BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-309E18
Chromosome7 (Build37)
Map Location 128,705,809 - 128,859,261
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUsp31
Upstream geneLOC546994, LOC100042914, E130201H02Rik, LOC637957, Uqcrc2, 4930408O21Rik, BC030336, E030013G06Rik, EG436008, LOC100043426, Eef2k, Polr3e, Cdr2, 4933427G17Rik, EG668548, Mettl9, LOC668456, Igsf6, Otoa, LOC668556, Hs3st2
Downstream geneScnn1g, Scnn1b, Cog7, Gga2, Ears2, Ubfd1, Ndufab1, Palb2, Dctn5, Plk1, Ern2, 2010110P09Rik, Prkcb1, LOC668486, Cacng3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-309E18.bB6Ng01-309E18.g
ACCGA101574GA101575
length1,1341,088
definitionB6Ng01-309E18.b B6Ng01-309E18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(128,705,809 - 128,706,954)(128,858,174 - 128,859,261)
sequence
gaattctctcatatagccaggactaaaaaccacacacacaggtcaacagt
tttcaaactttggtgtgtgcataggctgtgtaagtaccagaaacagcaag
gttcagatgaatctgaccatctcgcaaagttcccaggaggctctgggagt
gaacaaacatgagctgcttatggggtttactgccctacaaagagttccag
agacaccttccctacaggtctctcttcttcttaatccattttccttcctt
ggggctacttagctgatgccatgcctcttaattctcaaagagcaagaaga
cctcagaaatagatggggccaaagatatccccaaacacagtcaacaggag
cttgcttatcaaatctgctgcccttccttccacctccccctgcatgtatg
tttaatcagtttctggattgttgttaaaacttaaatcattgctaacattt
ccctaaatagatactgaataaaactttggatttcggtaacttgtggcaga
tcaggggattagcaacaatccccagtgtggtagtcataagctataactgc
ttcttacaatgggcattagctcaaccgcttgccaccgtccctgcctgacc
ctcactgctcattgctgtgctgctctgtgagcatgaggggtctgcagcct
ccagatggggtctactcggttgttttgtggataaaacaagcaaccccaga
catctgaggcaactgtcaacttggtccctgaaataggaccaaacctagga
tttggggtcaaaattttcagttcttcctgcttgaaagaacttggggagtc
tcttgggtttatctcactcttcctgagatatcctgccatctttacaagat
gccaaggatatagatctccctcattgccactttgaatcttaggcaaagca
cctaggaagctcagatcatttctgctcttggccttagggctgtcacccag
tcagacataagtaaacagcagctctgtaccttagcaaacttgcctatgga
gtgtttacagtgatgctaacgtgggatgctaacagtgtataatctataaa
gtggcttgaggtcatcactgactgtaaacatttgaacagacagtagagga
ggctctctagttaagcacttgccttggagagcat
gaattctcagctccttctccaataccatgtctgcttggatgctgccatgc
ttcccaccatgatgataacagactaaacctctgaaactgtaagccagctc
taatacaatgttttcctttataagagttgcagtggtcatggtgtctataa
gactccccagacaaggggactagagcaaggtcctggaaagagttcctgca
ttttaactatgcagagagctctggaatatgagtcacccatctgaacttgt
ctcaactggagaaaatgaagatggcttccacactcctgtatccaacatct
agtggctgggaacccccaggagaacaagcatctttttggctccccatgca
tcccttccttagcttgccagtagcctacaggcagcactcagaagagacat
gtttggttatcaaaaggaagcaaagtatgcaggagctggaggatggatct
gagggaaagtgagaaggctctcagaggaagatgggcacagctgtgacatc
ggctgcaatgtgaggcacaggacaagacttggaaggagaggcacatgaat
tggggacaccagtgagagttccaattgaggaatgtgtttaactcagttct
gtggtcttgagccaaaagagatgacagaataataataatcattctttgca
tgatttcactaatgaattagaaaatctgggacattttctaggaaaaaaat
tagaaggactaaaattaacctaaaaggagaaggtggaaatttagatatgg
tagtatcttagacttagaaaatgtttcagagaactgccagattgttcaaa
taagttgggtgaattctcagaatctttgaagatatactgtttcaatgatt
cccagccaaaggaaatagggatacttcacagttgggtttttaaagaacta
gcaaaatttgaataaaacttgccaaggatagtagaccaacaagcagacac
tctgccatagacacacaccaacaagaagtagctcccctcctccacatgtg
catgtgcgtggtgctgtgcatgtgcctgtgtgtgtgtgtgcgcgcgcacg
cgcgcggcgtgcaacagttggcgtgcatgcatgcatgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_128705809_128706954
seq2: B6Ng01-309E18.b_44_1177

seq1  GAATTCTCTCATATAGCCAGGACTAAAAACCACACACACAGGTCAACAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCATATAGCCAGGACTAAAAACCACACACACAGGTCAACAGT  50

seq1  TTTCAAACTTTGGTGTGTGCATAGGCTGTGTAAGTACCAGAAACAGCAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAACTTTGGTGTGTGCATAGGCTGTGTAAGTACCAGAAACAGCAAG  100

seq1  GTTCAGATGAATCTGACCATCTCGCAAAGTTCCCAGGAGGCTCTGGGAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGATGAATCTGACCATCTCGCAAAGTTCCCAGGAGGCTCTGGGAGT  150

seq1  GAACAAACATGAGCTGCTTATGGGGTTTACTGCCCTACAAAGAGTTCCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAACATGAGCTGCTTATGGGGTTTACTGCCCTACAAAGAGTTCCAG  200

seq1  AGACACCTTCCCTACAGGTCTCTCTTCTTCTTAATCCATTTTCCTTCCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACCTTCCCTACAGGTCTCTCTTCTTCTTAATCCATTTTCCTTCCTT  250

seq1  GGGGCTACTTAGCTGATGCCATGCCTCTTAATTCTCAAAGAGCAAGAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCTACTTAGCTGATGCCATGCCTCTTAATTCTCAAAGAGCAAGAAGA  300

seq1  CCTCAGAAATAGATGGGGCCAAAGATATCCCCAAACACAGTCAACAGGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGAAATAGATGGGGCCAAAGATATCCCCAAACACAGTCAACAGGAG  350

seq1  CTTGCTTATCAAATCTGCTGCCCTTCCTTCCACCTCCCCCTGCATGTATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTATCAAATCTGCTGCCCTTCCTTCCACCTCCCCCTGCATGTATG  400

seq1  TTTAATCAGTTTCTGGATTGTTGTTAAAACTTAAATCATTGCTAACATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATCAGTTTCTGGATTGTTGTTAAAACTTAAATCATTGCTAACATTT  450

seq1  CCCTAAATAGATACTGAATAAAACTTTGGATTTCGGTAACTTGTGGCAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAAATAGATACTGAATAAAACTTTGGATTTCGGTAACTTGTGGCAGA  500

seq1  TCAGGGGATTAGCAACAATCCCCAGTGTGGTAGTCATAAGCTATAACTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGGATTAGCAACAATCCCCAGTGTGGTAGTCATAAGCTATAACTGC  550

seq1  TTCTTACAATGGGCATTAGCTCAACCGCTTGCCACCGTCCCTGCCTGACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTACAATGGGCATTAGCTCAACCGCTTGCCACCGTCCCTGCCTGACC  600

seq1  CTCACTGCTCATTGCTGTGCTGCTCTGTGAGCATGAGGGGTCTGCAGCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTGCTCATTGCTGTGCTGCTCTGTGAGCATGAGGGGTCTGCAGCCT  650

seq1  CCAGATGGGGTCTACTCGGTTGTTTTGTGGATAAAACAAGCAACCCCAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATGGGGTCTACTCGGTTGTTTTGTGGATAAAACAAGCAACCCCAGA  700

seq1  CATCTGAGGCAACTGTCAACTTGGTCCCTGAAATAGGACCAAACCTAGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGAGGCAACTGTCAACTTGGTCCCTGAAATAGGACCAAACCTAGGA  750

seq1  TTTGGGGTCAAAATTTTCAGTTCTTCCTGCTTGAAAGAACTTGGGGAGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGGTCAAAATTTTCAGTTCTTCCTGCTTGAAAGAACTTGGGGAGTC  800

seq1  TCTTGGGTTTATCTCACTCTTCCTGAGATATCCTGCCATCTTTACAAGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGGTTTATCTCACTCTTCCTGAGATATCCTGCCATCTTTACAAGAT  850

seq1  GCCAAGGATATAGATCTCCCTCATTGCCACTTTGAATCTTAGGCAAAGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGGATATAGATCTCCCTCATTGCCACTTTGAATCTTAGGCAAAGCA  900

seq1  CCTAGGAAGCTCAGATCATTTCTGCTCTTGGCCTTAGGGCTGTCACCCAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGAAGCTCAGATCATTTCTGCTCTTGGCCTTAGGGCTGTCACCCAG  950

seq1  TCAGACATAAGTAAACAGCAGCTCTGTACCTTAGCAAACTTGCCTATGGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACATAAGTAAACAGCAGCTCTGTACCTTAGCAAACTTGCCTATGGA  1000

seq1  GTGTTTACAGTGATGCTAACGGTGGGATGCTAACAGTGTATAATCTATAA  1050
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTACAGTGATGCTAAC-GTGGGATGCTAACAGTGTATAATCTATAA  1049

seq1  AGTGGCTTTGAGGGTTCAATCCAACTGACTGTAAAACATTTTGACAGACA  1100
      |||||| ||||||  || |||  ||||||||| ||||||||  |||||||
seq2  AGTGGC-TTGAGG--TC-ATC--ACTGACTGT-AAACATTTGAACAGACA  1092

seq1  AGGTAGAGGAAGGGCTCTCTTGGTAAAGCACTTGCCTT-GAGAGCAT  1146
        ||||||||  ||||||| | || ||||||||||||| ||||||||
seq2  --GTAGAGGA--GGCTCTC-TAGTTAAGCACTTGCCTTGGAGAGCAT  1134

seq1: chr7_128858174_128859261
seq2: B6Ng01-309E18.g_64_1151 (reverse)

seq1  GCATGCATGCATGCACGC--ACTTGTGCACGCGCGCGCGCGTGCGCGCGC  48
      ||||||||||||||||||  |||  ||||||| |||||||||||||||||
seq2  GCATGCATGCATGCACGCCAACTGTTGCACGC-CGCGCGCGTGCGCGCGC  49

seq1  ACACACACACACACGCACATGCACACGCA-CACGCACATGCACATGGTGG  97
      ||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||
seq2  ACACACACACACAGGCACATGCACA-GCACCACGCACATGCACAT-GTGG  97

seq1  AGGAGGGGAGCCTACTTCTTGTTGGTGTGTGTCTATGGCAGAGTGTCTGC  147
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGGGAG-CTACTTCTTGTTGGTGTGTGTCTATGGCAGAGTGTCTGC  146

seq1  TTGTTGGTCTACTATCCTTGGCAAGTTTTATTC-AATTTTGCTAGTTCTT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTGTTGGTCTACTATCCTTGGCAAGTTTTATTCAAATTTTGCTAGTTCTT  196

seq1  TAAAAACCCAACTGTGAAGTATCCCTATTTCCTTTGGCTGGGAATCATTG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAACCCAACTGTGAAGTATCCCTATTTCCTTTGGCTGGGAATCATTG  246

seq1  AAACAGTATATCTTCAAAGATTCTGAGAATTCACCCAACTTATTTGAACA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGTATATCTTCAAAGATTCTGAGAATTCACCCAACTTATTTGAACA  296

seq1  ATCTGGCAGTTCTCTGAAACATTTTCTAAGTCTAAGATACTACCATATCT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGCAGTTCTCTGAAACATTTTCTAAGTCTAAGATACTACCATATCT  346

seq1  AAATTTCCACCTTCTCCTTTTAGGTTAATTTTAGTCCTTCTAATTTTTTT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTCCACCTTCTCCTTTTAGGTTAATTTTAGTCCTTCTAATTTTTTT  396

seq1  CCTAGAAAATGTCCCAGATTTTCTAATTCATTAGTGAAATCATGCAAAGA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGAAAATGTCCCAGATTTTCTAATTCATTAGTGAAATCATGCAAAGA  446

seq1  ATGATTATTATTATTCTGTCATCTCTTTTGGCTCAAGACCACAGAACTGA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTATTATTATTCTGTCATCTCTTTTGGCTCAAGACCACAGAACTGA  496

seq1  GTTAAACACATTCCTCAATTGGAACTCTCACTGGTGTCCCCAATTCATGT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAACACATTCCTCAATTGGAACTCTCACTGGTGTCCCCAATTCATGT  546

seq1  GCCTCTCCTTCCAAGTCTTGTCCTGTGCCTCACATTGCAGCCGATGTCAC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTCCTTCCAAGTCTTGTCCTGTGCCTCACATTGCAGCCGATGTCAC  596

seq1  AGCTGTGCCCATCTTCCTCTGAGAGCCTTCTCACTTTCCCTCAGATCCAT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTGCCCATCTTCCTCTGAGAGCCTTCTCACTTTCCCTCAGATCCAT  646

seq1  CCTCCAGCTCCTGCATACTTTGCTTCCTTTTGATAACCAAACATGTCTCT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCAGCTCCTGCATACTTTGCTTCCTTTTGATAACCAAACATGTCTCT  696

seq1  TCTGAGTGCTGCCTGTAGGCTACTGGCAAGCTAAGGAAGGGATGCATGGG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGTGCTGCCTGTAGGCTACTGGCAAGCTAAGGAAGGGATGCATGGG  746

seq1  GAGCCAAAAAGATGCTTGTTCTCCTGGGGGTTCCCAGCCACTAGATGTTG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAAAAAGATGCTTGTTCTCCTGGGGGTTCCCAGCCACTAGATGTTG  796

seq1  GATACAGGAGTGTGGAAGCCATCTTCATTTTCTCCAGTTGAGACAAGTTC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACAGGAGTGTGGAAGCCATCTTCATTTTCTCCAGTTGAGACAAGTTC  846

seq1  AGATGGGTGACTCATATTCCAGAGCTCTCTGCATAGTTAAAATGCAGGAA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGGTGACTCATATTCCAGAGCTCTCTGCATAGTTAAAATGCAGGAA  896

seq1  CTCTTTCCAGGACCTTGCTCTAGTCCCCTTGTCTGGGGAGTCTTATAGAC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTCCAGGACCTTGCTCTAGTCCCCTTGTCTGGGGAGTCTTATAGAC  946

seq1  ACCATGACCACTGCAACTCTTATAAAGGAAAACATTGTATTAGAGCTGGC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGACCACTGCAACTCTTATAAAGGAAAACATTGTATTAGAGCTGGC  996

seq1  TTACAGTTTCAGAGGTTTAGTCTGTTATCATCATGGTGGGAAGCATGGCA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGTTTCAGAGGTTTAGTCTGTTATCATCATGGTGGGAAGCATGGCA  1046

seq1  GCATCCAAGCAGACATGGTATTGGAGAAGGAGCTGAGAATTC  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCAAGCAGACATGGTATTGGAGAAGGAGCTGAGAATTC  1088