BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-327H23
Chromosome7 (Build37)
Map Location 145,049,007 - 145,166,679
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneMgmt, EG621804, Ebf3, 9430038I01Rik, Txnl2
Downstream geneLOC435235, Tcerg1l, LOC100043290, Mapk1ip1, Ppp2r2d, Bnip3, EG668784, LOC669185
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-327H23.bB6Ng01-327H23.g
ACCGA115029GA115030
length1,0211,134
definitionB6Ng01-327H23.b B6Ng01-327H23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(145,049,007 - 145,050,013)(145,165,549 - 145,166,679)
sequence
gaattctctatagtctgagggtagtcagggttgaggacctgccagaagtt
atataggaggagcacctacataaccataggtgtgtcagtgtctggtgttc
atagacagcagtgtatgcacgtgtgggtggagagggagtggcaaagcagc
aagggctagggaccatctgctcctttctcatttttagaagacatatgagc
atgttggccttcaccttctatgggtctggtcctaacccatactcctggtt
cagtgggtttttcacatgcgcaaatctttccttctgcaagattcatttgt
tcaacatgataaagtgtttctactaacagaaccattggtgtgtgatgcaa
aacccagctgcttctggggaactctgtgacttgaatgtaataactgtcca
ccctggtgggacctggggccactggcaaggagtatcacttatccctcagg
gttcaggcatccagaagtgggatcacaggggccatgttctgagacacccc
ccgcccatatgctagtgaggatatggtgtgggcaaatgcacctgcattgg
actctaggaccagcacaggtgtgatgtttccaacccattctagggggcta
ttgaccccctacaaggctgtgtgtggtgattccaggctagatgctgcccc
ctgaagccaagaaggctctggcatatctggaacagaagaacattggaagt
tagaccctctcaagggagaaggggaagagggcagggacgtggagaggtaa
aattctaaactggaaagggaagagtcgtcttgtaaggcagcaaggtgtga
agccaccgaggaaatggtgctgggatgagatcttgtttttgggggaagag
gctgctgctctgcacaggggtctgtctgctctctcacagccatttttatc
tgtgattaccaacatcccaatttccatccccctgcaatcttagtttcttc
aatgaacatttgaattcaaaaggtcttgttagccacctgaatgaaagaat
ggttagccggaacacatattt

gaattcactcccggaacgtaaatggtctgttagtggacagaacctcaagg
ctcaagacccagcccacacagtggaaaggagaagtgaaaataagttctct
gagcactctgtgtgtgtcttttgacaaccttcactctaagggacatctgc
ttctcacttaggtctcttaagccatgtgtctcaccagatcctgtctttgt
ctctcttatgtcactgcctataggtgttccttcctcagaccacctttgtc
taccaggacaagttcagactcccctctcccttgtatgcttcctctcccat
cacttcatttccttatcactcttcccaacttaaaggccgtggtaaacaca
aacaagatgtgacatcatgtagcattgatattaatcgtcattaccaatat
acacacccaaggcggataaataatacatgtgtgcatacacaattcagtca
ctcaagaatgtacgtacgccttcattatttattgtcttttagtcttgcca
agtgctaatggcttttgatataaggtgatgacacacattttactatttag
gaaatccatttatattcaaagctattgatttatagaggaatatcgaatga
gtgctaaccaaggcgtcactgggatgcagagaagattggggtagctccca
catggttgatgtcctggatccttgactctctgttcccctgtgggagatgt
cagctgggcctgtgctgttctcacactcaccttggggcaaacactctttg
attaactgtggagggaaatggaacaggaagagtagatgccagccaggaag
ctttcccggaagcagctttgttttggaaaaaatgcagatagcacctaagt
cctggatgggactcagaagtgaatctcagtgatggttgaatgggaagaaa
ctggggttgtacgaatgggaaacacacttcgagtttagcaacatgttatg
aggctataacttctcatagccacatccagcaggtacctgatgtgtttttt
gccagctgtgccgaggtagcacggtcagccaccagaccttacatattttc
ttcccggcactagttcacccaaacctctctgtagtcttgaggctggctat
gacttgttaccaattcccacctcttcacagaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_145049007_145050013
seq2: B6Ng01-327H23.b_47_1067

seq1  GAATTCTCTATAGTCTGAGGGTAGTCAGGGTTGAGGACCTGCCAGAAGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTATAGTCTGAGGGTAGTCAGGGTTGAGGACCTGCCAGAAGTT  50

seq1  ATATAGGAGGAGCACCTACATAACCATAGGTGTGTCAGTGTCTGGTGTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGGAGGAGCACCTACATAACCATAGGTGTGTCAGTGTCTGGTGTTC  100

seq1  ATAGACAGCAGTGTATGCACGTGTGGGTGGAGAGGGAGTGGCAAAGCAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACAGCAGTGTATGCACGTGTGGGTGGAGAGGGAGTGGCAAAGCAGC  150

seq1  AAGGGCTAGGGACCATCTGCTCCTTTCTCATTTTTAGAAGACATATGAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGCTAGGGACCATCTGCTCCTTTCTCATTTTTAGAAGACATATGAGC  200

seq1  ATGTTGGCCTTCACCTTCTATGGGTCTGGTCCTAACCCATACTCCTGGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGGCCTTCACCTTCTATGGGTCTGGTCCTAACCCATACTCCTGGTT  250

seq1  CAGTGGGTTTTTCACATGCGCAAATCTTTCCTTCTGCAAGATTCATTTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGGTTTTTCACATGCGCAAATCTTTCCTTCTGCAAGATTCATTTGT  300

seq1  TCAACATGATAAAGTGTTTCTACTAACAGAACCATTGGTGTGTGATGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACATGATAAAGTGTTTCTACTAACAGAACCATTGGTGTGTGATGCAA  350

seq1  AACCCAGCTGCTTCTGGGGAACTCTGTGACTTGAATGTAATAACTGTCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCAGCTGCTTCTGGGGAACTCTGTGACTTGAATGTAATAACTGTCCA  400

seq1  CCCTGGTGGGACCTGGGGCCACTGGCAAGGAGTATCACTTATCCCTCAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGTGGGACCTGGGGCCACTGGCAAGGAGTATCACTTATCCCTCAGG  450

seq1  GTTCAGGCATCCAGAAGTGGGATCACAGGGGCCATGTTCTGAGACACCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGGCATCCAGAAGTGGGATCACAGGGGCCATGTTCTGAGACACCCC  500

seq1  CCGCCCATATGCTAGTGAGGATATGGTGTGGGCAAATGCACCTGCATTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCCCATATGCTAGTGAGGATATGGTGTGGGCAAATGCACCTGCATTGG  550

seq1  ACTCTAGGACCAGCACAGGTGTGATGTTTCCAACCCATTCTAGGGGGCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTAGGACCAGCACAGGTGTGATGTTTCCAACCCATTCTAGGGGGCTA  600

seq1  TTGACCCCCTACAAGGCTGTGTGTGGTGATTCCAGGCTAGATGCTGCCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACCCCCTACAAGGCTGTGTGTGGTGATTCCAGGCTAGATGCTGCCCC  650

seq1  CTGAAGCCAAGAAGGCTCTGGCATATCTGGAACAGAAGAACATTGGAAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGCCAAGAAGGCTCTGGCATATCTGGAACAGAAGAACATTGGAAGT  700

seq1  TAGACCCTCTCAAGGGAGAAGGGGAAGAGGGCAGGGACGTGGAGAGGTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACCCTCTCAAGGGAGAAGGGGAAGAGGGCAGGGACGTGGAGAGGTAA  750

seq1  AATTCTAAACTGGAAAGGGAAGAGTCGTCTTGTAAGGCAGCAAGGTGTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTAAACTGGAAAGGGAAGAGTCGTCTTGTAAGGCAGCAAGGTGTGA  800

seq1  AGCCACCGAGGAAATGGTGCTGGGATGAGATCTTG-TTTTGGGGGAAGAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGCCACCGAGGAAATGGTGCTGGGATGAGATCTTGTTTTTGGGGGAAGAG  850

seq1  GCTGCTGCTCTGCACAGGGGTCTGTCTGCTCTCTCACAGCCA-TTTTATC  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GCTGCTGCTCTGCACAGGGGTCTGTCTGCTCTCTCACAGCCATTTTTATC  900

seq1  TGTGATTACCAACATCCCAA-TTCCAT-CCCCTGC-ATCTTAGTTTC-TC  944
      |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| ||
seq2  TGTGATTACCAACATCCCAATTTCCATCCCCCTGCAATCTTAGTTTCTTC  950

seq1  AATGAACATT--GATTCAAAAGGTCTTG-TAGCCA-CTGAATG-AAGAAT  989
      ||||||||||   ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||
seq2  AATGAACATTTGAATTCAAAAGGTCTTGTTAGCCACCTGAATGAAAGAAT  1000

seq1  -GTTAG-CGGAA-ACATATTT  1007
       ||||| ||||| ||||||||
seq2  GGTTAGCCGGAACACATATTT  1021


seq1: chr7_145165549_145166679
seq2: B6Ng01-327H23.g_70_1203 (reverse)

seq1  TTTTCTGTGAAGGAGTGGG-ATGGGTAAC-AGTCATAAGCAGGCCTCAGG  48
      ||||||||||||  ||||| || |||||| |||||| |||  |||||| |
seq2  TTTTCTGTGAAGAGGTGGGAATTGGTAACAAGTCAT-AGCCAGCCTCAAG  49

seq1  ACTACAGAGAGGTTTGGGTGAACTAGTGCCGGGAAGAAAAATATGTAAGG  98
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ACTACAGAGAGGTTTGGGTGAACTAGTGCCGGGAAG-AAAATATGTAAGG  98

seq1  TCTGGT-GCTGACCGTGCTACCTCGGCACAGCCTGGCAAAAAACAACATC  147
      |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||
seq2  TCTGGTGGCTGACCGTGCTACCTCGGCACAG-CTGGCAAAAAAC-ACATC  146

seq1  AGGTA-CTGCTGGATGTGGCTATGAGAAGTTATAGCCTCATAACATGTTG  196
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTACCTGCTGGATGTGGCTATGAGAAGTTATAGCCTCATAACATGTTG  196

seq1  CTAAACTCGAAGTGTG-TTCCCATTCGTACAACCCCAGTTTCTT-CCATT  244
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CTAAACTCGAAGTGTGTTTCCCATTCGTACAACCCCAGTTTCTTCCCATT  246

seq1  CAACCATCACTGAGATTCACTTCTGAGT-CCATCCAGGACTTAGGTGCTA  293
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CAACCATCACTGAGATTCACTTCTGAGTCCCATCCAGGACTTAGGTGCTA  296

seq1  TCTGCATTTTTTCCAAAACAAAGCTGCTTCCGGGAAAGCTTCCTGGCTGG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATTTTTTCCAAAACAAAGCTGCTTCCGGGAAAGCTTCCTGGCTGG  346

seq1  CATCTACTCTTCCTGTTCCATTTCCCTCCACAGTTAATCAAAGAGTGTTT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTACTCTTCCTGTTCCATTTCCCTCCACAGTTAATCAAAGAGTGTTT  396

seq1  GCCCCAAGGTGAGTGTGAGAACAGCACAGGCCCAGCTGACATCTCCCACA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCAAGGTGAGTGTGAGAACAGCACAGGCCCAGCTGACATCTCCCACA  446

seq1  GGGGAACAGAGAGTCAAGGATCCAGGACATCAACCATGTGGGAGCTACCC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAACAGAGAGTCAAGGATCCAGGACATCAACCATGTGGGAGCTACCC  496

seq1  CAATCTTCTCTGCATCCCAGTGACGCCTTGGTTAGCACTCATTCGATATT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTTCTCTGCATCCCAGTGACGCCTTGGTTAGCACTCATTCGATATT  546

seq1  CCTCTATAAATCAATAGCTTTGAATATAAATGGATTTCCTAAATAGTAAA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTATAAATCAATAGCTTTGAATATAAATGGATTTCCTAAATAGTAAA  596

seq1  ATGTGTGTCATCACCTTATATCAAAAGCCATTAGCACTTGGCAAGACTAA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGTCATCACCTTATATCAAAAGCCATTAGCACTTGGCAAGACTAA  646

seq1  AAGACAATAAATAATGAAGGCGTACGTACATTCTTGAGTGACTGAATTGT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAATAAATAATGAAGGCGTACGTACATTCTTGAGTGACTGAATTGT  696

seq1  GTATGCACACATGTATTATTTATCCGCCTTGGGTGTGTATATTGGTAATG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCACACATGTATTATTTATCCGCCTTGGGTGTGTATATTGGTAATG  746

seq1  ACGATTAATATCAATGCTACATGATGTCACATCTTGTTTGTGTTTACCAC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGATTAATATCAATGCTACATGATGTCACATCTTGTTTGTGTTTACCAC  796

seq1  GGCCTTTAAGTTGGGAAGAGTGATAAGGAAATGAAGTGATGGGAGAGGAA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTTAAGTTGGGAAGAGTGATAAGGAAATGAAGTGATGGGAGAGGAA  846

seq1  GCATACAAGGGAGAGGGGAGTCTGAACTTGTCCTGGTAGACAAAGGTGGT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATACAAGGGAGAGGGGAGTCTGAACTTGTCCTGGTAGACAAAGGTGGT  896

seq1  CTGAGGAAGGAACACCTATAGGCAGTGACATAAGAGAGACAAAGACAGGA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGAAGGAACACCTATAGGCAGTGACATAAGAGAGACAAAGACAGGA  946

seq1  TCTGGTGAGACACATGGCTTAAGAGACCTAAGTGAGAAGCAGATGTCCCT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTGAGACACATGGCTTAAGAGACCTAAGTGAGAAGCAGATGTCCCT  996

seq1  TAGAGTGAAGGTTGTCAAAAGACACACACAGAGTGCTCAGAGAACTTATT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTGAAGGTTGTCAAAAGACACACACAGAGTGCTCAGAGAACTTATT  1046

seq1  TTCACTTCTCCTTTCCACTGTGTGGGCTGGGTCTTGAGCCTTGAGGTTCT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTTCTCCTTTCCACTGTGTGGGCTGGGTCTTGAGCCTTGAGGTTCT  1096

seq1  GTCCACTAACAGACCATTTACGTTCCGGGAGTGAATTC  1131
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCACTAACAGACCATTTACGTTCCGGGAGTGAATTC  1134


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |