BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-293J11
Chromosome7 (Build37)
Map Location 74,452,738 - 74,581,976
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMef2a, EG665304
Upstream geneLrrk1, Aldh1a3, Asb7, Lins2, Lass3, Adamts17, Lysmd4
Downstream geneLrrc28, Ttc23, Dmn, LOC665319, LOC100041771, Igf1r, C330024D12Rik, EG434197, LOC100041800
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-293J11.bB6Ng01-293J11.g
ACCGA089934GA089935
length1,1751,059
definitionB6Ng01-293J11.b B6Ng01-293J11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(74,580,812 - 74,581,976)(74,452,738 - 74,453,802)
sequence
gaattccatttctgggacccagagtatccacattggccctgagaccacag
ctgaacttgttggaggggacataccagggcagagacatgtggttggtggc
agagggtcaaacagtgggcggggccctggatggacaggagggtcatagaa
aggaaggaattttggtggaaatggggcaaatatccctgcctcagggaccc
gagcctacctacattggaatcgtgggcattgcttgtctctcctttataga
agcaaaggcgtcccttgtcaaaacttggttaccaggtcaccagtttcctc
tccagcacttcccgacacttagaagatttttcaaggatgggggtgtggct
tggagacaccagagttgaagactttgtccaaatccctcctcccagaacag
gctccaaggccatctctgagccatgagaatataggaaggctgggatcgaa
gaagtggcgggcagcagctaagtccatggagaaggggagaggccaagggc
tccaggagggaaggatttggggaaagagaggctctattttgtctttgcca
tcttgtcctttctgctatgagggcaggaggaaaggaaaagaggggccgac
aggagtgtcacagggtccaggagcatgctggtgcctgagatttctgggat
atgtgagtgaagaagaccccacctctgacttaatctctgcctgttgaact
gtactgcttcccactctacagtaatcccgtcctggaccatgtgagcctcc
aacctccgccaccctgctgaaggccagaggaaagtggagagacacaccat
gaggaaggggagccagagaagacaagatatgaggacttaaactagccata
tctggccctgcctttgaggaggcccagctagtcaaggtcagagaaacgtt
gggaacacagccctgcagcctatagatgctctgagctcttctggcacggt
tcccaggtgctgcaggggctgggtttccttaggattggccagcagacacc
cagccccaagcccccgggaccctggcagcgtgattgatgtgctcctgtgg
tcacctaggtaccacaggactgccctcatcctctgtcctctgccattgaa
tgcaaagaggggggttacatggatgtcataccacgttttcaggagccagg
aaaaattggttaatctggataaagg
gaattccatgtgtgaactatcctgcacatgccatcattttcacacacaca
aatataaacatgcatactaatgaataacttttaaaactatgtatttaaat
tttctcaacagttggtatatttgtttacagataaattttaggaataacaa
gaaaacagaacacagtgggggaacaaggacaaagaataaaggagactggc
cacagcttaacaatacagataccacacagagagttaaaactcagaccaca
gagaacttctaagaaaaaagcaaacaaacaaacaaaaaaaccagtaacat
agcagacaactggcaaactacacacagaaaaaggttgcttttcaccttgt
caaaacagaaaggaagtatcataaagctgaaccagcaactctctaaatga
tacctatcacagaaatgttacttgcccacttttaaggaagtatcttcaca
agtacatacgattgccatccgaacagtaagaactagacagcacacatgtg
gagtttgctatgagtatgataactgaactgatggaatgagtcagatcaca
aaagcccagcactaagccaaagtcaggaaacactaccacaccatcatgtg
agaaagtaaagccattcagatacaacactaaaacaatatgctttcaatga
attcatgttaaggaaaacaacgtgaatgagtgatcacctttgtaaggaaa
agatgaacaggtctacggaaatattagactaatatctcattttcttttac
aactaaaagtatctgtagcaaatatgccaggaccgaaattacttccaaat
aatgaacacaacaatttttgtgccattattctctatattcaacctttgaa
aaaaaaatttagtgtttttcttcctaagtctatgaaggtaccttacatct
caataagcagaaatacatatcaagcagtagaagctgcagtgatctcaagc
aaggttactggctacatttataggacaaagaactatactttataatagta
ctcagcactaactgcagaaaacacaactgagggttagtgccaatgctagc
aaagcactt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_74580812_74581976
seq2: B6Ng01-293J11.b_45_1219 (reverse)

seq1  CCTTTATCCAGATTACCCACTTTTTCCT-GCTCCTGGAAAAGTGTTTGGA  49
      ||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||| ||| ||| |  ||
seq2  CCTTTATCCAGATTAACCAATTTTTCCTGGCTCCTGAAAACGTGGTATGA  50

seq1  CAT-CATGTA--CCCCCTC-TTGCCATCAATGGCAGAGGACAGAGGATGA  95
      ||| ||||||  ||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCATGTAACCCCCCTCTTTGCATTCAATGGCAGAGGACAGAGGATGA  100

seq1  GGGCAGGTCTGTGGTTACCTAGGTGACCACA-GAGCACATCAATCACGCT  144
      ||||||  |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGTCCTGTGG-TACCTAGGTGACCACAGGAGCACATCAATCACGCT  149

seq1  GCCA-GGTCCCGGGGGCTT-GGGCTGGGTGTCTGCT-GCCAAT-CTAAGG  190
      |||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||
seq2  GCCAGGGTCCCGGGGGCTTGGGGCTGGGTGTCTGCTGGCCAATCCTAAGG  199

seq1  AAA-CCAGCCCCTGCAGCACCTGGGAACCGTGCCAGAAGAGCTCAGAGCA  239
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCAGCCCCTGCAGCACCTGGGAACCGTGCCAGAAGAGCTCAGAGCA  249

seq1  TCTATAGGCTGCAGGGCTGTGTTCCCAACGTTTCTCTGACCTTGACTAGC  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATAGGCTGCAGGGCTGTGTTCCCAACGTTTCTCTGACCTTGACTAGC  299

seq1  TGGGCCTCCTCAAAGGCAGGGCCAGATATGGCTAGTTTAAGTCCTCATAT  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCTCCTCAAAGGCAGGGCCAGATATGGCTAGTTTAAGTCCTCATAT  349

seq1  CTTGTCTTCTCTGGCTCCCCTTCCTCATGGTGTGTCTCTCCACTTTCCTC  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCTTCTCTGGCTCCCCTTCCTCATGGTGTGTCTCTCCACTTTCCTC  399

seq1  TGGCCTTCAGCAGGGTGGCGGAGGTTGGAGGCTCACATGGTCCAGGACGG  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTTCAGCAGGGTGGCGGAGGTTGGAGGCTCACATGGTCCAGGACGG  449

seq1  GATTACTGTAGAGTGGGAAGCAGTACAGTTCAACAGGCAGAGATTAAGTC  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTACTGTAGAGTGGGAAGCAGTACAGTTCAACAGGCAGAGATTAAGTC  499

seq1  AGAGGTGGGGTCTTCTTCACTCACATATCCCAGAAATCTCAGGCACCAGC  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTGGGGTCTTCTTCACTCACATATCCCAGAAATCTCAGGCACCAGC  549

seq1  ATGCTCCTGGACCCTGTGACACTCCTGTCGGCCCCTCTTTTCCTTTCCTC  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCCTGGACCCTGTGACACTCCTGTCGGCCCCTCTTTTCCTTTCCTC  599

seq1  CTGCCCTCATAGCAGAAAGGACAAGATGGCAAAGACAAAATAGAGCCTCT  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCTCATAGCAGAAAGGACAAGATGGCAAAGACAAAATAGAGCCTCT  649

seq1  CTTTCCCCAAATCCTTCCCTCCTGGAGCCCTTGGCCTCTCCCCTTCTCCA  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCCCAAATCCTTCCCTCCTGGAGCCCTTGGCCTCTCCCCTTCTCCA  699

seq1  TGGACTTAGCTGCTGCCCGCCACTTCTTCGATCCCAGCCTTCCTATATTC  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTTAGCTGCTGCCCGCCACTTCTTCGATCCCAGCCTTCCTATATTC  749

seq1  TCATGGCTCAGAGATGGCCTTGGAGCCTGTTCTGGGAGGAGGGATTTGGA  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGCTCAGAGATGGCCTTGGAGCCTGTTCTGGGAGGAGGGATTTGGA  799

seq1  CAAAGTCTTCAACTCTGGTGTCTCCAAGCCACACCCCCATCCTTGAAAAA  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTCTTCAACTCTGGTGTCTCCAAGCCACACCCCCATCCTTGAAAAA  849

seq1  TCTTCTAAGTGTCGGGAAGTGCTGGAGAGGAAACTGGTGACCTGGTAACC  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTAAGTGTCGGGAAGTGCTGGAGAGGAAACTGGTGACCTGGTAACC  899

seq1  AAGTTTTGACAAGGGACGCCTTTGCTTCTATAAAGGAGAGACAAGCAATG  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTTGACAAGGGACGCCTTTGCTTCTATAAAGGAGAGACAAGCAATG  949

seq1  CCCACGATTCCAATGTAGGTAGGCTCGGGTCCCTGAGGCAGGGATATTTG  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACGATTCCAATGTAGGTAGGCTCGGGTCCCTGAGGCAGGGATATTTG  999

seq1  CCCCATTTCCACCAAAATTCCTTCCTTTCTATGACCCTCCTGTCCATCCA  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATTTCCACCAAAATTCCTTCCTTTCTATGACCCTCCTGTCCATCCA  1049

seq1  GGGCCCCGCCCACTGTTTGACCCTCTGCCACCAACCACATGTCTCTGCCC  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCCCGCCCACTGTTTGACCCTCTGCCACCAACCACATGTCTCTGCCC  1099

seq1  TGGTATGTCCCCTCCAACAAGTTCAGCTGTGGTCTCAGGGCCAATGTGGA  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATGTCCCCTCCAACAAGTTCAGCTGTGGTCTCAGGGCCAATGTGGA  1149

seq1  TACTCTGGGTCCCAGAAATGGAATTC  1165
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCTGGGTCCCAGAAATGGAATTC  1175

seq1: chr7_74452738_74453802
seq2: B6Ng01-293J11.g_66_1124

seq1  GAATTCCATGTGTGAACTATCCTGCACATGCCATCATTTTCACACACACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGTGTGAACTATCCTGCACATGCCATCATTTTCACACACACA  50

seq1  AATATAAACATGCATACTAATGAATAACTTTTAAAACTATGTATTTAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAAACATGCATACTAATGAATAACTTTTAAAACTATGTATTTAAAT  100

seq1  TTTCTCAACAGTTGGTATATTTGTTTACAGATAAATTTTAGGAATAACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCAACAGTTGGTATATTTGTTTACAGATAAATTTTAGGAATAACAA  150

seq1  GAAAACAGAACACAGTGGGGGAACAAGGACAAAGAATAAAGGAGACTGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACAGAACACAGTGGGGGAACAAGGACAAAGAATAAAGGAGACTGGC  200

seq1  CACAGCTTAACAATACAGATACCACACAGAGAGTTAAAACTCAGACCACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCTTAACAATACAGATACCACACAGAGAGTTAAAACTCAGACCACA  250

seq1  GAGAACTTCTAAGAAAAAAGCAAACAAACAAACAAAAAAACCAGTAACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACTTCTAAGAAAAAAGCAAACAAACAAACAAAAAAACCAGTAACAT  300

seq1  AGCAGACAACTGGCAAACTACACACAGAAAAAGGTTGCTTTTCACCTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGACAACTGGCAAACTACACACAGAAAAAGGTTGCTTTTCACCTTGT  350

seq1  CAAAACAGAAAGGAAGTATCATAAAGCTGAACCAGCAACTCTCTAAATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAGAAAGGAAGTATCATAAAGCTGAACCAGCAACTCTCTAAATGA  400

seq1  TACCTATCACAGAAATGTTACTTGCCCACTTTTAAGGAAGTATCTTCACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTATCACAGAAATGTTACTTGCCCACTTTTAAGGAAGTATCTTCACA  450

seq1  AGTACATACGATTGCCATCCGAACAGTAAGAACTAGACAGCACACATGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACATACGATTGCCATCCGAACAGTAAGAACTAGACAGCACACATGTG  500

seq1  GAGTTTGCTATGAGTATGATAACTGAACTGATGGAATGAGTCAGATCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTGCTATGAGTATGATAACTGAACTGATGGAATGAGTCAGATCACA  550

seq1  AAAGCCCAGCACTAAGCCAAAGTCAGGAAACACTACCACACCATCATGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCCAGCACTAAGCCAAAGTCAGGAAACACTACCACACCATCATGTG  600

seq1  AGAAAGTAAAGCCATTCAGATACAACACTAAAACAATATGCTTTCAATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGTAAAGCCATTCAGATACAACACTAAAACAATATGCTTTCAATGA  650

seq1  ATTCATGTTAAGGAAAACAACGTGAATGAGTGATCACCTTTGTAAGGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATGTTAAGGAAAACAACGTGAATGAGTGATCACCTTTGTAAGGAAA  700

seq1  AGATGAACAGGTCTACGGAAATATTAGACTAATATCTCATTTTCTTTTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAACAGGTCTACGGAAATATTAGACTAATATCTCATTTTCTTTTAC  750

seq1  AACTAAAAGTATCTGTAGCAAATATGCCAGGACCGAAATTACTTCCAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAAAAGTATCTGTAGCAAATATGCCAGGACCGAAATTACTTCCAAAT  800

seq1  AATGAACACAACAATTTTTGTGCCATTATTCTCTATATTCAACCTTTG-A  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AATGAACACAACAATTTTTGTGCCATTATTCTCTATATTCAACCTTTGAA  850

seq1  AAAAAAATTTAGTGTTTTTCTTCCTAAGTCTATGAAGGTACC-TACATCT  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AAAAAAATTTAGTGTTTTTCTTCCTAAGTCTATGAAGGTACCTTACATCT  900

seq1  CAATAAGCAGAAATACATATCAAGCAGTAGAAGCTGCAGGTGATCTCAAG  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CAATAAGCAGAAATACATATCAAGCAGTAGAAGCTGCA-GTGATCTCAAG  949

seq1  CAAGGTTACTGGCTAACATTTATAGGACAAAGAACTATACTTTTATAAAT  998
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
seq2  CAAGGTTACTGGCT-ACATTTATAGGACAAAGAACTATAC-TTTAT-AAT  996

seq1  AGTACTCAGCAACTAAACTGCAGAAAACACAAACTGAGGGGTTAGTG-CA  1047
      |||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||
seq2  AGTACTCAGC-ACT-AACTGCAGAAAACAC-AACTGA-GGGTTAGTGCCA  1042

seq1  ATGCTAGCAAAGGCACTT  1065
      ||||||||||| ||||||
seq2  ATGCTAGCAAA-GCACTT  1059