BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-305E20
Chromosome7 (Build37)
Map Location 95,998,274 - 96,181,890
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGrm5, Ctsc, LOC100039756, Rab38, LOC100039924, LOC666598, EG621562
Downstream geneTmem135, LOC100039969, Fzd4, Prss23, LOC100040001, Me3, Ccdc81, l7Rn6, Eed, E230029C05Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-305E20.bB6Ng01-305E20.g
ACCGA098625GA098626
length1,1871,145
definitionB6Ng01-305E20.b B6Ng01-305E20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(95,998,274 - 95,999,455)(96,180,741 - 96,181,890)
sequence
gaattccttagacataaacacctttaaataattgtcactgatcacctgta
ttccatagaccttttaagtctcacatctgtctattgttcagatcagaact
ccacaaagtggaatggcctgctctttgtttctaagttttctctagtcaca
agaaagatgctgcaggccaactttcagaatacaatcaatcccctgacact
tgccctactttcaagagtaggccatgcagaactctgtctctagaggtgcc
tagcagcccatatagcaggcatcttggtaaatggcttcttggcctgcttc
catgggaagataagaagaaaggatatttaaagcacttatatggtttgtga
acttcaagattcctgtcagcagaactgcaagtctgttcaatgctacttct
ggctcttagtttctttcttactttctcctttttgaactccaaccatccct
ctataatgtaggatttgtctcctgtttcttccctccttccctccccctta
cccccattccttcccacgttcccttatctttcccttcccctccctctcca
tgttctatctggttctgaaagtgcagtgcacaatttctgaagccatggtt
cttagaatctgtagttgccttaatttttaagttggaactaagcaagccac
ccctagggcttgggctctgcaaaaagggattcagcccattctgttcgtat
ttcaatgttcctccaccatctttgctaccgaacctctggtgcctttccac
cctcacacattcctataggatgtcaatttttaaattatccttagtatatt
tcaagagcatctagtagttaatgtgtaggtgccatgtgccatcttctaat
tttgtatatcttcttttactaacccttgagaataagacactttaatcata
aatttgcttgatcttatataacaacacattacatagcctaagtgaaaaga
tatacataatcacttatagtgatccacaaatgaaacatatagtgttatca
catgttatatgatctgtaatctattttgacagaagaactccactaatatc
ccccaaaagaatatggtaatcctttctagcatccaattagggatcaatac
ctttcaattattcagccgcatccttattttctattaatccttaatctgaa
gtgattcactcagtattttaatcttcttaattctgaa
gaattccaaatctatagtccccagtcccaggaggtagagattccagttag
agttgcaagtggagcgtgaaagaagtgaggcagagtccagaagtgagatc
tgaagaagctagtgtgtctaaaagagacaccaggttgattatatctggca
gagatgttaaaaagctcatactttcttattgctttcattagtatttgggt
gttcatactttcttgacatgattttcattgacaagacttcaattttgtcc
tagatagtgctacttcttcattgattatattcaaatgtctgaggagaaat
aaaaaaattcttgagagacgctagaagatatgaggaagaggaaaaaccct
ggaatggaaatgttcagagttttatgaacatggagataagaagtctaaat
gaagtttatccagcttcattccaatgggttccagtaattttctaaatagc
ttatctgtggctatctggacctgtaaacgattctttaaatcaggggctgt
caacttttccaatactgtgaccccttaatatggttgctcatgttgtagtg
acccccaaccataaaattatttttgttgctacctcataatggttattttg
ctactattataaattgtaatgtaaatgtctgatatacaggatatgtgacc
cccatgaaagtgttgttcaggctccaaagatgttgctatctacaggttga
aaattgctactttagggagctggagagatggctcagtggttaagaacact
aaatgctcttccagaggtgctgagttaaattcccaggaaccacatgatgg
ctcacaaccatctataatgggatctgatgtattctggtgtgtctgaagac
agctacaatgtactcatataaataaaatgaataaatcattttaaaaaaag
aaaattgctaccctaaatgcttcctaagttgtaaggaagtatctcaacta
atgcacattctgtttataagatcagtcttatcagctttatatgagaacaa
ttcatcctagaagacagttagaagatagatgaccagccatgcagaatatg
gtagttgatgtacccaccccgaaaggtcatgcagctgttacttagaatac
tctatcctaatctgtgccactgtattccgagaaatcatcattcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_95998274_95999455
seq2: B6Ng01-305E20.b_44_1230

seq1  GAATTCCTTAGACATAAACACCTTTAAATAATTGTCACTGATCACCTGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTAGACATAAACACCTTTAAATAATTGTCACTGATCACCTGTA  50

seq1  TTCCATAGACCTTTTAAGTCTCACATCTGTCTATTGTTCAGATCAGAACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATAGACCTTTTAAGTCTCACATCTGTCTATTGTTCAGATCAGAACT  100

seq1  CCACAAAGTGGAATGGCCTGCTCTTTGTTTCTAAGTTTTCTCTAGTCACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAAAGTGGAATGGCCTGCTCTTTGTTTCTAAGTTTTCTCTAGTCACA  150

seq1  AGAAAGATGCTGCAGGCCAACTTTCAGAATACAATCAATCCCCTGACACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGATGCTGCAGGCCAACTTTCAGAATACAATCAATCCCCTGACACT  200

seq1  TGCCCTACTTTCAAGAGTAGGCCATGCAGAACTCTGTCTCTAGAGGTGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTACTTTCAAGAGTAGGCCATGCAGAACTCTGTCTCTAGAGGTGCC  250

seq1  TAGCAGCCCATATAGCAGGCATCTTGGTAAATGGCTTCTTGGCCTGCTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGCCCATATAGCAGGCATCTTGGTAAATGGCTTCTTGGCCTGCTTC  300

seq1  CATGGGAAGATAAGAAGAAAGGATATTTAAAGCACTTATATGGTTTGTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGAAGATAAGAAGAAAGGATATTTAAAGCACTTATATGGTTTGTGA  350

seq1  ACTTCAAGATTCCTGTCAGCAGAACTGCAAGTCTGTTCAATGCTACTTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAAGATTCCTGTCAGCAGAACTGCAAGTCTGTTCAATGCTACTTCT  400

seq1  GGCTCTTAGTTTCTTTCTTACTTTCTCCTTTTTGAACTCCAACCATCCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTTAGTTTCTTTCTTACTTTCTCCTTTTTGAACTCCAACCATCCCT  450

seq1  CTATAATGTAGGATTTGTCTCCTGTTTCTTCCCTCCTTCCCTCCCCCTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAATGTAGGATTTGTCTCCTGTTTCTTCCCTCCTTCCCTCCCCCTTA  500

seq1  CCCCCATTCCTTCCCACGTTCCCTTATCTTTCCCTTCCCCTCCCTCTCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCATTCCTTCCCACGTTCCCTTATCTTTCCCTTCCCCTCCCTCTCCA  550

seq1  TGTTCTATCTGGTTCTGAAAGTGCAGTGCACAATTTCTGAAGCCATGGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTATCTGGTTCTGAAAGTGCAGTGCACAATTTCTGAAGCCATGGTT  600

seq1  CTTAGAATCTGTAGTTGCCTTAATTTTTAAGTTGGAACTAAGCAAGCCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAATCTGTAGTTGCCTTAATTTTTAAGTTGGAACTAAGCAAGCCAC  650

seq1  CCCTAGGGCTTGGGCTCTGCAAAAAGGGATTCAGCCCATTCTGTTCGTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAGGGCTTGGGCTCTGCAAAAAGGGATTCAGCCCATTCTGTTCGTAT  700

seq1  TTCAATGTTCCTCCACCATCTTTGCTACCGAACCTCTGGTGCCTTTCCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATGTTCCTCCACCATCTTTGCTACCGAACCTCTGGTGCCTTTCCAC  750

seq1  CCTCACACATTCCTATAGGATGTCAATTTTTAAATTATCCTTAGTATATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACACATTCCTATAGGATGTCAATTTTTAAATTATCCTTAGTATATT  800

seq1  TCAAGAGCATCTAGTAGTTAATGTGTAGGTGCCATGTGCCATCTTCTAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAGCATCTAGTAGTTAATGTGTAGGTGCCATGTGCCATCTTCTAAT  850

seq1  TTTGTATATCTTCTTTTACTAACCCTTGAGAATAAGACACTTTAATCATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTATATCTTCTTTTACTAACCCTTGAGAATAAGACACTTTAATCATA  900

seq1  AATTTGCTTGATCTTATATAACAACACATTACATAGCCTAAGTGAAAAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGCTTGATCTTATATAACAACACATTACATAGCCTAAGTGAAAAGA  950

seq1  TATACATAATCACTTATAGTGATCCACAAATGAAACATAATAGTGTTATC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TATACATAATCACTTATAGTGATCCACAAATGAAACAT-ATAGTGTTATC  999

seq1  ACATGTTATATGATCTGTAATCTATTTTGACAG-AGAACTCCACTAATAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ACATGTTATATGATCTGTAATCTATTTTGACAGAAGAACTCCACTAATAT  1049

seq1  CCCCCAAA--GATAT-GTTATCCTTTCTAGCATCCAATTA-GGATC-ATA  1094
      ||||||||   |||| || ||||||||||||||||||||| ||||| |||
seq2  CCCCCAAAAGAATATGGTAATCCTTTCTAGCATCCAATTAGGGATCAATA  1099

seq1  CCTTTCAATTA-TCAGCCGCATCCTTA-TTTCTATTATCCTTTAATCTTG  1142
      ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||  | |||||||  
seq2  CCTTTCAATTATTCAGCCGCATCCTTATTTTCTATTAATCCTTAATCTGA  1149

seq1  AGTGATTCA-TCAGTTTATTTTTATCTTCCTTAATTCTGAA  1182
      ||||||||| ||||  |||||| ||||| ||||||||||||
seq2  AGTGATTCACTCAG--TATTTTAATCTT-CTTAATTCTGAA  1187

seq1: chr7_96180741_96181890
seq2: B6Ng01-305E20.g_69_1213 (reverse)

seq1  TAGATTGATGATTTTCTGGGATACAGTGGGCAACAGATATAAGATAGAGT  50
      |||| |||||||||   || |||||||||   |||||| || ||||||||
seq2  TAGAATGATGATTTCTCGGAATACAGTGG--CACAGAT-TAGGATAGAGT  47

seq1  A-TCT-AGTAACAGCTGCATGGACCTTTCGGGGTGGTTACATTCACTACC  98
      | ||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||  ||||||
seq2  ATTCTAAGTAACAGCTGCAT-GACCTTTCGGGGTGGGTACATCAACTACC  96

seq1  ATTATCTGCATGGCTTGTCATCTTATCTTCT-ACTGTCTTCTTGGATGAA  147
      ||  ||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||| |||||||
seq2  ATATTCTGCATGGCTGGTCATC-TATCTTCTAACTGTCTTCTAGGATGAA  145

seq1  TTGTTCTCATATAAAGCTGATAAGACTGATCTTTATTAAACAGAATGTGC  197
      |||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||
seq2  TTGTTCTCATATAAAGCTGATAAGACTGATCTT--ATAAACAGAATGTGC  193

seq1  ATTAGTTGAGATACTTCCTTACAAACTTAGGAAGCATTTAGGGTAGCAAT  247
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTTGAGATACTTCCTTAC-AACTTAGGAAGCATTTAGGGTAGCAAT  242

seq1  TTTCTTTTTTTAAAATGATTTATTCATTTTATTTATATGAGTACATTGTA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTTTTTAAAATGATTTATTCATTTTATTTATATGAGTACATTGTA  292

seq1  GCTGTCTTCAGACACACCAGAATACATCAGATCCCATTATAGATGGTTGT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCTTCAGACACACCAGAATACATCAGATCCCATTATAGATGGTTGT  342

seq1  GAGCCATCATGTGGTTCCTGGGAATTTAACTCAGCACCTCTGGAAGAGCA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCATCATGTGGTTCCTGGGAATTTAACTCAGCACCTCTGGAAGAGCA  392

seq1  TTTAGTGTTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCTCCCTAAAGTAGCAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTGTTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCTCCCTAAAGTAGCAA  442

seq1  TTTTCAACCTGTAGATAGCAACATCTTTGGAGCCTGAACAACACTTTCAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAACCTGTAGATAGCAACATCTTTGGAGCCTGAACAACACTTTCAT  492

seq1  GGGGGTCACATATCCTGTATATCAGACATTTACATTACAATTTATAATAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTCACATATCCTGTATATCAGACATTTACATTACAATTTATAATAG  542

seq1  TAGCAAAATAACCATTATGAGGTAGCAACAAAAATAATTTTATGGTTGGG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAAAATAACCATTATGAGGTAGCAACAAAAATAATTTTATGGTTGGG  592

seq1  GGTCACTACAACATGAGCAACCATATTAAGGGGTCACAGTATTGGAAAAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCACTACAACATGAGCAACCATATTAAGGGGTCACAGTATTGGAAAAG  642

seq1  TTGACAGCCCCTGATTTAAAGAATCGTTTACAGGTCCAGATAGCCACAGA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACAGCCCCTGATTTAAAGAATCGTTTACAGGTCCAGATAGCCACAGA  692

seq1  TAAGCTATTTAGAAAATTACTGGAACCCATTGGAATGAAGCTGGATAAAC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTATTTAGAAAATTACTGGAACCCATTGGAATGAAGCTGGATAAAC  742

seq1  TTCATTTAGACTTCTTATCTCCATGTTCATAAAACTCTGAACATTTCCAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTAGACTTCTTATCTCCATGTTCATAAAACTCTGAACATTTCCAT  792

seq1  TCCAGGGTTTTTCCTCTTCCTCATATCTTCTAGCGTCTCTCAAGAATTTT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGGTTTTTCCTCTTCCTCATATCTTCTAGCGTCTCTCAAGAATTTT  842

seq1  TTTATTTCTCCTCAGACATTTGAATATAATCAATGAAGAAGTAGCACTAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTCTCCTCAGACATTTGAATATAATCAATGAAGAAGTAGCACTAT  892

seq1  CTAGGACAAAATTGAAGTCTTGTCAATGAAAATCATGTCAAGAAAGTATG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGACAAAATTGAAGTCTTGTCAATGAAAATCATGTCAAGAAAGTATG  942

seq1  AACACCCAAATACTAATGAAAGCAATAAGAAAGTATGAGCTTTTTAACAT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCCAAATACTAATGAAAGCAATAAGAAAGTATGAGCTTTTTAACAT  992

seq1  CTCTGCCAGATATAATCAACCTGGTGTCTCTTTTAGACACACTAGCTTCT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCCAGATATAATCAACCTGGTGTCTCTTTTAGACACACTAGCTTCT  1042

seq1  TCAGATCTCACTTCTGGACTCTGCCTCACTTCTTTCACGCTCCACTTGCA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATCTCACTTCTGGACTCTGCCTCACTTCTTTCACGCTCCACTTGCA  1092

seq1  ACTCTAACTGGAATCTCTACCTCCTGGGACTGGGGACTATAGATTTGGAA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTAACTGGAATCTCTACCTCCTGGGACTGGGGACTATAGATTTGGAA  1142

seq1  TTC  1150
      |||
seq2  TTC  1145