BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-333A22
Chromosome7 (Build37)
Map Location 65,101,091 - 65,249,274
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG668807, LOC434189
Upstream geneGabrg3, Gabra5, Gabrb3
Downstream geneAtp10a, LOC621446, LOC668811, LOC668813
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-333A22.bB6Ng01-333A22.g
ACCGA118978GA118979
length1,0741,143
definitionB6Ng01-333A22.b B6Ng01-333A22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,248,200 - 65,249,274)(65,101,091 - 65,102,219)
sequence
gaattccttttgtcagggtagggccacgtgcaacaacattcctttttatc
ctcagacactttccactcactaacagtggtcaatgagcactgtgtgctcc
acagtgactctgatcatcagtatgtggagcaaagcaaatcagaccgtcac
tcaagcaactattactgttcttcctctgggaggtgtgctctgcatgtcct
ctcatatagttcagagagagtcatttagtctctgcacacaggccattctc
tctcttccccatagttggtattaccttagaaactaaggaactcactttct
gaggacaagtcatacaagcaggaagtaaacacacataatcttacttagtc
ctcctaattatcgtctgtggtattcctaccttcacactagaaaggaaaca
ggaccatgaaagctggtttgcttgcttttctcttttggtgctgatttgta
tctgagcatcaaccatactaggcaagcattctgccactgacttccacttc
tgcatctgaaagtgacatattttaggaagtataaatggatcagccactta
gatggacacgatctgtgtgactcaaaagccacaattccaagcagggtttg
gctagagcaataaccaatattaaacagtccaaagaacaactaaaattcgt
tttccattgttgagattagactgaaggcagtcaaacatttgtcttttttt
catttttgcttaaattaaggggttgatattagagagcaaaattacaaagt
gaaaaatccaagctgataaatcaacgggaaaacagatatttcagctgcct
ttatatatctagagtcaacattcagagagcctagattaatagagcaaaca
gagagatgattaccctggtaacaaaatctccattaagcctcgctggagga
gaaaatgaaaagtttgaacatctgtcgggttcaactagagttcatggagg
atagagagtctcccgtgttcttagctttcttaaaatcaaggttcccagaa
tcaaaatacaagcccccacctaggggagcagctgcccgtaaacccagtag
agcccaggagcaatatagacgatc

gaattccagttggtatttctccagaagcacacaacaagagcagcaagaaa
atatctactagtgaagctatatccactctggttgcactatggtttccact
cactctttaccagttaccttccctatctagcacttggatggtcccaaagc
atgagctaataatgagcatttggcttcagagagactctgttgtgagggta
ctgtgtttctgaggtggtagtgaattgatgaaaggatgaacactttgaaa
agttcttctgtgtagagggatgactgaaagaatgaggacaaattttgaaa
actcacttcctgcaccctgatgcagaacaaagtgtgaatggctagggagt
ggcctgttacagttggtcaccccctgttacagttaatgatcctttctagt
tggatgcttgagtctgttcttgttctataacaggaaaagaactcatgaga
tgccccccaccccgagctttaaacactggagttctggaaaagaggtggga
caaatgtccatttacaggactttatttaccacagtaaataaaaattgatg
tcctagatgcaatcttttctccatggaaaaaattaacaacaagaagagat
tgaacattccctgtgccccagcttcagaaggcaaaaagcaactgtacaaa
aaaagactccctcatggtgctggggacattcattctccccagtggttccc
actcctaagaacaatggtaatggagtctgcttctctagaaggttttgggg
tgtcttattgtttcttcattatatattagagagcaaccattatatcagac
cccagagcttaagtaaactgcttccaaaggtgaccccctttatttgtgtt
taaaaaaatttttttctactcttctaatatgtcattcttgaatctgttaa
aaaaaactctcaagtagcatttttgaaaaaaaattaaagggttttttttc
gtgtaaactaagccacgtgtgcctgggggccttcattatgcatacttaat
ttgtcctcatgaaattcttagagcaattatgggagaataagcattatagc
tttctttgtcaaataactgtagctgcttttgacaatgtgcagaggagttg
caaactggaaaagttgatctggatggattaatgtgttcatgag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_65248200_65249274
seq2: B6Ng01-333A22.b_49_1122 (reverse)

seq1  GATCGGTCTATATTGCTCCTGGGCTCTACTGGGTTTACGGGCAGCTGCTC  50
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATC-GTCTATATTGCTCCTGGGCTCTACTGGGTTTACGGGCAGCTGCTC  49

seq1  CCCTAGGTGGGGGCTTGTATTTTGATTCTGGGAACCTTGATTTTAAGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAGGTGGGGGCTTGTATTTTGATTCTGGGAACCTTGATTTTAAGAAA  99

seq1  GCTAAGAACACGGGAGACTCTCTATCCTCCATGAACTCTAGTTGAACCCG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGAACACGGGAGACTCTCTATCCTCCATGAACTCTAGTTGAACCCG  149

seq1  ACAGATGTTCAAACTTTTCATTTTCTCCTCCAGCGAGGCTTAATGGAGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATGTTCAAACTTTTCATTTTCTCCTCCAGCGAGGCTTAATGGAGAT  199

seq1  TTTGTTACCAGGGTAATCATCTCTCTGTTTGCTCTATTAATCTAGGCTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTACCAGGGTAATCATCTCTCTGTTTGCTCTATTAATCTAGGCTCT  249

seq1  CTGAATGTTGACTCTAGATATATAAAGGCAGCTGAAATATCTGTTTTCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATGTTGACTCTAGATATATAAAGGCAGCTGAAATATCTGTTTTCCC  299

seq1  GTTGATTTATCAGCTTGGATTTTTCACTTTGTAATTTTGCTCTCTAATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATTTATCAGCTTGGATTTTTCACTTTGTAATTTTGCTCTCTAATAT  349

seq1  CAACCCCTTAATTTAAGCAAAAATGAAAAAAAGACAAATGTTTGACTGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCCCTTAATTTAAGCAAAAATGAAAAAAAGACAAATGTTTGACTGCC  399

seq1  TTCAGTCTAATCTCAACAATGGAAAACGAATTTTAGTTGTTCTTTGGACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTCTAATCTCAACAATGGAAAACGAATTTTAGTTGTTCTTTGGACT  449

seq1  GTTTAATATTGGTTATTGCTCTAGCCAAACCCTGCTTGGAATTGTGGCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAATATTGGTTATTGCTCTAGCCAAACCCTGCTTGGAATTGTGGCTT  499

seq1  TTGAGTCACACAGATCGTGTCCATCTAAGTGGCTGATCCATTTATACTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTCACACAGATCGTGTCCATCTAAGTGGCTGATCCATTTATACTTC  549

seq1  CTAAAATATGTCACTTTCAGATGCAGAAGTGGAAGTCAGTGGCAGAATGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAATATGTCACTTTCAGATGCAGAAGTGGAAGTCAGTGGCAGAATGC  599

seq1  TTGCCTAGTATGGTTGATGCTCAGATACAAATCAGCACCAAAAGAGAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTAGTATGGTTGATGCTCAGATACAAATCAGCACCAAAAGAGAAAA  649

seq1  GCAAGCAAACCAGCTTTCATGGTCCTGTTTCCTTTCTAGTGTGAAGGTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCAAACCAGCTTTCATGGTCCTGTTTCCTTTCTAGTGTGAAGGTAG  699

seq1  GAATACCACAGACGATAATTAGGAGGACTAAGTAAGATTATGTGTGTTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACCACAGACGATAATTAGGAGGACTAAGTAAGATTATGTGTGTTTA  749

seq1  CTTCCTGCTTGTATGACTTGTCCTCAGAAAGTGAGTTCCTTAGTTTCTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGCTTGTATGACTTGTCCTCAGAAAGTGAGTTCCTTAGTTTCTAA  799

seq1  GGTAATACCAACTATGGGGAAGAGAGAGAATGGCCTGTGTGCAGAGACTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATACCAACTATGGGGAAGAGAGAGAATGGCCTGTGTGCAGAGACTA  849

seq1  AATGACTCTCTCTGAACTATATGAGAGGACATGCAGAGCACACCTCCCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACTCTCTCTGAACTATATGAGAGGACATGCAGAGCACACCTCCCAG  899

seq1  AGGAAGAACAGTAATAGTTGCTTGAGTGACGGTCTGATTTGCTTTGCTCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGAACAGTAATAGTTGCTTGAGTGACGGTCTGATTTGCTTTGCTCC  949

seq1  ACATACTGATGATCAGAGTCACTGTGGAGCACACAGTGCTCATTGACCAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACTGATGATCAGAGTCACTGTGGAGCACACAGTGCTCATTGACCAC  999

seq1  TGTTAGTGAGTGGAAAGTGTCTGAGGATAAAAAGGAATGTTGTTGCACGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGTGAGTGGAAAGTGTCTGAGGATAAAAAGGAATGTTGTTGCACGT  1049

seq1  GGCCCTACCCTGACAAAAGGAATTC  1075
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTACCCTGACAAAAGGAATTC  1074


seq1: chr7_65101091_65102219
seq2: B6Ng01-333A22.g_66_1208

seq1  GAATTCCAGTTGGTATTTCTCCAGAAGCACACAACAAGAGCAGCAAGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTTGGTATTTCTCCAGAAGCACACAACAAGAGCAGCAAGAAA  50

seq1  ATATCTACTAGTGAAGCTATATCCACTCTGGTTGCACTATGGTTTCCACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTACTAGTGAAGCTATATCCACTCTGGTTGCACTATGGTTTCCACT  100

seq1  CACTCTTTACCAGTTACCTTCCCTATCTAGCACTTGGATGGTCCCAAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTTTACCAGTTACCTTCCCTATCTAGCACTTGGATGGTCCCAAAGC  150

seq1  ATGAGCTAATAATGAGCATTTGGCTTCAGAGAGACTCTGTTGTGAGGGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCTAATAATGAGCATTTGGCTTCAGAGAGACTCTGTTGTGAGGGTA  200

seq1  CTGTGTTTCTGAGGTGGTAGTGAATTGATGAAAGGATGAACACTTTGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTTTCTGAGGTGGTAGTGAATTGATGAAAGGATGAACACTTTGAAA  250

seq1  AGTTCTTCTGTGTAGAGGGATGACTGAAAGAATGAGGACAAATTTTGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTTCTGTGTAGAGGGATGACTGAAAGAATGAGGACAAATTTTGAAA  300

seq1  ACTCACTTCCTGCACCCTGATGCAGAACAAAGTGTGAATGGCTAGGGAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACTTCCTGCACCCTGATGCAGAACAAAGTGTGAATGGCTAGGGAGT  350

seq1  GGCCTGTTACAGTTGGTCACCCCCTGTTACAGTTAATGATCCTTTCTAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGTTACAGTTGGTCACCCCCTGTTACAGTTAATGATCCTTTCTAGT  400

seq1  TGGATGCTTGAGTCTGTTCTTGTTCTATAACAGGAAAAGAACTCATGAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGCTTGAGTCTGTTCTTGTTCTATAACAGGAAAAGAACTCATGAGA  450

seq1  TGCCCCCCACCCCGAGCTTTAAACACTGGAGTTCTGGAAAAGAGGTGGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCCCACCCCGAGCTTTAAACACTGGAGTTCTGGAAAAGAGGTGGGA  500

seq1  CAAATGTCCATTTACAGGACTTTATTTACCACAGTAAATAAAAATTGATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGTCCATTTACAGGACTTTATTTACCACAGTAAATAAAAATTGATG  550

seq1  TCCTAGATGCAATCTTTTCTCCATGGAAAAAATTAACAACAAGAAGAGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGATGCAATCTTTTCTCCATGGAAAAAATTAACAACAAGAAGAGAT  600

seq1  TGAACATTCCCTGTGCCCCAGCTTCAGAAGGCAAAAAGCAACTGTACAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACATTCCCTGTGCCCCAGCTTCAGAAGGCAAAAAGCAACTGTACAAA  650

seq1  AAAAGACTCCCTCATGGTGCTGGGGACATTCATTCTCCCCAGTGGTTCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGACTCCCTCATGGTGCTGGGGACATTCATTCTCCCCAGTGGTTCCC  700

seq1  ACTCCTAAGAACAATGGTAATGGAGTCTGCTTCTCTAGAAGGTTTTGGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTAAGAACAATGGTAATGGAGTCTGCTTCTCTAGAAGGTTTTGGGG  750

seq1  TGTCTTATTGTTTCTTCAT--TATATTAGAGAGCAACCATTATATCAGAC  798
      |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTATTGTTTCTTCATTATATATTAGAGAGCAACCATTATATCAGAC  800

seq1  CCCAGAGCTTAAGT-AACTGCTTCC-AAGGTGACCACCTCTA-TTGTATT  845
      |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| || |||| ||
seq2  CCCAGAGCTTAAGTAAACTGCTTCCAAAGGTGACCCCCTTTATTTGTGTT  850

seq1  CAAGAA------GTTCTTCTCAGTCTCATATGTCATTCTTGAATCTGTT-  888
       || ||       |||| |||  ||| |||||||||||||||||||||| 
seq2  TAAAAAAATTTTTTTCTACTC-TTCTAATATGTCATTCTTGAATCTGTTA  899

seq1  ACAAAAACACTCAAGTAGCAATTTTGAAAATAA--TCAAGG--TATTCTT  934
      | |||||| ||||||||||| ||||||||| ||  | ||||  | || ||
seq2  AAAAAAACTCTCAAGTAGCATTTTTGAAAAAAAATTAAAGGGTTTTTTTT  949

seq1  C-TGTAAACT-AGCCAC-TGTGC--TGGGGCCTTCA-TATGCATACTT-A  977
      | |||||||| |||||| |||||   |||||||||| ||||||||||| |
seq2  CGTGTAAACTAAGCCACGTGTGCCTGGGGGCCTTCATTATGCATACTTAA  999

seq1  TTTGTCCTC-TGAAATTCTTAGAGCAATTATGGGAG-ATAAGCATTATTA  1025
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||
seq2  TTTGTCCTCATGAAATTCTTAGAGCAATTATGGGAGAATAAGCATTA-TA  1048

seq1  GCTTTCTTTGTCAAATAAACCTGTAGCTGC-TTTGACAAATGTGCAGAGG  1074
      ||||||||||||||||||  |||||||||| |||||| ||||||||||||
seq2  GCTTTCTTTGTCAAATAA--CTGTAGCTGCTTTTGAC-AATGTGCAGAGG  1095

seq1  AGTTGCAGACCTTGAGAAAGTTTGGATCTGGAATGAATTAGATGTTGTTC  1124
      ||||||| ||  ||  ||||||  ||||||| ||| |||| ||| |||||
seq2  AGTTGCAAAC--TGGAAAAGTT--GATCTGG-ATGGATTA-ATG-TGTTC  1138

seq1  ATGAG  1129
      |||||
seq2  ATGAG  1143


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |