BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-301F17
Chromosome7 (Build37)14 (Build37)
Map Location 70,646,028 - 70,647,10377,281,423 - 77,281,663
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap geneOtud7a
Upstream geneEG665038, LOC669222, LOC384631, LOC622243, EG622251, Chrna7
Downstream geneLOC545971, LOC100041386, LOC665083, Klf13, E030018B13Rik, Trpm1, BB128963, Mtmr15, LOC100041582, Mphosph10, Mcee, Apba2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-301F17.bB6Ng01-301F17.g
ACCGA095688GA095689
length1,070349
definitionB6Ng01-301F17.b B6Ng01-301F17.g
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(70,646,028 - 70,647,103)(77,281,423 - 77,281,663)
sequence
gaattcatcataagaatttgaaggacacaattcagtctatgacaaagatg
aagttttcagctcgactcctgggaaaaataggaagatgtgatgtcttatt
ctggaatccatccagggaagcacagcaaagtataacggtgtacacctgta
atcttagcacttggatggctgaggcaaaaggatggggttgagttcagcat
gagctccattgggaccttgtcttagaagcataagggaagatgggctgaca
ttgcttaacagtgaaaagcacgtgttgcttttgcaaaggtccccagattc
agtttccagcgcccatatgatgatttacaacagtccacaactgcagttcc
aagaaactgatgctgtcttctgcccactgaggctaccagtcatgcatgtg
gtgcacatattcttgcagataagacactcacatctataaattacctcagt
catgcatgtggtgcacatatgcatataggttagacactcatacctataaa
ttatatcagtcatgcatgtggtgcacatgtgcatgcagtcaagacactca
tacagataaactatctaaatagacaatgagaacaatggcagactatacca
tgctcttctactcctaaccttataaacccataaaacaaagaccatgggaa
gtgcatggtgcctctgcagctgtgactgaccaggagttacccagaaagca
gagaatttcagaatgaagaagagcccacacttgggcctcctgtgtccact
aagtgttttctaaaagcgtatctcacctgaggctgttggaagtgttagga
aatttttgtggtagcccttgaagatagtgtcaccagtgtcagactgttcc
aggggaagagccccacggggactcatgggacagaagtgcagagtcgctcc
actagaaagatggcttggctcttgtactttcttgctttgacatttatgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgaacttgctaagtcgcacttctaatggga
tttttgttaaaggtacagcaagtactagacctcagttcagtcccatatgc
actgacagcaatgttaacct
ttttggctccacattccaccttgctgtaggcgtgctaggcttacagatgt
atactactgtgcctgcctttaagtgggttctgggatccgaactaaaatct
tcacacttgtgaggcaagttcttcacccagtcatctctccagccttctta
agtcttttaaaaatctattgtggggtgagaaaactgtctcatagtctggc
tccttgctgggtgtgtgagtatgtgtctctctgtgtctatgtgtgtatat
gttgtgtgcatatgtgtatctatgtatacacgtgtgcatgtgcatatata
tatatatatatatacatatgtgtgtgtgtgtgtatgcatgtgtgtgtat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_70646028_70647103
seq2: B6Ng01-301F17.b_45_1114

seq1  GAATTCATCATAAGAATTTGAAGGACACAATTCAGTCTATGACAAAGATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCATAAGAATTTGAAGGACACAATTCAGTCTATGACAAAGATG  50

seq1  AAGTTTTCAGCTCGACTCCTGGGAAAAATAGGAAGATGTGATGTCTTATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTTCAGCTCGACTCCTGGGAAAAATAGGAAGATGTGATGTCTTATT  100

seq1  CTGGAATCCATCCAGGGAAGCACAGCAAAGTATAACGGTGTACACCTGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAATCCATCCAGGGAAGCACAGCAAAGTATAACGGTGTACACCTGTA  150

seq1  ATCTTAGCACTTGGATGGCTGAGGCAAAAGGATGGGGTTGAGTTCAGCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTAGCACTTGGATGGCTGAGGCAAAAGGATGGGGTTGAGTTCAGCAT  200

seq1  GAGCTCCATTGGGACCTTGTCTTAGAAGCATAAGGGAAGATGGGCTGACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCCATTGGGACCTTGTCTTAGAAGCATAAGGGAAGATGGGCTGACA  250

seq1  TTGCTTAACAGTGAAAAGCACGTGTTGCTTTTGCAAAGGTCCCCAGATTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTAACAGTGAAAAGCACGTGTTGCTTTTGCAAAGGTCCCCAGATTC  300

seq1  AGTTTCCAGCGCCCATATGATGATTTACAACAGTCCACAACTGCAGTTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCCAGCGCCCATATGATGATTTACAACAGTCCACAACTGCAGTTCC  350

seq1  AAGAAACTGATGCTGTCTTCTGCCCACTGAGGCTACCAGTCATGCATGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAACTGATGCTGTCTTCTGCCCACTGAGGCTACCAGTCATGCATGTG  400

seq1  GTGCACATATTCTTGCAGATAAGACACTCACATCTATAAATTACCTCAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACATATTCTTGCAGATAAGACACTCACATCTATAAATTACCTCAGT  450

seq1  CATGCATGTGGTGCACATATGCATATAGGTTAGACACTCATACCTATAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCATGTGGTGCACATATGCATATAGGTTAGACACTCATACCTATAAA  500

seq1  TTATATCAGTCATGCATGTGGTGCACATGTGCATGCAGTCAAGACACTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATCAGTCATGCATGTGGTGCACATGTGCATGCAGTCAAGACACTCA  550

seq1  TACAGATAAACTATCTAAATAGACAATGAGAACAATGGCAGACTATACCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGATAAACTATCTAAATAGACAATGAGAACAATGGCAGACTATACCA  600

seq1  TGCTCTTCTACTCCTAACCTTATAAACCCATAAAACAAAGACCATGGGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTTCTACTCCTAACCTTATAAACCCATAAAACAAAGACCATGGGAA  650

seq1  GTGCATGGTGCCTCTGCAGCTGTGACTGACCAGGAGTTACCCAGAAAGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGGTGCCTCTGCAGCTGTGACTGACCAGGAGTTACCCAGAAAGCA  700

seq1  GAGAATTTCAGAATGAAGAAGAGCCCACACTTGGGCCTCCTGTGTCCACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATTTCAGAATGAAGAAGAGCCCACACTTGGGCCTCCTGTGTCCACT  750

seq1  AAGTGTTTTCTAAAAGCGTATCTCACCTGAGGCTGTTGGAAGTGTTAGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTTTTCTAAAAGCGTATCTCACCTGAGGCTGTTGGAAGTGTTAGGA  800

seq1  AATTTTTGTGGTAGCCCTTGAAGATAGTGTCACCAGTGTCAGACTGTTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTTGTGGTAGCCCTTGAAGATAGTGTCACCAGTGTCAGACTGTTCC  850

seq1  AGGGGAAGAGCCCCACGGGGACTCATGGGACAGAAGTGCAGAGTCGCTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAAGAGCCCCACGGGGACTCATGGGACAGAAGTGCAGAGTCGCTCC  900

seq1  ACTAGAAAGATGGCTTGGCTCTTGTACTTTCTTGCTTTGACATTTATGTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGAAAGATGGCTTGGCTCTTGTACTTTCTTGCTTTGACATTTATGTG  950

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAAC-TGCTAAGTCGGCCACTTCTAATGG  999
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAACTTGCTAAGTCG--CACTTCTAATGG  998

seq1  AATTTTTTGTTAAGGTACAAGGCAAGTACTAAGACTCAGTTCAGTCCCCA  1049
       ||||||  | ||||||||  ||||||||||   ||||||||||||||  
seq2  GATTTTTGTTAAAGGTACA--GCAAGTACTAGACCTCAGTTCAGTCCC--  1044

seq1  AAATGCACTTGACAGCAAATGTAACCT  1076
      | |||||| |||||||||   ||||||
seq2  ATATGCAC-TGACAGCAATGTTAACCT  1070

seq1: chr14_77281423_77281663
seq2: B6Ng01-301F17.g_295_422 (reverse)

seq1  ATACACACACAAACACACATATACACACACACACATATACCCAGACATAC  50
      |||||||||||  || ||| | ||||||||| |  ||||   | | ||| 
seq2  ATACACACACATGCATACACACACACACACATATGTATATATATATATAT  50

seq1  ACATATACACATAGAGACACACATGTATATAGACATACACATATACACAC  100
      | |||| |||||     ||||| |||||| | | |||||||||| |||||
seq2  ATATATGCACAT----GCACACGTGTATACATAGATACACATATGCACAC  96

seq1  ACAAACACATATGCACACACACACACAAACACACATACACACATATACAT  150
      |     |||||| |||||| | ||||| | | ||| |             
seq2  A-----ACATATACACACATAGACACAGAGAGACACA-------------  128

seq1  ACACAGAGACACACACAGACACAGACATATACACACACATATATATACAC  200
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  128

seq1  ACACATGTACACAGACACACACATACACACAGAGAGACACA  241
                                               
seq2  -----------------------------------------  128