BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-311I11
Chromosome7 (Build37)
Map Location 62,459,520 - 62,602,629
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLuzp2
Upstream geneMrps33p, LOC622146
Downstream geneLOC668796, Siglech, Tubgcp5, Cyfip1, Nipa2, Nipa1, LOC672959, Herc2, p
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-311I11.bB6Ng01-311I11.g
ACCGA103224GA103225
length9391,158
definitionB6Ng01-311I11.b B6Ng01-311I11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(62,459,520 - 62,460,452)(62,601,482 - 62,602,629)
sequence
gaattcattttccttgcccagaaatgagcatactagatttctacactggg
tcctgtccataatgtacaaatgcaggtcaataaataccttatttatcaac
tgttagaatgttgctatgggttacttcattaattattctacaaatatttt
attttatatgtatcaagaaacccaagcttgaagagattaagtacttggct
caatgtattaaaacgaatacagaatcaatcccttttctctatgtccaatg
atcaagaacttatcttctgatgagaagaaacaaatcatgaaactatttct
tctcatcagaagagctgtcataataattctcatctaagctaaataggctg
tactgtgacactgtctatacccaaaggctgaaagcaccaaccctgaatat
attttgggatatattacaatatatttatggatatattacaagtacacaca
gattggaaggaagccagtgatgttggctaggtacatgcatgattatatat
ttctactggcccatttcttctctggtttagtatcaatgtagcttcttcat
ggagttataatgagagctactccgctccaacaggtagtttgccatgtcca
tctcatgtctactttcttaagtacttgcctgtattccaatgaacaaggaa
agagcctgcaagagctcattcagcatcaacaacgtaaatgctctcttgat
aggaagaacagcaagacacaggaccaaggacatgaatgagatttttctta
attttgtgttttaaagattttaatttttaaaattctgtggatgagtgtgt
gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtacatttatatggaatatgtgcatgtttctg
gttgagaccaggaatagctattgggggcttgtggcagctaaagggctcaa
cctgttgtgaacatgcttaagtggtaacagggaaactga
gaattctctgattaaggctggagctgctttgtctatgagtatatatatat
atatatatatatatatatatatatatatatatatacacatatacacatgt
ttcaaagtcaactgtgagaaacacactagtattagattattagcctcatg
tagctcttttgagaagttggttcaagctagtgtgcaggtgctattgaata
aagcatggggattcctaaagaactaagagtagaataaacacattatccag
atctactactgagggtattaagaggaaaggaaaccagcatatggcataga
cacctgcatgtctatgatttctgcaactctgctcacagtagtgtagcacc
ctaatgaaactcagtaatgtttccaaagtacagacacatacatacataat
aaacacacacacacacatacatacttacctgaaaaaatagataaatggaa
aagtcaagaaaaatgtataaaaatacaaggtaaactatttaagaaagata
tgggatcagtgtatgtgggaagagaacaagaaagtaattgagataaatat
attaaaatgctttatataaatatatgaagatatcataatataaacacatt
actatgtatattaatatatgctaacaaaagcattaaaatgatattaagcc
aggcatggtggtataaaacttaatgatcatgtcagtagaggcaaaaacag
agagggttttttttttgtttgttttgttttttttttttttttttgagaca
gggtttctctgtgtagccctgggctgtcctgggaactcactttgtagacc
aggctgtcctcaaacttcaaaaattctgcctgccttctgcctcccaagtt
gctgggattaaaggcaaaaacagagtttgaggcccagcttggggttaaaa
cagtgagtgcttgtgctatagaacattacagcaaggactcttgatacaca
cagacacacaatttaatttatttaggagtgttagaattagagattatagt
tcatgccaaagagaatgatcagaccaaccgtaagataacatttgttgatt
ggaaggctggttgtttaggtgactggaagattgatttaaggttattatga
agatatccagttggaattcataattcatctggtatcttaaactttaatag
aacctgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_62459520_62460452
seq2: B6Ng01-311I11.b_46_984

seq1  GAATTCATTTTCCTTGCCCAGAAATGAGCATACTAGATTTCTACACTGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTTCCTTGCCCAGAAATGAGCATACTAGATTTCTACACTGGG  50

seq1  TCCTGTCCATAATGTACAAATGCAGGTCAATAAATACCTTATTTATCAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTCCATAATGTACAAATGCAGGTCAATAAATACCTTATTTATCAAC  100

seq1  TGTTAGAATGTTGCTATGGGTTACTTCATTAATTATTCTACAAATATTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGAATGTTGCTATGGGTTACTTCATTAATTATTCTACAAATATTTT  150

seq1  ATTTTATATGTATCAAGAAACCCAAGCTTGAAGAGATTAAGTACTTGGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATATGTATCAAGAAACCCAAGCTTGAAGAGATTAAGTACTTGGCT  200

seq1  CAATGTATTAAAACGAATACAGAATCAATCCCTTTTCTCTATGTCCAATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTATTAAAACGAATACAGAATCAATCCCTTTTCTCTATGTCCAATG  250

seq1  ATCAAGAACTTATCTTCTGATGAGAAGAAACAAATCATGAAACTATTTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGAACTTATCTTCTGATGAGAAGAAACAAATCATGAAACTATTTCT  300

seq1  TCTCATCAGAAGAGCTGTCATAATAATTCTCATCTAAGCTAAATAGGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATCAGAAGAGCTGTCATAATAATTCTCATCTAAGCTAAATAGGCTG  350

seq1  TACTGTGACACTGTCTATACCCAAAGGCTGAAAGCACCAACCCTGAATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTGACACTGTCTATACCCAAAGGCTGAAAGCACCAACCCTGAATAT  400

seq1  ATTTTGGGATATATTACAATATATTTATGGATATATTACAAGTACACACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGGGATATATTACAATATATTTATGGATATATTACAAGTACACACA  450

seq1  GATTGGAAGGAAGCCAGTGATGTTGGCTAGGTACATGCATGATTATATAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGGAAGGAAGCCAGTGATGTTGGCTAGGTACATGCATGATTATATAT  500

seq1  TTCTACTGGCCCATTTCTTCTCTGGTTTAGTATCAATGTAGCTTCTTCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACTGGCCCATTTCTTCTCTGGTTTAGTATCAATGTAGCTTCTTCAT  550

seq1  GGAGTTATAATGAGAGCTACTCCGCTCCAACAGGTAGTTTGCCATGTCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTATAATGAGAGCTACTCCGCTCCAACAGGTAGTTTGCCATGTCCA  600

seq1  TCTCATGTCTACTTTCTTAAGTACTTGCCTGTATTCCAATGAACAAGGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATGTCTACTTTCTTAAGTACTTGCCTGTATTCCAATGAACAAGGAA  650

seq1  AGAGCCTGCAAGAGCTCATTCAGCATCAACAACGTAAATGCTCTCTTGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCTGCAAGAGCTCATTCAGCATCAACAACGTAAATGCTCTCTTGAT  700

seq1  AGGAAGAACAGCAAGACACAGGACCAAGGACATGAATGAGATTTTTCTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGAACAGCAAGACACAGGACCAAGGACATGAATGAGATTTTTCTTA  750

seq1  ATTTTGTGTTTTAAAGATTTTAATTTTTAAAATTCTGTGGATGAGTGTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGTGTTTTAAAGATTTTAATTTTTAAAATTCTGTGGATGAGTGTGT  800

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACATTTATATGG-ATATGTGCATGTTTCT-  848
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| 
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACATTTATATGGAATATGTGCATGTTTCTG  850

seq1  GTTGAGACCAGGAATAGCTATT-GGGGCTTGTGG-AGCTAAA-GGCACAA  895
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| |||
seq2  GTTGAGACCAGGAATAGCTATTGGGGGCTTGTGGCAGCTAAAGGGCTCAA  900

seq1  GCTGTTGTGAACAAGCTTATGTGGTAA-AGGGGAACTGA  933
       |||||||||||| ||||| ||||||| |||| ||||||
seq2  CCTGTTGTGAACATGCTTAAGTGGTAACAGGGAAACTGA  939

seq1: chr7_62601482_62602629
seq2: B6Ng01-311I11.g_68_1225 (reverse)

seq1  CACA-GTTCTATTTAAGGTTTTAAGATAACCAGATGAATAATGTGAAATG  49
      |||| |||||||| |||  |||||||| ||||||||||| |||   ||| 
seq2  CACAGGTTCTATTAAAG--TTTAAGAT-ACCAGATGAATTATG---AAT-  43

seq1  TCAAATTGTATATTTTATAAATA--CTTTAATCATTTCTCACTTCA-CTT  96
      || || || |||| ||   ||||  ||| ||||| |  ||   ||| || 
seq2  TCCAACTGGATATCTTCATAATAACCTTAAATCAATCTTCCAGTCACCTA  93

seq1  AACAA-CAGCCTTCAATTCAAC-AATGTTATC-TAC-GTTTGTCTGATC-  141
      ||||| |||||||| | ||||| ||||||||| ||| ||| |||||||| 
seq2  AACAACCAGCCTTCCAATCAACAAATGTTATCTTACGGTTGGTCTGATCA  143

seq1  TTCTCTTTTGGGCATGACTTAT-ATCTCTATTTTCTAACACTTCCTTAAA  190
      ||||||||  |||||||  ||| |||||||  ||||||||||  | ||||
seq2  TTCTCTTT--GGCATGAACTATAATCTCTA-ATTCTAACACT--CCTAAA  188

seq1  TTAATT-AATTGTGTGTCTGTGTGTATC-AGAGT-CTTGCTGTATTGTTC  237
      | |||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||
seq2  TAAATTAAATTGTGTGTCTGTGTGTATCAAGAGTCCTTGCTGTAATGTTC  238

seq1  TATAGCACAAGCACTCACTGTTT--AACCCAAGCT-GGCCTCAAACTCTG  284
      |||||||||||||||||||||||  | |||||||| ||||||||||||||
seq2  TATAGCACAAGCACTCACTGTTTTAACCCCAAGCTGGGCCTCAAACTCTG  288

seq1  TTTTTGCCTTTAATCCCAGC-ACTTGGGAGGCAG-AGGCAGGCAG-ATTT  331
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||
seq2  TTTTTGCCTTTAATCCCAGCAACTTGGGAGGCAGAAGGCAGGCAGAATTT  338

seq1  TTG-AGTTTGAGGACAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTT-CCAGGACAG-CC  378
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||
seq2  TTGAAGTTTGAGGACAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCCAGGACAGCCC  388

seq1  AGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTC--AAAAAAAAAAAAAAAACAAAAC  426
      ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAC  438

seq1  AAACAAAAAAAAAACCCTCTCTGTTTTTGCCTCTACTGACATGATCATTA  476
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAAAAAAAACCCTCTCTGTTTTTGCCTCTACTGACATGATCATTA  488

seq1  AGTTTTATACCACCATGCCTGGCTTAATATCATTTTAATGCTTTTGTTAG  526
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTATACCACCATGCCTGGCTTAATATCATTTTAATGCTTTTGTTAG  538

seq1  CATATATTAATATACATAGTAATGTGTTTATATTATGATATCTTCATATA  576
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATTAATATACATAGTAATGTGTTTATATTATGATATCTTCATATA  588

seq1  TTTATATAAAGCATTTTAATATATTTATCTCAATTACTTTCTTGTTCTCT  626
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATAAAGCATTTTAATATATTTATCTCAATTACTTTCTTGTTCTCT  638

seq1  TCCCACATACACTGATCCCATATCTTTCTTAAATAGTTTACCTTGTATTT  676
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACATACACTGATCCCATATCTTTCTTAAATAGTTTACCTTGTATTT  688

seq1  TTATACATTTTTCTTGACTTTTCCATTTATCTATTTTTTCAGGTAAGTAT  726
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACATTTTTCTTGACTTTTCCATTTATCTATTTTTTCAGGTAAGTAT  738

seq1  GTATGTGTGTGTGTGTGTTTATTATGTATGTATGTGTCTGTACTTTGGAA  776
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGTGTGTGTGTGTTTATTATGTATGTATGTGTCTGTACTTTGGAA  788

seq1  ACATTACTGAGTTTCATTAGGGTGCTACACTACTGTGAGCAGAGTTGCAG  826
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTACTGAGTTTCATTAGGGTGCTACACTACTGTGAGCAGAGTTGCAG  838

seq1  AAATCATAGACATGCAGGTGTCTATGCCATATGCTGGTTTCCTTTCCTCT  876
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCATAGACATGCAGGTGTCTATGCCATATGCTGGTTTCCTTTCCTCT  888

seq1  TAATACCCTCAGTAGTAGATCTGGATAATGTGTTTATTCTACTCTTAGTT  926
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACCCTCAGTAGTAGATCTGGATAATGTGTTTATTCTACTCTTAGTT  938

seq1  CTTTAGGAATCCCCATGCTTTATTCAATAGCACCTGCACACTAGCTTGAA  976
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGGAATCCCCATGCTTTATTCAATAGCACCTGCACACTAGCTTGAA  988

seq1  CCAACTTCTCAAAAGAGCTACATGAGGCTAATAATCTAATACTAGTGTGT  1026
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTTCTCAAAAGAGCTACATGAGGCTAATAATCTAATACTAGTGTGT  1038

seq1  TTCTCACAGTTGACTTTGAAACATGTGTATATGTGTATATATATATATAT  1076
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||
seq2  TTCTCACAGTTGACTTTGAAACATGTGTATATGTG--TATATATATATAT  1086

seq1  ATATATATATATATATATATATATATATATATACTCATAGACAAAGCAGC  1126
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATATATATATATATATATATACTCATAGACAAAGCAGC  1136

seq1  TCCAGCCTTAATCAGAGAATTC  1148
      ||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCCTTAATCAGAGAATTC  1158