BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-306K03
Chromosome7 (Build37)
Map Location 6,610,326 - 6,710,593
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZim2, Zim1, Peg3, Usp29, LOC627961
Upstream geneLOC673215, V1rd2, LOC100041627, LOC100041637, V1rd1, LOC100041647, V1rd11, LOC100041666, V1rd6, EG384525, EG269859, Nlrp4c, Zfp787, Zfp444, Galp, Zfp371, EG627821, Zfp667, Zfp583, LOC100042467, LOC100042459, Zfp78, Zfp28, LOC100042450, Olfr1344, GA_x5J8B7W3DQU-679632-679375, Olfr1336, Olfr1346, Olfr5, Olfr1347, Olfr1348, Olfr1349, LOC665328, Olfr1350
Downstream geneAurkc, LOC628030, LOC100041822, 5730403M16Rik, 2810409K11Rik, Vmn2r-ps35, Zfp418, BC023179, 6430701C03Rik, Clcn4-2, V2r15, LOC100041866, LOC100042577, Vmn2r31, Vmn2r-ps36, V2r5, LOC100041883, EG628117, Vmn2r33, LOC665470, EG665474, EG628368, LOC100042636, LOC665485
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-306K03.bB6Ng01-306K03.g
ACCGA099610GA099611
length7991,081
definitionB6Ng01-306K03.b B6Ng01-306K03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,610,326 - 6,611,123)(6,709,500 - 6,710,593)
sequence
gaattctcttaaagtacacgttgttctgcagtaagctacacatgtaacag
cgactagagaactagagaccatgaatttgatagacagcagtgggggtaca
tgggaagggttggagaagcagagtaaatatgatattatgttataattaaa
aaaaaaacagatataatggaaaaattaaatgaggttgctggaaaaaatac
ctcagcagttaagcatgcttgtggctcttgcagaggatctggggtaaatt
cccaacacctgcgtgacagctcacaactatctgtgattccagtttcaggg
aatccaatgccctcctctggcttccaggagcgctaaatgaacaccgtgca
cagacttgcaggcaaaacactcatacacataaaataaaagtaaaacgtac
aaaacaaatgaataacatgaactactgcctctggcccaagctgaggctca
ctgagatggtgaaccatcctaacaaagacactgaaaactgacctatgtca
gtaactgggctgtaaggagaatacacacttacctagggagaccaggttct
ggtgaattctcttaaagtacacgttgttctgcagtaagctaactcctcct
cctccaatccagcgcttaaaggtcaccagctcctaaaacaccagagaata
cccctaagcgatttaaaaaaacaaaacccccaaaaccgggaaagagctta
agttgaaacaatgtctctcacttcaggcagccactgaattgccagactca
cacccttaggggtgggtgtggcctacccccccatcggtccccaccccct
gaattccagagacgcaaagttcccaatcagcaagagaccacccctgcctg
ctactgattttctggatcaaaccctagttccttattcttaccaaattgtt
tgcccatttcgggaaactgataatctcccgtcacacaaaggctctccatt
ttacagtggctaacacagaaaatggtcccaagtcatacccactgcactag
atttcaaactataccccaaacaatataaatattttcactgggatggtgag
atggctcagtgggtcaagcctggtgacctgagtttaatccccagaagcca
cagggtagaagaagaaagccaacaccagcacactgtcctctggcctccat
gcacaggcccacagaatgcatgcccttcccccaccacacacagtaaataa
aaatggaactaactatttaaaggaataaacttgttatttttttaaacatt
cacgattatgaccttgtatcaaagtacaaatacacacatacatatacata
cacacatacaaatacacagtggtgagttttttgtttgtttgtttgtttgt
ttgtttgtttaaagcgtttcatgagctgataacaatgtagctcccagaag
tactcaggtagaagaatttttaagtcaaatgtcttcctgtgcttaaaaac
ctcctactctctcctggggtgttgtgacaaactgggcttccagctaaagc
acctcagagacctttgcaggatccaacatggatttttcagaaaggtcaca
gagaatgggttaaaggtacaaatgccagaggagaggacgtgtggcaggag
tccaaaggcgagggtgtggtggccttcactatgttgggaaacagtggggg
tgaaggatgagggaacaaattattttaggagacagcaccagggagccctg
ggtgatggatgggacatagcagtgtggcaggacacaccatgtttcctgcc
ctgggtcctaagacaaactatggttacatgtgtggatactagtctctcga
gtcagagtctgatgcacttccatcctgacgagtaaagtattccctgtcag
cagaaagactagttccgaaggtagatttttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_6610326_6611123
seq2: B6Ng01-306K03.b_49_847

seq1  GAATTCTCTTAAAGTACACGTTGTTCTGCAGTAAGCTACACATGTAACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTAAAGTACACGTTGTTCTGCAGTAAGCTACACATGTAACAG  50

seq1  CGACTAGAGAACTAGAGACCATGAATTTGATAGACAGCAGTGGGGGTACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACTAGAGAACTAGAGACCATGAATTTGATAGACAGCAGTGGGGGTACA  100

seq1  TGGGAAGGGTTGGAGAAGCAGAGTAAATATGATATTATGTTATAATTAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAGGGTTGGAGAAGCAGAGTAAATATGATATTATGTTATAATTAAA  150

seq1  AAAAAAACAGATATAATGGAAAAATTAAATGAGGTTGCTGGAAAAAATAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAACAGATATAATGGAAAAATTAAATGAGGTTGCTGGAAAAAATAC  200

seq1  CTCAGCAGTTAAGCATGCTTGTGGCTCTTGCAGAGGATCTGGGGTAAATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCAGTTAAGCATGCTTGTGGCTCTTGCAGAGGATCTGGGGTAAATT  250

seq1  CCCAACACCTGCGTGACAGCTCACAACTATCTGTGATTCCAGTTTCAGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAACACCTGCGTGACAGCTCACAACTATCTGTGATTCCAGTTTCAGGG  300

seq1  AATCCAATGCCCTCCTCTGGCTTCCAGGAGCGCTAAATGAACACCGTGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCAATGCCCTCCTCTGGCTTCCAGGAGCGCTAAATGAACACCGTGCA  350

seq1  CAGACTTGCAGGCAAAACACTCATACACATAAAATAAAAGTAAAACGTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTTGCAGGCAAAACACTCATACACATAAAATAAAAGTAAAACGTAC  400

seq1  AAAACAAATGAATAACATGAACTACTGCCTCTGGCCCAAGCTGAGGCTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAATGAATAACATGAACTACTGCCTCTGGCCCAAGCTGAGGCTCA  450

seq1  CTGAGATGGTGAACCATCCTAACAAAGACACTGAAAACTGACCTATGTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGATGGTGAACCATCCTAACAAAGACACTGAAAACTGACCTATGTCA  500

seq1  GTAACTGGGCTGTAAGGAGAATACACACTTACCTAGGGAGACCAGGTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTGGGCTGTAAGGAGAATACACACTTACCTAGGGAGACCAGGTTCT  550

seq1  GGTGAATTCTCTTAAAGTACACGTTGTTCTGCAGTAAGCTAACTCCTCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAATTCTCTTAAAGTACACGTTGTTCTGCAGTAAGCTAACTCCTCCT  600

seq1  CCTCCAATCCAGCGCTTAAAGGTCACCAGCTCCTAAAACACCAGAGAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCAATCCAGCGCTTAAAGGTCACCAGCTCCTAAAACACCAGAGAATA  650

seq1  CCCCTAAGCGATTTAAAAAAACAAAACCCCCAAAACCGGGAAAGAGCTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTAAGCGATTTAAAAAAACAAAACCCCCAAAACCGGGAAAGAGCTTA  700

seq1  AGTTGAAACAATGTCTCTCACTTCAGGCAGCCACTGAATTGCCAGACTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGAAACAATGTCTCTCACTTCAGGCAGCCACTGAATTGCCAGACTCA  750

seq1  CACCC-TAGGGGTGGGTGTGGCCTACCCCCCACCCCTACCCCACCCCCT  798
      ||||| |||||||||||||||||||||||||   |   |||||||||||
seq2  CACCCTTAGGGGTGGGTGTGGCCTACCCCCCCATCGGTCCCCACCCCCT  799

seq1: chr7_6709500_6710593
seq2: B6Ng01-306K03.g_67_1147 (reverse)

seq1  CAAAAATCTACTTTCCGAACTTAATGTCTTTCCTGCTGGACAGGGAATAC  50
      ||||||||||| ||| |||||    |||||| ||||| ||||||||||||
seq2  CAAAAATCTACCTTCGGAACT---AGTCTTT-CTGCT-GACAGGGAATAC  45

seq1  TTTACCTCCTTCCAGAATTGAAGTGGCCATCAGACTCTGACTCGGAGAGG  100
      |||| ||| |  ||| || ||||||  |||||||||||||||| |||| |
seq2  TTTA-CTCGT--CAGGATGGAAGTG--CATCAGACTCTGACTC-GAGA-G  88

seq1  ACTTAGTATCCACACATTGTTAACCATAGTTTGTCTTAGGGACCCAGGGC  150
      || ||||||||||||||   |||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AC-TAGTATCCACACAT--GTAACCATAGTTTGTCTTA-GGACCCAGGGC  134

seq1  AGG-AACATGG-GTGTTGTCCCTGCCACACCTGCTATGTCCCATCCATCA  198
      ||| ||||||| ||||    ||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAACATGGTGTGT----CCTGCCACA-CTGCTATGTCCCATCCATCA  179

seq1  CC--AGGCTCCCTGGTGCTGTCTCCTAAAATAATTTGTT-CCTCATCCTT  245
      ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CCCAGGGCTCCCTGGTGCTGTCTCCTAAAATAATTTGTTCCCTCATCCTT  229

seq1  CA-CCCCACTGTTT-CCAACATAGTGAAGGCCACCACACCCTCGCC-TTG  292
      || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CACCCCCACTGTTTCCCAACATAGTGAAGGCCACCACACCCTCGCCTTTG  279

seq1  GACTCCTGCCACACGTCCTCTCCTCTGGCATTTGTACCTTTAACCCATTC  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCTGCCACACGTCCTCTCCTCTGGCATTTGTACCTTTAACCCATTC  329

seq1  TCTGTGACCTTTCTGAAAAATCCATGTTGGATCCTGCAAAGGTCTCTGAG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGACCTTTCTGAAAAATCCATGTTGGATCCTGCAAAGGTCTCTGAG  379

seq1  GTGCTTTAGCTGGAAGCCCAGTTTGTCACAACACCCCAGGAGAGAGTAGG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTTAGCTGGAAGCCCAGTTTGTCACAACACCCCAGGAGAGAGTAGG  429

seq1  AGGTTTTTAAGCACAGGAAGACATTTGACTTAAAAATTCTTCTACCTGAG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTTTAAGCACAGGAAGACATTTGACTTAAAAATTCTTCTACCTGAG  479

seq1  TACTTCTGGGAGCTACATTGTTATCAGCTCATGAAACGCTTTAAACAAAC  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCTGGGAGCTACATTGTTATCAGCTCATGAAACGCTTTAAACAAAC  529

seq1  AAACAAACAAACAAACAAACAAAAAACTCACCACTGTGTATTTGTATGTG  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAACAAACAAACAAACAAAAAACTCACCACTGTGTATTTGTATGTG  579

seq1  TGTATGTATATGTATGTGTGTATTTGTACTTTGATACAAGGTCATAATCG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTATATGTATGTGTGTATTTGTACTTTGATACAAGGTCATAATCG  629

seq1  TGAATGTTTAAAAAAATAACAAGTTTATTCCTTTAAATAGTTAGTTCCAT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGTTTAAAAAAATAACAAGTTTATTCCTTTAAATAGTTAGTTCCAT  679

seq1  TTTTATTTACTGTGTGTGGTGGGGGAAGGGCATGCATTCTGTGGGCCTGT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTACTGTGTGTGGTGGGGGAAGGGCATGCATTCTGTGGGCCTGT  729

seq1  GCATGGAGGCCAGAGGACAGTGTGCTGGTGTTGGCTTTCTTCTTCTACCC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGAGGCCAGAGGACAGTGTGCTGGTGTTGGCTTTCTTCTTCTACCC  779

seq1  TGTGGCTTCTGGGGATTAAACTCAGGTCACCAGGCTTGACCCACTGAGCC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCTTCTGGGGATTAAACTCAGGTCACCAGGCTTGACCCACTGAGCC  829

seq1  ATCTCACCATCCCAGTGAAAATATTTATATTGTTTGGGGTATAGTTTGAA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCACCATCCCAGTGAAAATATTTATATTGTTTGGGGTATAGTTTGAA  879

seq1  ATCTAGTGCAGTGGGTATGACTTGGGACCATTTTCTGTGTTAGCCACTGT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGTGCAGTGGGTATGACTTGGGACCATTTTCTGTGTTAGCCACTGT  929

seq1  AAAATGGAGAGCCTTTGTGTGACGGGAGATTATCAGTTTCCCGAAATGGG  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGAGAGCCTTTGTGTGACGGGAGATTATCAGTTTCCCGAAATGGG  979

seq1  CAAACAATTTGGTAAGAATAAGGAACTAGGGTTTGATCCAGAAAATCAGT  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAATTTGGTAAGAATAAGGAACTAGGGTTTGATCCAGAAAATCAGT  1029

seq1  AGCAGGCAGGGGTGGTCTCTTGCTGATTGGGAACTTTGCGTCTCTGGAAT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGCAGGGGTGGTCTCTTGCTGATTGGGAACTTTGCGTCTCTGGAAT  1079

seq1  TC  1094
      ||
seq2  TC  1081