BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-324P14
Chromosome7 (Build37)
Map Location 81,275,778 - 81,395,674
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042140
Upstream gene4930429H19Rik, LOC665588, Rgma, Chd2, 1810026B05Rik, EG665610, LOC244061, A830073O21Rik, St8sia2, LOC100042127
Downstream geneLOC546979, Slco3a1, EG665308, EG665641, 0610006L08Rik, Sv2b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-324P14.bB6Ng01-324P14.g
ACCGA113150GA113151
length1,1611,093
definitionB6Ng01-324P14.b B6Ng01-324P14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,394,506 - 81,395,674)(81,275,778 - 81,276,859)
sequence
gaattcttctttattcagatgaagtatgctccgccccctggctcaagcca
atgattcttattcatcttaatagcacctacttaacccataaaggtttaaa
tagcctttgtccccacattaaatgagctgtctcactgcagcctgtcctca
tcacgctcactagccacctgaggtctccatcctccctgttattcctgcct
tggtttcctgctcaggattcaccagttgtgaccccagtcacactaataag
ggtggggaagcggagcctgaatgacacctcctccatgtaatgcaccctat
cactgtcctggagttgcggggacccataggagacaacggaggcatagcag
cttgttagaggcctttgaagtacagagatcaacctcaacactagattccc
agaagattcaaagatctctctgctttgaatcttgatactagacatagtgc
atctctggccactagatcacaacacaggaaaaaaagcaaggaacaagcag
caagaagactattaacaagagatatgataaatggcctgccccaagtcccc
atgctgctctcccaggaaggacctttagtagggatgattagtaccgtgcc
ttcttagatgaattagtccacttatacaagtaagagattaataagttatc
tctagtgtgggtctgactttgtctcatatactccttgtcctccagcattt
gacgccctgggcctttgtcactctactggtaataagtctatcaacagatt
cagtctttcatccttggaccagatctgtgaaccaaatcaagcgtcttttt
tttttatcatgtacataggttgtggtattatgttattagctatagaaaac
tgattaagtaactatcagatacaccaaggctctacgttaacaacaagtct
gaattcacacaagaaacaattgatgggaactggaactttggtctcaatca
gctacaaagcctaaactctatttagtgattaagtaggaagcagtgcttgg
tgcttgtggattcaatagttattgcatgttagtgttgtggcttctaggct
gctcataataattgctaataacaagtcatatcgtgtctcaattaacacaa
ggtagggctttttataccgattggattcgcttgcagtaatgtgactatac
gtgcttcaact

gaattctgttatgagttatgttcagagataccacgcgcctgctttttctt
ctagatgttagcttcagatgactgaatgccttaactgaaaggaatctttg
aaatctttgctacagtgccttcctttttctgccccctgcagtttttacct
tttgttgaatgctgggagtggaactctgaagatactggtttgaacaagct
aggcaactggcacaccactaagcagcatccccgattccctctgcattttc
agccactaaagacatttcttctctccacaagatgaggaaagaagatatct
caaaccaaagtaaatcaccaagaagggaccctgggcacaggttattctct
ctacccacaagttgcagttcaggaaaatgcaaatatgtactctgaaaagt
gtcacatctctattgagtttaaacagacttttgaaagttattgtgtccta
aacaatgtaacgagacaggtatagatatagtgtttatattgtctgaggtg
ttatgtgtaatcagaaaatatgtaaagcgtatatgagcacctataggagg
tgggtcaggttatatgtaaatgctttggcattttgtatgaggctcttgag
cacctgcagattttacattgtggaggagtgttctagaaccagtaccctga
agatactggtaaacatcatgctaagaagcttggaaaccaccctggacggt
gatcaaaggtacagatcacttttgtgaatgcacagtcattttaaggaact
taacaaggttcaacaactcaatctagagattgagttggtcccggttggag
ctgaagcatggttctaatttgtatatgaggtaagtgattgtggaaggtgt
ctcacattgaagagcaactgcgtgggaatttgtgcaaagtgctggattct
tgccccatctgtgtaaccttcttaagcccaccaccccccccccatgtcca
gcaggctaagctattgggtcatgatgctggtctcctggggagtcttcagc
accttttcaactctgaaattggaaatgacagctgagctgctgcttttctg
tgagctgttgaaatgacacgtctgtgggtgagggaggtgccct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_81394506_81395674
seq2: B6Ng01-324P14.b_52_1212 (reverse)

seq1  AGTTGAAGTGACG-ATAGTCACATTAACCTGCCAAGCGAATCC-ATCGTT  48
      ||||||||  ||| ||||||||||||  ||| ||||||||||| |||| |
seq2  AGTTGAAG-CACGTATAGTCACATTA--CTG-CAAGCGAATCCAATCGGT  46

seq1  ATAAAAACCCCTTCCCTGTGTAAATGGAGACACGAATATTAACTTG-TAT  97
      ||||||| |||| || ||||| ||| |||||||| ||| | ||||| |||
seq2  ATAAAAAGCCCTACCTTGTGTTAATTGAGACACG-ATA-TGACTTGTTAT  94

seq1  TAGGCATTTATTATGGGCCAGCCTAGAAGCCAC-ACACTAACAATGCAAT  146
      || ||| |||||||| | ||||||||||||||| |||||||| |||||||
seq2  TA-GCAATTATTATGAG-CAGCCTAGAAGCCACAACACTAAC-ATGCAAT  141

seq1  AACTTATTTGAATCCCACAAGCACCAAGCACTGCTTCCTACTTAATCACT  196
      ||||   |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACT--ATTGAAT-CCACAAGCACCAAGCACTGCTTCCTACTTAATCACT  188

seq1  AAATAGAGTTTAGGCTTTGTAGCCTGATTTGAGACC-AAGTTCCAGTT-C  244
      |||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| |
seq2  AAATAGAGTTTAGGCTTTGTAG-CTGA-TTGAGACCAAAGTTCCAGTTCC  236

seq1  CATCAATTGTTTCTTGTGTGAATTCAGACTTGTTGTTAACGTAGAGCCTT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAATTGTTTCTTGTGTGAATTCAGACTTGTTGTTAACGTAGAGCCTT  286

seq1  GGTGTATCTGATAGTTACTTAATCAGTTTTCTATAGCTAATAACATAATA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTATCTGATAGTTACTTAATCAGTTTTCTATAGCTAATAACATAATA  336

seq1  CCACAACCTATGTACATGATAAAAAAAAAAGACGCTTGATTTGGTTCACA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAACCTATGTACATGATAAAAAAAAAAGACGCTTGATTTGGTTCACA  386

seq1  GATCTGGTCCAAGGATGAAAGACTGAATCTGTTGATAGACTTATTACCAG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGGTCCAAGGATGAAAGACTGAATCTGTTGATAGACTTATTACCAG  436

seq1  TAGAGTGACAAAGGCCCAGGGCGTCAAATGCTGGAGGACAAGGAGTATAT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTGACAAAGGCCCAGGGCGTCAAATGCTGGAGGACAAGGAGTATAT  486

seq1  GAGACAAAGTCAGACCCACACTAGAGATAACTTATTAATCTCTTACTTGT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAAAGTCAGACCCACACTAGAGATAACTTATTAATCTCTTACTTGT  536

seq1  ATAAGTGGACTAATTCATCTAAGAAGGCACGGTACTAATCATCCCTACTA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTGGACTAATTCATCTAAGAAGGCACGGTACTAATCATCCCTACTA  586

seq1  AAGGTCCTTCCTGGGAGAGCAGCATGGGGACTTGGGGCAGGCCATTTATC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCCTTCCTGGGAGAGCAGCATGGGGACTTGGGGCAGGCCATTTATC  636

seq1  ATATCTCTTGTTAATAGTCTTCTTGCTGCTTGTTCCTTGCTTTTTTTCCT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTCTTGTTAATAGTCTTCTTGCTGCTTGTTCCTTGCTTTTTTTCCT  686

seq1  GTGTTGTGATCTAGTGGCCAGAGATGCACTATGTCTAGTATCAAGATTCA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGTGATCTAGTGGCCAGAGATGCACTATGTCTAGTATCAAGATTCA  736

seq1  AAGCAGAGAGATCTTTGAATCTTCTGGGAATCTAGTGTTGAGGTTGATCT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGAGAGATCTTTGAATCTTCTGGGAATCTAGTGTTGAGGTTGATCT  786

seq1  CTGTACTTCAAAGGCCTCTAACAAGCTGCTATGCCTCCGTTGTCTCCTAT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACTTCAAAGGCCTCTAACAAGCTGCTATGCCTCCGTTGTCTCCTAT  836

seq1  GGGTCCCCGCAACTCCAGGACAGTGATAGGGTGCATTACATGGAGGAGGT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCCCCGCAACTCCAGGACAGTGATAGGGTGCATTACATGGAGGAGGT  886

seq1  GTCATTCAGGCTCCGCTTCCCCACCCTTATTAGTGTGACTGGGGTCACAA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTCAGGCTCCGCTTCCCCACCCTTATTAGTGTGACTGGGGTCACAA  936

seq1  CTGGTGAATCCTGAGCAGGAAACCAAGGCAGGAATAACAGGGAGGATGGA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGAATCCTGAGCAGGAAACCAAGGCAGGAATAACAGGGAGGATGGA  986

seq1  GACCTCAGGTGGCTAGTGAGCGTGATGAGGACAGGCTGCAGTGAGACAGC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTCAGGTGGCTAGTGAGCGTGATGAGGACAGGCTGCAGTGAGACAGC  1036

seq1  TCATTTAATGTGGGGACAAAGGCTATTTAAACCTTTATGGGTTAAGTAGG  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTAATGTGGGGACAAAGGCTATTTAAACCTTTATGGGTTAAGTAGG  1086

seq1  TGCTATTAAGATGAATAAGAATCATTGGCTTGAGCCAGGGGGCGGAGCAT  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATTAAGATGAATAAGAATCATTGGCTTGAGCCAGGGGGCGGAGCAT  1136

seq1  ACTTCATCTGAATAAAGAAGAATTC  1169
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCATCTGAATAAAGAAGAATTC  1161


seq1: chr7_81275778_81276859
seq2: B6Ng01-324P14.g_68_1160

seq1  GAATTCTGTTATGAGTTATGTTCAGAGATACCACGCGCCTGCTTTTTCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTTATGAGTTATGTTCAGAGATACCACGCGCCTGCTTTTTCTT  50

seq1  CTAGATGTTAGCTTCAGATGACTGAATGCCTTAACTGAAAGGAATCTTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGATGTTAGCTTCAGATGACTGAATGCCTTAACTGAAAGGAATCTTTG  100

seq1  AAATCTTTGCTACAGTGCCTTCCTTTTTCTGCCCCCTGCAGTTTTTACCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTTGCTACAGTGCCTTCCTTTTTCTGCCCCCTGCAGTTTTTACCT  150

seq1  TTTGTTGAATGCTGGGAGTGGAACTCTGAAGATACTGGTTTGAACAAGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTGAATGCTGGGAGTGGAACTCTGAAGATACTGGTTTGAACAAGCT  200

seq1  AGGCAACTGGCACACCACTAAGCAGCATCCCCGATTCCCTCTGCATTTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAACTGGCACACCACTAAGCAGCATCCCCGATTCCCTCTGCATTTTC  250

seq1  AGCCACTAAAGACATTTCTTCTCTCCACAAGATGAGGAAAGAAGATATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACTAAAGACATTTCTTCTCTCCACAAGATGAGGAAAGAAGATATCT  300

seq1  CAAACCAAAGTAAATCACCAAGAAGGGACCCTGGGCACAGGTTATTCTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCAAAGTAAATCACCAAGAAGGGACCCTGGGCACAGGTTATTCTCT  350

seq1  CTACCCACAAGTTGCAGTTCAGGAAAATGCAAATATGTACTCTGAAAAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCCACAAGTTGCAGTTCAGGAAAATGCAAATATGTACTCTGAAAAGT  400

seq1  GTCACATCTCTATTGAGTTTAAACAGACTTTTGAAAGTTATTGTGTCCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACATCTCTATTGAGTTTAAACAGACTTTTGAAAGTTATTGTGTCCTA  450

seq1  AACAATGTAACGAGACAGGTATAGATATAGTGTTTATATTGTCTGAGGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATGTAACGAGACAGGTATAGATATAGTGTTTATATTGTCTGAGGTG  500

seq1  TTATGTGTAATCAGAAAATATGTAAAGCGTATATGAGCACCTATAGGAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTGTAATCAGAAAATATGTAAAGCGTATATGAGCACCTATAGGAGG  550

seq1  TGGGTCAGGTTATATGTAAATGCTTTGGCATTTTGTATGAGGCTCTTGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCAGGTTATATGTAAATGCTTTGGCATTTTGTATGAGGCTCTTGAG  600

seq1  CACCTGCAGATTTTACATTGTGGAGGAGTGTTCTAGAACCAGTACCCTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGCAGATTTTACATTGTGGAGGAGTGTTCTAGAACCAGTACCCTGA  650

seq1  AGATACTGGTAAACATCATGCTAAGAAGCTTGGAAACCACCCTGGACGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACTGGTAAACATCATGCTAAGAAGCTTGGAAACCACCCTGGACGGT  700

seq1  GATCAAAGGTACAGATCAC-TTTGTGAATGCACAGTCATTTTAAGGAACT  749
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAAAGGTACAGATCACTTTTGTGAATGCACAGTCATTTTAAGGAACT  750

seq1  TAACAAGGTTCAACAACTCAATCTAGAGATTGAGTTGGTCCCGGTTGGAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAAGGTTCAACAACTCAATCTAGAGATTGAGTTGGTCCCGGTTGGAG  800

seq1  CTGAAGCATGGTTCTAATTTGTATATGAGGTAAGTGATTGTGGAAGGTGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGCATGGTTCTAATTTGTATATGAGGTAAGTGATTGTGGAAGGTGT  850

seq1  CTCACATTG-AGAGCAACTGCGTGGGAATTTGTGCAAAGTGCTGGATTCT  898
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACATTGAAGAGCAACTGCGTGGGAATTTGTGCAAAGTGCTGGATTCT  900

seq1  TGCCCCATCTGTGTAA-CTTCTTAAGCCCACCACCCCCCCCCCCATGGCC  947
      |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||
seq2  TGCCCCATCTGTGTAACCTTCTTAAGCCCACCA-CCCCCCCCCCATGTCC  949

seq1  AGCAGGCTAAGCTA-TGGGTCATGATGCTGGTCTCCT-GGGAGTC-TCAG  994
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
seq2  AGCAGGCTAAGCTATTGGGTCATGATGCTGGTCTCCTGGGGAGTCTTCAG  999

seq1  CACC-TTTCAACTCTG-AATTGG-AGTGACAGCCTGAGCTGCTGC-TTTC  1040
      |||| ||||||||||| |||||| | |||||| |||||||||||| ||||
seq2  CACCTTTTCAACTCTGAAATTGGAAATGACAG-CTGAGCTGCTGCTTTTC  1048

seq1  TGTGAGCTG-TGACA-GACACGTCTGTGGGTGAGGGA-GTGCCCT  1082
      ||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGTGAGCTGTTGAAATGACACGTCTGTGGGTGAGGGAGGTGCCCT  1093


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |