BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-297E04
Chromosome7 (Build37)
Map Location 102,977,764 - 103,150,560
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFrda-ps
Upstream geneLOC100040132, LOC666823
Downstream geneEG666836, Odz4, LOC670727, LOC666858, Nars2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-297E04.bB6Ng01-297E04.g
ACCGA092660GA092661
length1,1461,113
definitionB6Ng01-297E04.b B6Ng01-297E04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(102,977,764 - 102,978,912)(103,149,444 - 103,150,560)
sequence
gggaattccacatttaaaaatgtagattaatatagaaaatataatatatt
tacactaagtaatatcaggcaacatcactgacttctactatcttttaaaa
agctagaaatgactgttagcactggccttgtgttggcagaagctggatgc
agttgctcactaacagagtgtatgttccataccactacagaccaccatta
cttctgtctcctgttggagtctctgatacttcctgccttgccctcaggca
cctgaatttgagatctatgatacagatcaacaatacataataacactaca
aaatttccatgtgctgccgatgcaatatacttcaaaaaacattgtatgtt
cttacgaaatatatgcaaattagaaacccggggtttgctttggggtttaa
taacagtagtacaaggggtcccgggactgtagttcagttggtggggtggt
tgcttaatgtctgtgatgccctaggttacatttcaaacactttatgaaat
tgttcatggtggcacatgtgtatcgtcccagatttgggaattggagactg
gagaacaggagttcaaggtctttctctgatacttccccagttcaagacca
gcctaatctatgtgagactttgtctcaaaaatgttttaagtggtacacac
ttagcctaactaatttaggatgtcatcaactatcccaagattcacatata
gttaaggcagccattcgcgtgccagccacctctttcaccatctgccctgc
tccagcctctgacctcatttgctgtttacggtagtataatctgtcttaca
acaggacataaattcactacataagtaatttctcctcaaaggctattttc
ccatgaaccatgtggaagtaaattgcttatttttatttctccccaatgta
gagcagaggtcaccatgccttgcgcattttacttcttaaaggcaaacaca
attgcttttccatgtatcctttaatgtcacctttgcctgccattccatct
agtttaagagggccagccattttatcttgagaccattaggggtagcccac
ttgtggtgatcattcgattttcctcagtgacacttgaagttcggggtgag
cacttcgaggttagaagcatgaaagctattaagtccatgacaaagg

gaattcttcttttgcttcccacctgcctccccccaaccccagacgagctc
tactgagctatacacccagccctcttttctatttgtttttatacagggta
tcactgagttgcccaggctgatcacagattcactgtgtagtccatgtagg
ccttgaaattgagatgccctgtctcaacctcctgagtagctgagttgata
agcttggtcctgtagtggcagctactcttctcttcatcctcttcctcctt
ttcttcccccacttcctttctttcttctccccatttcagtatttcctctt
tcatcttccacagtaaggaccaaattgctcactgagacattagtgacata
gacacttcacagttctttgccagtcacttgggtcacatggttattctgtt
ccaccagggcacgtgattcaggttgaaccccttaaccccttaacatgatg
gttctagagcctgcagaggtccttactcttcacctgttcccagtgtggac
aaatgactattgagaatagaagtagaagctataacttcaatggcagaggg
tgaacctaggaggcttccttgagtaagtcgtttctgagctggactatgga
ggacttctctaggcataaaatgatggaggtcatagtagtcaggagaaata
gcctatgcaggggaatggccacatgaacataggggctgtacagctggagg
aggaggaggaggcacactcgaacttagtgtgcatgagctttaaatctgtc
aatcataatgaattctcacattaagcttgtttggaaacactgctatccct
ggtctgtagagggggaaaaaacattgtgctgaaagcttaataatttattg
ggaccccacaatgggaaatatctaacttgaattctgatctgagcctgcct
gactctgatgtgactcatgttctcaactcccactatacatggctgttagg
attcatggattcttatgctgcttaggactcccaacaatgctgtggtcaac
gtcatactatggcggccactagtgactacctttgcttaatatgtatgtct
gtgcaatgtgcataatgttgtgttgtcagtaggtgtggatgctatgacca
caggaaattctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_102977764_102978912
seq2: B6Ng01-297E04.b_55_1198

seq1  GAATTCCACATTTAAAAATGTAGATTAATATAGAAAATATAATATATTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACATTTAAAAATGTAGATTAATATAGAAAATATAATATATTTA  50

seq1  CACTAAGTAATATCAGGCAACATCACTGACTTCTACTATCTTTTAAAAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAAGTAATATCAGGCAACATCACTGACTTCTACTATCTTTTAAAAAG  100

seq1  CTAGAAATGACTGTTAGCACTGGCCTTGTGTTGGCAGAAGCTGGATGCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAATGACTGTTAGCACTGGCCTTGTGTTGGCAGAAGCTGGATGCAG  150

seq1  TTGCTCACTAACAGAGTGTATGTTCCATACCACTACAGACCACCATTACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCACTAACAGAGTGTATGTTCCATACCACTACAGACCACCATTACT  200

seq1  TCTGTCTCCTGTTGGAGTCTCTGATACTTCCTGCCTTGCCCTCAGGCACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTCCTGTTGGAGTCTCTGATACTTCCTGCCTTGCCCTCAGGCACC  250

seq1  TGAATTTGAGATCTATGATACAGATCAACAATACATAATAACACTACAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTTGAGATCTATGATACAGATCAACAATACATAATAACACTACAAA  300

seq1  ATTTCCATGTGCTGCCGATGCAATATACTTCAAAAAACATTGTATGTTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCATGTGCTGCCGATGCAATATACTTCAAAAAACATTGTATGTTCT  350

seq1  TACGAAATATATGCAAATTAGAAACCCGGGGTTTGCTTTGGGGTTTAATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGAAATATATGCAAATTAGAAACCCGGGGTTTGCTTTGGGGTTTAATA  400

seq1  ACAGTAGTACAAGGGGTCCCGGGACTGTAGTTCAGTTGGTGGGGTGGTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTAGTACAAGGGGTCCCGGGACTGTAGTTCAGTTGGTGGGGTGGTTG  450

seq1  CTTAATGTCTGTGATGCCCTAGGTTACATTTCAAACACTTTATGAAATTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATGTCTGTGATGCCCTAGGTTACATTTCAAACACTTTATGAAATTG  500

seq1  TTCATGGTGGCACATGTGTATCGTCCCAGATTTGGGAATTGGAGACTGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGGTGGCACATGTGTATCGTCCCAGATTTGGGAATTGGAGACTGGA  550

seq1  GAACAGGAGTTCAAGGTCTTTCTCTGATACTTCCCCAGTTCAAGACCAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGGAGTTCAAGGTCTTTCTCTGATACTTCCCCAGTTCAAGACCAGC  600

seq1  CTAATCTATGTGAGACTTTGTCTCAAAAATGTTTTAAGTGGTACACACTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATCTATGTGAGACTTTGTCTCAAAAATGTTTTAAGTGGTACACACTT  650

seq1  AGCCTAACTAATTTAGGATGTCATCAACTATCCCAAGATTCACATATAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTAACTAATTTAGGATGTCATCAACTATCCCAAGATTCACATATAGT  700

seq1  TAAGGCAGCCATTCGCGTGCCAGCCACCTCTTTCACCATCTGCCCTGCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGCAGCCATTCGCGTGCCAGCCACCTCTTTCACCATCTGCCCTGCTC  750

seq1  CAGCCTCTGACCTCATTTGCTG-TTACGGTAGTATAATCTGTCTTACAAC  799
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTCTGACCTCATTTGCTGTTTACGGTAGTATAATCTGTCTTACAAC  800

seq1  AGGACATAAATTCACTACATAAGTAATTTCTCCTC-AAGGCTATTTTCCC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGGACATAAATTCACTACATAAGTAATTTCTCCTCAAAGGCTATTTTCCC  850

seq1  ATGAACCATGTGGAAGTAAATTGCTTATTTTTATTTCTTCCCCAATGTAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ATGAACCATGTGGAAGTAAATTGCTTATTTTTATTTC-TCCCCAATGTAG  899

seq1  AGCAGAGGTCACCATGCCTTGCGCAATTTTACTTCCTTAAAGGCAAACAC  948
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGCAGAGGTCACCATGCCTTGCGC-ATTTTACTT-CTTAAAGGCAAACAC  947

seq1  AATTGCTTTTCCCATGTATCCTTTAATGTCACCTTTGCCTGCCATTCCCA  998
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AATTGCTTTT-CCATGTATCCTTTAATGTCACCTTTGCCTGCCATT-CCA  995

seq1  TCTAGTTTAAGAGGGCCAGCCA-TTTATC-TGAGACCATTAGGGG-AGCC  1045
      |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||
seq2  TCTAGTTTAAGAGGGCCAGCCATTTTATCTTGAGACCATTAGGGGTAGCC  1045

seq1  CAC-TGTGGTGATACATCGATTTT-CTCAGGTGACAC-TGGAGTCGGGTG  1092
      ||| |||||||||   |||||||| |||| ||||||| || |||  || |
seq2  CACTTGTGGTGATCATTCGATTTTCCTCA-GTGACACTTGAAGTTCGGGG  1094

seq1  TGAGCCACTTTCAGAGGTAAGAAGGCATGAAAAGCTATTAAGTCCCATGG  1142
      |||| |||||   ||||| |||| ||||| ||||||||||||| |||| |
seq2  TGAG-CACTT--CGAGGTTAGAA-GCATG-AAAGCTATTAAGT-CCAT-G  1137

seq1  ACAAAGG  1149
      |||||||
seq2  ACAAAGG  1144


seq1: chr7_103149444_103150560
seq2: B6Ng01-297E04.g_70_1182 (reverse)

seq1  AGAGAA-TACCTGTGGTCATAGGCAT-CACACATACATGAACACACAAAC  48
      |||||| | |||||||||||| |||| ||||| ||| |||  ||||||  
seq2  AGAGAATTTCCTGTGGTCATA-GCATCCACACCTAC-TGACAACACAACA  48

seq1  ATATGCACA-TGCACAGACATACAATATTTAAAGCAAAGGTAGTCACTTG  97
       |||||||| ||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| |
seq2  TTATGCACATTGCACAGACATAC-ATATT--AAGCAAAGGTAGTCACTAG  95

seq1  TGGCCGCCATTAGGTATGACGTTGACACCAGCATGTTGGGGAGTCCT-AG  146
      ||||||||||   |||||||||||||  ||||||  | ||||||||| ||
seq2  TGGCCGCCAT--AGTATGACGTTGACCACAGCATTGTTGGGAGTCCTAAG  143

seq1  CAGCATAAG-ATCCATGAATCCTAACAGCCATGTATAGTGGGAGTTGAGA  195
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATAAGAATCCATGAATCCTAACAGCCATGTATAGTGGGAGTTGAGA  193

seq1  ACATGAGTCACATCAGAGTCAGGCAGGCTCAGATTCAGAATTCAAGTTAG  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ACATGAGTCACATCAGAGTCAGGCAGGCTCAGA-TCAGAATTCAAGTTAG  242

seq1  ATAATTTCCCATTGTGGGGTCCCAATAAATTATTAAGCTTTCAGCACAAT  295
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AT-ATTTCCCATTGTGGGGTCCCAATAAATTATTAAGCTTTCAGCACAAT  291

seq1  GTTTTTTCCCCCTCTACAGACCAGGGATAGCAGTGTTTCCAAACAAGCTT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTTCCCCCTCTACAGACCAGGGATAGCAGTGTTTCCAAACAAGCTT  341

seq1  AATGTGAGAATTCATTATGATTGACAGATTTAAAGCTCATGCACACTAAG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGAGAATTCATTATGATTGACAGATTTAAAGCTCATGCACACTAAG  391

seq1  TTCGAGTGTGCCTCCTCCTCCTCCTCCAGCTGTACAGCCCCTATGTTCAT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGAGTGTGCCTCCTCCTCCTCCTCCAGCTGTACAGCCCCTATGTTCAT  441

seq1  GTGGCCATTCCCCTGCATAGGCTATTTCTCCTGACTACTATGACCTCCAT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCCATTCCCCTGCATAGGCTATTTCTCCTGACTACTATGACCTCCAT  491

seq1  CATTTTATGCCTAGAGAAGTCCTCCATAGTCCAGCTCAGAAACGACTTAC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTATGCCTAGAGAAGTCCTCCATAGTCCAGCTCAGAAACGACTTAC  541

seq1  TCAAGGAAGCCTCCTAGGTTCACCCTCTGCCATTGAAGTTATAGCTTCTA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGAAGCCTCCTAGGTTCACCCTCTGCCATTGAAGTTATAGCTTCTA  591

seq1  CTTCTATTCTCAATAGTCATTTGTCCACACTGGGAACAGGTGAAGAGTAA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTATTCTCAATAGTCATTTGTCCACACTGGGAACAGGTGAAGAGTAA  641

seq1  GGACCTCTGCAGGCTCTAGAACCATCATGTTAAGGGGTTAAGGGGTTCAA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCTCTGCAGGCTCTAGAACCATCATGTTAAGGGGTTAAGGGGTTCAA  691

seq1  CCTGAATCACGTGCCCTGGTGGAACAGAATAACCATGTGACCCAAGTGAC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAATCACGTGCCCTGGTGGAACAGAATAACCATGTGACCCAAGTGAC  741

seq1  TGGCAAAGAACTGTGAAGTGTCTATGTCACTAATGTCTCAGTGAGCAATT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAAAGAACTGTGAAGTGTCTATGTCACTAATGTCTCAGTGAGCAATT  791

seq1  TGGTCCTTACTGTGGAAGATGAAAGAGGAAATACTGAAATGGGGAGAAGA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCTTACTGTGGAAGATGAAAGAGGAAATACTGAAATGGGGAGAAGA  841

seq1  AAGAAAGGAAGTGGGGGAAGAAAAGGAGGAAGAGGATGAAGAGAAGAGTA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGGAAGTGGGGGAAGAAAAGGAGGAAGAGGATGAAGAGAAGAGTA  891

seq1  GCTGCCACTACAGGACCAAGCTTATCAACTCAGCTACTCAGGAGGTTGAG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCACTACAGGACCAAGCTTATCAACTCAGCTACTCAGGAGGTTGAG  941

seq1  ACAGGGCATCTCAATTTCAAGGCCTACATGGACTACACAGTGAATCTGTG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGCATCTCAATTTCAAGGCCTACATGGACTACACAGTGAATCTGTG  991

seq1  ATCAGCCTGGGCAACTCAGTGATACCCTGTATAAAAACAAATAGAAAAGA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCCTGGGCAACTCAGTGATACCCTGTATAAAAACAAATAGAAAAGA  1041

seq1  GGGCTGGGTGTATAGCTCAGTAGAGCTCGTCTGGGGTTGGGGGGAGGCAG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGGGTGTATAGCTCAGTAGAGCTCGTCTGGGGTTGGGGGGAGGCAG  1091

seq1  GTGGGAAGCAAAAGAAGAATTC  1117
      ||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAAGCAAAAGAAGAATTC  1113


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |