BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-318C13
Chromosome7 (Build37)
Map Location 116,477,112 - 116,614,577
singlet/doubletdoublet
Overlap geneStk33, EG668320, 1700095J03Rik, Trim66
Upstream geneOlfr493, Olfr494, Olfr495, Olfr496-ps1, Olfr497, Olfr498, Olfr499-ps1, Olfr500-ps1, Olfr501-ps1, Olfr502, LOC269980, Olfr503, Olfr504, Olfr505-ps1, Olfr506, Olfr507, Olfr508, Olfr509, Olfr510, Olfr511-ps1, Olfr512, Olfr513, Olfr514, Olfr515-ps1, Olfr516, Olfr517, Olfr518, Olfr519, Nlrp10, Eif3s5, BC049265, Tub, Ric3, Lmo1
Downstream geneRpl27a, St5, LOC100042582, D930014E17Rik, BC051019, Ascl3, Tmem9b, 4930431P19Rik, Nrip3, Scube2, Phxr5, Rab6ip1, Tmem41b, Ipo7, AA474408, Zfp143, Wee1, Swap70, EG668368, Sbf2, LOC668246
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-318C13.bB6Ng01-318C13.g
ACCGA108118GA108119
length1,076514
definitionB6Ng01-318C13.b B6Ng01-318C13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,477,112 - 116,478,196)(116,614,058 - 116,614,577)
sequence
gaattccaggctgctttaggattctaaagtgtctgaaccatctgacaaat
aagcttttgaactggggcatacttttttcattgacagcgctacagggtga
ctaggaacatgaaatggtaagtggactacttagaaggagaagctgcgtta
gcaatagttatgatacaaattgacatcaattgtaaaatgcacgaggggcc
agacagactgctcagttgttaagagcacgggctacttttccagaagaccc
aggttccatttccaacacacacatgacagctcacaggcatctgtaactcc
agttccagggggacctcttctaacctctgagggttctgcatgcaggcagt
atacagacacatacacataaaatacaaaataaatccttaaaaaatgttaa
atgcatgctgatcaaagttatagtattactcaagtctattatgtgcatat
ttagagcacagttagacttacaggaaaccactatagagtctgagtggctg
atcagcagtgtacaaccagttagacatccatctccttataatagtttcag
tggaaagtctagacatgtgtgtgtttatgggcagatctagcttatgtgaa
tcaaaatcaagcaatatagaaagacaagcacagataaccagttctcttgc
cttcaaactcttgagtatttgtactcctgtgtgtacagatggtagagtaa
cagactagtttacccctctgcttaaataagtaaaggaaaacatttataaa
atgtaattttcagacattagcatttgccagcatagagtagtgttgtctga
gagagagaagcccataaggcaagcccctgattttcctagccttggaagag
ttgccacaccccagggcaagaagagctgtcattcagagaccatgagagga
tgagaggagaagggtatctgtggaatgaggtagcatcatgagcctgcaga
gatttgcagcagttctgcgaggatagagctgccttgccacctgcaagcag
agtgcagccacagcagcacaatattggagactggagaccaagcatctcca
gagtcagacatgggagttcgaaaaaa
atcaggaagcctgggacctgctggtgcttaagtgatgggagaaccacgca
ggaaacactgctctcatttgggagtgaggtgtgcagctgtgttcttacat
gtagtatggaggaagggaggaaaccacagtcaagcacagagactatgctg
cctgtgtgagtcactctagggctctctgagtaacagagggatacggtcat
tctgggtggctgcaggttggcagtggagttagtcagctctgtaacatctt
gctctgaactgttcttggtcctcataactggcctgggcccatgttatggt
ttgggtaaggggcaggcaggtggggtggtactgtcgaagatgctttttat
aaggcttcatgtctgaggctcccagtaaagggctgttactgtggcccaga
gggagcttgggtttggcaaagaggccaccataaggaaaggtgatctaatt
tgaagggattattttgttttgttttgttgtgctttgttttgttttggtgt
gtgtgtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_116477112_116478196
seq2: B6Ng01-318C13.b_44_1119

seq1  GAATTCCAGGCTGCTTTAGGATTCTAAAGTGTCTGAACCATCTGACAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGCTGCTTTAGGATTCTAAAGTGTCTGAACCATCTGACAAAT  50

seq1  AAGCTTTTGAACTGGGGCATACTTTTTTCATTGACAGCGCTACAGGGTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTTTGAACTGGGGCATACTTTTTTCATTGACAGCGCTACAGGGTGA  100

seq1  CTAGGAACATGAAATGGTAAGTGGACTACTTAGAAGGAGAAGCTGCGTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGAACATGAAATGGTAAGTGGACTACTTAGAAGGAGAAGCTGCGTTA  150

seq1  GCAATAGTTATGATACAAATTGACATCAATTGTAAAATGCACGAGGGGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATAGTTATGATACAAATTGACATCAATTGTAAAATGCACGAGGGGCC  200

seq1  AGACAGACTGCTCAGTTGTTAAGAGCACGGGCTACTTTTCCAGAAGACCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGACTGCTCAGTTGTTAAGAGCACGGGCTACTTTTCCAGAAGACCC  250

seq1  AGGTTCCATTTCCAACACACACATGACAGCTCACAGGCATCTGTAACTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCCATTTCCAACACACACATGACAGCTCACAGGCATCTGTAACTCC  300

seq1  AGTTCCAGGGGGACCTCTTCTAACCTCTGAGGGTTCTGCATGCAGGCAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCAGGGGGACCTCTTCTAACCTCTGAGGGTTCTGCATGCAGGCAGT  350

seq1  ATACAGACACATACACATAAAATACAAAATAAATCCTTAAAAAATGTTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGACACATACACATAAAATACAAAATAAATCCTTAAAAAATGTTAA  400

seq1  ATGCATGCTGATCAAAGTTATAGTATTACTCAAGTCTATTATGTGCATAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATGCTGATCAAAGTTATAGTATTACTCAAGTCTATTATGTGCATAT  450

seq1  TTAGAGCACAGTTAGACTTACAGGAAACCACTATAGAGTCTGAGTGGCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGCACAGTTAGACTTACAGGAAACCACTATAGAGTCTGAGTGGCTG  500

seq1  ATCAGCAGTGTACAACCAGTTAGACATCCATCTCCTTATAATAGTTTCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCAGTGTACAACCAGTTAGACATCCATCTCCTTATAATAGTTTCAG  550

seq1  TGGAAAGTCTAGACATGTGTGTGTTTATGGGCAGATCTAGCTTATGTGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAGTCTAGACATGTGTGTGTTTATGGGCAGATCTAGCTTATGTGAA  600

seq1  TCAAAATCAAGCAATATAGAAAGACAAGCACAGATAACCAGTTCTCTTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAATCAAGCAATATAGAAAGACAAGCACAGATAACCAGTTCTCTTGC  650

seq1  CTTCAAACTCTTGAGTATTTGTACTCCTGTGTGTACAGATGGTAGAGTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAACTCTTGAGTATTTGTACTCCTGTGTGTACAGATGGTAGAGTAA  700

seq1  CAGACTAGTTTACCCCTCTGCTTAAATAAGTAAAGGAAAACATTTATAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTAGTTTACCCCTCTGCTTAAATAAGTAAAGGAAAACATTTATAAA  750

seq1  ATGTAATTTTCAGACATTAGCATTTGCCAGCATAGAGTAGTGTTGTCTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAATTTTCAGACATTAGCATTTGCCAGCATAGAGTAGTGTTGTCTGA  800

seq1  GAGAGAGAAGCCCATAAGGCAAGCCCCTGATTTTCCTAGCCTTGGAAGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAAGCCCATAAGGCAAGCCCCTGATTTTCCTAGCCTTGGAAGAG  850

seq1  TTGCCACACCCCAGGGCAAGAAGAGCTGTCATTCAGAGACCATGAGAGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCACACCCCAGGGCAAGAAGAGCTGTCATTCAGAGACCATGAGAGGA  900

seq1  TGAGAGGAGAAGGGTATCTGTGGAATGAGGTAGCATCATGAGCCTGCAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGGAGAAGGGTATCTGTGGAATGAGGTAGCATCATGAGCCTGCAGA  950

seq1  GAATTGCAGCAGTTCTGCGAGGATAGGAAGCTG-CTTGCAACTGCCAAGC  999
      || |||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| ||   |||||
seq2  GATTTGCAGCAGTTCTGCGAGGATAG--AGCTGCCTTGCCACCTGCAAGC  998

seq1  CAAGAGTGCAGCCCACAGCAGCAC-ATATTGGAGAACTTGGAGACCCAGG  1048
        ||||||||| |||||||||||| ||||||||||   |||||| ||| |
seq2  --AGAGTGCAG-CCACAGCAGCACAATATTGGAGA--CTGGAGA-CCAAG  1042

seq1  AATCTCCAAGAGTCAGGACATGGGAGTCCAGAAAAAA  1085
       |||||| ||||||| ||||||||||| | |||||||
seq2  CATCTCC-AGAGTCA-GACATGGGAGTTC-GAAAAAA  1076

seq1: chr7_116614058_116614577
seq2: B6Ng01-318C13.g_67_586 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACACCAAAACAAAACAAAGCACAACAAAACAAAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACCAAAACAAAACAAAGCACAACAAAACAAAACA  50

seq1  AAATAATCCCTTCAAATTAGATCACCTTTCCTTATGGTGGCCTCTTTGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATCCCTTCAAATTAGATCACCTTTCCTTATGGTGGCCTCTTTGCC  100

seq1  AAACCCAAGCTCCCTCTGGGCCACAGTAACAGCCCTTTACTGGGAGCCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCAAGCTCCCTCTGGGCCACAGTAACAGCCCTTTACTGGGAGCCTC  150

seq1  AGACATGAAGCCTTATAAAAAGCATCTTCGACAGTACCACCCCACCTGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATGAAGCCTTATAAAAAGCATCTTCGACAGTACCACCCCACCTGCC  200

seq1  TGCCCCTTACCCAAACCATAACATGGGCCCAGGCCAGTTATGAGGACCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCTTACCCAAACCATAACATGGGCCCAGGCCAGTTATGAGGACCAA  250

seq1  GAACAGTTCAGAGCAAGATGTTACAGAGCTGACTAACTCCACTGCCAACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGTTCAGAGCAAGATGTTACAGAGCTGACTAACTCCACTGCCAACC  300

seq1  TGCAGCCACCCAGAATGACCGTATCCCTCTGTTACTCAGAGAGCCCTAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCCACCCAGAATGACCGTATCCCTCTGTTACTCAGAGAGCCCTAGA  350

seq1  GTGACTCACACAGGCAGCATAGTCTCTGTGCTTGACTGTGGTTTCCTCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTCACACAGGCAGCATAGTCTCTGTGCTTGACTGTGGTTTCCTCCC  400

seq1  TTCCTCCATACTACATGTAAGAACACAGCTGCACACCTCACTCCCAAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCCATACTACATGTAAGAACACAGCTGCACACCTCACTCCCAAATG  450

seq1  AGAGCAGTGTTTCCTGCGTGGTTCTCCCATCACTTAAGCACCAGCAGGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAGTGTTTCCTGCGTGGTTCTCCCATCACTTAAGCACCAGCAGGTC  500

seq1  CCAGGCTTCCTGATGAATTC  520
      ||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCTTCCTGATGAATTC  520