BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-310B06
Chromosome7 (Build37)
Map Location 81,819,661 - 82,006,744
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG665641, 0610006L08Rik
Upstream geneLOC244061, A830073O21Rik, St8sia2, LOC100042127, LOC100042140, LOC546979, Slco3a1, EG665308
Downstream geneSv2b, 1500012K07Rik, LOC100042171, Akap13, Klhl25
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-310B06.bB6Ng01-310B06.g
ACCGA102156GA102157
length1,090970
definitionB6Ng01-310B06.b B6Ng01-310B06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,819,661 - 81,820,756)(82,005,773 - 82,006,744)
sequence
gaattcctttctcattcctagcatatggcttgaaaagtctttatagtgtc
tagaatgataaaagctatactggtagggagaggaaagactgtaatggagg
tgaatatcatcaaggtgtggaaaattcataactaaattcattctatctaa
ttatttgcaattaatgtattctaccaaaatagactttgaaaatatgtctt
ttatactaatgaaatgactggtgactttaattctttgggaagcttcaaag
tggggactggtcacaaaataactcaagacattactgggtggttaggacat
tcggtccccacctccatcctctaggaagtagagagcagagaagagtcaaa
gttgggttaatgatcaatgatgcctttgtcactgtcatgcctacaaaatg
gaatctccctaagaactcaaaggaatgtgtccagggaatttccagataga
taaatgtgtgaaatttgaagaagaacacctggcttgagaaatcttagaaa
cttcactattcctcaaattctcttttattttttccagtaatttcatttag
cctacaatacagaattaatcttactttttaaaattattttttgtaattat
ttttagtagatattttctttatttacatttcaaatgttatcccctttcct
agtttcccttctgaaaatctcctatcccctaccccctcccactgctcccc
aacccacccactcccattcccagtcctggccttcccctatactgggcata
gaaccttcataggacctagggcctttccttccattgaagactgactagac
catcctctcctacatgtacagctagagccacatgtcccaccacatgtttt
ctttgattggcgggtttagttccaaggagctctgggagtactggttagtt
catattgatgttctttattttatgaagttctcccatctggattttcatta
actacattgtaatataattttttaaataactgggtaacacaggcaagtgt
gaaatgttcacttgagttctatgagccactttatcaatatttcaggcaaa
gatgatgtcttattagtttctactgatatgataaaatccc

gaattcctaaaaaaaaggagtgctctgagaactgccccatccaactgaga
gtgtcatgaaggagaccacttgaccttggtagcacaggagccccctcccc
gcccccactgaaaaggcttgaaagagttaggagatggtctttaagtctgt
ggcactaaacaaactatagaatgctaccttgtaattctggccactcttgt
gcaacagtgtgcctctctgtatgcagtactcttacagaggcatagactta
tagccatgtcctgttgaaaggacacgccagcaaagcaccttgcttattca
cctcatcagagagaatgcacttcaaacattagttccattctttttcgtga
gcacacagtgaacaacagcaaattcttcatgtacaatctttgcaacacac
aggctattacacaatggctatcattatgtaattcataaaaattgatttgt
tgagacattaatccaattcagcaggctcctgaacaatattcggctgatga
tgggctctgcttttttttttttttttcaccatcaaaggaacacagcaatg
ctgcacatttattaggctcttttccctccatacactgaaggttaatcgta
gtaagtttgaaggctctgtttccttcattcctttcaactttctgaattat
taccttcaccttagaggtttaaatcaacctgtatcaattggcattacagc
ctaaattccgtttgagcttttggaatgcatgaggttgttttgttttgttt
cagaatcaatgttgaatttgaccctgacataagataaaaagagttccttc
cctgggaaagactggtcaagagactttcaaaaagtcaaacatcttaaaat
ttaaattgtataattaatttactagaaaaatgcatctatgaagtgctttt
ctagcatcggaatagtctcaagagcttcttatacatatatttcatttacg
gtgaaatacaagttcatgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_81819661_81820756
seq2: B6Ng01-310B06.b_50_1139

seq1  GAATTCCTTTCTCATTCCTAGCATATGGCTTGAAAAGTCTTTATAGTGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTCTCATTCCTAGCATATGGCTTGAAAAGTCTTTATAGTGTC  50

seq1  TAGAATGATAAAAGCTATACTGGTAGGGAGAGGAAAGACTGTAATGGAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATGATAAAAGCTATACTGGTAGGGAGAGGAAAGACTGTAATGGAGG  100

seq1  TGAATATCATCAAGGTGTGGAAAATTCATAACTAAATTCATTCTATCTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATATCATCAAGGTGTGGAAAATTCATAACTAAATTCATTCTATCTAA  150

seq1  TTATTTGCAATTAATGTATTCTACCAAAATAGACTTTGAAAATATGTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGCAATTAATGTATTCTACCAAAATAGACTTTGAAAATATGTCTT  200

seq1  TTATACTAATGAAATGACTGGTGACTTTAATTCTTTGGGAAGCTTCAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACTAATGAAATGACTGGTGACTTTAATTCTTTGGGAAGCTTCAAAG  250

seq1  TGGGGACTGGTCACAAAATAACTCAAGACATTACTGGGTGGTTAGGACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGACTGGTCACAAAATAACTCAAGACATTACTGGGTGGTTAGGACAT  300

seq1  TCGGTCCCCACCTCCATCCTCTAGGAAGTAGAGAGCAGAGAAGAGTCAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGTCCCCACCTCCATCCTCTAGGAAGTAGAGAGCAGAGAAGAGTCAAA  350

seq1  GTTGGGTTAATGATCAATGATGCCTTTGTCACTGTCATGCCTACAAAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGTTAATGATCAATGATGCCTTTGTCACTGTCATGCCTACAAAATG  400

seq1  GAATCTCCCTAAGAACTCAAAGGAATGTGTCCAGGGAATTTCCAGATAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTCCCTAAGAACTCAAAGGAATGTGTCCAGGGAATTTCCAGATAGA  450

seq1  TAAATGTGTGAAATTTGAAGAAGAACACCTGGCTTGAGAAATCTTAGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGTGTGAAATTTGAAGAAGAACACCTGGCTTGAGAAATCTTAGAAA  500

seq1  CTTCACTATTCCTCAAATTCTCTTTTATTTTTTCCAGTAATTTCATTTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACTATTCCTCAAATTCTCTTTTATTTTTTCCAGTAATTTCATTTAG  550

seq1  CCTACAATACAGAATTAATCTTACTTTTTAAAATTATTTTTTGTAATTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACAATACAGAATTAATCTTACTTTTTAAAATTATTTTTTGTAATTAT  600

seq1  TTTTAGTAGATATTTTCTTTATTTACATTTCAAATGTTATCCCCTTTCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGTAGATATTTTCTTTATTTACATTTCAAATGTTATCCCCTTTCCT  650

seq1  AGTTTCCCTTCTGAAAATCTCCTATCCCCTACCCCCTCCCACTGCTCCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCCCTTCTGAAAATCTCCTATCCCCTACCCCCTCCCACTGCTCCCC  700

seq1  AACCCACCCACTCCCATTCCCAGTCCTGGCCTTCCCCTATACTGGGCATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCACCCACTCCCATTCCCAGTCCTGGCCTTCCCCTATACTGGGCATA  750

seq1  GAACCTTCATAGGACCTAGGGCCTTTCCTTCCATTGAAGACTGACTAGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTTCATAGGACCTAGGGCCTTTCCTTCCATTGAAGACTGACTAGAC  800

seq1  CATCCTCTCCTACATGTACAGCTAGAGCCACATGTCCCACCACATGTTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTCTCCTACATGTACAGCTAGAGCCACATGTCCCACCACATGTTTT  850

seq1  CTTTGATTGGC-GGTTTAGTTCCAAGGAGCTCTGGGAGTACTGGTTAGTT  899
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGATTGGCGGGTTTAGTTCCAAGGAGCTCTGGGAGTACTGGTTAGTT  900

seq1  CATATTGATGTTCTTTATTTTATGAAGTTCTCCCATCTGGATTTTCATTA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTGATGTTCTTTATTTTATGAAGTTCTCCCATCTGGATTTTCATTA  950

seq1  ACTACATTGTAATATAATTTTTTAAATAACTGGGTAACAACAGGCAAAGT  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  ACTACATTGTAATATAATTTTTTAAATAACTGGGTAAC-ACAGGC-AAGT  998

seq1  GTGAAATGTTCACTTGAGTTCTATGAGCCACTTTATCAAATTATTCAAGG  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  |||
seq2  GTGAAATGTTCACTTGAGTTCTATGAGCCACTTTATCAA--TATTTCAGG  1046

seq1  CCAAAGATGATGTCTTAATTAGGTTTCTACTGATATGATAAAATCCC  1096
       ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  -CAAAGATGATGTCTT-ATTA-GTTTCTACTGATATGATAAAATCCC  1090


seq1: chr7_82005773_82006744
seq2: B6Ng01-310B06.g_66_1035 (reverse)

seq1  TTCATGAAAACTGGTATTTCA-CGTAAATGAAAATTATATGTATAAG-AG  48
      ||||||  |||| |||||||| |||||||||||  |||||||||||| ||
seq2  TTCATG--AACTTGTATTTCACCGTAAATGAAA--TATATGTATAAGAAG  46

seq1  CTCTTGAGACTATTCCGATGCTAGAAAAGCACTTCATAGATGCATTTTTC  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGAGACTATTCCGATGCTAGAAAAGCACTTCATAGATGCATTTTTC  96

seq1  TAGTAAATTAATTTATACAATTTAAATTTTAAGATGTTTGACTTTTTG-A  147
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TAGTAAATTAA-TTATACAATTTAAATTTTAAGATGTTTGACTTTTTGAA  145

seq1  AGTCTCTTGACCAGTCTTTCCCAGGGAAGGAACTCTTTTTATCTTATGTC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCTTGACCAGTCTTTCCCAGGGAAGGAACTCTTTTTATCTTATGTC  195

seq1  AGGGTCAAATTCAACATTGATTCTGAAACAAAACAAAACAACCTCATGCA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCAAATTCAACATTGATTCTGAAACAAAACAAAACAACCTCATGCA  245

seq1  TTCCAAAAGCTCAAACGGAATTTAGGCTGTAATGCCAATTGATACAGGTT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAAAGCTCAAACGGAATTTAGGCTGTAATGCCAATTGATACAGGTT  295

seq1  GATTTAAACCTCTAAGGTGAAGGTAATAATTCAGAAAGTTGAAAGGAATG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTAAACCTCTAAGGTGAAGGTAATAATTCAGAAAGTTGAAAGGAATG  345

seq1  AAGGAAACAGAGCCTTCAAACTTACTACGATTAACCTTCAGTGTATGGAG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAACAGAGCCTTCAAACTTACTACGATTAACCTTCAGTGTATGGAG  395

seq1  GGAAAAGAGCCTAATAAATGTGCAGCATTGCTGTGTTCCTTTGATGGTGA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAGAGCCTAATAAATGTGCAGCATTGCTGTGTTCCTTTGATGGTGA  445

seq1  AAAAAAAAAAAAAAAGCAGAGCCCATCATCAGCCGAATATTGTTCAGGAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAAAAAGCAGAGCCCATCATCAGCCGAATATTGTTCAGGAG  495

seq1  CCTGCTGAATTGGATTAATGTCTCAACAAATCAATTTTTATGAATTACAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTGAATTGGATTAATGTCTCAACAAATCAATTTTTATGAATTACAT  545

seq1  AATGATAGCCATTGTGTAATAGCCTGTGTGTTGCAAAGATTGTACATGAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATAGCCATTGTGTAATAGCCTGTGTGTTGCAAAGATTGTACATGAA  595

seq1  GAATTTGCTGTTGTTCACTGTGTGCTCACGAAAAAGAATGGAACTAATGT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTGCTGTTGTTCACTGTGTGCTCACGAAAAAGAATGGAACTAATGT  645

seq1  TTGAAGTGCATTCTCTCTGATGAGGTGAATAAGCAAGGTGCTTTGCTGGC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGTGCATTCTCTCTGATGAGGTGAATAAGCAAGGTGCTTTGCTGGC  695

seq1  GTGTCCTTTCAACAGGACATGGCTATAAGTCTATGCCTCTGTAAGAGTAC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCTTTCAACAGGACATGGCTATAAGTCTATGCCTCTGTAAGAGTAC  745

seq1  TGCATACAGAGAGGCACACTGTTGCACAAGAGTGGCCAGAATTACAAGGT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATACAGAGAGGCACACTGTTGCACAAGAGTGGCCAGAATTACAAGGT  795

seq1  AGCATTCTATAGTTTGTTTAGTGCCACAGACTTAAAGACCATCTCCTAAC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTCTATAGTTTGTTTAGTGCCACAGACTTAAAGACCATCTCCTAAC  845

seq1  TCTTTCAAGCCTTTTCAGTGGGGGCGGGGAGGGGGCTCCTGTGCTACCAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCAAGCCTTTTCAGTGGGGGCGGGGAGGGGGCTCCTGTGCTACCAA  895

seq1  GGTCAAGTGGTCTCCTTCATGACACTCTCAGTTGGATGGGGCAGTTCTCA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAAGTGGTCTCCTTCATGACACTCTCAGTTGGATGGGGCAGTTCTCA  945

seq1  GAGCACTCCTTTTTTTTAGGAATTC  972
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACTCCTTTTTTTTAGGAATTC  970


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |