BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-329J21
Chromosome7 (Build37)
Map Location 151,645,444 - 151,778,832
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCttn, Ppfia1, Fadd, Tmem16a
Upstream geneCdkn1c, Slc22a18, Phlda2, Nap1l4, Cars, Tnfrsf26, Tnfrsf22, Tnfrsf23, Osbpl5, Mrgprg, Mrgpre, Nadsyn1, Dhcr7, Gm498, Shank2
Downstream geneLOC669079, LOC677315, Fgf3, Fgf4, Fgf15, Oraov1, Ccnd1, 1810010D01Rik, LOC100040049, Tpcn2, Mrgprf, Mrgprd
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-329J21.bB6Ng01-329J21.g
ACCGA116529GA116530
length1,1341,144
definitionB6Ng01-329J21.b B6Ng01-329J21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(151,645,444 - 151,646,563)(151,777,686 - 151,778,832)
sequence
gaattcacatgttttcagtttctagagaagacagactacgaatagctcag
ccattcgtgttcaggtttttgacaacagattattctcaggtgttcacatg
agccaagggctaacctctcctcaatgtacagggcctaaggggtcaaacaa
gatggaacaccctggctaatgtcacccactgctagagagccagctggtca
atagctgaggtaaactgaagtttttaggagcagtctggtcctgagcgtag
tcagccacagaaggtggcagtacacaggtacagcacagggtacccagcac
agaagaccagtcaggcacaaagtgagggtagtgagttctagggcaagctc
agaagggcatgtctccccagaatggcagcacagggtagcaatgagaactc
atcgaaggaaacagaggtcaagacaggtgagcacaaagaaatttcagtct
tagagagtggtgttaggtatggccttgttggaggaagtgtgtcacagtgg
gtgggctttagggtttcaaattctcaagccaggcccagtatcactctctc
tgtctgcagatcaaaatggagaactcccagctaatcttcaggaccatgtc
tgtctgtgtgtgctcatgttccctgacatgacgattaatggactaaacct
ctgaaactgtaagctagccctaattaaatgctttcctgcataagagttgc
catggtcatggtgtctcttcacagcctatagtcagggtgcccgcaggcta
atgagtccactcctctaatggacagtggtgtctccttgagacacggtcat
ggccttctgtgcctagcatagctgaatacaatccatgtgtgagggagtca
cccatcagacaggcagcagctgagcctctcttccatgtctacccagcagc
atcactgtctactcatcagaaccacctccatacggctcactcaggactac
actgttacagcatcaacagagcgcaaaggcctgctctgcaggagacacac
tcacatactgcacttttcttctctgggaaaaaaccagccagcctagaagt
gagcgccagagcagcttcccacttccccttcatcttggggcaaagaagat
gccaaaacacttaccaggactgaatggttaatgc
gaattcctaggcagagagcagtccaccactgcagccagccacagagccgt
ctcagtcctgaagctcctctcgagagcccaagatccacttgacctaccat
gactcctcgtaccctttgcaggtataaagattaccgggaacccccatggt
cagaacacaagtatgacatctccaaagacttctgggctgtcctggccgcc
cgactggcatttgtcattgtcttccaggtatgtgtgtgttggggatgtct
gtctaattctaaagaaggacagcacttgggaagtactgacaggggagggg
gagctgacagtggcaggagatatcgtcagggactctgagaaggacgctga
cccacctgaacctgagtagtcatagaacaggcaaagaaagggtcacctgg
taagagccgtaagattcattgagcaggcttgcaggaaggagaagccagtc
tctgtgcctgctcgtctccctctgggtttctgtgccaggccagggcaagt
tcagactggaggtagcagctctcagataactccagaccctggctagcagc
acctactatgggctgactccagatatatgcacacacacacacacacacac
acacacacacacacacacactgattgaatggccagagaagaattactgag
gcccatgtgtgctgcccgggccatatccctgcacatccctctggcatcag
ggaaatctatgccagagctgggaaactccaagaccaggtcctcactgcta
agctccttacacgcccttgctgggcaggcacttctccattcacctttcac
tgaagtgggtgcagaagacataaggctaggattggggtaatgccttagtt
ccttctctgttactgtgattcataccatgaccaaaaccaccggggggaag
actttgtgacatcatctctgtggggagtcaagacagaaactgggaggagg
agttgatgcagaggccatggagggtgctgctaactgggcttgctccctat
gtttgctagcttgtttctctataggacttacctgcccaggatgctcttca
caagtggcttaggcccttccatttcagttatcttgtcaggaaaacacctt
cgtataaagagggtagcctcaaagcagttagagaacactgttct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_151645444_151646563
seq2: B6Ng01-329J21.b_46_1179

seq1  GAATTCACATGTTTTCAGTTTCTAGAGAAGACAGACTACGAATAGCTCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACATGTTTTCAGTTTCTAGAGAAGACAGACTACGAATAGCTCAG  50

seq1  CCATTCGTGTTCAGGTTTTTGACAACAGATTATTCTCAGGTGTTCACATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCGTGTTCAGGTTTTTGACAACAGATTATTCTCAGGTGTTCACATG  100

seq1  AGCCAAGGGCTAACCTCTCCTCAATGTACAGGGCCTAAGGGGTCAAACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAGGGCTAACCTCTCCTCAATGTACAGGGCCTAAGGGGTCAAACAA  150

seq1  GATGGAACACCCTGGCTAATGTCACCCACTGCTAGAGAGCCAGCTGGTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAACACCCTGGCTAATGTCACCCACTGCTAGAGAGCCAGCTGGTCA  200

seq1  ATAGCTGAGGTAAACTGAAGTTTTTAGGAGCAGTCTGGTCCTGAGCGTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTGAGGTAAACTGAAGTTTTTAGGAGCAGTCTGGTCCTGAGCGTAG  250

seq1  TCAGCCACAGAAGGTGGCAGTACACAGGTACAGCACAGGGTACCCAGCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCACAGAAGGTGGCAGTACACAGGTACAGCACAGGGTACCCAGCAC  300

seq1  AGAAGACCAGTCAGGCACAAAGTGAGGGTAGTGAGTTCTAGGGCAAGCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGACCAGTCAGGCACAAAGTGAGGGTAGTGAGTTCTAGGGCAAGCTC  350

seq1  AGAAGGGCATGTCTCCCCAGAATGGCAGCACAGGGTAGCAATGAGAACTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGGCATGTCTCCCCAGAATGGCAGCACAGGGTAGCAATGAGAACTC  400

seq1  ATCGAAGGAAACAGAGGTCAAGACAGGTGAGCACAAAGAAATTTCAGTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGAAGGAAACAGAGGTCAAGACAGGTGAGCACAAAGAAATTTCAGTCT  450

seq1  TAGAGAGTGGTGTTAGGTATGGCCTTGTTGGAGGAAGTGTGTCACAGTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAGTGGTGTTAGGTATGGCCTTGTTGGAGGAAGTGTGTCACAGTGG  500

seq1  GTGGGCTTTAGGGTTTCAAATTCTCAAGCCAGGCCCAGTATCACTCTCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGCTTTAGGGTTTCAAATTCTCAAGCCAGGCCCAGTATCACTCTCTC  550

seq1  TGTCTGCAGATCAAAATGGAGAACTCCCAGCTAATCTTCAGGACCATGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGCAGATCAAAATGGAGAACTCCCAGCTAATCTTCAGGACCATGTC  600

seq1  TGTCTGTGTGTGCTCATGTTCCCTGACATGACGATTAATGGACTAAACCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTGTGTGCTCATGTTCCCTGACATGACGATTAATGGACTAAACCT  650

seq1  CTGAAACTGTAAGCTAGCCCTAATTAAATGCTTTCCTGCATAAGAGTTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAACTGTAAGCTAGCCCTAATTAAATGCTTTCCTGCATAAGAGTTGC  700

seq1  CATGGTCATGGTGTCTCTTCACAGCCTATAGTCAGGGTGCCCGCAGGCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTCATGGTGTCTCTTCACAGCCTATAGTCAGGGTGCCCGCAGGCTA  750

seq1  ATGAGTCCACTCCTCTAATGGACAGTGGTGTCTCCTTGAGACACGGTCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTCCACTCCTCTAATGGACAGTGGTGTCTCCTTGAGACACGGTCAT  800

seq1  GGCCTTCTGTGCCTAGCATAGCTGAATACAATCCATGTGTGAGGGAGTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTCTGTGCCTAGCATAGCTGAATACAATCCATGTGTGAGGGAGTCA  850

seq1  CCCATCAGACAGGCAGCAGCTGAGCCTCTCTTCCATGTCTACCCAGCAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCAGACAGGCAGCAGCTGAGCCTCTCTTCCATGTCTACCCAGCAGC  900

seq1  ATCACTGTCTACTCATCAGAACCACC-CCATACGGCTCACTCAGGACTAC  949
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTGTCTACTCATCAGAACCACCTCCATACGGCTCACTCAGGACTAC  950

seq1  ACTGTTACAGCATCAACAGAGCGCAAAGGCCTGCTCTGCAGGAGACACAC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTACAGCATCAACAGAGCGCAAAGGCCTGCTCTGCAGGAGACACAC  1000

seq1  TCACATACTGCAACTTTC-TCTCTGG--AAAAACCAGCCAGCCTAG-AGT  1045
      ||||||||||||  |||| |||||||  |||||||||||||||||| |||
seq2  TCACATACTGCACTTTTCTTCTCTGGGAAAAAACCAGCCAGCCTAGAAGT  1050

seq1  GAGCGCCAGAGCAGGCT-CCACT---CCCTCATCTTGGGGC-AAGAAGAT  1090
      ||||||||||||||  | |||||   || |||||||||||| ||||||||
seq2  GAGCGCCAGAGCAGCTTCCCACTTCCCCTTCATCTTGGGGCAAAGAAGAT  1100

seq1  G-CAAAACAC-TACCA-GACTG-ATGGTTTATGC  1120
      | |||||||| ||||| ||||| |||||| ||||
seq2  GCCAAAACACTTACCAGGACTGAATGGTTAATGC  1134

seq1: chr7_151777686_151778832
seq2: B6Ng01-329J21.g_64_1207 (reverse)

seq1  AGAACAGTTGGTGCTCTTAACTGC--TGA-GCTA-CCTCTTTATACG-AG  45
      ||||||||  || ||| |||||||  ||| |||| |||||||||||| ||
seq2  AGAACAGT--GTTCTC-TAACTGCTTTGAGGCTACCCTCTTTATACGAAG  47

seq1  GTGTTTTCTTGAC-AGATAACTGAAATGTGAAAGGGCCTAGCCCACTGTG  94
      |||||||| |||| ||||||||||||  || |||||||||  ||||| ||
seq2  GTGTTTTCCTGACAAGATAACTGAAA--TGGAAGGGCCTAAGCCACT-TG  94

seq1  GAAGGAGCCATCCCTGGGCAGGTAGTCCCTATAGAAGAAACAAGCCTAGC  144
        | ||| ||| ||||||||||||   ||||||| ||||||||| |||||
seq2  TGAAGAG-CAT-CCTGGGCAGGTAAGTCCTATAG-AGAAACAAG-CTAGC  140

seq1  AAAACATAGGGAGCAAG-CCAGTAAGCAGCACCCTCCATGGCCTCTGCAT  193
       |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  -AAACATAGGGAGCAAGCCCAGTTAGCAGCACCCTCCATGGCCTCTGCAT  189

seq1  CAACTCCTCCT-CCAGTTTCTGTCTTGACTCCCCACAGAGATGATGTCAC  242
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCCTCCTCCCAGTTTCTGTCTTGACTCCCCACAGAGATGATGTCAC  239

seq1  AAAGTCTTCCCCCCGGTGGTTTTGGTCATGGTATGAATCACAGTAACAGA  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCTTCCCCCCGGTGGTTTTGGTCATGGTATGAATCACAGTAACAGA  289

seq1  GAAGGAACTAAGGCATTACCCCAATCCTAGCCTTATGTCTTCTGCACCCA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAACTAAGGCATTACCCCAATCCTAGCCTTATGTCTTCTGCACCCA  339

seq1  CTTCAGTGAAAGGTGAATGGAGAAGTGCCTGCCCAGCAAGGGCGTGTAAG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGTGAAAGGTGAATGGAGAAGTGCCTGCCCAGCAAGGGCGTGTAAG  389

seq1  GAGCTTAGCAGTGAGGACCTGGTCTTGGAGTTTCCCAGCTCTGGCATAGA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTAGCAGTGAGGACCTGGTCTTGGAGTTTCCCAGCTCTGGCATAGA  439

seq1  TTTCCCTGATGCCAGAGGGATGTGCAGGGATATGGCCCGGGCAGCACACA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCTGATGCCAGAGGGATGTGCAGGGATATGGCCCGGGCAGCACACA  489

seq1  TGGGCCTCAGTAATTCTTCTCTGGCCATTCAATCAGTGTGTGTGTGTGTG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCTCAGTAATTCTTCTCTGGCCATTCAATCAGTGTGTGTGTGTGTG  539

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCATATATCTGGAGTCAGCCCATAG  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCATATATCTGGAGTCAGCCCATAG  589

seq1  TAGGTGCTGCTAGCCAGGGTCTGGAGTTATCTGAGAGCTGCTACCTCCAG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGCTGCTAGCCAGGGTCTGGAGTTATCTGAGAGCTGCTACCTCCAG  639

seq1  TCTGAACTTGCCCTGGCCTGGCACAGAAACCCAGAGGGAGACGAGCAGGC  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAACTTGCCCTGGCCTGGCACAGAAACCCAGAGGGAGACGAGCAGGC  689

seq1  ACAGAGACTGGCTTCTCCTTCCTGCAAGCCTGCTCAATGAATCTTACGGC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGACTGGCTTCTCCTTCCTGCAAGCCTGCTCAATGAATCTTACGGC  739

seq1  TCTTACCAGGTGACCCTTTCTTTGCCTGTTCTATGACTACTCAGGTTCAG  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACCAGGTGACCCTTTCTTTGCCTGTTCTATGACTACTCAGGTTCAG  789

seq1  GTGGGTCAGCGTCCTTCTCAGAGTCCCTGACGATATCTCCTGCCACTGTC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTCAGCGTCCTTCTCAGAGTCCCTGACGATATCTCCTGCCACTGTC  839

seq1  AGCTCCCCCTCCCCTGTCAGTACTTCCCAAGTGCTGTCCTTCTTTAGAAT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCCCCTCCCCTGTCAGTACTTCCCAAGTGCTGTCCTTCTTTAGAAT  889

seq1  TAGACAGACATCCCCAACACACACATACCTGGAAGACAATGACAAATGCC  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACAGACATCCCCAACACACACATACCTGGAAGACAATGACAAATGCC  939

seq1  AGTCGGGCGGCCAGGACAGCCCAGAAGTCTTTGGAGATGTCATACTTGTG  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCGGGCGGCCAGGACAGCCCAGAAGTCTTTGGAGATGTCATACTTGTG  989

seq1  TTCTGACCATGGGGGTTCCCGGTAATCTTTATACCTGCAAAGGGTACGAG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGACCATGGGGGTTCCCGGTAATCTTTATACCTGCAAAGGGTACGAG  1039

seq1  GAGTCATGGTAGGTCAAGTGGATCTTGGGCTCTCGAGAGGAGCTTCAGGA  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCATGGTAGGTCAAGTGGATCTTGGGCTCTCGAGAGGAGCTTCAGGA  1089

seq1  CTGAGACGGCTCTGTGGCTGGCTGCAGTGGTGGACTGCTCTCTGCCTAGG  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGACGGCTCTGTGGCTGGCTGCAGTGGTGGACTGCTCTCTGCCTAGG  1139

seq1  AATTC  1147
      |||||
seq2  AATTC  1144