BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-319D13
Chromosome7 (Build37)
Map Location 82,069,976 - 82,266,254
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSv2b
Upstream geneSt8sia2, LOC100042127, LOC100042140, LOC546979, Slco3a1, EG665308, EG665641, 0610006L08Rik
Downstream gene1500012K07Rik, LOC100042171, Akap13, Klhl25, LOC100042210
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-319D13.bB6Ng01-319D13.g
ACCGA108909GA108910
length1,1211,204
definitionB6Ng01-319D13.b B6Ng01-319D13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,265,138 - 82,266,254)(82,069,976 - 82,071,158)
sequence
gaattcttgggtttggaaagggtttgctacatccagttttaaaatggggt
ctcttattaccatctccgtcagtgggattcttagtcagagagttctccct
gaatggtgtagttttccctacactgttgatggacagctttacacatgtgg
ccagggtcgggacaaatgagggaggccagactctcagattctggcaaaag
tgggaggcagctgtcatcctatggtggcaggaaccaggggaaaaaacagc
attcacagagcccaacggggtctcaaacagtagtggaagaataacctgaa
aggagctgtggtcctggagggacttagccattgccaaagatggagcttct
aaaatgggatggtggtcactgagcagttccactcctctgtcttcccatca
tggtgacaatggttcccagcttctcaggaggttgcagtaggttttgggag
ggcagagggatctctgtggtggagatgatgatgcattagtcctgtttctg
ttgctataacaacactctagaagggtgtttgcccttagaaggaagacata
tttattttgattcccgactttagattttggttcgcagcctttgcctccat
tgtttgagcatttgtgttgtggcagagcatcatgacagggagaatgtgac
agcacaaagctgttcaccctatgatggcctgggagcacagggagctcttc
cttcagatgctattattaaatgatgaatccatacatgattaatccattaa
tgagcccagaggtccccagaggctctacttctgagtgtggctgccttggg
gacaacgcttcatccaacatatatgctttttggggggcttttaaaattca
aaccagaacaggtcataggtggagaagcggaacagcacttctggaatttt
ccctttgtagctgacctgaaatgtattcacattggaacgtaagctatgtg
agctctgattcttaaatttatttttacatttctttaaaaaagcagttgac
tcttaatattcttaacttttgagttgtataataaatgtatatcactcttt
ccatgtgtaacaatgtcaatatttactttccaatcgtatatactgaattt
aaaaaatatgtgtgagtttat

gaattccagacagttgtaagctaccatgtaaatagtgagcactaaactca
ggcctgctgctagagcagcaagttctcttcattgccaagccttctctcct
gctccagaaattctttttaagtttttaaattatttttttttagtcatcct
tttaaaaagtaggtttcactgtggcatttccatacacatatcattgtact
ttgatcataaacagctttacatgtcatacttgaaactggtctactttcaa
gaacaatatatgaaatcagggctggagagagaagctctgctggcaagtgc
tggtcatgtaagtgcaaggatctgagttctagccccagaacccacaagga
aagcagttgtttgtgttgttgttgtttgggtttctttgtttgtttttgtt
tttaaagctagtcataattgtttatgtttgtaacccagtcacaaagcaag
tcaatctatggggctggctggcaagttagcctagtctagttgataaattg
agccccatgagagatctagtttcaaagaaaaggctgatgacacttatgaa
aagaaacctgatcatctactgatttccacatgactatgtacatgcatata
cctgtacatgtataaatacatatgcagaccaaaagcacacacacacacac
acacacacacacacacacacacaaagtaaaacaatccatccctcccaggg
atgagtcccctaagtagttatttaataccatgtgctcagccatacaaaaa
ccactaaatggactcagcaggttgtagttatatattttatgtatttgtac
atatatcagtagtagttaaatgaaaaagaaaacaataaggataatacata
aaagtagaaggaggacttagagctagaagagggagaacagtgagtgacaa
tgcatgatatgataatagtttatcaaagtataatttcgtatatttataat
tttataattaaattttataattaattaatgttaataaaatttggaaaata
aattaaaaaagaaatgtttataagttattaataatttggaatcctggcat
ttttttccagacctaaaatggagaaccacagaaataagtaaatggaaatt
tttaatatttcatggaataaaaaatacctaaaaattagaaaactagccca
cgcacatatatagtccagccaaaattcccagctggaagtgaataagggcc
ttca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_82265138_82266254
seq2: B6Ng01-319D13.b_46_1166 (reverse)

seq1  ATAAACTCACACATA--TTTTAAATTCAAGTATATACGATGGAAAAGTAA  48
      |||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||| | |||||||
seq2  ATAAACTCACACATATTTTTTAAATTC-AGTATATACGATTGGAAAGTAA  49

seq1  ATATTGACAT--GTACACATGGAAAGAGTGGATATACATTTA-TATACAA  95
      ||||||||||   |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
seq2  ATATTGACATTGTTACACATGGAAAGAGT-GATATACATTTATTATACAA  98

seq1  CTCAAAAGTTAAG-ATATTAAGAGTCAACTGCTTTTTTAAAGAAATGTAA  144
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAAGTTAAGAATATTAAGAGTCAACTGCTTTTTTAAAGAAATGTAA  148

seq1  AAATAAAATTAAGAATCAGAGCTCACATAGCTTACGTTCCAATGTGAATA  194
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATTTAAGAATCAGAGCTCACATAGCTTACGTTCCAATGTGAATA  198

seq1  CATTTCAGGTCAGCTACAAAGGGAAAATTCCAGAAGTGCTGTTCCGCTTC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCAGGTCAGCTACAAAGGGAAAATTCCAGAAGTGCTGTTCCGCTTC  248

seq1  TCCACCTATGACCTGTTCTGGTTTGAATTTTAAAAGCCCCCCAAAAAGCA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCTATGACCTGTTCTGGTTTGAATTTTAAAAGCCCCCCAAAAAGCA  298

seq1  TATATGTTGGATGAAGCGTTGTCCCCAAGGCAGCCACACTCAGAAGTAGA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTTGGATGAAGCGTTGTCCCCAAGGCAGCCACACTCAGAAGTAGA  348

seq1  GCCTCTGGGGACCTCTGGGCTCATTAATGGATTAATCATGTATGGATTCA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTGGGGACCTCTGGGCTCATTAATGGATTAATCATGTATGGATTCA  398

seq1  TCATTTAATAATAGCATCTGAAGGAAGAGCTCCCTGTGCTCCCAGGCCAT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTAATAATAGCATCTGAAGGAAGAGCTCCCTGTGCTCCCAGGCCAT  448

seq1  CATAGGGTGAACAGCTTTGTGCTGTCACATTCTCCCTGTCATGATGCTCT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGGGTGAACAGCTTTGTGCTGTCACATTCTCCCTGTCATGATGCTCT  498

seq1  GCCACAACACAAATGCTCAAACAATGGAGGCAAAGGCTGCGAACCAAAAT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACAACACAAATGCTCAAACAATGGAGGCAAAGGCTGCGAACCAAAAT  548

seq1  CTAAAGTCGGGAATCAAAATAAATATGTCTTCCTTCTAAGGGCAAACACC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGTCGGGAATCAAAATAAATATGTCTTCCTTCTAAGGGCAAACACC  598

seq1  CTTCTAGAGTGTTGTTATAGCAACAGAAACAGGACTAATGCATCATCATC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTAGAGTGTTGTTATAGCAACAGAAACAGGACTAATGCATCATCATC  648

seq1  TCCACCACAGAGATCCCTCTGCCCTCCCAAAACCTACTGCAACCTCCTGA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCACAGAGATCCCTCTGCCCTCCCAAAACCTACTGCAACCTCCTGA  698

seq1  GAAGCTGGGAACCATTGTCACCATGATGGGAAGACAGAGGAGTGGAACTG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTGGGAACCATTGTCACCATGATGGGAAGACAGAGGAGTGGAACTG  748

seq1  CTCAGTGACCACCATCCCATTTTAGAAGCTCCATCTTTGGCAATGGCTAA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTGACCACCATCCCATTTTAGAAGCTCCATCTTTGGCAATGGCTAA  798

seq1  GTCCCTCCAGGACCACAGCTCCTTTCAGGTTATTCTTCCACTACTGTTTG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTCCAGGACCACAGCTCCTTTCAGGTTATTCTTCCACTACTGTTTG  848

seq1  AGACCCCGTTGGGCTCTGTGAATGCTGTTTTTTCCCCTGGTTCCTGCCAC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCCGTTGGGCTCTGTGAATGCTGTTTTTTCCCCTGGTTCCTGCCAC  898

seq1  CATAGGATGACAGCTGCCTCCCACTTTTGCCAGAATCTGAGAGTCTGGCC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGGATGACAGCTGCCTCCCACTTTTGCCAGAATCTGAGAGTCTGGCC  948

seq1  TCCCTCATTTGTCCCGACCCTGGCCACATGTGTAAAGCTGTCCATCAACA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCATTTGTCCCGACCCTGGCCACATGTGTAAAGCTGTCCATCAACA  998

seq1  GTGTAGGGAAAACTACACCATTCAGGGAGAACTCTCTGACTAAGAATCCC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGGGAAAACTACACCATTCAGGGAGAACTCTCTGACTAAGAATCCC  1048

seq1  ACTGACGGAGATGGTAATAAGAGACCCCATTTTAAAACTGGATGTAGCAA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGACGGAGATGGTAATAAGAGACCCCATTTTAAAACTGGATGTAGCAA  1098

seq1  ACCCTTTCCAAACCCAAGAATTC  1117
      |||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTTCCAAACCCAAGAATTC  1121


seq1: chr7_82069976_82071158
seq2: B6Ng01-319D13.g_66_1269

seq1  GAATTCCAGACAGTTGTAAGCTACCATGTAAATAGTGAGCACTAAACTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGACAGTTGTAAGCTACCATGTAAATAGTGAGCACTAAACTCA  50

seq1  GGCCTGCTGCTAGAGCAGCAAGTTCTCTTCATTGCCAAGCCTTCTCTCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGCTGCTAGAGCAGCAAGTTCTCTTCATTGCCAAGCCTTCTCTCCT  100

seq1  GCTCCAGAAATTCTTTTTAAGTTTTTAAATTATTTTTTTTTAGTCATCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCAGAAATTCTTTTTAAGTTTTTAAATTATTTTTTTTTAGTCATCCT  150

seq1  TTTAAAAAGTAGGTTTCACTGTGGCATTTCCATACACATATCATTGTACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAAGTAGGTTTCACTGTGGCATTTCCATACACATATCATTGTACT  200

seq1  TTGATCATAAACAGCTTTACATGTCATACTTGAAACTGGTCTACTTTCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCATAAACAGCTTTACATGTCATACTTGAAACTGGTCTACTTTCAA  250

seq1  GAACAATATATGAAATCAGGGCTGGAGAGAGAAGCTCTGCTGGCAAGTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAATATATGAAATCAGGGCTGGAGAGAGAAGCTCTGCTGGCAAGTGC  300

seq1  TGGTCATGTAAGTGCAAGGATCTGAGTTCTAGCCCCAGAACCCACAAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCATGTAAGTGCAAGGATCTGAGTTCTAGCCCCAGAACCCACAAGGA  350

seq1  AAGCAGTTGTTTGTGTTGTTGTTGTTTGGGTTTCTTTGTTTGTTTTTGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGTTGTTTGTGTTGTTGTTGTTTGGGTTTCTTTGTTTGTTTTTGTT  400

seq1  TTTAAAGCTAGTCATAATTGTTTATGTTTGTAACCCAGTCACAAAGCAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGCTAGTCATAATTGTTTATGTTTGTAACCCAGTCACAAAGCAAG  450

seq1  TCAATCTATGGGGCTGGCTGGCAAGTTAGCCTAGTCTAGTTGATAAATTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCTATGGGGCTGGCTGGCAAGTTAGCCTAGTCTAGTTGATAAATTG  500

seq1  AGCCCCATGAGAGATCTAGTTTCAAAGAAAAGGCTGATGACACTTATGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCATGAGAGATCTAGTTTCAAAGAAAAGGCTGATGACACTTATGAA  550

seq1  AAGAAACCTGATCATCTACTGATTTCCACATGACTATGTACATGCATATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAACCTGATCATCTACTGATTTCCACATGACTATGTACATGCATATA  600

seq1  CCTGTACATGTATAAATACATATGCAGACCAAAAGCACACACACACACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTACATGTATAAATACATATGCAGACCAAAAGCACACACACACACAC  650

seq1  ACACACACACACACACACACACAAAGTAAAACAATCCAT-CCTCCCAGGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACAAAGTAAAACAATCCATCCCTCCCAGGG  700

seq1  ATGAGTCCCCTAAGTAGTTATTTAATACCATGTGCTCAGCCATACAAAAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTCCCCTAAGTAGTTATTTAATACCATGTGCTCAGCCATACAAAAA  750

seq1  CCACTAAATGGACTCAGCAGGTTGTAGTTATATATTTTATGTATTTGTAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTAAATGGACTCAGCAGGTTGTAGTTATATATTTTATGTATTTGTAC  800

seq1  ATATATCAGTAGTAGTTAAATGAAAAAGAAAACAATAAGGATAATACATA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATCAGTAGTAGTTAAATGAAAAAGAAAACAATAAGGATAATACATA  850

seq1  AAAGTAGAAGGAGGACTTAGAGCTAGAAGAGGGAGAACAGTGAGTGAC-A  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AAAGTAGAAGGAGGACTTAGAGCTAGAAGAGGGAGAACAGTGAGTGACAA  900

seq1  TGCATGATATGATAATAGGTTATCAAAGTAT-ATTTCGTATATTTATAAT  947
      |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGCATGATATGATAATAGTTTATCAAAGTATAATTTCGTATATTTATAAT  950

seq1  TTTATAATT-AATTTTATAATTAATTAATGTTAATAAAATTT-GAAAATA  995
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTTATAATTAAATTTTATAATTAATTAATGTTAATAAAATTTGGAAAATA  1000

seq1  AATT-AAAAAGAAATGTTTAT-AGTTATTAATAATTT-GAATCTTGGCAT  1042
      |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||
seq2  AATTAAAAAAGAAATGTTTATAAGTTATTAATAATTTGGAATCCTGGCAT  1050

seq1  TTTTT--CAGAACTAAAAT-GAGAAACACAG-AATAAGTAAAT-GAAATA  1087
      |||||  |||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| 
seq2  TTTTTTCCAGACCTAAAATGGAGAACCACAGAAATAAGTAAATGGAAATT  1100

seq1  TTT-ATATTT-AT-GAATAAAAAAATACTAAAAA-TAGAACA-TAGCCCA  1132
      ||| |||||| || ||||||||||   ||||||| ||||| | |||||||
seq2  TTTAATATTTCATGGAATAAAAAATACCTAAAAATTAGAAAACTAGCCCA  1150

seq1  -GCACAATAATAAGTCAGCCAAAA-TCCCAGCATGAGTGGAATAAGGG-C  1179
       |||||   |||   ||||||||| |||||||  ||   ||||||||| |
seq2  CGCACATATATAGTCCAGCCAAAATTCCCAGCTGGAAGTGAATAAGGGCC  1200

seq1  TTCA  1183
      ||||
seq2  TTCA  1204


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |