BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-325A09
Chromosome7 (Build37)
Map Location 103,149,796 - 103,271,285
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC666823, Frda-ps
Downstream geneEG666836, Odz4, LOC670727, LOC666858, Nars2, Gab2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-325A09.bB6Ng01-325A09.g
ACCGA113188GA113189
length1,1971,190
definitionB6Ng01-325A09.b B6Ng01-325A09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,270,087 - 103,271,285)(103,149,796 - 103,150,985)
sequence
gaattcacatagtttgctatctattacagagcccatgaggcaaatattat
taatactgccatttggtacatgggcaatcagtctcccatagctagttagg
ttttccaaggacaacagctgggaagtatgggaactggaatatgaacaaag
ccagagcattagaactttaaagccatgctcttccctgcatcccagccttc
cttcttaggaaggttcgctcaccttgtctggtccctgcccacagtgggtg
attttggctcctttctgatatgtgttcttttcctcttttccatactgtac
ttcctgctctcctggtctaggtgcgcatatagtcttgcatgtgctactta
aaagcatttgctcaacaactgttcacttatattacggccagcttaatttg
tgtaagtgcattctacgatatttgtgcaacaaaactgtttaacaatccat
taccattgtgtggcacacacctgtagtcccaacacttgaaagaacaagga
agaatgtaaagttcagactgggtgatgaaagaactaacagtgaaaattga
aagaatgtatctattgggaaatatatccctgttagtaaaggatgctaatg
gaagaatacagaactttgagacagaaggaacgtatacagtgtgattgctg
tgccaattttaccacatgcaatgccacaggctaaccaagttccctgagcc
ccactgtcctcatctaataaataaggatgcctcagtctgagggtcaaatt
caaacagcaggtatgtgacctgcaagatgagctcaagaagtttaaacacc
caacagtatcctatgccatttctggctcattttggtcatggacaaaattc
agagggagccagcaatgcctcagagagccctggagtcggggcctctattg
attttccttctgctgtgtgtgatgttagcttagaagtctgggaacacaag
ctggaacagcatttgcctagggccattctgggtcatgtgatatgttcggt
tcactcctcggtacaagatctggtcctcttttgtagtgttcaaattctcc
gcttttatgacggacagaggaggaagatgattttcgaatacctcaaacca
ttttgaggaggatggaggtccctagaaggtgggataaaaacatctccagt
agatccagtgagaaacagaggagatatcggtagttttgttgactgca

gaattcattatgattgacagatttaaagctcatgcacactaagttcgagt
gtgcctcctcctcctcctccagctgtacagcccctatgttcatgtggcca
ttcccctgcataggctatttctcctgactactatgacctccatcatttta
tgcctagagaagtcctccatagtccagctcagaaacgacttactcaagga
agcctcctaggttcaccctctgccattgaagttatagcttctacttctat
tctcaatagtcatttgtccacactgggaacaggtgaagagtaaggacctc
tgcaggctctagaaccatcatgttaaggggttaaggggttcaacctgaat
cacgtgccctggtggaacagaataaccatgtgacccaagtgactggcaaa
gaactgtgaagtgtctatgtcactaatgtctcagtgagcaatttggtcct
tactgtggaagatgaaagaggaaatactgaaatggggagaagaaagaaag
gaagtgggggaagaaaaggaggaagaggatgaagagaagagtagctgcca
ctacaggaccaagcttatcaactcagctactcaggaggttgagacagggc
atctcaatttcaaggcctacatggactacacagtgaatctgtgatcagcc
tgggcaactcagtgataccctgtataaaaacaaatagaaaagagggctgg
gtgtatagctcagtagagctcgtctggggttggggggaggcaggtgggaa
gcaaaagaagaattccttccccaagagaggaaagtctgagccaactatag
aagtcaggtagaaagttaaacaacccttcagaccacgtcaggttggaaaa
aggaatccaaggtgcattcaggatcagtttgtgcctcacactgtgcaagg
ttgatttactggcctcagatcccagccaatgtgagagggaatatcatgcc
tctcttacatagattataagctggccctgagactgagctagttaaacaga
aaatacccaagatgagagcctcataatggtggagtttcagtttgaaccac
tcttgctccttgctgttcccctcaccacccctctactcacatttgcagta
tgaataacctgggagccctgagcgatcactgcaatctagtgaacccatct
cctttgattttttatagaactggtgggatacttttcatct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_103270087_103271285
seq2: B6Ng01-325A09.b_49_1245 (reverse)

seq1  TGCAGTC-ACCAAACTACCGATTTCTTCCTCTGTTCTTCACCTCGGTATC  49
      ||||||| || ||||||||||| || |||||||||  |||   | | |||
seq2  TGCAGTCAACAAAACTACCGATATC-TCCTCTGTTTCTCA---CTGGATC  46

seq1  TACTGGGAGATTGTTTTTAATCCCACC-TCTAGGGA-CTCCAT-CTCCTC  96
      |||| ||||| ||||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||||
seq2  TACT-GGAGA-TGTTTTT-ATCCCACCTTCTAGGGACCTCCATCCTCCTC  93

seq1  AAAATGGTTTGA-GTATTCGAAAATCATTCTCCTCCTCTGTCCGTCAT-A  144
      |||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||| |
seq2  AAAATGGTTTGAGGTATTCGAAAATCATCTTCCTCCTCTGTCCGTCATAA  143

seq1  GAGC-GAGAATTTTGAACACTAC-AAAGAGGACCAGAATCTTGTACCGAG  192
       ||| ||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||
seq2  AAGCGGAGAA-TTTGAACACTACAAAAGAGGACCAG-ATCTTGTACCGAG  191

seq1  GAGTGAACCGAACATATCACATGACCCAGAATGGCCCTAGGCAAATGCTG  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAACCGAACATATCACATGACCCAGAATGGCCCTAGGCAAATGCTG  241

seq1  TTCCAGCCTTGTGTTCCCAGACTTCTAAGCTAACATCACACACAGCAGAA  292
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAG-CTTGTGTTCCCAGACTTCTAAGCTAACATCACACACAGCAGAA  290

seq1  GGAAAATCAATAGAGGCCCCGACTCCAGGGCTCTCTGAGGCATTGCTGGC  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAATCAATAGAGGCCCCGACTCCAGGGCTCTCTGAGGCATTGCTGGC  340

seq1  TCCCTCTGAATTTTGTCCATGACCAAAATGAGCCAGAAATGGCATAGGAT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCTGAATTTTGTCCATGACCAAAATGAGCCAGAAATGGCATAGGAT  390

seq1  ACTGTTGGGTGTTTAAACTTCTTGAGCTCATCTTGCAGGTCACATACCTG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTGGGTGTTTAAACTTCTTGAGCTCATCTTGCAGGTCACATACCTG  440

seq1  CTGTTTGAATTTGACCCTCAGACTGAGGCATCCTTATTTATTAGATGAGG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTGAATTTGACCCTCAGACTGAGGCATCCTTATTTATTAGATGAGG  490

seq1  ACAGTGGGGCTCAGGGAACTTGGTTAGCCTGTGGCATTGCATGTGGTAGA  542
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ACAGTGGGGCTCAGGGAACTTGGTTAGCCTGTGGCATTGCATGTGGTAAA  540

seq1  ATTGGCACAGCAATCACACTGTATACGTTCCTTCTGTCTCAAAGTTCTGT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGCACAGCAATCACACTGTATACGTTCCTTCTGTCTCAAAGTTCTGT  590

seq1  ATTCTTCCATTAGCATCCTTTACTAACAGGGATATATTTCCCAATAGATA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTCCATTAGCATCCTTTACTAACAGGGATATATTTCCCAATAGATA  640

seq1  CATTCTTTCAATTTTCACTGTTAGTTCTTTCATCACCCAGTCTGAACTTT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTTTCAATTTTCACTGTTAGTTCTTTCATCACCCAGTCTGAACTTT  690

seq1  ACATTCTTCCTTGTTCTTTCAAGTGTTGGGACTACAGGTGTGTGCCACAC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCTTCCTTGTTCTTTCAAGTGTTGGGACTACAGGTGTGTGCCACAC  740

seq1  AATGGTAATGGATTGTTAAACAGTTTTGTTGCACAAATATCGTAGAATGC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTAATGGATTGTTAAACAGTTTTGTTGCACAAATATCGTAGAATGC  790

seq1  ACTTACACAAATTAAGCTGGCCGTAATATAAGTGAACAGTTGTTGAGCAA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACACAAATTAAGCTGGCCGTAATATAAGTGAACAGTTGTTGAGCAA  840

seq1  ATGCTTTTAAGTAGCACATGCAAGACTATATGCGCACCTAGACCAGGAGA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTTTAAGTAGCACATGCAAGACTATATGCGCACCTAGACCAGGAGA  890

seq1  GCAGGAAGTACAGTATGGAAAAGAGGAAAAGAACACATATCAGAAAGGAG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAAGTACAGTATGGAAAAGAGGAAAAGAACACATATCAGAAAGGAG  940

seq1  CCAAAATCACCCACTGTGGGCAGGGACCAGACAAGGTGAGCGAACCTTCC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAATCACCCACTGTGGGCAGGGACCAGACAAGGTGAGCGAACCTTCC  990

seq1  TAAGAAGGAAGGCTGGGATGCAGGGAAGAGCATGGCTTTAAAGTTCTAAT  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAGGAAGGCTGGGATGCAGGGAAGAGCATGGCTTTAAAGTTCTAAT  1040

seq1  GCTCTGGCTTTGTTCATATTCCAGTTCCCATACTTCCCAGCTGTTGTCCT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGGCTTTGTTCATATTCCAGTTCCCATACTTCCCAGCTGTTGTCCT  1090

seq1  TGGAAAACCTAACTAGCTATGGGAGACTGATTGCCCATGTACCAAATGGC  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAACCTAACTAGCTATGGGAGACTGATTGCCCATGTACCAAATGGC  1140

seq1  AGTATTAATAATATTTGCCTCATGGGCTCTGTAATAGATAGCAAACTATG  1192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTAATAATATTTGCCTCATGGGCTCTGTAATAGATAGCAAACTATG  1190

seq1  TGAATTC  1199
      |||||||
seq2  TGAATTC  1197


seq1: chr7_103149796_103150985
seq2: B6Ng01-325A09.g_64_1252

seq1  GAATTCATTATGATTGACAGATTTAAAGCTCATGCACACTAAGTTCGAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTATGATTGACAGATTTAAAGCTCATGCACACTAAGTTCGAGT  50

seq1  GTGCCTCCTCCTCCTCCTCCAGCTGTACAGCCCCTATGTTCATGTGGCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCTCCTCCTCCTCCTCCAGCTGTACAGCCCCTATGTTCATGTGGCCA  100

seq1  TTCCCCTGCATAGGCTATTTCTCCTGACTACTATGACCTCCATCATTTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCTGCATAGGCTATTTCTCCTGACTACTATGACCTCCATCATTTTA  150

seq1  TGCCTAGAGAAGTCCTCCATAGTCCAGCTCAGAAACGACTTACTCAAGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTAGAGAAGTCCTCCATAGTCCAGCTCAGAAACGACTTACTCAAGGA  200

seq1  AGCCTCCTAGGTTCACCCTCTGCCATTGAAGTTATAGCTTCTACTTCTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCCTAGGTTCACCCTCTGCCATTGAAGTTATAGCTTCTACTTCTAT  250

seq1  TCTCAATAGTCATTTGTCCACACTGGGAACAGGTGAAGAGTAAGGACCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAATAGTCATTTGTCCACACTGGGAACAGGTGAAGAGTAAGGACCTC  300

seq1  TGCAGGCTCTAGAACCATCATGTTAAGGGGTTAAGGGGTTCAACCTGAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGCTCTAGAACCATCATGTTAAGGGGTTAAGGGGTTCAACCTGAAT  350

seq1  CACGTGCCCTGGTGGAACAGAATAACCATGTGACCCAAGTGACTGGCAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTGCCCTGGTGGAACAGAATAACCATGTGACCCAAGTGACTGGCAAA  400

seq1  GAACTGTGAAGTGTCTATGTCACTAATGTCTCAGTGAGCAATTTGGTCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGTGAAGTGTCTATGTCACTAATGTCTCAGTGAGCAATTTGGTCCT  450

seq1  TACTGTGGAAGATGAAAGAGGAAATACTGAAATGGGGAGAAGAAAGAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTGGAAGATGAAAGAGGAAATACTGAAATGGGGAGAAGAAAGAAAG  500

seq1  GAAGTGGGGGAAGAAAAGGAGGAAGAGGATGAAGAGAAGAGTAGCTGCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGGGGGAAGAAAAGGAGGAAGAGGATGAAGAGAAGAGTAGCTGCCA  550

seq1  CTACAGGACCAAGCTTATCAACTCAGCTACTCAGGAGGTTGAGACAGGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGGACCAAGCTTATCAACTCAGCTACTCAGGAGGTTGAGACAGGGC  600

seq1  ATCTCAATTTCAAGGCCTACATGGACTACACAGTGAATCTGTGATCAGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCAATTTCAAGGCCTACATGGACTACACAGTGAATCTGTGATCAGCC  650

seq1  TGGGCAACTCAGTGATACCCTGTATAAAAACAAATAGAAAAGAGGGCTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAACTCAGTGATACCCTGTATAAAAACAAATAGAAAAGAGGGCTGG  700

seq1  GTGTATAGCTCAGTAGAGCTCGTCTGGGGTTGGGGGGAGGCAGGTGGGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATAGCTCAGTAGAGCTCGTCTGGGGTTGGGGGGAGGCAGGTGGGAA  750

seq1  GCAAAAGAAGAATTCCTTCCCCAAGAGAGGAAAGTCTGAGCCAACTATAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAGAAGAATTCCTTCCCCAAGAGAGGAAAGTCTGAGCCAACTATAG  800

seq1  AAGTCAGGTAGAAAGTTAAACAACCCTTCAGACCACGTCAGGTTGGAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAGGTAGAAAGTTAAACAACCCTTCAGACCACGTCAGGTTGGAAAA  850

seq1  AGGAATCCAAGGTGCATTCAGGATCAAGTTTGTGCCTCACACTGTGCAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATCCAAGGTGCATTCAGGATC-AGTTTGTGCCTCACACTGTGCAAG  899

seq1  GTTGATTTACTGGCCTCAGATCCCAGCCAATGTGAGAGGGAATATCATGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATTTACTGGCCTCAGATCCCAGCCAATGTGAGAGGGAATATCATGC  949

seq1  CTCTCTTACATAGATTAT-AGCTGGCCCTGAGACTGAAGCTAGTTAAACA  999
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CTCTCTTACATAGATTATAAGCTGGCCCTGAGACTG-AGCTAGTTAAACA  998

seq1  G-AAATACCCAAGGATGAGAGCCTCATAATGGTGGAGTTTCAGTTTGAAC  1048
      | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GAAAATACCCAA-GATGAGAGCCTCATAATGGTGGAGTTTCAGTTTGAA-  1046

seq1  CCACTC-TGCTCCCTGCTGTTCCCCTTCACACCCCTCTACTCACATTTGC  1097
      |||||| |||||| ||||||||||||   |||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCTTGCTCCTTGCTGTTCCCCTCACCACCCCTCTACTCACATTTGC  1096

seq1  AAGTA--GATAACCTGGGAGCCCTGAGCGATCACTGCAGATCTAAGTGAC  1145
       ||||   |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| 
seq2  -AGTATGAATAACCTGGGAGCCCTGAGCGATCACTGCA-ATCT-AGTGAA  1143

seq1  ACCATCT-CTTTGATTTTTTTTAAAAAGACTGGT--GAT-CCTTTCATC  1190
       |||||| |||||||||||| || |   ||||||  ||| | |||||||
seq2  CCCATCTCCTTTGATTTTTTATAGA---ACTGGTGGGATACTTTTCATC  1189


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |