BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-316M17
Chromosome7 (Build37)
Map Location 130,788,922 - 130,925,187
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCacng3, 4930413G21Rik, Rbbp6, LOC628696, LOC100042977, LOC100042981, Tnrc6a, Slc5a11, Arhgap17, Lcmt1, Aqp8, Zkscan2, LOC100043482
Downstream geneEG628779
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-316M17.bB6Ng01-316M17.g
ACCGA107100GA107101
length1,1361,084
definitionB6Ng01-316M17.b B6Ng01-316M17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(130,924,056 - 130,925,187)(130,788,922 - 130,790,009)
sequence
gaattcccccaactttctcctcacactcaatagtccttcctccctgttta
aataccaccaccaccaacaacaacgataccgccatcaccactaccactaa
gctgagttatcttcctctttcgctcatgttagaagctcaagaactcatcc
agagttcacctctcttccttgtctctacactgacactaccttgactttgc
acataaatatatctttgcacctacaccttccttccagtccttgttgcctc
ttctctaagtcatgataggacagtgtcagaatgtcaccttcgtttacatt
tgccagtgagatcacagccaaacagataagaaagtgtgttgtcattggtt
gaaattctagctgtatcccctgtcacctatatgttgaattccaaagccag
acatggaatagacactttaactgttcagtctcttctttcttttaggcagt
ctctttctgaacctggaatccacatatttgactaagatgaacagccagag
agcttcagcagtatgactgtctctgccccaccccttcccactccagcccc
accccacttgcccttactgagttacaattcatgccaccatgcccagatgg
gaatctaaactcactttctcacacactttaataagccatatccctggccc
ctaagaggatttctctattgataatttatgcatgaattatattattatgg
gtgcttctgggaagtccaaaactatgtaggaaatcaaatcctccaccata
cagcctttgcctgcttagtttcacctcctgccaacacatgcctcactctt
ggtttagcagcaacatggaaatgatgcttgaaatcaatttcacatgttca
tcccacatcctgccaaaggcagaagcagagcttgactcatccatttgacc
ccatcacttcctactactacatacttgtgggatgagcgattggcagagtg
catgtctacagtcattgtgaagtctcactgcccatgaaagcatataagtc
accattccaagggagtctgcagaaaggatatgagaatgctgtttgtgatt
gtctggtgagtatgagaactcataccctctgctgtggcttggagtctggc
tctctggaaatgccaatgtattaaaattatggcccc

gaattcttttggactggatgggaggtttcttcaggggtctacttggcagt
ttgtgtttcccagcattgacaattcaggcagaagcagggcagacttgctg
actccttgggatttcagagcctggtcccttgagcccagattttatgaccc
tgctctcattggcatggattcttttgtacatttggtgctttgagcggcct
tcaaggctaggcaccgccaccagctactcagtacccagaatgtgcccctg
agtgatctgaggtctgcatggtgatgagcaatttgatgcctgttcttcat
ggaggatgagagggacagatgcattccacctgttttccttgacagtggta
atgccacctgatttacagcctcccgtgaccctcctactgtgtattaaagt
gtctctttcagacttgacttggccttgaggatttaggagaggaattaatt
cacattgactttgttgggcagacaaaactgggtgatgatgactttcaggt
gtgctgtctacacagagaaaatgaagatggtctcgaaatagacatttttt
cttttttgccaaacgttaatgataggttattcctccatcactgccagtga
aatgagctaattcaagccagatttgaatatataaaagtctggtttattga
gaaactgctcttgggtgagttcactggtcccaaggactgacagaggccag
aggagtcatcatggggaggaagcccgggggaagagagagagagaaagggt
gatggtgcagaaagagaagaaaagagaacaagagagataagaatgtttgg
atttttatagggaagagcctttgggggaagggcagcccagcccctggggt
ggaaagtgcagggttgggggacagggtatgccaggtaaaggactgaggga
tgctgggagaacttgggaagccaggtctgcttgatatgtaaaatatgccc
ctcagtccctttgtcccagcccacccaacttcaccaaacagtattttctt
ttggaaaataattttctgcatttaaaaaaaagacctttcccagtgaatac
ccaaccttgtgtgggctgactatatggcatttgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_130924056_130925187
seq2: B6Ng01-316M17.b_49_1184 (reverse)

seq1  GGGGCCATATATTTAATACATGGGCATTTC---AGAAGCAGACT-CAAGC  46
      |||||||||  |||||||||| ||||||||   |||  |||||| |||||
seq2  GGGGCCATAATTTTAATACATTGGCATTTCCAGAGAGCCAGACTCCAAGC  50

seq1  CACAGCAGA-GGTATGAAGTTCTCATACTCA-CAGACAATCACAAACAGC  94
      ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CACAGCAGAGGGTATG-AGTTCTCATACTCACCAGACAATCACAAACAGC  99

seq1  A-TCTCATATCCTTTCTGCAGACTCCCTTGGAATGGTGACTTAATATGCT  143
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATTCTCATATCCTTTCTGCAGACTCCCTTGGAATGGTGACTT-ATATGCT  148

seq1  TTCATGGGCAGTGAGAACTTCACAATGACTGTAGACATGCACTCTGCCAT  193
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTCATGGGCAGTGAG-ACTTCACAATGACTGTAGACATGCACTCTGCCAA  197

seq1  TCGCTCATCCCACAAGTATGTAGTAGTAGGAAGTGATGGGGTCAAATGGA  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCTCATCCCACAAGTATGTAGTAGTAGGAAGTGATGGGGTCAAATGGA  247

seq1  TGAGTCAAGCTCTGCTTCTGCCTTTGGCAGGATGTGGGATGAACATGTGA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCAAGCTCTGCTTCTGCCTTTGGCAGGATGTGGGATGAACATGTGA  297

seq1  AATTGATTTCAAGCATCATTTCCATGTTGCTGCTAAACCAAGAGTGAGGC  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGATTTCAAGCATCATTTCCATGTTGCTGCTAAACCAAGAGTGAGGC  347

seq1  ATGTGTTGGCAGGAGGTGAAACTAAGCAGGCAAAGGCTGTATGGTGGAGG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTTGGCAGGAGGTGAAACTAAGCAGGCAAAGGCTGTATGGTGGAGG  397

seq1  ATTTGATTTCCTACATAGTTTTGGACTTCCCAGAAGCACCCATAATAATA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGATTTCCTACATAGTTTTGGACTTCCCAGAAGCACCCATAATAATA  447

seq1  TAATTCATGCATAAATTATCAATAGAGAAATCCTCTTAGGGGCCAGGGAT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCATGCATAAATTATCAATAGAGAAATCCTCTTAGGGGCCAGGGAT  497

seq1  ATGGCTTATTAAAGTGTGTGAGAAAGTGAGTTTAGATTCCCATCTGGGCA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTTATTAAAGTGTGTGAGAAAGTGAGTTTAGATTCCCATCTGGGCA  547

seq1  TGGTGGCATGAATTGTAACTCAGTAAGGGCAAGTGGGGTGGGGCTGGAGT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGCATGAATTGTAACTCAGTAAGGGCAAGTGGGGTGGGGCTGGAGT  597

seq1  GGGAAGGGGTGGGGCAGAGACAGTCATACTGCTGAAGCTCTCTGGCTGTT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGGGGTGGGGCAGAGACAGTCATACTGCTGAAGCTCTCTGGCTGTT  647

seq1  CATCTTAGTCAAATATGTGGATTCCAGGTTCAGAAAGAGACTGCCTAAAA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTAGTCAAATATGTGGATTCCAGGTTCAGAAAGAGACTGCCTAAAA  697

seq1  GAAAGAAGAGACTGAACAGTTAAAGTGTCTATTCCATGTCTGGCTTTGGA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAAGAGACTGAACAGTTAAAGTGTCTATTCCATGTCTGGCTTTGGA  747

seq1  ATTCAACATATAGGTGACAGGGGATACAGCTAGAATTTCAACCAATGACA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAACATATAGGTGACAGGGGATACAGCTAGAATTTCAACCAATGACA  797

seq1  ACACACTTTCTTATCTGTTTGGCTGTGATCTCACTGGCAAATGTAAACGA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACTTTCTTATCTGTTTGGCTGTGATCTCACTGGCAAATGTAAACGA  847

seq1  AGGTGACATTCTGACACTGTCCTATCATGACTTAGAGAAGAGGCAACAAG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGACATTCTGACACTGTCCTATCATGACTTAGAGAAGAGGCAACAAG  897

seq1  GACTGGAAGGAAGGTGTAGGTGCAAAGATATATTTATGTGCAAAGTCAAG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGAAGGAAGGTGTAGGTGCAAAGATATATTTATGTGCAAAGTCAAG  947

seq1  GTAGTGTCAGTGTAGAGACAAGGAAGAGAGGTGAACTCTGGATGAGTTCT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGTCAGTGTAGAGACAAGGAAGAGAGGTGAACTCTGGATGAGTTCT  997

seq1  TGAGCTTCTAACATGAGCGAAAGAGGAAGATAACTCAGCTTAGTGGTAGT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTTCTAACATGAGCGAAAGAGGAAGATAACTCAGCTTAGTGGTAGT  1047

seq1  GGTGATGGCGGTATCGTTGTTGTTGGTGGTGGTGGTATTTAAACAGGGAG  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATGGCGGTATCGTTGTTGTTGGTGGTGGTGGTATTTAAACAGGGAG  1097

seq1  GAAGGACTATTGAGTGTGAGGAGAAAGTTGGGGGAATTC  1132
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGACTATTGAGTGTGAGGAGAAAGTTGGGGGAATTC  1136


seq1: chr7_130788922_130790009
seq2: B6Ng01-316M17.g_67_1150

seq1  GAATTCTTTTGGACTGGATGGGAGGTTTCTTCAGGGGTCTACTTGGCAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTGGACTGGATGGGAGGTTTCTTCAGGGGTCTACTTGGCAGT  50

seq1  TTGTGTTTCCCAGCATTGACAATTCAGGCAGAAGCAGGGCAGACTTGCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTTTCCCAGCATTGACAATTCAGGCAGAAGCAGGGCAGACTTGCTG  100

seq1  ACTCCTTGGGATTTCAGAGCCTGGTCCCTTGAGCCCAGATTTTATGACCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTTGGGATTTCAGAGCCTGGTCCCTTGAGCCCAGATTTTATGACCC  150

seq1  TGCTCTCATTGGCATGGATTCTTTTGTACATTTGGTGCTTTGAGCGGCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTCATTGGCATGGATTCTTTTGTACATTTGGTGCTTTGAGCGGCCT  200

seq1  TCAAGGCTAGGCACCGCCACCAGCTACTCAGTACCCAGAATGTGCCCCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGCTAGGCACCGCCACCAGCTACTCAGTACCCAGAATGTGCCCCTG  250

seq1  AGTGATCTGAGGTCTGCATGGTGATGAGCAATTTGATGCCTGTTCTTCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATCTGAGGTCTGCATGGTGATGAGCAATTTGATGCCTGTTCTTCAT  300

seq1  GGAGGATGAGAGGGACAGATGCATTCCACCTGTTTTCCTTGACAGTGGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGATGAGAGGGACAGATGCATTCCACCTGTTTTCCTTGACAGTGGTA  350

seq1  ATGCCACCTGATTTACAGCCTCCCGTGACCCTCCTACTGTGTATTAAAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCACCTGATTTACAGCCTCCCGTGACCCTCCTACTGTGTATTAAAGT  400

seq1  GTCTCTTTCAGACTTGACTTGGCCTTGAGGATTTAGGAGAGGAATTAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTTTCAGACTTGACTTGGCCTTGAGGATTTAGGAGAGGAATTAATT  450

seq1  CACATTGACTTTGTTGGGCAGACAAAACTGGGTGATGATGACTTTCAGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTGACTTTGTTGGGCAGACAAAACTGGGTGATGATGACTTTCAGGT  500

seq1  GTGCTGTCTACACAGAGAAAATGAAGATGGTCTCGAAATAGACATTTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGTCTACACAGAGAAAATGAAGATGGTCTCGAAATAGACATTTTTT  550

seq1  CTTTTTTGCCAAACGTTAATGATAGGTTATTCCTCCATCACTGCCAGTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTTGCCAAACGTTAATGATAGGTTATTCCTCCATCACTGCCAGTGA  600

seq1  AATGAGCTAATTCAAGCCAGATTTGAATATATAAAAGTCTGGTTTATTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGCTAATTCAAGCCAGATTTGAATATATAAAAGTCTGGTTTATTGA  650

seq1  GAAACTGCTCTTGGGTGAGTTCACTGGTCCCAAGGACTGACAGAGGCCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTGCTCTTGGGTGAGTTCACTGGTCCCAAGGACTGACAGAGGCCAG  700

seq1  AGGAGTCATCATGGGGAGGAAGCCCGGGGGAAGAGAGAGAGAGAAAGGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTCATCATGGGGAGGAAGCCCGGGGGAAGAGAGAGAGAGAAAGGGT  750

seq1  GATGGTGCAGAAAGAGAAGAAAAGAGAACAAGAGAGATAAGAATGTTTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTGCAGAAAGAGAAGAAAAGAGAACAAGAGAGATAAGAATGTTTGG  800

seq1  ATTTTTATAGGGAAGAGCCTTTGGGGGAAGGGCAGCCCAGCCCCT-GGGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ATTTTTATAGGGAAGAGCCTTTGGGGGAAGGGCAGCCCAGCCCCTGGGGT  850

seq1  GGAAAGTGCAGGGTTGGGGGACAGGGTATGCCAGGT-AAGGACTGAGGGA  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GGAAAGTGCAGGGTTGGGGGACAGGGTATGCCAGGTAAAGGACTGAGGGA  900

seq1  TGCTGGGAGAACTT-GGAAGCCAGGTCTGCTTTGATATGTAAAATATGCC  947
      |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGGAGAACTTGGGAAGCCAGGTCTGC-TTGATATGTAAAATATGCC  949

seq1  CCTCAGTCCC-TTGTCCCAGCCCCAACCCAACTTCAACCAAACAGTTATT  996
      |||||||||| ||||||||||||  |||||||||| ||||||||| ||||
seq2  CCTCAGTCCCTTTGTCCCAGCCC--ACCCAACTTC-ACCAAACAG-TATT  995

seq1  TTCTTTTGG-AAATAATTTTCTGCATTTAAAAAAAAGAACCTTTCCCAGT  1045
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTCTTTTGGAAAATAATTTTCTGCATTTAAAAAAAAG-ACCTTTCCCAGT  1044

seq1  GGATACCCAACTTCCTTGGTGGGGCTGACTAATAT-GCATTTGG  1088
      | ||||||||   |||||   ||||||||| |||| ||||||||
seq2  GAATACCCAA---CCTTGTGTGGGCTGACT-ATATGGCATTTGG  1084


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |