BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-312C16
Chromosome7 (Build37)
Map Location 31,333,119 - 31,517,094
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBC053749, Hspb6, 1810054G18Rik, Psenen, U2af1l4, Tmem149, Wbp7, Zbtb32, Upk1a, Cox6b1, Etv2, 3100004P22Rik, 2310022K01Rik, 4930479M11Rik, 2200002J24Rik, EG233075, Atp4a, Tmem147, Gapdhs
Upstream gene4930432E11Rik, 1700067C01Rik, Zfp84, LOC100043794, Zfp30, EG625349, 6330581L23Rik, BC027344, Zfp420, Zfp27, Zfp74, LOC625437, LOC100043796, Zfp568, Zfp14, LOC100043798, Zfp82, Zfp566, Zfp260, Zfp382, Zfp146, EG330503, Cox7a1, Capns1, Tbcb, Polr2i, Ovol3, Wdr62, EG668354, 1700020L13Rik, Clip3, Alkbh6, AI428936, 0610010E21Rik, Lrfn3, Tyrobp, Hcst, AY078069, Aplp1, Kirrel2, Nphs1, LOC100034728, Prodh2, Gm1082, Snx26
Downstream geneSbsn, Dmkn, Krtdap, Ffar2, Ffar3, Ffar1, Cd22, Mag, Hamp2, Usf2-ps1, Hamp1, Usf2, LOC100043823, Lsr, Tmem162, Fxyd5, Fxyd7, Fxyd1, Lgi4, Fxyd3, Hpn, Scn1b, Gramd1a, LOC672598, LOC100043323, LOC100043827, Apbh, Abpe, LOC100043326, EG384585, LOC100043328, LOC100043331, LOC626181, LOC100043334, LOC100043834, LOC546947, LOC677233, LOC100043337, LOC546949, LOC100043836, EG626305
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-312C16.bB6Ng01-312C16.g
ACCGA103702GA103703
length1,1331,149
definitionB6Ng01-312C16.b B6Ng01-312C16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,333,119 - 31,334,245)(31,515,926 - 31,517,094)
sequence
gaattcactatgtagctgaaagtgcccttgaacttctgatcctccttctt
ccgccttctcaatgctgagactacaggcagacatcactatgcctgctttt
atgtggctttggggatcaagccaaggcactgtgtatgccagacaggcact
ctaacagctgaactacattgccagcccaaatgattcttgaccaacaaaga
ataaggaagaatgattctggaagagtagtgtcactgagaaccatttttgg
cccatgagggaaaggacaacagcctagacataggacaacaataagacaga
cagaacctaggatcctaacaccttacactggggctgctgggtcagctctg
gtttcttttgtaacagtgaaacagaaataaatgttatcttggttaggcca
taattatcttaggacctttgttacagaatcttttatttctctatctttca
aattcaagtacttactctaaaatgagtgggttttggtcttagtttgtttg
tttgattgattggttggttttttgagacagggtttctttgtgtggtcctg
gctgtcctggaactcactctgtaaatcaggctgtcctcaaactcagacat
cctcctgcctcagcctcctaagtgctaggattaaagacatgcaccaccac
caccacctggcaacaggtgctcttatagttcactgtatggaggaactgag
atttcaaaacaactccaatgtttgtgtgtgattaatattcccagttgaag
gaaactgagaccaaagcaatatagggagtaagttaacaagcaggatttga
acccaggctctacagccctcaatactacagatgaaatgcctggtcctaaa
aaagtactgcataaacagctctgtctctgatagttattatgggatgcctt
cttcctctcttccccgcccccaggaattctggtactcacttggctactat
tgagtcctcgttgtcaattaagttgcaagggtggagaggtacttgtccct
cagtgggtactgggcttggggaggggttcatgaacttagatgggccaggg
actcctcagatcaggctcatcggaacttggctgctgtgggcttgggagcc
tttgtgaccttggagaactggatggaccggatt
gaattctccaggaagctaacaggaatggcattccgggtgccaaccccaaa
cgtgtcagttgtggacctgacctgccgcctggccaagcctgcttcttact
cggctatcacggaggctgtgaaagctgcagccaagggacctttggctggc
atccttgcttacacagaggaccaggtagggactgaggaaaccttgggggg
gtgctctggggagggacttgggaaatcccactcaccaggaagctattctg
catgggccaagctgcagaccagctgtccaggtgtttcacacccaaggagt
tgcaggccagccaggactacacaatgagaccctatctcaaacacagcttt
ccctgcaagcctgggaaagtgggccttcctgcctcggtgtcttgaccaga
tgtttctttgatctaacgatgctgcttttctgcaccatggtgactggaag
tcacttgtgtaacccatagcacatactgtccaagaaaacagcgaactaag
agctaaaatggagctttcgctaataattttatatattcaccattgctctg
ttcagacacaccagaagagagggcatcagaccccattacagatggttgtg
agccactgtgtggttgatgggaattgaactcgggacctctggatgagcac
tcagtgctcttaaccactgagccatctctccggccccagaaggctcttaa
tacactcctgaacaaaagacagcagttctcattttctggattcacaccca
ggggccaggccaggtcagacacctttactgaacagactatcttaggtgtg
gaggcacaggcactcaggtgatagaagcagtagacttctatgaatgtgag
ggcagccctctatatagtgagttccagagctatatagcaaaccctgtatc
aaaaaaaaaaaaaaaaagtcacctccaccttagtgaagttccctggcatt
tggcttttacaggtccactcctcaatgccaagatgtcatttgaatggtca
gatcaatcagccccaatgccacccacccccacccctgtgtcctagggcta
cagccccagatctgtgtttgtagctcttcctctgcctccaagaccagccc
tctgccagtcatcctcatgttaacgtatgcaaccctcattaaagggtat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_31333119_31334245
seq2: B6Ng01-312C16.b_46_1178

seq1  GAATTCACTATGTAGCTGAAAGTGCCCTTGAACTTCTGATCCTCCTTCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTATGTAGCTGAAAGTGCCCTTGAACTTCTGATCCTCCTTCTT  50

seq1  CCGCCTTCTCAATGCTGAGACTACAGGCAGACATCACTATGCCTGCTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCCTTCTCAATGCTGAGACTACAGGCAGACATCACTATGCCTGCTTTT  100

seq1  ATGTGGCTTTGGGGATCAAGCCAAGGCACTGTGTATGCCAGACAGGCACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGCTTTGGGGATCAAGCCAAGGCACTGTGTATGCCAGACAGGCACT  150

seq1  CTAACAGCTGAACTACATTGCCAGCCCAAATGATTCTTGACCAACAAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACAGCTGAACTACATTGCCAGCCCAAATGATTCTTGACCAACAAAGA  200

seq1  ATAAGGAAGAATGATTCTGGAAGAGTAGTGTCACTGAGAACCATTTTTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGAAGAATGATTCTGGAAGAGTAGTGTCACTGAGAACCATTTTTGG  250

seq1  CCCATGAGGGAAAGGACAACAGCCTAGACATAGGACAACAATAAGACAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGAGGGAAAGGACAACAGCCTAGACATAGGACAACAATAAGACAGA  300

seq1  CAGAACCTAGGATCCTAACACCTTACACTGGGGCTGCTGGGTCAGCTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACCTAGGATCCTAACACCTTACACTGGGGCTGCTGGGTCAGCTCTG  350

seq1  GTTTCTTTTGTAACAGTGAAACAGAAATAAATGTTATCTTGGTTAGGCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTTTTGTAACAGTGAAACAGAAATAAATGTTATCTTGGTTAGGCCA  400

seq1  TAATTATCTTAGGACCTTTGTTACAGAATCTTTTATTTCTCTATCTTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTATCTTAGGACCTTTGTTACAGAATCTTTTATTTCTCTATCTTTCA  450

seq1  AATTCAAGTACTTACTCTAAAATGAGTGGGTTTTGGTCTTAGTTTGTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAAGTACTTACTCTAAAATGAGTGGGTTTTGGTCTTAGTTTGTTTG  500

seq1  TTTGATTGATTGGTTGGTTTTTTGAGACAGGGTTTCTTTGTGTGGTCCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATTGATTGGTTGGTTTTTTGAGACAGGGTTTCTTTGTGTGGTCCTG  550

seq1  GCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAAATCAGGCTGTCCTCAAACTCAGACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAAATCAGGCTGTCCTCAAACTCAGACAT  600

seq1  CCTCCTGCCTCAGCCTCCTAAGTGCTAGGATTAAAGACATGCACCACCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTGCCTCAGCCTCCTAAGTGCTAGGATTAAAGACATGCACCACCAC  650

seq1  CACCACCTGGCAACAGGTGCTCTTATAGTTCACTGTATGGAGGAACTGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACCTGGCAACAGGTGCTCTTATAGTTCACTGTATGGAGGAACTGAG  700

seq1  ATTTCAAAACAACTCCAATGTTTGTGTGTGATTAATATTCCCAGTTGAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAAAACAACTCCAATGTTTGTGTGTGATTAATATTCCCAGTTGAAG  750

seq1  GAAACTGAGACCAAAGCAATATAGGGAGTAAGTTAACAAGCAGGATTTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTGAGACCAAAGCAATATAGGGAGTAAGTTAACAAGCAGGATTTGA  800

seq1  ACCCAGGCTCTACAGCCCTCAATACTACAGATGAAATGCCTGGTCCTAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGGCTCTACAGCCCTCAATACTACAGATGAAATGCCTGGTCCTAAA  850

seq1  AAAGTACTGCATAAACAGCTCTGTCTCTGATAGTTATTATGGGATGCCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTACTGCATAAACAGCTCTGTCTCTGATAGTTATTATGGGATGCCTT  900

seq1  CTTCCTCTCTTCCCCCGCCCCCCAGGAATTCTGGTACTCACTTGGCTACT  950
      |||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTCTCTTCCCC--GCCCCCAGGAATTCTGGTACTCACTTGGCTACT  948

seq1  ATTGAGTCCTCGTTGTCAATTAAGTTGC-AGGGTGGAGAGGTACTTTGTC  999
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||
seq2  ATTGAGTCCTCGTTGTCAATTAAGTTGCAAGGGTGGAGAGGTAC-TTGTC  997

seq1  CCTCAGT-GGTACT-GGCTGGGGAAGGGGTCCATGAAC-TAGAT-GGCCA  1045
      ||||||| |||||| |||| ||| |||||| ||||||| ||||| |||||
seq2  CCTCAGTGGGTACTGGGCTTGGGGAGGGGTTCATGAACTTAGATGGGCCA  1047

seq1  -GGACTCCTCAGA-CA-GCTCATCGGAAC-TGGCTGCTGTGGCCTTGGGA  1091
       |||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||| |||||||
seq2  GGGACTCCTCAGATCAGGCTCATCGGAACTTGGCTGCTGTGGGCTTGGGA  1097

seq1  GC--TTGTGGCCTTTGAGACCTGGATGGACCCGGGATT  1127
      ||  ||||| |||| |||| |||||||||||  |||||
seq2  GCCTTTGTGACCTTGGAGAACTGGATGGACC--GGATT  1133

seq1: chr7_31515926_31517094
seq2: B6Ng01-312C16.g_67_1215 (reverse)

seq1  ATACCC--TAATGA-GGTTGCATTAAACGTT-ACATGAAGCGATGACTGG  46
      ||||||  |||||| ||||||||   ||||| ||||||   |||||||||
seq2  ATACCCTTTAATGAGGGTTGCAT---ACGTTAACATGA--GGATGACTGG  45

seq1  CACGAGGCTGGGTCTTGGGAGCAGAGGGAAGGAGCTACAGACACAGATCT  96
      || ||||   ||||||||  |||||||  | |||||||| ||||||||||
seq2  CA-GAGGGCTGGTCTTGGAGGCAGAGG--AAGAGCTACAAACACAGATCT  92

seq1  TGGGGGCTGTAGCCCTTAGGAACACAGGGGGTTGGGGGTGGGTTGGCATT  146
        ||||||||||||| |||| |||||||||  |||||||||| |||||||
seq2  --GGGGCTGTAGCCC-TAGG-ACACAGGGG--TGGGGGTGGG-TGGCATT  135

seq1  GGGGCTGATTTGATCTGACCCATTCAAATGACATCTTGGCATTTGAGAGT  196
      |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||   ||||
seq2  GGGGCTGA-TTGATCTGA-CCATTCAAATGACATCTTGGCATTGAGGAGT  183

seq1  GGACCTGTAAAAGCCAAATGCCAGGGAACTTCACTAAGGTGGAGGTGACT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GGACCTGTAAAAGCCAAATGCCAGGGAACTTCACTAAGGTGGAGGTGAC-  232

seq1  TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGATACAGGGTTTGCTATATAGCTCTGG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ------TTTTTTTTTTTTTTTTTGATACAGGGTTTGCTATATAGCTCTGG  276

seq1  AACTCACTATATAGAGGGCTGCCCTCACATTCATAGAAGTCTACTGCTTC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCACTATATAGAGGGCTGCCCTCACATTCATAGAAGTCTACTGCTTC  326

seq1  TATCACCTGAGTGCCTGTGCCTCCACACCTAAGATAGTCTGTTCAGTAAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACCTGAGTGCCTGTGCCTCCACACCTAAGATAGTCTGTTCAGTAAA  376

seq1  GGTGTCTGACCTGGCCTGGCCCCTGGGTGTGAATCCAGAAAATGAGAACT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTCTGACCTGGCCTGGCCCCTGGGTGTGAATCCAGAAAATGAGAACT  426

seq1  GCTGTCTTTTGTTCAGGAGTGTATTAAGAGCCTTCTGGGGCCGGAGAGAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCTTTTGTTCAGGAGTGTATTAAGAGCCTTCTGGGGCCGGAGAGAT  476

seq1  GGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGAGTGCTCATCCAGAGGTCCCGAGTTCAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGAGTGCTCATCCAGAGGTCCCGAGTTCAA  526

seq1  TTCCCATCAACCACACAGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGGTCTGATG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCATCAACCACACAGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGGTCTGATG  576

seq1  CCCTCTCTTCTGGTGTGTCTGAACAGAGCAATGGTGAATATATAAAATTA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTCTTCTGGTGTGTCTGAACAGAGCAATGGTGAATATATAAAATTA  626

seq1  TTAGCGAAAGCTCCATTTTAGCTCTTAGTTCGCTGTTTTCTTGGACAGTA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCGAAAGCTCCATTTTAGCTCTTAGTTCGCTGTTTTCTTGGACAGTA  676

seq1  TGTGCTATGGGTTACACAAGTGACTTCCAGTCACCATGGTGCAGAAAAGC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTATGGGTTACACAAGTGACTTCCAGTCACCATGGTGCAGAAAAGC  726

seq1  AGCATCGTTAGATCAAAGAAACATCTGGTCAAGACACCGAGGCAGGAAGG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCGTTAGATCAAAGAAACATCTGGTCAAGACACCGAGGCAGGAAGG  776

seq1  CCCACTTTCCCAGGCTTGCAGGGAAAGCTGTGTTTGAGATAGGGTCTCAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTTTCCCAGGCTTGCAGGGAAAGCTGTGTTTGAGATAGGGTCTCAT  826

seq1  TGTGTAGTCCTGGCTGGCCTGCAACTCCTTGGGTGTGAAACACCTGGACA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTAGTCCTGGCTGGCCTGCAACTCCTTGGGTGTGAAACACCTGGACA  876

seq1  GCTGGTCTGCAGCTTGGCCCATGCAGAATAGCTTCCTGGTGAGTGGGATT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTCTGCAGCTTGGCCCATGCAGAATAGCTTCCTGGTGAGTGGGATT  926

seq1  TCCCAAGTCCCTCCCCAGAGCACCCCCCCAAGGTTTCCTCAGTCCCTACC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAGTCCCTCCCCAGAGCACCCCCCCAAGGTTTCCTCAGTCCCTACC  976

seq1  TGGTCCTCTGTGTAAGCAAGGATGCCAGCCAAAGGTCCCTTGGCTGCAGC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCTCTGTGTAAGCAAGGATGCCAGCCAAAGGTCCCTTGGCTGCAGC  1026

seq1  TTTCACAGCCTCCGTGATAGCCGAGTAAGAAGCAGGCTTGGCCAGGCGGC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACAGCCTCCGTGATAGCCGAGTAAGAAGCAGGCTTGGCCAGGCGGC  1076

seq1  AGGTCAGGTCCACAACTGACACGTTTGGGGTTGGCACCCGGAATGCCATT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCAGGTCCACAACTGACACGTTTGGGGTTGGCACCCGGAATGCCATT  1126

seq1  CCTGTTAGCTTCCTGGAGAATTC  1169
      |||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTAGCTTCCTGGAGAATTC  1149