BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-329P06
Chromosome7 (Build37)
Map Location 79,699,116 - 79,858,920
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042880, LOC233391, LOC665570
Upstream geneLOC665535, Mctp2, LOC100042873
Downstream geneLOC100042029, EG384643, LOC625243, 4930429H19Rik, LOC665588, Rgma, Chd2, 1810026B05Rik, EG665610, LOC244061
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-329P06.bB6Ng01-329P06.g
ACCGA116768GA116769
length1,1451,128
definitionB6Ng01-329P06.b B6Ng01-329P06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(79,699,116 - 79,700,264)(79,857,795 - 79,858,920)
sequence
gaattccaggcaatacatataagtattcttaaagggttgttttatgttta
ttattttattttgaaagaagtctgcaataaattttgcaactattttctcc
atttttactcagtgttaaatgtagaggacctggaagaacttgtaataact
ctccacaaatattcttgctaattttcaatgctaagttttaatgataatgt
ttaatgctaattgtccacatttcactatatctagagtatcttgtgagttc
ccataaatgaactagtggtgactaagaacatgtacgggacttgccagagg
accctgcaataagtgtgtgtactggctagttttgtgtcaacttgacacac
ctggagttatcacagagaaaggagcttcagttgaggaaatgcctccatga
gatacaactgtaaggcattttctcaattagtgatcaagggggaaaggccc
cttgtgggtggtgccatccctgggctggtagttttggttctataagagag
caggctgagcaagccaggggaagcaagccaataaggaacatccctccatg
gcctctgcatcagctcctgctccctgacctgcatgagttccagtcctgac
ttcctttggtgatgaacagcagtatggaagtgtaagccgaataaatcctt
tcctccccaacttgtttcttggtcatgatgtttgtgcaggaatagaaacc
ctgactaagacagtgtggaactgagactggacctctggtctgtctccaga
atcctttaatagttagttaagctctaaatgttttggactagtcattctaa
cagaaaaattttaagcaagtatacccaacctgtatctttcttgacttaaa
tcataaacacgtatgtttataatcacatagcatgagtagtgtaaaatata
taatagaatgcttaccctaatcactagtaaaaatcttacagagtgctgag
gtctacaactctaggcaaaggtcagcagcagtgcacattgcctgcgtatc
cagtgtgctgtctactatgtgtgcaatgtgatctgccatttgcaagaaaa
aaaaagttgttagttcttccatgtttgtagatccattctttgcattagag
ccttacttactgttcgacacacctctgaggctggaactgaatttt

gaattccaggatcccaaggctaattttcagaaggaaaaccaagagacaag
gatagggtagactggcatgaagtctgggagttggagttcagatactctgc
ctataagtttagctgggctcctggggtccaactttatgacatgggatgag
tccaggcttcagtatttttatagctaaaaataaggactcaggcagtaact
gcagtgccaagtaaataataaaatgtagtgagagaacatttaatgttggc
tgatactaaattaaacactttatgacatatctatttaattttcataacaa
tcccagcaagtctgtttaagtgagagaagaagaaaaacaaagttctctgc
tcctccccgttttagagacagccacatcttcttgtgcagtgccagcctca
tcccatagacaaaatggtgaaggccagtgtgagcagaattggccgtattg
gacgcctgcttaccagggctgccatctgctctccacttgacaaagtggag
attgttgccatcaaaaatcccttcattgaccttaactacatggtctacat
gttccaggatgactccacccacggcaaattcaacggcacagtcaaggctg
agaatgggaagcttgtcatcaacgggaaacccatcaccatcttccaggag
cgagatcctgctaacatcaaatggggtgaggccggtgctgagtatgtcat
ggagcctactagtgtcttcaccaccatggagaaggctggggcccacttga
agggtgaagccaaaagggtcatcatctccacctttctgctgatacctcca
tgtctgtgatgtgaaatatgacaactcgttcaagattgtcagtaatgcat
tctgcaccagctgcttatccacaatggcccaaagtcatccatgacaactc
tggcatcatggaaagggctcatgaccatggtccatggcattactgcaact
cagaagactgtggatgggcctctctggaaagctgtggtgtgatgtccgtg
gggctgctcagaatatcatctctgcatccactggtgcttgttgagctggt
gggcaaggtcatagagctggatcagagctcaacttgcatgtctcaatgct
acttacccctaatgtgactgtttggatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_79699116_79700264
seq2: B6Ng01-329P06.b_44_1188

seq1  GAATTCCAGGCAATACATATAAGTATTCTTAAAGGGTTGTTTTATGTTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGCAATACATATAAGTATTCTTAAAGGGTTGTTTTATGTTTA  50

seq1  TTATTTTATTTTGAAAGAAGTCTGCAATAAATTTTGCAACTATTTTCTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTATTTTGAAAGAAGTCTGCAATAAATTTTGCAACTATTTTCTCC  100

seq1  ATTTTTACTCAGTGTTAAATGTAGAGGACCTGGAAGAACTTGTAATAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTACTCAGTGTTAAATGTAGAGGACCTGGAAGAACTTGTAATAACT  150

seq1  CTCCACAAATATTCTTGCTAATTTTCAATGCTAAGTTTTAATGATAATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACAAATATTCTTGCTAATTTTCAATGCTAAGTTTTAATGATAATGT  200

seq1  TTAATGCTAATTGTCCACATTTCACTATATCTAGAGTATCTTGTGAGTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGCTAATTGTCCACATTTCACTATATCTAGAGTATCTTGTGAGTTC  250

seq1  CCATAAATGAACTAGTGGTGACTAAGAACATGTACGGGACTTGCCAGAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAAATGAACTAGTGGTGACTAAGAACATGTACGGGACTTGCCAGAGG  300

seq1  ACCCTGCAATAAGTGTGTGTACTGGCTAGTTTTGTGTCAACTTGACACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGCAATAAGTGTGTGTACTGGCTAGTTTTGTGTCAACTTGACACAC  350

seq1  CTGGAGTTATCACAGAGAAAGGAGCTTCAGTTGAGGAAATGCCTCCATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGTTATCACAGAGAAAGGAGCTTCAGTTGAGGAAATGCCTCCATGA  400

seq1  GATACAACTGTAAGGCATTTTCTCAATTAGTGATCAAGGGGGAAAGGCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACAACTGTAAGGCATTTTCTCAATTAGTGATCAAGGGGGAAAGGCCC  450

seq1  CTTGTGGGTGGTGCCATCCCTGGGCTGGTAGTTTTGGTTCTATAAGAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGGGTGGTGCCATCCCTGGGCTGGTAGTTTTGGTTCTATAAGAGAG  500

seq1  CAGGCTGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAGCCAATAAGGAACATCCCTCCATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAGCCAATAAGGAACATCCCTCCATG  550

seq1  GCCTCTGCATCAGCTCCTGCTCCCTGACCTGCATGAGTTCCAGTCCTGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTGCATCAGCTCCTGCTCCCTGACCTGCATGAGTTCCAGTCCTGAC  600

seq1  TTCCTTTGGTGATGAACAGCAGTATGGAAGTGTAAGCCGAATAAATCCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTGGTGATGAACAGCAGTATGGAAGTGTAAGCCGAATAAATCCTT  650

seq1  TCCTCCCCAACTTGTTTCTTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATAGAAACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCCCAACTTGTTTCTTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATAGAAACC  700

seq1  CTGACTAAGACAGTGTGGAACTGAGACTGGACCTCTGGTCTGTCTCCAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTAAGACAGTGTGGAACTGAGACTGGACCTCTGGTCTGTCTCCAGA  750

seq1  ATCCTTTAATAGTTAGTTAAGCTCTAAATGTTTTGGACTAGTCATTCTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTTAATAGTTAGTTAAGCTCTAAATGTTTTGGACTAGTCATTCTAA  800

seq1  CAGAAAAATTTTAAGCAAGTATACCCAACCTGTATCTTTCTTGACTTAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAAATTTTAAGCAAGTATACCCAACCTGTATCTTTCTTGACTTAAA  850

seq1  TCATAAACACGTATGTTTATAATCACATAGCATGAGTAGTGTAAAATATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAAACACGTATGTTTATAATCACATAGCATGAGTAGTGTAAAATATA  900

seq1  TAATAGAATGCTTACCCTAATCACTAGTAAAAATCTTACAGAGTGCTGAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGAATGCTTACCCTAATCACTAGTAAAAATCTTACAGAGTGCTGAG  950

seq1  GTCTACAACTCTAGGC-AAGGTCAGCAGCAGTGCACATTGCCTGCGTATC  999
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTACAACTCTAGGCAAAGGTCAGCAGCAGTGCACATTGCCTGCGTATC  1000

seq1  CAGTGTGCTGTCCTACTATGTGTGCAATGTGATCTGCCATTTGCAAAGAA  1049
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CAGTGTGCTGT-CTACTATGTGTGCAATGTGATCTGCCATTTGC-AAGAA  1048

seq1  AAAAAAAGTTG-TAGTTC-TCCATG-TTGTAGGATCCCATTCTTTGCCAA  1096
      ||||||||||| |||||| |||||| ||||| ||| |||||||||||  |
seq2  AAAAAAAGTTGTTAGTTCTTCCATGTTTGTA-GAT-CCATTCTTTGC--A  1094

seq1  TTAGAGCCCTTACTTTAACTG-TCGACACA-CTCTGAGGCTGAGACTTGA  1144
      |||||| ||||||||  |||| |||||||| ||||||||||| ||  |||
seq2  TTAGAG-CCTTACTT--ACTGTTCGACACACCTCTGAGGCTG-GAACTGA  1140

seq1  ATTTT  1149
      |||||
seq2  ATTTT  1145


seq1: chr7_79857795_79858920
seq2: B6Ng01-329P06.g_68_1195 (reverse)

seq1  GATCCACAACAGTCACATTGGGGGT-AGTAGCATGGAAGGCCATGCCAG-  48
      |||||| |||||||||||| ||||| |||||||| ||  | ||||| || 
seq2  GATCCA-AACAGTCACATTAGGGGTAAGTAGCATTGA--GACATGCAAGT  47

seq1  TGAGCTTCTGATTCAGCTCTATGACCTTGCCCACAGCCTTCAC-AGCACC  97
      ||||| |||||| |||||||||||||||||||||   ||  || ||||||
seq2  TGAGC-TCTGATCCAGCTCTATGACCTTGCCCACCAGCTCAACAAGCACC  96

seq1  AGTGGATGCAGAGATGATATTCTGAGCAGCCCCACGGACATCACACCACA  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGATGCAGAGATGATATTCTGAGCAGCCCCACGGACATCACACCACA  146

seq1  GCTTTCCAGAGAGG-CCATCCACAGTCTTCTGAGTGGCAGTAATGCCATG  196
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GCTTTCCAGAGAGGCCCATCCACAGTCTTCTGAGTTGCAGTAATGCCATG  196

seq1  GACCATGGTCATGAGCCC-TTCCATGATGCCAGAGTTGTCATGGATGACT  245
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATGGTCATGAGCCCTTTCCATGATGCCAGAGTTGTCATGGATGACT  246

seq1  TT-GGCCATTGTGGATAAGCAGCTGGTGCAGAATGCATTACTGACAATCT  294
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCCATTGTGGATAAGCAGCTGGTGCAGAATGCATTACTGACAATCT  296

seq1  TGAACGAGTTGTCATATTTCACATCACAGACATGGAGGTATCAGCAGAAA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACGAGTTGTCATATTTCACATCACAGACATGGAGGTATCAGCAGAAA  346

seq1  GGTGGAGATGATGACCCTTTTGGCTTCACCCTTCAAGTGGGCCCCAGCCT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGAGATGATGACCCTTTTGGCTTCACCCTTCAAGTGGGCCCCAGCCT  396

seq1  TCTCCATGGTGGTGAAGACACTAGTAGGCTCCATGACATACTCAGCACCG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCATGGTGGTGAAGACACTAGTAGGCTCCATGACATACTCAGCACCG  446

seq1  GCCTCACCCCATTTGATGTTAGCAGGATCTCGCTCCTGGAAGATGGTGAT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCACCCCATTTGATGTTAGCAGGATCTCGCTCCTGGAAGATGGTGAT  496

seq1  GGGTTTCCCGTTGATGACAAGCTTCCCATTCTCAGCCTTGACTGTGCCGT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTCCCGTTGATGACAAGCTTCCCATTCTCAGCCTTGACTGTGCCGT  546

seq1  TGAATTTGCCGTGGGTGGAGTCATCCTGGAACATGTAGACCATGTAGTTA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTTGCCGTGGGTGGAGTCATCCTGGAACATGTAGACCATGTAGTTA  596

seq1  AGGTCAATGAAGGGATTTTTGATGGCAACAATCTCCACTTTGTCAAGTGG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCAATGAAGGGATTTTTGATGGCAACAATCTCCACTTTGTCAAGTGG  646

seq1  AGAGCAGATGGCAGCCCTGGTAAGCAGGCGTCCAATACGGCCAATTCTGC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAGATGGCAGCCCTGGTAAGCAGGCGTCCAATACGGCCAATTCTGC  696

seq1  TCACACTGGCCTTCACCATTTTGTCTATGGGATGAGGCTGGCACTGCACA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACTGGCCTTCACCATTTTGTCTATGGGATGAGGCTGGCACTGCACA  746

seq1  AGAAGATGTGGCTGTCTCTAAAACGGGGAGGAGCAGAGAACTTTGTTTTT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGATGTGGCTGTCTCTAAAACGGGGAGGAGCAGAGAACTTTGTTTTT  796

seq1  CTTCTTCTCTCACTTAAACAGACTTGCTGGGATTGTTATGAAAATTAAAT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTCTCTCACTTAAACAGACTTGCTGGGATTGTTATGAAAATTAAAT  846

seq1  AGATATGTCATAAAGTGTTTAATTTAGTATCAGCCAACATTAAATGTTCT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATGTCATAAAGTGTTTAATTTAGTATCAGCCAACATTAAATGTTCT  896

seq1  CTCACTACATTTTATTATTTACTTGGCACTGCAGTTACTGCCTGAGTCCT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTACATTTTATTATTTACTTGGCACTGCAGTTACTGCCTGAGTCCT  946

seq1  TATTTTTAGCTATAAAAATACTGAAGCCTGGACTCATCCCATGTCATAAA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTAGCTATAAAAATACTGAAGCCTGGACTCATCCCATGTCATAAA  996

seq1  GTTGGACCCCAGGAGCCCAGCTAAACTTATAGGCAGAGTATCTGAACTCC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGACCCCAGGAGCCCAGCTAAACTTATAGGCAGAGTATCTGAACTCC  1046

seq1  AACTCCCAGACTTCATGCCAGTCTACCCTATCCTTGTCTCTTGGTTTTCC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCCAGACTTCATGCCAGTCTACCCTATCCTTGTCTCTTGGTTTTCC  1096

seq1  TTCTGAAAATTAGCCTTGGGATCCTGGAATTC  1126
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAAAATTAGCCTTGGGATCCTGGAATTC  1128


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |