BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-327E17
Chromosome7 (Build37)
Map Location 143,185,926 - 143,282,439
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneDock1, LOC100043254, Foxi2, Clrn3, Ptpre, Mki67, LOC668764
Downstream geneLOC546009, EG621677, EG668771, Mgmt
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-327E17.bB6Ng01-327E17.g
ACCGA114882GA114883
length1,119615
definitionB6Ng01-327E17.b B6Ng01-327E17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(143,281,316 - 143,282,439)(143,185,926 - 143,186,540)
sequence
gaattccatctgccctccctagactgataactggtgtaaacattggcatc
catcggatccaaaggacctccctgccagtctcctttgtcacagctgactt
gtgcagaggagctcttccataatggacttggttggagacgatgcagaaag
ctaagtagctcctcctgtcccttttcgcctgctccttgcagtcctcctgc
cctgtgcatgggcctctctaagggagagctcagcccaatgcatgccctcc
cacacagccggcaggagacagaccctgagggagaaggctgttcttctagg
ctttggaaatcaggccatctacttctaaaaacaatatgtcagagggtact
tctctgagcagtgaagtgtcgcccatttttattgccagaaagtgttaaac
aactttctctctctctctctggcatgcatgagccctccagtaaatttaca
ctcaagcagctcaacaccctctggttttcacacttcttagctgctaaggg
tgtgctgtggggcagaagttaagctatgatagcgacactcatagcacagc
atcattcaaaaaatacccactctctgtccattggaggagggctgaaagtg
tctgttaaaccaaggagcacttctgattcagggtgaattatcctaatccc
tgtagctcatcctactcctgactatgtgtgcagggggaaaaaaaccacaa
tcaagattcaggagtggaattaaaaaggccaaaaggcaggtggagacatg
aatgaaatcaaaaaacaaaaataacaaaactaaataaaaaaaatcataag
agaagctggcgttctacggaaaggactttgtatcctgttgctttatacaa
acattgcttttgaatgagaagtccaatatgagcatcaaagacacatttat
ggatgtatccacctgggagaagattttcacgcactctgtctaaggttcta
tcttaaaattttaaatgtgcaatttcaataagttccgactgctcattaaa
atataaatcacagtcagccttggatggtaccgtatcagatcttgtcaaaa
tcttactagatctgggaggaaaaccaaaacaaaataacagccagtatgtg
tttggggagtgcttctatg

gaattcccaacacagaaccccaagaccccagattagaggaggagggtaat
attttatgaccagtttgaaaatcttgttgccacagctataaattaagaag
ttaaattgctcccatattgggtattgatatattgcgcatggccaagattt
tccctgaaacagcacactgctgatggaagggtgccagaccatgctgccga
ccactatggaggtccagtcagggtggaaagagctggggtcctgaatgacc
acagcggtagagcctggaagggacagagacaatgtgggaaagagctttct
aagagggtgctatctatcctcacaacactggactccctgcccacacggct
tctctttatggatgccccaaatggggcaagaggctgctgtctctggctgg
gatggtccaaggggctgtgcctgagtggagttagcccccactcatgttgc
tcagttgctttttttcttcatttagtatagttttgttttttgagaatttt
atatgagcgtactatattctttctacttttacctcctccaactcccctct
atctctccacttcctctctaactcatgatccccccctgtgtggggtgtgt
gtgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_143281316_143282439
seq2: B6Ng01-327E17.b_47_1165 (reverse)

seq1  CATAG-AGCACTCCC--AACACATACCTGGGCTTGTTTATTTGTTTTGGT  47
      ||||| |||||||||  |||||||| ||||   ||||  |||||||||||
seq2  CATAGAAGCACTCCCCAAACACATA-CTGG--CTGTTATTTTGTTTTGGT  47

seq1  TTTCCTCCCAGGATCTTAGGTAAGATTTTTGAC-AGATCTGATACGGGTA  96
      |||||||||| |||||   |||||| ||||||| ||||||||||| ||||
seq2  TTTCCTCCCA-GATCT--AGTAAGA-TTTTGACAAGATCTGATAC-GGTA  92

seq1  CCAATCCAAGGCTGACTGTGATTTATATTTTAATGAGCAGTCGGAACTTA  146
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CC-ATCCAAGGCTGACTGTGATTTATATTTTAATGAGCAGTCGGAACTTA  141

seq1  TTGAAATTGCACATTTAAAATTTTAAGATAGAACCTTAGACAGAGTGCGT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAATTGCACATTTAAAATTTTAAGATAGAACCTTAGACAGAGTGCGT  191

seq1  GAAAATCTTCTCCCAGGTGGATACATCCATAAATGTGTCTTTGATGCTCA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATCTTCTCCCAGGTGGATACATCCATAAATGTGTCTTTGATGCTCA  241

seq1  TATTGGACTTCTCATTCAAAAGCAATGTTTGTATAAAGCAACAGGATACA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGACTTCTCATTCAAAAGCAATGTTTGTATAAAGCAACAGGATACA  291

seq1  AAGTCCTTTCCGTAGAACGCCAGCTTCTCTTATGATTTTTTTTATTTAGT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCTTTCCGTAGAACGCCAGCTTCTCTTATGATTTTTTTTATTTAGT  341

seq1  TTTGTTATTTTTGTTTTTTGATTTCATTCATGTCTCCACCTGCCTTTTGG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTATTTTTGTTTTTTGATTTCATTCATGTCTCCACCTGCCTTTTGG  391

seq1  CCTTTTTAATTCCACTCCTGAATCTTGATTGTGGTTTTTTTCCCCCTGCA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTTAATTCCACTCCTGAATCTTGATTGTGGTTTTTTTCCCCCTGCA  441

seq1  CACATAGTCAGGAGTAGGATGAGCTACAGGGATTAGGATAATTCACCCTG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATAGTCAGGAGTAGGATGAGCTACAGGGATTAGGATAATTCACCCTG  491

seq1  AATCAGAAGTGCTCCTTGGTTTAACAGACACTTTCAGCCCTCCTCCAATG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGAAGTGCTCCTTGGTTTAACAGACACTTTCAGCCCTCCTCCAATG  541

seq1  GACAGAGAGTGGGTATTTTTTGAATGATGCTGTGCTATGAGTGTCGCTAT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAGAGTGGGTATTTTTTGAATGATGCTGTGCTATGAGTGTCGCTAT  591

seq1  CATAGCTTAACTTCTGCCCCACAGCACACCCTTAGCAGCTAAGAAGTGTG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCTTAACTTCTGCCCCACAGCACACCCTTAGCAGCTAAGAAGTGTG  641

seq1  AAAACCAGAGGGTGTTGAGCTGCTTGAGTGTAAATTTACTGGAGGGCTCA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCAGAGGGTGTTGAGCTGCTTGAGTGTAAATTTACTGGAGGGCTCA  691

seq1  TGCATGCCAGAGAGAGAGAGAGAAAGTTGTTTAACACTTTCTGGCAATAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGCCAGAGAGAGAGAGAGAAAGTTGTTTAACACTTTCTGGCAATAA  741

seq1  AAATGGGCGACACTTCACTGCTCAGAGAAGTACCCTCTGACATATTGTTT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGGCGACACTTCACTGCTCAGAGAAGTACCCTCTGACATATTGTTT  791

seq1  TTAGAAGTAGATGGCCTGATTTCCAAAGCCTAGAAGAACAGCCTTCTCCC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAGTAGATGGCCTGATTTCCAAAGCCTAGAAGAACAGCCTTCTCCC  841

seq1  TCAGGGTCTGTCTCCTGCCGGCTGTGTGGGAGGGCATGCATTGGGCTGAG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGTCTGTCTCCTGCCGGCTGTGTGGGAGGGCATGCATTGGGCTGAG  891

seq1  CTCTCCCTTAGAGAGGCCCATGCACAGGGCAGGAGGACTGCAAGGAGCAG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCCTTAGAGAGGCCCATGCACAGGGCAGGAGGACTGCAAGGAGCAG  941

seq1  GCGAAAAGGGACAGGAGGAGCTACTTAGCTTTCTGCATCGTCTCCAACCA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGAAAAGGGACAGGAGGAGCTACTTAGCTTTCTGCATCGTCTCCAACCA  991

seq1  AGTCCATTATGGAAGAGCTCCTCTGCACAAGTCAGCTGTGACAAAGGAGA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCATTATGGAAGAGCTCCTCTGCACAAGTCAGCTGTGACAAAGGAGA  1041

seq1  CTGGCAGGGAGGTCCTTTGGATCCGATGGATGCCAATGTTTACACCAGTT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCAGGGAGGTCCTTTGGATCCGATGGATGCCAATGTTTACACCAGTT  1091

seq1  ATCAGTCTAGGGAGGGCAGATGGAATTC  1124
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTCTAGGGAGGGCAGATGGAATTC  1119


seq1: chr7_143185926_143186540
seq2: B6Ng01-327E17.g_66_680

seq1  GAATTCCCAACACAGAACCCCAAGACCCCAGATTAGAGGAGGAGGGTAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAACACAGAACCCCAAGACCCCAGATTAGAGGAGGAGGGTAAT  50

seq1  ATTTTATGACCAGTTTGAAAATCTTGTTGCCACAGCTATAAATTAAGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATGACCAGTTTGAAAATCTTGTTGCCACAGCTATAAATTAAGAAG  100

seq1  TTAAATTGCTCCCATATTGGGTATTGATATATTGCGCATGGCCAAGATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTGCTCCCATATTGGGTATTGATATATTGCGCATGGCCAAGATTT  150

seq1  TCCCTGAAACAGCACACTGCTGATGGAAGGGTGCCAGACCATGCTGCCGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGAAACAGCACACTGCTGATGGAAGGGTGCCAGACCATGCTGCCGA  200

seq1  CCACTATGGAGGTCCAGTCAGGGTGGAAAGAGCTGGGGTCCTGAATGACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTATGGAGGTCCAGTCAGGGTGGAAAGAGCTGGGGTCCTGAATGACC  250

seq1  ACAGCGGTAGAGCCTGGAAGGGACAGAGACAATGTGGGAAAGAGCTTTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCGGTAGAGCCTGGAAGGGACAGAGACAATGTGGGAAAGAGCTTTCT  300

seq1  AAGAGGGTGCTATCTATCCTCACAACACTGGACTCCCTGCCCACACGGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGGTGCTATCTATCCTCACAACACTGGACTCCCTGCCCACACGGCT  350

seq1  TCTCTTTATGGATGCCCCAAATGGGGCAAGAGGCTGCTGTCTCTGGCTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTATGGATGCCCCAAATGGGGCAAGAGGCTGCTGTCTCTGGCTGG  400

seq1  GATGGTCCAAGGGGCTGTGCCTGAGTGGAGTTAGCCCCCACTCATGTTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTCCAAGGGGCTGTGCCTGAGTGGAGTTAGCCCCCACTCATGTTGC  450

seq1  TCAGTTGCTTTTTTTCTTCATTTAGTATAGTTTTGTTTTTTGAGAATTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTGCTTTTTTTCTTCATTTAGTATAGTTTTGTTTTTTGAGAATTTT  500

seq1  ATATGAGCGTACTATATTCTTTCTACTTTTACCTCCTCCAACTCCCCTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAGCGTACTATATTCTTTCTACTTTTACCTCCTCCAACTCCCCTCT  550

seq1  ATCTCTCCACTTCCTCTCTAACTCATGATCCCCCCCTGTGTGGGGTGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTCCACTTCCTCTCTAACTCATGATCCCCCCCTGTGTGGGGTGTGT  600

seq1  GTGTGTGTGTGTGTG  615
      |||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTG  615


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |