BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-328H16
Chromosome7 (Build37)
Map Location 102,740,875 - 102,900,665
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG666816, LOC100040132, LOC666823
Downstream geneFrda-ps, EG666836, Odz4, LOC670727, LOC666858
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-328H16.bB6Ng01-328H16.g
ACCGA115732GA115733
length1,1141,145
definitionB6Ng01-328H16.b B6Ng01-328H16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(102,740,875 - 102,741,992)(102,899,509 - 102,900,665)
sequence
gaattcaaattcatggtcacaaattcttcttcccacatcccctcagaaga
aatttaaactccttttctgctccctcatcacctgctcttcagttgggggt
ctaaacttcaatagaacatctcaaacatgtttagtgccatgttgtcttat
tgtagcttcgataagaaaaaccctattgtgatggtttgaatatacttgac
ccaaggagtggtactattagaaagtgtagccctgttggagtaggtgtgtc
actgtgggtgtgggttttaatatcctggtcctagctgcctggaagtcagt
attctgctagcagcctttagatgaagatgtagaaatctcagttcctcctg
caccgtgtctgcctggacgctgccatgttcctgccttgatgataattaac
tgaccctctgaacatgtaaaccacccccaattaaatgttgttcttataag
agttcctttcatcctggtgtctgttcgcagcagtaaaactctaacgaaga
cacgtctaggtgcctcagcctttcataaccaagttcagcaggccagtgtg
tctcagagctggagctgagctccaggctgtttagcctgtttctgcctcca
ggaaatcttcatgaagatgacgacctagttagaaacccctttgggttgtg
ccagacctgacatttagccgtcatagttctcagtgagttctattgcagtc
tcctgttttctgggctgtctgctgtactggagtccaagctccttgaagtg
ggttgaaaactgagattcctgctcagtgcttgtcacagcccaaacacagt
taagaatgcttgatgacagaatggatggaatccaaggaataggctgggac
ttatcaggacctgcttgggtagtgacgagggaccttgaagccatagtgga
aaaaaaaatgaaattttctcagaagagaacattgatatctgcttaattct
tattaagccaggattgctaagaggttttgtttacaccactcagtttcctc
aagtttgatgtaactgttccatccccattttataacgtgggggagttgag
ggactgacattcagaaacaccttattcaggattcagagctagtatcagag
accgaattcatctc

gaattctctcagtactttgagggatgatagacactggtcaactcaagaat
cctcttcaccatatgaggacaaataaataagtgtggctagaatgaatttt
gggaaagagaggcttgaagcggaaggaaatttgtcaacagtcatatcctt
acacagacaatatctgaattgaatccaggtatttcaagcagtgttataat
atgtaaactaccgttaagccactgagtatattaatatggggtgagagtct
cacataaagggtacacttttacaagcgctgggggttaatgtgaacatcaa
gcacaacttgcaatgttagagttactgctgcacctagagtgggcttgact
ctcagcggggctcaccaccaacaggctgcacgacctggaatatgtgattt
cccttcagcttcagcgtcttccctcatctttaatgagggtgcagttagtc
agaggatccaatatgttaataaagttcttatgatagtgtcacatgataaa
ttcgaaacaatgcttttactgaatagatagatgaaacaaatacctggcag
aaagccttcatatggtatcttacagcgttatgcacatctagagaggtaga
ttcaaagggctgactgagggtacatgcagaaaaaatgtttgggtatacat
ctgagttaggatccagcttttctgcagaagtgagctaaacactcctcagc
ctgcagctttctcgggttttgcttaccttcctgtttaaaaagaatgaaca
gaatacaaagtcgttgattaactgtcatgcactaagcaacggttcttaaa
tcagcaattttctcagactttgtaaatacttaattcttttttaaagtcct
ttggaaattacaatatattttgctaattctcaccccttaactcctctcag
tccttcccttccttatccactgaattctgcattcacttaaaaaaaaatca
gtccaattggttctgcccatatgacttgatatatgtggcttcactggagt
atgttagatctactgaagactacactctaagaaaactgactgtccctctc
ctagcagctattgaatgcaccattccttgtctagaagatagactcattga
cccctctctctactcatactggaatgatctgctagccttgtacag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_102740875_102741992
seq2: B6Ng01-328H16.b_50_1163

seq1  GAATTCAAATTCATGGTCACAAATTCTTCTTCCCACATCCCCTCAGAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATTCATGGTCACAAATTCTTCTTCCCACATCCCCTCAGAAGA  50

seq1  AATTTAAACTCCTTTTCTGCTCCCTCATCACCTGCTCTTCAGTTGGGGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAAACTCCTTTTCTGCTCCCTCATCACCTGCTCTTCAGTTGGGGGT  100

seq1  CTAAACTTCAATAGAACATCTCAAACATGTTTAGTGCCATGTTGTCTTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACTTCAATAGAACATCTCAAACATGTTTAGTGCCATGTTGTCTTAT  150

seq1  TGTAGCTTCGATAAGAAAAACCCTATTGTGATGGTTTGAATATACTTGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCTTCGATAAGAAAAACCCTATTGTGATGGTTTGAATATACTTGAC  200

seq1  CCAAGGAGTGGTACTATTAGAAAGTGTAGCCCTGTTGGAGTAGGTGTGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGAGTGGTACTATTAGAAAGTGTAGCCCTGTTGGAGTAGGTGTGTC  250

seq1  ACTGTGGGTGTGGGTTTTAATATCCTGGTCCTAGCTGCCTGGAAGTCAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGGGTGTGGGTTTTAATATCCTGGTCCTAGCTGCCTGGAAGTCAGT  300

seq1  ATTCTGCTAGCAGCCTTTAGATGAAGATGTAGAAATCTCAGTTCCTCCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGCTAGCAGCCTTTAGATGAAGATGTAGAAATCTCAGTTCCTCCTG  350

seq1  CACCGTGTCTGCCTGGACGCTGCCATGTTCCTGCCTTGATGATAATTAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCGTGTCTGCCTGGACGCTGCCATGTTCCTGCCTTGATGATAATTAAC  400

seq1  TGACCCTCTGAACATGTAAACCACCCCCAATTAAATGTTGTTCTTATAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCTCTGAACATGTAAACCACCCCCAATTAAATGTTGTTCTTATAAG  450

seq1  AGTTCCTTTCATCCTGGTGTCTGTTCGCAGCAGTAAAACTCTAACGAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCTTTCATCCTGGTGTCTGTTCGCAGCAGTAAAACTCTAACGAAGA  500

seq1  CACGTCTAGGTGCCTCAGCCTTTCATAACCAAGTTCAGCAGGCCAGTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTCTAGGTGCCTCAGCCTTTCATAACCAAGTTCAGCAGGCCAGTGTG  550

seq1  TCTCAGAGCTGGAGCTGAGCTCCAGGCTGTTTAGCCTGTTTCTGCCTCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGAGCTGGAGCTGAGCTCCAGGCTGTTTAGCCTGTTTCTGCCTCCA  600

seq1  GGAAATCTTCATGAAGATGACGACCTAGTTAGAAACCCCTTTGGGTTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATCTTCATGAAGATGACGACCTAGTTAGAAACCCCTTTGGGTTGTG  650

seq1  CCAGACCTGACATTTAGCCGTCATAGTTCTCAGTGAGTTCTATTGCAGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACCTGACATTTAGCCGTCATAGTTCTCAGTGAGTTCTATTGCAGTC  700

seq1  TCCTGTTTTCTGGGCTGTCTGCTGTACTGGAGTCCAAGCTCCTTGAAGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTTTTCTGGGCTGTCTGCTGTACTGGAGTCCAAGCTCCTTGAAGTG  750

seq1  GGTTGAAAACTGAGATTCCTGCTCAGTGCTTGTCACAGCCCAAACACAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGAAAACTGAGATTCCTGCTCAGTGCTTGTCACAGCCCAAACACAGT  800

seq1  TAAGAATGCTTGATGACAGAATGGATGGAATCCAAGGAATAGGCTGGGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAATGCTTGATGACAGAATGGATGGAATCCAAGGAATAGGCTGGGAC  850

seq1  TTATCAGGACCTGCTTGGGTAGTGACGAGGGACCTTGAAGCCATAGTGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAGGACCTGCTTGGGTAGTGACGAGGGACCTTGAAGCCATAGTGGA  900

seq1  AAAAAAAATGAAATTTTCTCAGAAGAGAACATTGATATCTGCTTAATTCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAATGAAATTTTCTCAGAAGAGAACATTGATATCTGCTTAATTCT  950

seq1  TATTAAGCCAGGATTGCTAAGGAGGTTTTGTTTACACCACTCAGTTTCCT  1000
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAGCCAGGATTGCTAA-GAGGTTTTGTTTACACCACTCAGTTTCCT  999

seq1  CAAGTTTGATGTAACTGTTCCATCCCCATTTTAT-ACGT-GGGGAGTTGA  1048
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||
seq2  CAAGTTTGATGTAACTGTTCCATCCCCATTTTATAACGTGGGGGAGTTGA  1049

seq1  GGGACTGAACATTCAAGAAACA-CTTATTCCAGGATTCAGAGCTAGTAAT  1097
      ||||||| |||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||  
seq2  GGGACTG-ACATTC-AGAAACACCTTATT-CAGGATTCAGAGCTAGTA--  1094

seq1  CCAGAGACCGAAATCCATCTC  1118
       ||||||||| ||| ||||||
seq2  TCAGAGACCG-AATTCATCTC  1114


seq1: chr7_102899509_102900665
seq2: B6Ng01-328H16.g_64_1208 (reverse)

seq1  CTGTACAAGCTTAAGCCAGATCAAATTCCAGTATGAGTAG-GAGAGGGGG  49
      |||||||||  ||   ||||||  |||||||||||||||| |||||||| 
seq2  CTGTACAAGGCTA--GCAGATC--ATTCCAGTATGAGTAGAGAGAGGGGT  46

seq1  CCATGAAGTCCTATC-TCTAGACAAGGAATGGTTGGCATTCAATAGCTGC  98
      | ||| ||| ||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||
seq2  CAATG-AGT-CTATCTTCTAGACAAGGAATGGT--GCATTCAATAGCTGC  92

seq1  TAGGAGAGGGACAGTCAGTTTTCCTTAAGAGTGTAGTCTTCAGTAGATCT  148
      |||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGAGGGACAGTCAGTTTTC--TTAGAGTGTAGTCTTCAGTAGATCT  140

seq1  AACATACTCCAGTGGAAGGCCACATATATCAAGTCATATGGGCAGAACCA  198
      ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATACTCCAGTG--AAGCCACATATATCAAGTCATATGGGCAGAACCA  188

seq1  ATTGGACTTGATTTTTTTTTAAGTGAATGCAGAATTCAGTGGATAAGGAA  248
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGAC-TGATTTTTTTTTAAGTGAATGCAGAATTCAGTGGATAAGGAA  237

seq1  GGGAAGGACCTGAGAGGAGTTAAGGGGTGAGAATTAGCAAAATATATTGT  298
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGGA-CTGAGAGGAGTTAAGGGGTGAGAATTAGCAAAATATATTGT  286

seq1  AATTTCCAAAGGACTTTAAAAAAGAATTAAGTATTTACAAAGTCTGAGAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCCAAAGGACTTTAAAAAAGAATTAAGTATTTACAAAGTCTGAGAA  336

seq1  AATTGCTGATTTAAGAACCGTTGCTTAGTGCATGACAGTTAATCAACGAC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGCTGATTTAAGAACCGTTGCTTAGTGCATGACAGTTAATCAACGAC  386

seq1  TTTGTATTCTGTTCATTCTTTTTAAACAGGAAGGTAAGCAAAACCCGAGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTATTCTGTTCATTCTTTTTAAACAGGAAGGTAAGCAAAACCCGAGA  436

seq1  AAGCTGCAGGCTGAGGAGTGTTTAGCTCACTTCTGCAGAAAAGCTGGATC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGCAGGCTGAGGAGTGTTTAGCTCACTTCTGCAGAAAAGCTGGATC  486

seq1  CTAACTCAGATGTATACCCAAACATTTTTTCTGCATGTACCCTCAGTCAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTCAGATGTATACCCAAACATTTTTTCTGCATGTACCCTCAGTCAG  536

seq1  CCCTTTGAATCTACCTCTCTAGATGTGCATAACGCTGTAAGATACCATAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTGAATCTACCTCTCTAGATGTGCATAACGCTGTAAGATACCATAT  586

seq1  GAAGGCTTTCTGCCAGGTATTTGTTTCATCTATCTATTCAGTAAAAGCAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCTTTCTGCCAGGTATTTGTTTCATCTATCTATTCAGTAAAAGCAT  636

seq1  TGTTTCGAATTTATCATGTGACACTATCATAAGAACTTTATTAACATATT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCGAATTTATCATGTGACACTATCATAAGAACTTTATTAACATATT  686

seq1  GGATCCTCTGACTAACTGCACCCTCATTAAAGATGAGGGAAGACGCTGAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCCTCTGACTAACTGCACCCTCATTAAAGATGAGGGAAGACGCTGAA  736

seq1  GCTGAAGGGAAATCACATATTCCAGGTCGTGCAGCCTGTTGGTGGTGAGC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAGGGAAATCACATATTCCAGGTCGTGCAGCCTGTTGGTGGTGAGC  786

seq1  CCCGCTGAGAGTCAAGCCCACTCTAGGTGCAGCAGTAACTCTAACATTGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGCTGAGAGTCAAGCCCACTCTAGGTGCAGCAGTAACTCTAACATTGC  836

seq1  AAGTTGTGCTTGATGTTCACATTAACCCCCAGCGCTTGTAAAAGTGTACC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGTGCTTGATGTTCACATTAACCCCCAGCGCTTGTAAAAGTGTACC  886

seq1  CTTTATGTGAGACTCTCACCCCATATTAATATACTCAGTGGCTTAACGGT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATGTGAGACTCTCACCCCATATTAATATACTCAGTGGCTTAACGGT  936

seq1  AGTTTACATATTATAACACTGCTTGAAATACCTGGATTCAATTCAGATAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTACATATTATAACACTGCTTGAAATACCTGGATTCAATTCAGATAT  986

seq1  TGTCTGTGTAAGGATATGACTGTTGACAAATTTCCTTCCGCTTCAAGCCT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTGTAAGGATATGACTGTTGACAAATTTCCTTCCGCTTCAAGCCT  1036

seq1  CTCTTTCCCAAAATTCATTCTAGCCACACTTATTTATTTGTCCTCATATG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTCCCAAAATTCATTCTAGCCACACTTATTTATTTGTCCTCATATG  1086

seq1  GTGAAGAGGATTCTTGAGTTGACCAGTGTCTATCATCCCTCAAAGTACTG  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGAGGATTCTTGAGTTGACCAGTGTCTATCATCCCTCAAAGTACTG  1136

seq1  AGAGAATTC  1157
      |||||||||
seq2  AGAGAATTC  1145


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |