BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-322B20
Chromosome7 (Build37)
Map Location 131,339,334 - 131,474,256
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG628779
Upstream geneSlc5a11, Arhgap17, Lcmt1, Aqp8, Zkscan2, LOC100043482
Downstream geneEG545999, LOC670828
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-322B20.bB6Ng01-322B20.g
ACCGA111044GA111045
length1,165373
definitionB6Ng01-322B20.b B6Ng01-322B20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(131,339,334 - 131,340,497)(131,473,878 - 131,474,256)
sequence
tgggttaataaatggaaagcatcttgtacagcctctggtgtggagttgat
aaataaatgttagctcctattataaattccttaaaatatgaattcctcct
ctcatcaaatatggattgaactcctcttgagtagcagaccctgagctgag
taaaatatgcttcctacctcttaataactcacagtcagttgagtttgaca
gagacataggtcaataattagaaaactttctgacagatttagtggtggat
atagaaagtggcgagaccaggggaatgactcaacctgtctgtggggagat
agccaagtagctggggatggcagaagaatatagtctaattgggacaggta
aagtctggattatcaaaatgtttcagctgccacaggaggatgaaatgcag
acaggtgggcctggggataacatgaacggtgatagccagagtgagagcat
ggaagttattaaataggccagatatgaaaggaacagggtctgcatgaagg
aaggtgtagatacagaggagtaggcttttggggactctgtaattatggct
tgggaggggcatcctggggaaattaaaaaaaagatattctcacactcccc
ctcatactttgatgcttcctgtgagtatgcataagcaagaccctggatga
tcatagggtcagtgaatcgtgggaagagcacagatcaggtggtaggagta
aggaagcacttggatatgaacgacagagtcccttaaatccaacacatact
ggagttagattcttcagaagtgaggagggttatagtacttgtaaatgttc
ccccccacacacaccttgaaattaatgtagagttagcattgtaagagggg
ggcagacttttgatttctccttgagccttttggggtgacagctctagaat
gttcctggctatatcttcagtcatcagagcgggtttcacgactttattgc
caaagccatagctgagtgtttatggccgagtgataaatccctagaatgcg
gatttcttactggagtgctgactcaatctaactttcaccactgcaatggt
gccacaataaatgtatattatatcaagttgtgggtgactataaggttctt
tagatccgagctgacattgcagatgttttgcttgagaatacggtgaggat
ttatgttccataaat

tccattgcagaccagaaatggtctaaagagaatgggccctgaatggaagg
aaaacagcatagaaagcaaagactacaaagagaccagggtgctgctcaga
cctaggattcggggtgggggtgggggactgtgacaaaatacctgtcttgt
gtgagatggcctgtagacacaggctctggctgattgtcatcatgagggag
acagcttctctctggcatagctgctgaagtttcagagtaagcgaggaatc
cagatattatgtttaaaacaaaaatatacaccatctcccaagttttagat
gttgaaaaaggataagagagtgcaggggagaggggatggaacaaagaaaa
gtaggaagggagggagggaggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_131339334_131340497
seq2: B6Ng01-322B20.b_55_1219

seq1  TGGGTTAATAAATGGAAAGCATCTTGTACAGCCTCTGGTGTGGAGTTGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTAATAAATGGAAAGCATCTTGTACAGCCTCTGGTGTGGAGTTGAT  50

seq1  AAATAAATGTTAGCTCCTATTATAAATTCCTTAAAATATGAATTCCTCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATGTTAGCTCCTATTATAAATTCCTTAAAATATGAATTCCTCCT  100

seq1  CTCATCAAATATGGATTGAACTCCTCTTGAGTAGCAGACCCTGAGCTGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCAAATATGGATTGAACTCCTCTTGAGTAGCAGACCCTGAGCTGAG  150

seq1  TAAAATATGCTTCCTACCTCTTAATAACTCACAGTCAGTTGAGTTTGACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATATGCTTCCTACCTCTTAATAACTCACAGTCAGTTGAGTTTGACA  200

seq1  GAGACATAGGTCAATAATTAGAAAACTTTCTGACAGATTTAGTGGTGGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACATAGGTCAATAATTAGAAAACTTTCTGACAGATTTAGTGGTGGAT  250

seq1  ATAGAAAGTGGCGAGACCAGGGGAATGACTCAACCTGTCTGTGGGGAGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAAGTGGCGAGACCAGGGGAATGACTCAACCTGTCTGTGGGGAGAT  300

seq1  AGCCAAGTAGCTGGGGATGGCAGAAGAATATAGTCTAATTGGGACAGGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAGTAGCTGGGGATGGCAGAAGAATATAGTCTAATTGGGACAGGTA  350

seq1  AAGTCTGGATTATCAAAATGTTTCAGCTGCCACAGGAGGATGAAATGCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTGGATTATCAAAATGTTTCAGCTGCCACAGGAGGATGAAATGCAG  400

seq1  ACAGGTGGGCCTGGGGATAACATGAACGGTGATAGCCAGAGTGAGAGCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTGGGCCTGGGGATAACATGAACGGTGATAGCCAGAGTGAGAGCAT  450

seq1  GGAAGTTATTAAATAGGCCAGATATGAAAGGAACAGGGTCTGCATGAAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTTATTAAATAGGCCAGATATGAAAGGAACAGGGTCTGCATGAAGG  500

seq1  AAGGTGTAGATACAGAGGAGTAGGCTTTTGGGGACTCTGTAATTATGGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGTAGATACAGAGGAGTAGGCTTTTGGGGACTCTGTAATTATGGCT  550

seq1  TGGGAGGGGCATCCTGGGGAAATTAAAAAAAAGATATTCTCACACTCCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGGGGCATCCTGGGGAAATTAAAAAAAAGATATTCTCACACTCCCC  600

seq1  CTCATACTTTGATGCTTCCTGTGAGTATGCATAAGCAAGACCCTGGATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATACTTTGATGCTTCCTGTGAGTATGCATAAGCAAGACCCTGGATGA  650

seq1  TCATAGGGTCAGTGAATCGTGGGAAGAGCACAGATCAGGTGGTAGGAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGGGTCAGTGAATCGTGGGAAGAGCACAGATCAGGTGGTAGGAGTA  700

seq1  AGGAAGCACTTGGATATGAACGACAGAGTCCCTTAAATCCAACACATACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGCACTTGGATATGAACGACAGAGTCCCTTAAATCCAACACATACT  750

seq1  GGAGTTAGATTCTTCAGAAGTGAGGAGGGTTATAGTACTTGTAAATGTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTAGATTCTTCAGAAGTGAGGAGGGTTATAGTACTTGTAAATGTTC  800

seq1  CCCCCCACACACACCTTGAAATTAATGTAGAGTTAGCATTGTAAGAGGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCACACACACCTTGAAATTAATGTAGAGTTAGCATTGTAAGAGGGG  850

seq1  GGCAGACTTTTGATTTCTCCTTGAGCCTTTTGGGGTGACAGCTCTAGAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGACTTTTGATTTCTCCTTGAGCCTTTTGGGGTGACAGCTCTAGAAT  900

seq1  GTTCCTGGCTATATCTTCAGTCATCAGAGCGGGTTTCACGACTTTATTGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTGGCTATATCTTCAGTCATCAGAGCGGGTTTCACGACTTTATTGC  950

seq1  CAAAGCCATAGCTGAGTGTTTATGGCCGAGTGATAAATCCCTAGAATGCG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCCATAGCTGAGTGTTTATGGCCGAGTGATAAATCCCTAGAATGCG  1000

seq1  GATTTCTTACTGGAAGTGCTGACTCAATCTTAACTTTCA-CACTGCAAAT  1049
      ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||
seq2  GATTTCTTACTGG-AGTGCTGACTCAATC-TAACTTTCACCACTGC-AAT  1047

seq1  GGTGCCACAATAAAATGTA---TATATCAAAGTTGT-GGTGACTATAAAG  1095
      ||||||||||| |||||||   |||||| ||||||| ||||||||| |||
seq2  GGTGCCACAAT-AAATGTATATTATATC-AAGTTGTGGGTGACTAT-AAG  1094

seq1  GTCTTTTAAAATCGAGTTGACATTGCAGTATG-TTTGCTTGAG-ATAAGG  1143
      ||  |||| |  |||| ||||||||||| ||| |||||||||| ||| ||
seq2  GTTCTTTAGATCCGAGCTGACATTGCAG-ATGTTTTGCTTGAGAATACGG  1143

seq1  TGAGGATTTATGTT-CATAAAT  1164
      |||||||||||||| |||||||
seq2  TGAGGATTTATGTTCCATAAAT  1165


seq1: chr7_131473878_131474256
seq2: B6Ng01-322B20.g_67_445 (reverse)

seq1  TCCCTCCCTCCCTCCCTTCCTACTTTTCTTTGTTCCATCCCCTCTCCCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCCTCCCTCCCTTCCTACTTTTCTTTGTTCCATCCCCTCTCCCCT  50

seq1  GCACTCTCTTATCCTTTTTCAACATCTAAAACTTGGGAGATGGTGTATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCTCTTATCCTTTTTCAACATCTAAAACTTGGGAGATGGTGTATAT  100

seq1  TTTTGTTTTAAACATAATATCTGGATTCCTCGCTTACTCTGAAACTTCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTTAAACATAATATCTGGATTCCTCGCTTACTCTGAAACTTCAG  150

seq1  CAGCTATGCCAGAGAGAAGCTGTCTCCCTCATGATGACAATCAGCCAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTATGCCAGAGAGAAGCTGTCTCCCTCATGATGACAATCAGCCAGAG  200

seq1  CCTGTGTCTACAGGCCATCTCACACAAGACAGGTATTTTGTCACAGTCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGTCTACAGGCCATCTCACACAAGACAGGTATTTTGTCACAGTCCC  250

seq1  CCACCCCCACCCCGAATCCTAGGTCTGAGCAGCACCCTGGTCTCTTTGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCCCACCCCGAATCCTAGGTCTGAGCAGCACCCTGGTCTCTTTGTA  300

seq1  GTCTTTGCTTTCTATGCTGTTTTCCTTCCATTCAGGGCCCATTCTCTTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTGCTTTCTATGCTGTTTTCCTTCCATTCAGGGCCCATTCTCTTTA  350

seq1  GACCATTTCTGGTCTGCAATGGAGAATTC  379
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATTTCTGGTCTGCAATGGAGAATTC  379


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |