BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-329K12
Chromosome7 (Build37)
Map Location 145,939,574 - 146,093,741
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMapk1ip1, Ppp2r2d, Bnip3
Upstream geneLOC435235, Tcerg1l, LOC100043290
Downstream geneEG668784, LOC669185, 6330417G02Rik, Dpysl4, Stk32c, LOC100038956, Lrrc27, Pwwp2, Inpp5a, Nkx6-2, E030019B06Rik, 9330101J02Rik, LOC100043472, EG434253, EG664869, Gpr123, LOC244229, Kndc1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-329K12.bB6Ng01-329K12.g
ACCGA116557GA116558
length1,1571,121
definitionB6Ng01-329K12.b B6Ng01-329K12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(146,092,578 - 146,093,741)(145,939,574 - 145,940,697)
sequence
gaattctaggatttcagggatgccccatcattcctggcttttcaaagtgg
gtgttgttggttttagggaggtcacacatagcacagggcgctctcaggct
cccttgaactgtagctggagatggccctgaactcttcccccttggttttt
ggagacagggtttctctgtgtagccctggctgtcctggatatactctgta
gaccaggctggcctagaattcagaaatccacctgcctctgcctccacgag
tgctgggattaaaggcgtgcactaccacacccaaatggtcctgaactctt
aagaactcccacctctactggattataggtgtgcaccaccatgcacagct
cctttttccttttctggatctgtgtgcggggtagtttatagacaagagtc
tcaatgtagcccaagctggccttgaacttgaagcaatctttttgcctttt
tcttccctcccctttggtactggagatcagaactaggtagggcctcttac
aagctctacttctgagctctgtccccaactcccagtgacttgatcaggag
tggttccctttcttcattagttgcatcatcaaatagtagcacattacctg
ggacacagaacaactcagtcattattactgtatttagtaaagttatagtg
gccacaagatttgtttcttcagcttctccagcacatacatttttttccag
tcatttgtggttgtcttctccctctttctgttctgtgtaataccagttat
ttcatttctttgttagggattctctttgtagtcctggctgcccttcaatt
tgatgtgtagaacaggttagctcaaaaggattttctacaggcaaatgggc
ccgtgagtcaaaatagaaaagtaatcttgggcccagaatgaggcccatac
acactcttactctggcaaagaaagcaccaggggccattgagatgggaggg
gccattgagatgggaagggccattgagatggagggcttgctgccaagcct
ggcaacctgagttcattccccaggacccatgatggaaagagagactcact
attacagtttagcacaaatctgaactcagcttgttagttcctcctgcctc
agcctcttaaatacctggatttacgggttgtactaacatgccgttgaaaa
ctacaca
gaattccaggagagagaggtcctggctctttggaaagctgagagcttcag
gagtcagggattgtatcacagcttggaggaccaaggttccagttccttgg
ccagcatgaggactgggataataaggaagacttaagacaacataaggtat
taaagaacccaacaaggactcttcctgggtgacagctacctagtattcta
ggctgcactgtcacaaggcccctgagcagagcaaagcaatgaccctttgc
tagctggccacatctttctcgccagggtctgcagctgaagggatagaacc
cacccacctcacccagaatctcactctggcctatagcacaagaccactga
cctcccagagttgcttcctatagctccaagaccagtgaagatcttgttca
gtggacggcatgtgacagtggagttgctgaaacagtggaggtcctgtgac
agtggaggtcctgcaacagtggaagtcccagggtaactggtgctctgccc
gggtcattgactggcccagagcaaaattcaacaaagagagcatatgccca
acctaaaaactttctggaggtgacacctcagtgattttcctcaggacaaa
cctagtttagaattgctgttgaggtatcttcattcagccacttggattgt
tacaaggcaaaatagaaaggaactcgcagcagggtttgcaggaggctaaa
aatagccagagcacccaccagcacaagcttccaggcagcagctgcagagt
gccatggataacctcacctgtttttacttattgacttgtctctaagacca
tcatggacagccagccagcaacatctgcccttagcgagcagagaggactg
tcctaaaacccaggaggtaatgaaagcagaccagctcctcttctctgcct
ctaatctgcagatggcctgggtgtatgagctggagtcttcctacctgacc
ccagtactcaagcctgtcttctctcgtgtcccaggagggtgacacatgcc
atgaggtcctctagcagaagtctttgggctccaaggtgctgcaacaagcg
agcttccctgactgggggatcctagcaccttggttgtgcagcaagatggg
accctcacttggaggattctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_146092578_146093741
seq2: B6Ng01-329K12.b_44_1200 (reverse)

seq1  TGTGTAGTTTTCAACAGGGCATGGTAGTACACACCCGTAATCCCAGTTAT  50
      |||||||||||||||  |||||| ||||||| ||||||||  |||| |||
seq2  TGTGTAGTTTTCAAC--GGCATGTTAGTACA-ACCCGTAAATCCAGGTAT  47

seq1  TTAGGAGGCTGAGGCAGGAGG-ACTACCAAGCTGGAGGTCAG-TTTGTGC  98
      ||| ||||||||||||||||| |||| |||||| ||| |||| |||||||
seq2  TTAAGAGGCTGAGGCAGGAGGAACTAACAAGCT-GAGTTCAGATTTGTGC  96

seq1  TAACTTGTAATAGTTGAGTTCTCTCTTTCCATCATTGGGTCCTGGGGATT  148
      |||  |||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |
seq2  TAAACTGTAATAG-TGAG-TCTCTCTTTCCATCA-TGGGTCCTGGGGAAT  143

seq1  GAACTCAGGTTGCCAGGCTTGGCAGCAAGCCCCTCCCATCTCAATGGCCC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||
seq2  GAACTCAGGTTGCCAGGCTTGGCAGCAAGCCC--TCCATCTCAATGGCCC  191

seq1  TTCCCATCTCAATGGCCCCTCCCATCTCAATGGCCCCTGGTGCTTTCTTT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCATCTCAATGGCCCCTCCCATCTCAATGGCCCCTGGTGCTTTCTTT  241

seq1  GCCAGAGTAAGAGTGTGTATGGGCCTCATTCTGGGCCCAAGATTACTTTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGAGTAAGAGTGTGTATGGGCCTCATTCTGGGCCCAAGATTACTTTT  291

seq1  CTATTTTGACTCACGGGCCCATTTGCCTGTAGAAAATCCTTTTGAGCTAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTTGACTCACGGGCCCATTTGCCTGTAGAAAATCCTTTTGAGCTAA  341

seq1  CCTGTTCTACACATCAAATTGAAGGGCAGCCAGGACTACAAAGAGAATCC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTCTACACATCAAATTGAAGGGCAGCCAGGACTACAAAGAGAATCC  391

seq1  CTAACAAAGAAATGAAATAACTGGTATTACACAGAACAGAAAGAGGGAGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACAAAGAAATGAAATAACTGGTATTACACAGAACAGAAAGAGGGAGA  441

seq1  AGACAACCACAAATGACTGGAAAAAAATGTATGTGCTGGAGAAGCTGAAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAACCACAAATGACTGGAAAAAAATGTATGTGCTGGAGAAGCTGAAG  491

seq1  AAACAAATCTTGTGGCCACTATAACTTTACTAAATACAGTAATAATGACT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAATCTTGTGGCCACTATAACTTTACTAAATACAGTAATAATGACT  541

seq1  GAGTTGTTCTGTGTCCCAGGTAATGTGCTACTATTTGATGATGCAACTAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGTTCTGTGTCCCAGGTAATGTGCTACTATTTGATGATGCAACTAA  591

seq1  TGAAGAAAGGGAACCACTCCTGATCAAGTCACTGGGAGTTGGGGACAGAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAAAGGGAACCACTCCTGATCAAGTCACTGGGAGTTGGGGACAGAG  641

seq1  CTCAGAAGTAGAGCTTGTAAGAGGCCCTACCTAGTTCTGATCTCCAGTAC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAAGTAGAGCTTGTAAGAGGCCCTACCTAGTTCTGATCTCCAGTAC  691

seq1  CAAAGGGGAGGGAAGAAAAAGGCAAAAAGATTGCTTCAAGTTCAAGGCCA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGGGAGGGAAGAAAAAGGCAAAAAGATTGCTTCAAGTTCAAGGCCA  741

seq1  GCTTGGGCTACATTGAGACTCTTGTCTATAAACTACCCCGCACACAGATC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGGCTACATTGAGACTCTTGTCTATAAACTACCCCGCACACAGATC  791

seq1  CAGAAAAGGAAAAAGGAGCTGTGCATGGTGGTGCACACCTATAATCCAGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAAGGAAAAAGGAGCTGTGCATGGTGGTGCACACCTATAATCCAGT  841

seq1  AGAGGTGGGAGTTCTTAAGAGTTCAGGACCATTTGGGTGTGGTAGTGCAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTGGGAGTTCTTAAGAGTTCAGGACCATTTGGGTGTGGTAGTGCAC  891

seq1  GCCTTTAATCCCAGCACTCGTGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAATT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTAATCCCAGCACTCGTGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAATT  941

seq1  CTAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTATATCCAGGACAGCCAGGGCTACACA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTATATCCAGGACAGCCAGGGCTACACA  991

seq1  GAGAAACCCTGTCTCCAAAAACCAAGGGGGAAGAGTTCAGGGCCATCTCC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAACCCTGTCTCCAAAAACCAAGGGGGAAGAGTTCAGGGCCATCTCC  1041

seq1  AGCTACAGTTCAAGGGAGCCTGAGAGCGCCCTGTGCTATGTGTGACCTCC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACAGTTCAAGGGAGCCTGAGAGCGCCCTGTGCTATGTGTGACCTCC  1091

seq1  CTAAAACCAACAACACCCACTTTGAAAAGCCAGGAATGATGGGGCATCCC  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAACCAACAACACCCACTTTGAAAAGCCAGGAATGATGGGGCATCCC  1141

seq1  TGAAATCCTAGAATTC  1164
      ||||||||||||||||
seq2  TGAAATCCTAGAATTC  1157

seq1: chr7_145939574_145940697
seq2: B6Ng01-329K12.g_67_1187

seq1  GAATTCCAGGAGAGAGAGGTCCTGGCTCTTTGGAAAGCTGAGAGCTTCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGAGAGAGAGGTCCTGGCTCTTTGGAAAGCTGAGAGCTTCAG  50

seq1  GAGTCAGGGATTGTATCACAGCTTGGAGGACCAAGGTTCCAGTTCCTTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCAGGGATTGTATCACAGCTTGGAGGACCAAGGTTCCAGTTCCTTGG  100

seq1  CCAGCATGAGGACTGGGATAATAAGGAAGACTTAAGACAACATAAGGTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCATGAGGACTGGGATAATAAGGAAGACTTAAGACAACATAAGGTAT  150

seq1  TAAAGAACCCAACAAGGACTCTTCCTGGGTGACAGCTACCTAGTATTCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAACCCAACAAGGACTCTTCCTGGGTGACAGCTACCTAGTATTCTA  200

seq1  GGCTGCACTGTCACAAGGCCCCTGAGCAGAGCAAAGCAATGACCCTTTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCACTGTCACAAGGCCCCTGAGCAGAGCAAAGCAATGACCCTTTGC  250

seq1  TAGCTGGCCACATCTTTCTCGCCAGGGTCTGCAGCTGAAGGGATAGAACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGGCCACATCTTTCTCGCCAGGGTCTGCAGCTGAAGGGATAGAACC  300

seq1  CACCCACCTCACCCAGAATCTCACTCTGGCCTATAGCACAAGACCACTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCACCTCACCCAGAATCTCACTCTGGCCTATAGCACAAGACCACTGA  350

seq1  CCTCCCAGAGTTGCTTCCTATAGCTCCAAGACCAGTGAAGATCTTGTTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCAGAGTTGCTTCCTATAGCTCCAAGACCAGTGAAGATCTTGTTCA  400

seq1  GTGGACGGCATGTGACAGTGGAGTTGCTGAAACAGTGGAGGTCCTGTGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGACGGCATGTGACAGTGGAGTTGCTGAAACAGTGGAGGTCCTGTGAC  450

seq1  AGTGGAGGTCCTGCAACAGTGGAAGTCCCAGGGTAACTGGTGCTCTGCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAGGTCCTGCAACAGTGGAAGTCCCAGGGTAACTGGTGCTCTGCCC  500

seq1  GGGTCATTGACTGGCCCAGAGCAAAATTCAACAAAGAGAGCATATGCCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCATTGACTGGCCCAGAGCAAAATTCAACAAAGAGAGCATATGCCCA  550

seq1  ACCTAAAAACTTTCTGGAGGTGACACCTCAGTGATTTTCCTCAGGACAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAAAAACTTTCTGGAGGTGACACCTCAGTGATTTTCCTCAGGACAAA  600

seq1  CCTAGTTTAGAATTGCTGTTGAGGTATCTTCATTCAGCCACTTGGATTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTTTAGAATTGCTGTTGAGGTATCTTCATTCAGCCACTTGGATTGT  650

seq1  TACAAGGCAAAATAGAAAGGAACTCGCAGCAGGGTTTGCAGGAGGCTAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGGCAAAATAGAAAGGAACTCGCAGCAGGGTTTGCAGGAGGCTAAA  700

seq1  AATAGCCAGAGCACCCACCAGCACAAGCTTCCAGGCAGCAGCTGCAGAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCCAGAGCACCCACCAGCACAAGCTTCCAGGCAGCAGCTGCAGAGT  750

seq1  GCCATGGATAACCTCACCTGTTTTTACTTATTGACTTGTCTCTAAGACCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGGATAACCTCACCTGTTTTTACTTATTGACTTGTCTCTAAGACCA  800

seq1  TCATGGACAGCCAGCCAGCAACATCTGCCCTTAGCGAGCAGAGAGGACTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGACAGCCAGCCAGCAACATCTGCCCTTAGCGAGCAGAGAGGACTG  850

seq1  TCCTAAAACCCAGGAGGTAATGAAAGCAGACCAGCTCCTCTTCTCTGCCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAAACCCAGGAGGTAATGAAAGCAGACCAGCTCCTCTTCTCTGCCT  900

seq1  CTAATCTGCAGATGGCCTGGGTGTATGAGCTGGAGTCTTCCTACCTGAAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTAATCTGCAGATGGCCTGGGTGTATGAGCTGGAGTCTTCCTACCTG-AC  949

seq1  CCCAGTACTC-AGCCTGTCTTCTCTCGTGTCCCAAGAGGGTGACACATGG  999
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
seq2  CCCAGTACTCAAGCCTGTCTTCTCTCGTGTCCCAGGAGGGTGACACAT-G  998

seq1  CCATGAGGGTCCTCAGGCAGGAAGTCTTTGGGCTCCAGGGTGCTGCAACA  1049
      |||||| |||||||  ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CCATGA-GGTCCTCTAGCA-GAAGTCTTTGGGCTCCAAGGTGCTGCAACA  1046

seq1  AGCGAGCTTCCCTGACTGGGGATCCCTAAGCACCT--GGTGTGCAGGCAG  1097
      |||||||||||||||||||||   ||| |||||||  | |||||||  ||
seq2  AGCGAGCTTCCCTGACTGGGGGATCCT-AGCACCTTGGTTGTGCAGCAAG  1095

seq1  GAATGGGA-CCTCACTT-GAGGATGTCTG  1124
        |||||| |||||||| |||||| ||||
seq2  --ATGGGACCCTCACTTGGAGGAT-TCTG  1121