BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-301M02
Chromosome7 (Build37)
Map Location 96,654,281 - 96,795,502
singlet/doubletdoublet
Overlap genePrss23, LOC100040001, Me3
Upstream geneLOC100039924, LOC666598, EG621562, Tmem135, LOC100039969, Fzd4
Downstream geneCcdc81, l7Rn6, Eed, E230029C05Rik, EG384719, 2310010J17Rik, Picalm, Ccdc83, Sytl2, Ccdc89, Crebzf, Tmem126a, Tmem126b, B230218P12Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-301M02.bB6Ng01-301M02.g
ACCGA095985GA095986
length1,1041,189
definitionB6Ng01-301M02.b B6Ng01-301M02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,654,281 - 96,655,375)(96,794,331 - 96,795,502)
sequence
gaattcatacacagctctgacacataatggttcatagtttgtatcttctg
aatgttatttctacagctttttacactggtttcttcctaaagtttggaat
catgctagcaagtatgtcctaaactctgtcaccaccttctgattctcaca
gacaaatggcttttagatttattcttccgttttatgtgctggacatctcc
aaatcctatttacaaggtctaagtaagccccaaaggcacagatacccagc
ccaatgtgtagctcctcacatattccactctgtctcattgactaagagat
ttgtacaacaacaacacctaaaatatattgcaagggcaaaattgttggaa
gcggtaagggtgaatgcaaaggctctgtgaccagacacatttgctgacat
gcagatttaaaaatagtcacaggtctctttcctataagatgtttttatag
cttttagtgtgcaaacaggaggggggcattaagaggtatctccctcccag
ttgatgacaatacccttttcagttctggcagaaaacttggaatgacatga
atttaaggggcatggtttaggatctatggttctactagccttgggagaaa
tatactgtttcagtgttcacaactaatacaggtatagtattcgttgcatt
gctaccagaaagtcactctttcaattgctgtgacatgttcttttgttgcg
tatgtgtatgatgtgttcatgtgtttgcatgtgtgtgtgcatgtgtgtgc
atgtgtgtgcatgtgtatgtgccagtgcatgtgcataagtaggtaaaaaa
aaatcagtgtcaggtattttcctccacgttgcacactgtatttattgaga
taagatctttgctggacctggaccttgttgcttctggatagcctagctag
tctgctccaaggatctactgtctccgttttcctatatctgggggttgtag
tcttcccagcttcttttgtggggtcctggggatctgaacgctagtcttta
cacttgcagaaaaaggtactttgtacactgagccatcttcccttaggcct
tactatgaacacttgataccactgtttgtcaactaatgaaaagatgaacc
atat
gaattcattcaccattgatgaagttcagagctgaattggctattgggagg
ttgggtctagttggagaagatcatcactgagcttgtggcgttgaaggcca
tttcttagccctaaacagatactctcactctttctcttgttcactttggt
gtgtgcatttgtgtgtgtccacatacatgtgtcccatggcacacatgtag
tgattaaaagacaacttgaggcagtgagttctcttcttccaccatgtagg
tactgggacttacactcagttctagtttggcagcatcatcttaacctgct
gaatcatctcacaaattctctctctctcactctctctttctgcttctgtc
tctccatgtctcttctctgtttctgtgtgtctatgtctctgtttctgttt
gtctctttctccacctctgtgtgtgcctgcgtctctctctctctgtctct
gtttttctttttttctttttctttttaattggtgtagttgtttttttttt
agttagatattttctttatttacatttcaaatgctatcctgaaagttccc
tataccctcccactgccctgctctcctacccacccactcccacttcttgg
ccctggcattcccctgaactggggcatataaagtttgcaagacctagggg
cctctcttcccaatgatggccgactaggccatcttctgatacatatgcag
ctagagacacgagctctgggggtactggttagttcatattgttgttccac
ctatagggttgtagacctcttcagctccttgggtactttctcgagctcct
ccattgggggccctgtgttccaccctatagatgactgtgagcatccactt
cttgtatttgccaagcactggcatagcctcatatgagacagctatatcaa
ggtcccttgagcaaaatcttgctggcatatgcaatagtgtctgggttttg
gtggctgattatggatggatcccaggtatgtctctgtttctcctctctgt
cttgtctctgtctgacttcccctaccgggatggtggtgtgttgtgctatg
gtgttagccagtctcttaatgtaccgaatgccattggccagggagattat
gtgagaatcaagtgtgaagaaagcaaggatcaggaatgtgcaagaataag
aatcttgtgacctgttgacgttgacagcttgggggtact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_96654281_96655375
seq2: B6Ng01-301M02.b_49_1152

seq1  GAATTCATACACAGCTCTGACACATAATGGTTCATAGTTTGTATCTTCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATACACAGCTCTGACACATAATGGTTCATAGTTTGTATCTTCTG  50

seq1  AATGTTATTTCTACAGCTTTTTACACTGGTTTCTTCCTAAAGTTTGGAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTATTTCTACAGCTTTTTACACTGGTTTCTTCCTAAAGTTTGGAAT  100

seq1  CATGCTAGCAAGTATGTCCTAAACTCTGTCACCACCTTCTGATTCTCACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTAGCAAGTATGTCCTAAACTCTGTCACCACCTTCTGATTCTCACA  150

seq1  GACAAATGGCTTTTAGATTTATTCTTCCGTTTTATGTGCTGGACATCTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAATGGCTTTTAGATTTATTCTTCCGTTTTATGTGCTGGACATCTCC  200

seq1  AAATCCTATTTACAAGGTCTAAGTAAGCCCCAAAGGCACAGATACCCAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCTATTTACAAGGTCTAAGTAAGCCCCAAAGGCACAGATACCCAGC  250

seq1  CCAATGTGTAGCTCCTCACATATTCCACTCTGTCTCATTGACTAAGAGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGTGTAGCTCCTCACATATTCCACTCTGTCTCATTGACTAAGAGAT  300

seq1  TTGTACAACAACAACACCTAAAATATATTGCAAGGGCAAAATTGTTGGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACAACAACAACACCTAAAATATATTGCAAGGGCAAAATTGTTGGAA  350

seq1  GCGGTAAGGGTGAATGCAAAGGCTCTGTGACCAGACACATTTGCTGACAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGTAAGGGTGAATGCAAAGGCTCTGTGACCAGACACATTTGCTGACAT  400

seq1  GCAGATTTAAAAATAGTCACAGGTCTCTTTCCTATAAGATGTTTTTATAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATTTAAAAATAGTCACAGGTCTCTTTCCTATAAGATGTTTTTATAG  450

seq1  CTTTTAGTGTGCAAACAGGAGGGGGGCATTAAGAGGTATCTCCCTCCCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAGTGTGCAAACAGGAGGGGGGCATTAAGAGGTATCTCCCTCCCAG  500

seq1  TTGATGACAATACCCTTTTCAGTTCTGGCAGAAAACTTGGAATGACATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGACAATACCCTTTTCAGTTCTGGCAGAAAACTTGGAATGACATGA  550

seq1  ATTTAAGGGGCATGGTTTAGGATCTATGGTTCTACTAGCCTTGGGAGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAGGGGCATGGTTTAGGATCTATGGTTCTACTAGCCTTGGGAGAAA  600

seq1  TATACTGTTTCAGTGTTCACAACTAATACAGGTATAGTATTCGTTGCATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTGTTTCAGTGTTCACAACTAATACAGGTATAGTATTCGTTGCATT  650

seq1  GCTACCAGAAAGTCACTCTTTCAATTGCTGTGACATGTTCTTTTGTTGCG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACCAGAAAGTCACTCTTTCAATTGCTGTGACATGTTCTTTTGTTGCG  700

seq1  TATGTGTATGATGTGTTCATGTGTTTGCATGTGTGTGTGCATGTGTGTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTATGATGTGTTCATGTGTTTGCATGTGTGTGTGCATGTGTGTGC  750

seq1  ATGTGTGTGCATGTGTATGTGCCAGTGCATGTGCATAAGTAGGTAAAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGTGCATGTGTATGTGCCAGTGCATGTGCATAAGTAGGTAAAAAA  800

seq1  AAATCAGTGTCAGGTATTTTCCTCCACGTTGCACACTGTATTTATTGAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAGTGTCAGGTATTTTCCTCCACGTTGCACACTGTATTTATTGAGA  850

seq1  TAAGATCTTTGCTGGACCTGGACCTTGTTGCTTCTGGATAGCCTAGCTAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATCTTTGCTGGACCTGGACCTTGTTGCTTCTGGATAGCCTAGCTAG  900

seq1  TCTGCTCCAAGGATCTACTGTCTCCGTTTTCCTATATCT-GGGGTTGTAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TCTGCTCCAAGGATCTACTGTCTCCGTTTTCCTATATCTGGGGGTTGTAG  950

seq1  TCTTCCCAGC-TCTTTTGT-GGGTCCTGGGGATCTGAACGCTAGTCTTTA  997
      |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCCAGCTTCTTTTGTGGGGTCCTGGGGATCTGAACGCTAGTCTTTA  1000

seq1  CACTTGCAGAAAAA-GTACTTTGTACACTGAGCCATC-TCCCT--AGCCC  1043
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||   ||| 
seq2  CACTTGCAGAAAAAGGTACTTTGTACACTGAGCCATCTTCCCTTAGGCCT  1050

seq1  TACTATG-ACACTTGAATACCACTGTTTGTC-ACTAATGAAAAGATGAA-  1090
      ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| 
seq2  TACTATGAACACTTG-ATACCACTGTTTGTCAACTAATGAAAAGATGAAC  1099

seq1  CATAT  1095
      |||||
seq2  CATAT  1104

seq1: chr7_96794331_96795502
seq2: B6Ng01-301M02.g_66_1254 (reverse)

seq1  AGTACCCCCAAGCTGTCCAACGCTACCAGTCTACAAAATTCTT-TTCTT-  48
      |||||||||||||||| |||||  | |||   |||| |||||| ||||| 
seq2  AGTACCCCCAAGCTGT-CAACGTCAACAGGTCACAAGATTCTTATTCTTG  49

seq1  CTCA-TCCTG--TCTTGCTTTCTTCAC---TGGATCTCATA----CTCCC  88
      | || |||||   ||||||||||||||   ||  ||||| |    |||||
seq2  CACATTCCTGATCCTTGCTTTCTTCACACTTGATTCTCACATAATCTCCC  99

seq1  T-GCCAAT-GCA-TCTGTCCATTAAGAGACTGGCTACCA-CATAGCAC-A  133
      | |||||| ||| || || ||||||||||||||||| || |||||||| |
seq2  TGGCCAATGGCATTCGGTACATTAAGAGACTGGCTAACACCATAGCACAA  149

seq1  CACAC--ACATCCGGGTAGGGGGAAGTCAGACAGAGACAAGACAGAGA-G  180
      |||||   ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CACACCACCATCCCGGTA-GGGGAAGTCAGACAGAGACAAGACAGAGAGG  198

seq1  AGAAACAGAGACATACCTGGGGATCCATCCCATAATCAGCCACC-AAACC  229
      |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||
seq2  AGAAACAGAGACATACCT-GGGATCCAT-CCATAATCAGCCACCAAAACC  246

seq1  CAGACACTATTGCATATGCCAGCAAGATTTTGCTCAAGGGACCCTGATAT  279
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CAGACACTATTGCATATGCCAGCAAGATTTTGCTCAAGGGACCTTGATAT  296

seq1  AGCTGTCTCATATGAGGCTATGCCAGTGCTTGGCAAATACAAGAAGTGGA  329
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTCTCATATGAGGCTATGCCAGTGCTTGGCAAATACAAGAAGTGGA  346

seq1  TGCTCACAGTCATCTATAGGGTGGAACACAGGGCCCCCAATGGAGGAGCT  379
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCACAGTCATCTATAGGGTGGAACACAGGGCCCCCAATGGAGGAGCT  396

seq1  CGAGAAAGTACCCAAGGAGCTGAAGAGGTCTACAACCCTATAGGTGGAAC  429
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGAAAGTACCCAAGGAGCTGAAGAGGTCTACAACCCTATAGGTGGAAC  446

seq1  AACAATATGAACTAACCAGTACCCCCAGAGCTCGTGTCTCTAGCTGCATA  479
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATATGAACTAACCAGTACCCCCAGAGCTCGTGTCTCTAGCTGCATA  496

seq1  TGTATCAGAAGATGGCCTAGTCGGCCATCATTGGGAAGAGAGGCCCCTAG  529
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCAGAAGATGGCCTAGTCGGCCATCATTGGGAAGAGAGGCCCCTAG  546

seq1  GTCTTGCAAACTTTATATGCCCCAGTTCAGGGGAATGCCAGGGCCAAGAA  579
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGCAAACTTTATATGCCCCAGTTCAGGGGAATGCCAGGGCCAAGAA  596

seq1  GTGGGAGTGGGTGGGTAGGAGAGCAGGGCAGTGGGAGGGTATAGGGAACT  629
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAGTGGGTGGGTAGGAGAGCAGGGCAGTGGGAGGGTATAGGGAACT  646

seq1  TTCAGGATAGCATTTGAAATGTAAATAAAGAAAATATCTAACTAAAAAAA  679
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGATAGCATTTGAAATGTAAATAAAGAAAATATCTAACTAAAAAAA  696

seq1  AAACAACTACACCAATTAAAAAGAAAAAGAAAAAAAGAAAAACAGAGACA  729
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAACTACACCAATTAAAAAGAAAAAGAAAAAAAGAAAAACAGAGACA  746

seq1  GAGAGAGAGAGACGCAGGCACACACAGAGGTGGAGAAAGAGACAAACAGA  779
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGACGCAGGCACACACAGAGGTGGAGAAAGAGACAAACAGA  796

seq1  AACAGAGACATAGACACACAGAAACAGAGAAGAGACATGGAGAGACAGAA  829
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAGACATAGACACACAGAAACAGAGAAGAGACATGGAGAGACAGAA  846

seq1  GCAGAAAGAGAGAGTGAGAGAGAGAGAATTTGTGAGATGATTCAGCAGGT  879
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAAGAGAGAGTGAGAGAGAGAGAATTTGTGAGATGATTCAGCAGGT  896

seq1  TAAGATGATGCTGCCAAACTAGAACTGAGTGTAAGTCCCAGTACCTACAT  929
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATGATGCTGCCAAACTAGAACTGAGTGTAAGTCCCAGTACCTACAT  946

seq1  GGTGGAAGAAGAGAACTCACTGCCTCAAGTTGTCTTTTAATCACTACATG  979
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGAAGAAGAGAACTCACTGCCTCAAGTTGTCTTTTAATCACTACATG  996

seq1  TGTGCCATGGGACACATGTATGTGGACACACACAAATGCACACACCAAAG  1029
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCATGGGACACATGTATGTGGACACACACAAATGCACACACCAAAG  1046

seq1  TGAACAAGAGAAAGAGTGAGAGTATCTGTTTAGGGCTAAGAAATGGCCTT  1079
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACAAGAGAAAGAGTGAGAGTATCTGTTTAGGGCTAAGAAATGGCCTT  1096

seq1  CAACGCCACAAGCTCAGTGATGATCTTCTCCAACTAGACCCAACCTCCCA  1129
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACGCCACAAGCTCAGTGATGATCTTCTCCAACTAGACCCAACCTCCCA  1146

seq1  ATAGCCAATTCAGCTCTGAACTTCATCAATGGTGAATGAATTC  1172
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCAATTCAGCTCTGAACTTCATCAATGGTGAATGAATTC  1189