAGTTCTATATCTCAGGGTGGGGAAGATGGCTACTC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGATACCTTAAAAGTTCTATATCTCAGGGTGGGGAAGATGGCTACTC  846

seq1  TTCCAGAAGACCCAAGTTAAATTCTCAGCAGCCACATCGCAGCTCACGAC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGAAGACCCAAGTTAAATTCTCAGCAGCCACATCGCAGCTCACGAC  896

seq1  TGACTGTGAATCCAGTTCCGTGGGATCTAACACCCTTAATCAGACCTACA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGTGAATCCAGTTCCGTGGGATCTAACACCCTTAATCAGACCTACA  946

seq1  GGCAGCCAGGCAAAGCACGATTACATATAAAATTAAAATGAAAAAAGTTC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCCAGGCAAAGCACGATTACATATAAAATTAAAATGAAAAAAGTTC  996

seq1  TATATGAGCCAGGCATTGGCCACACCACACCTTTAATCCCAGCACTTGGG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGAGCCAGGCATTGGCCACACCACACCTTTAATCCCAGCACTTGGG  1046

seq1  AGGCAGAGGCAGGTGGATCTCTGAGCTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAG  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGAGGCAGGTGGATCTCTGAGCTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAG  1096

seq1  TGAATTC  1099
      |||||||
seq2  TGAATTC  1103