BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-324O04
Chromosome7 (Build37)
Map Location 71,780,018 - 71,918,325
singlet/doubletdoublet
Overlap geneApba2, 5730507A09Rik
Upstream geneOtud7a, LOC665083, Klf13, E030018B13Rik, Trpm1, BB128963, Mtmr15, LOC100041582, Mphosph10, Mcee
Downstream geneNdnl2, Tjp1, Gm1693, EG665234, Tarsl2, Tm2d3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-324O04.bB6Ng01-324O04.g
ACCGA113088GA113089
length9361,037
definitionB6Ng01-324O04.b B6Ng01-324O04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,780,018 - 71,780,954)(71,917,286 - 71,918,325)
sequence
gaattccttcttgcttctgccatatgcaaactgggcttgcctcagcagaa
ggataatacagggcagacggaacggttccgtgtccatttccagggaaatg
caggggtttagttctgtgtttctgagtacagacctttgaagttggatttg
attgatggccaaggagtagacagaccctgagctcaccgctgctcatttgc
tttgcctgggattagtctttgcccaccacgggacatataatagtacgcat
ggagatgttttgtcctttctccctcaggctagtgtttctctggatacttg
tccttctggagagtcctttgtactaaaggttgagatgagcaactgaccca
acacagacaactgctgtaggtcttgttgtccccagtctgaaaattagata
tcccaaaggctgttcaatcaagttggctttttgaacattgatgtgcaaag
tccaagggtcaatctctcacactacaagcaaagccagtaaacacaacccc
catccccaacaaaacaaacaaacaaacaaagagcaaccatgcaacaaaga
gtcgagcagagatttccatgtctaaacaccgaactcctaagtacatctag
tcccaagcgttttagataaggcttactcaactggtagtatgctttgagaa
gctagccactggggaaggctaggaggtcaagcacaagacatccaattcag
atcagaaagaggccaggcggttccaggttaccatctgcctgtgtttgcct
tgccctgtagatcctgcaggacagaacctgaggccagccttgtgttgaaa
gagcaaagaggacggtggaaaggtgaattctggcttgcaagggaactaac
tggtttatcttcctgggctagaagtgtaccagtggcctggatatggggaa
cctgttggatgggtttgagagtaagggagggttgtt
gaattccagttgcctgctacagaggtacttttttggcttccctttgtgag
aaggtacttgggttttccaaagagagggctttgtggacagatcatgattc
catggacccttccctgtggacactgacagggcggggctctgctctgtcag
agcttctgcttgccagcaggacttgtaattccctgagtgcaggtgtaggt
ggtcacttcagactttgagtgggacatttagtgagccccccacacactac
acactacacactacacactacacactagaagcgtattgtttcatgtttta
tcatcaattttctctttccctgaagaacacagcaagcttcaggttaataa
gtggttctgagatcaatatgacactctcaaggcactgaaaacttctctct
tccttgatttctctcagagaacgtgggtaaaaagggctgaaggtcaaagc
cgtgtcatgttagcttatgttagctcagaaacctgccaccttcggcgggt
actgacacaaactcaatctgctgtggagcaggccaggtaagtgtgtagca
tgtcccatggccccctctccagaccacctgtgtagcagggacacatctgc
tgattaagggcctgcagccccctggccagttttctttgatgttcaggtct
cagagcacttttcaattccacagacatctctgggggtccagaaaagagtg
aaacccattaccgtcctcagagagaaggccatgccagccacctgccccct
cctccagggtggtccatctcccttgaccagacatcaaggagctgccccct
tcacagcgtgagagttttctctgggtgagggggataagttaattgcttgc
ctctgcaagacaaagggtgtataacctgcctagcagcactggtcatgggc
aaggcaaacgagacagagggatatgagtaaagtcactgtagtacacagga
caaaggggagtgggagatggcagccttggaagattttttttcttttcttt
tcttctggatgcaaggtccaggtctatgttgtccctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_71780018_71780954
seq2: B6Ng01-324O04.b_45_980

seq1  GAATTCCTTCTTGCTTCTGCCATATGCAAACTGGGCTTGCCTCAGCAGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTCTTGCTTCTGCCATATGCAAACTGGGCTTGCCTCAGCAGAA  50

seq1  GGATAATACAGGGCAGACGGAACGGTTCCGTGTCCATTTCCAGGGAAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAATACAGGGCAGACGGAACGGTTCCGTGTCCATTTCCAGGGAAATG  100

seq1  CAGGGGTTTAGTTCTGTGTTTCTGAGTACAGACCTTTGAAGTTGGATTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGTTTAGTTCTGTGTTTCTGAGTACAGACCTTTGAAGTTGGATTTG  150

seq1  ATTGATGGCCAAGGAGTAGACAGACCCTGAGCTCACCGCTGCTCATTTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATGGCCAAGGAGTAGACAGACCCTGAGCTCACCGCTGCTCATTTGC  200

seq1  TTTGCCTGGGATTAGTCTTTGCCCACCACGGGACATATAATAGTACGCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCTGGGATTAGTCTTTGCCCACCACGGGACATATAATAGTACGCAT  250

seq1  GGAGATGTTTTGTCCTTTCTCCCTCAGGCTAGTGTTTCTCTGGATACTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATGTTTTGTCCTTTCTCCCTCAGGCTAGTGTTTCTCTGGATACTTG  300

seq1  TCCTTCTGGAGAGTCCTTTGTACTAAAGGTTGAGATGAGCAACTGACCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCTGGAGAGTCCTTTGTACTAAAGGTTGAGATGAGCAACTGACCCA  350

seq1  ACACAGACAACTGCTGTAGGTCTTGTTGTCCCCAGTCTGAAAATTAGATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGACAACTGCTGTAGGTCTTGTTGTCCCCAGTCTGAAAATTAGATA  400

seq1  TCCCAAAGGCTGTTCAATCAAGTTGGCTTTTTGAACATTGATGTGCAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAAGGCTGTTCAATCAAGTTGGCTTTTTGAACATTGATGTGCAAAG  450

seq1  TCCAAGGGTCAATCTCTCACACTACAAGCAAAGCCAGTAAACACAACCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGGGTCAATCTCTCACACTACAAGCAAAGCCAGTAAACACAACCCC  500

seq1  CATCCCCAACAAAACAAACAAACAAACAAAGAGCAACCATGCAACAAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCCAACAAAACAAACAAACAAACAAAGAGCAACCATGCAACAAAGA  550

seq1  GTCGAGCAGAGATTTCCATGTCTAAACACCGAACTCCTAAGTACATCTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGAGCAGAGATTTCCATGTCTAAACACCGAACTCCTAAGTACATCTAG  600

seq1  TCCCAAGCGTTTTAGATAAGGCTTACTCAACTGGTAGTATGCTTTGAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAGCGTTTTAGATAAGGCTTACTCAACTGGTAGTATGCTTTGAGAA  650

seq1  GCTAGCCACTGGGGAAGGCTAGGAGGTCAAGCACAAGACATCCAATTCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGCCACTGGGGAAGGCTAGGAGGTCAAGCACAAGACATCCAATTCAG  700

seq1  ATCAGAAAGAGGCCAGGCGGTTCCAGGTTACCATCTGCCTGTGTTTGCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAAAGAGGCCAGGCGGTTCCAGGTTACCATCTGCCTGTGTTTGCCT  750

seq1  TGCCCTGTAGGATCCTGCAGGACAGAACCTGAGGCCAGCCTTGTGTTGAA  800
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTGTA-GATCCTGCAGGACAGAACCTGAGGCCAGCCTTGTGTTGAA  799

seq1  AGAGCAAAGAGGACGGTGGAAAGGTGAATTCTGGCTTGCAAGGGAACTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAAAGAGGACGGTGGAAAGGTGAATTCTGGCTTGCAAGGGAACTAA  849

seq1  CTGGTTTATCTTCCTGGGCTAGAAGTGTACCAGGTGGCCTGGATATGGGG  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CTGGTTTATCTTCCTGGGCTAGAAGTGTACCA-GTGGCCTGGATATGGGG  898

seq1  AACCTGTTGGATGGGTTTGAGAGT-AGGGAGGGTTGTT  937
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AACCTGTTGGATGGGTTTGAGAGTAAGGGAGGGTTGTT  936

seq1: chr7_71917286_71918325
seq2: B6Ng01-324O04.g_65_1101 (reverse)

seq1  CAGGGACAACATAGAACTCGACCTTGCATCAGAAAAGAAAAGAAAAGAAA  50
      ||||||||||||||| || |||||||||||  | ||||||||||||| ||
seq2  CAGGGACAACATAGACCTGGACCTTGCATC-CAGAAGAAAAGAAAAG-AA  48

seq1  AAAAAATCTTCCCAAGGCTGCCATCTCCCACTCCCCTTTGTCCTGTGTAC  100
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATCTT-CCAAGGCTGCCATCTCCCACTCCCCTTTGTCCTGTGTAC  97

seq1  TACAGTGACTTTACTCATATCCCTCTGTCTCGTTTGCCTTG-CCATGACC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TACAGTGACTTTACTCATATCCCTCTGTCTCGTTTGCCTTGCCCATGACC  147

seq1  AGTGCTGCTAGGCAGGTTATACACCCTTTGTCTTGCAGAGGCAAGCAATT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTGCTAGGCAGGTTATACACCCTTTGTCTTGCAGAGGCAAGCAATT  197

seq1  AACTTATCCCCCCTCACCCAGAGAAAACTCTCACGCTGTGAAGGGGGCAG  249
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTAT-CCCCCTCACCCAGAGAAAACTCTCACGCTGTGAAGGGGGCAG  246

seq1  CTCCTTGATGTCTGGTCAAGGGAGATGGACCACCCTGGAGGAGGGGGCAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTGATGTCTGGTCAAGGGAGATGGACCACCCTGGAGGAGGGGGCAG  296

seq1  GTGGCTGGCATGGCCTTCTCTCTGAGGACGGTAATGGGTTTCACTCTTTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTGGCATGGCCTTCTCTCTGAGGACGGTAATGGGTTTCACTCTTTT  346

seq1  CTGGACCCCCAGAGATGTCTGTGGAATTGAAAAGTGCTCTGAGACCTGAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGACCCCCAGAGATGTCTGTGGAATTGAAAAGTGCTCTGAGACCTGAA  396

seq1  CATCAAAGAAAACTGGCCAGGGGGCTGCAGGCCCTTAATCAGCAGATGTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAAAGAAAACTGGCCAGGGGGCTGCAGGCCCTTAATCAGCAGATGTG  446

seq1  TCCCTGCTACACAGGTGGTCTGGAGAGGGGGCCATGGGACATGCTACACA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGCTACACAGGTGGTCTGGAGAGGGGGCCATGGGACATGCTACACA  496

seq1  CTTACCTGGCCTGCTCCACAGCAGATTGAGTTTGTGTCAGTACCCGCCGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACCTGGCCTGCTCCACAGCAGATTGAGTTTGTGTCAGTACCCGCCGA  546

seq1  AGGTGGCAGGTTTCTGAGCTAACATAAGCTAACATGACACGGCTTTGACC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGCAGGTTTCTGAGCTAACATAAGCTAACATGACACGGCTTTGACC  596

seq1  TTCAGCCCTTTTTACCCACGTTCTCTGAGAGAAATCAAGGAAGAGAGAAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCCCTTTTTACCCACGTTCTCTGAGAGAAATCAAGGAAGAGAGAAG  646

seq1  TTTTCAGTGCCTTGAGAGTGTCATATTGATCTCAGAACCACTTATTAACC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAGTGCCTTGAGAGTGTCATATTGATCTCAGAACCACTTATTAACC  696

seq1  TGAAGCTTGCTGTGTTCTTCAGGGAAAGAGAAAATTGATGATAAAACATG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCTTGCTGTGTTCTTCAGGGAAAGAGAAAATTGATGATAAAACATG  746

seq1  AAACAATACGCTTCTAGTGTGTAGTGTGTAGTGTGTAGTGTGTAGTGTGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAATACGCTTCTAGTGTGTAGTGTGTAGTGTGTAGTGTGTAGTGTGT  796

seq1  GGGGGGCTCACTAAATGTCCCACTCAAAGTCTGAAGTGACCACCTACACC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGCTCACTAAATGTCCCACTCAAAGTCTGAAGTGACCACCTACACC  846

seq1  TGCACTCAGGGAATTACAAGTCCTGCTGGCAAGCAGAAGCTCTGACAGAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTCAGGGAATTACAAGTCCTGCTGGCAAGCAGAAGCTCTGACAGAG  896

seq1  CAGAGCCCCGCCCTGTCAGTGTCCACAGGGAAGGGTCCATGGAATCATGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCCCCGCCCTGTCAGTGTCCACAGGGAAGGGTCCATGGAATCATGA  946

seq1  TCTGTCCACAAAGCCCTCTCTTTGGAAAACCCAAGTACCTTCTCACAAAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCCACAAAGCCCTCTCTTTGGAAAACCCAAGTACCTTCTCACAAAG  996

seq1  GGAAGCCAAAAAAGTACCTCTGTAGCAGGCAACTGGAATTC  1040
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCCAAAAAAGTACCTCTGTAGCAGGCAACTGGAATTC  1037