BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-334F18
Chromosome7 (Build37)
Map Location 106,427,541 - 106,610,264
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMtap6, Serpinh1, Gdpd5
Upstream genePhca, Tsku, LOC100040269, Gucy2d, LOC100040721, EG434215, A630091E08Rik, 2210018M11Rik, LOC100040769, Prkrir, Wnt11, LOC666978, Uvrag, EG666529, Dgat2, Mogat2
Downstream gene2810406K13Rik, Rps3, Rnu15-b, EG449630, Arrb1, EG245190, Slco2b1, Olfr520, Olfr521, Neu3, Spcs2, Xrra1, EG330602, Chrdl2, Pold3, 2610209A20Rik, Kcne3, LOC631577, Pgm2l1, Gpx2-ps1, P4ha3, Ppme1, AU020772
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-334F18.bB6Ng01-334F18.g
ACCGA119881GA119882
length1,0121,111
definitionB6Ng01-334F18.b B6Ng01-334F18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(106,609,262 - 106,610,264)(106,427,541 - 106,428,648)
sequence
gaattccaggacagcctgggctacatagagagaccctgactcaaaaaaat
aaatgactttatgtagatgagtgttccacctataccacgtgtgtacaata
agggccagtcacagatagctgtgagtgttctggcgctaggtattggttct
taactgctgagccatctccccagcccactggagtttatttttttagaaag
acattttgggggctggagggatggctcagtggttaagagctctggctgct
attctagaggacccaagtttagttcccagcacctctatcaagtggctcac
cactgcttgcaactccagctccgggagagccaacatactattctagactc
tgagggtgcccccatgcaagtggcatgaatgcatgcacacaaatgcaaac
tttttaaaattaaaaaaggtaagttcttaaaaagcatgtgccaccctccc
cccaaagacagtttttaagcataagagttaagggtgtggatgtaggcttc
tcaaagagtagccctggctttgcctatgtgactttggatggtcactttag
catcctgctccacataactgaagggtgttcactgggtgtacaattcaggg
gctgctgaagtcctggcatcatggctgatcaagggagggactcagatatc
cagtagtcttcactttcatctgcaaaatggctctttcatcaaaacccggg
gccaacacctaatcccaaccccagcatgctgggtccccaaactgccactg
acaattcagagacaacacacatcaagatggcagctttaattgtctttgcc
cttgggttccttctactgtaggcaactttggccagaggccccatgctttg
actgagcccaatgtgcttcgcccaggtggcccattgccctgtggccgctg
ctgttgggaaccctgaggtcagatcagtctgtcgttcaccctggtacttc
aaggcttcttctgccccagagcctgctgggacagtttggggtgtgaggca
ggacagccctga
gaattcaagtcctcatgcttgtgacacaagcacctcactgaccgggttgt
cttccaagctcctatttgggtttctcaatgatcagttaaggaaaatctat
gtagtcctggttgaccttgaacttgctgtgtagacaagccctctaactaa
ccgaagtccacttgccttcgtcttctgagttagtcaggctaacgttacca
tgtaagaatgtagagtcgttagggaaaggtggggactgagacctcatagt
cggtcagtggtttgacaggcccagaaattcacatcccctcattccgcgcc
atggccctgtctgacttgtgcagcctcagcatgtccctggtgtcccccgg
ctctctagttcagcacactgttctagaaagagctgctgcctgtcttccta
aacctctgctggtcccccctctcctaaccacgtataaccaccctccatca
accttgtttgtgtgttggagttgggtaaagggtatctccctccttgtcct
aagctgtctgtgggccctgtccctccagggtgaggcccagcacttcggct
ccaggtccgagctttctaggagcaggcctagcttgtgtgtctagccttcc
tgctttcacacctgacgctttccctgggggttctcagccctgtttgcaca
ttgacatccaggtgctctggcccaatcccatcatcctgagccccacactt
agctaatgtcaatttcactcggttttccccctgagcctcttccatcttct
ttctaaatccttcctatcctgcggggcttttagtctgttgtgaaagaggc
ttatgctgtaaaagcggggaattaggttggatttacgtggtcttaattcc
ctaataataatgcagggagattaatagttttattccaagttcactgcagc
atcttaaaagcatgaaaggctggggcaccgggtctctctgttcccggtga
caggagcaggatcccgtttgcagggactgctgtcatgagggaaaaccaca
tgaattcatgagtctgcttacatggcagaaccactatgaaggtgaaaatc
agggcagattcgaagttcctgccagggctctgtaaggcctgggggaattc
tatatgaagac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_106609262_106610264
seq2: B6Ng01-334F18.b_48_1059 (reverse)

seq1  TCAGGGCTGTCCTGCCTCACACCC--AACTGT-CCAGCAGGCCTCTGGGG  47
      ||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||| ||||||||
seq2  TCAGGGCTGTCCTGCCTCACACCCCAAACTGTCCCAGCAGG-CTCTGGGG  49

seq1  CAGAAGAAGCCTTG-AGGACCA-GGTGAACGACAGACTGATCTGACCTCA  95
      |||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGAAGCCTTGAAGTACCAGGGTGAACGACAGACTGATCTGACCTCA  99

seq1  -GGTTCCC-ACAGCAGCGGCCACAGGGCAATGGGCCACCTGGGCGAAGCA  143
       ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCCCAACAGCAGCGGCCACAGGGCAATGGGCCACCTGGGCGAAGCA  149

seq1  CATTGGGCTCAGTC-AAGCAT-GGGCCTCTGGCCAAAGTTGCCTACAGTA  191
      |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGGCTCAGTCAAAGCATGGGGCCTCTGGCCAAAGTTGCCTACAGTA  199

seq1  GAAGGAACCCAAGGGCAAAGACAATTAAAGCTGCCATCTTGATGTGTGTT  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAACCCAAGGGCAAAGACAATTAAAGCTGCCATCTTGATGTGTGTT  249

seq1  GTCTCTGAATTGTCAGTGGCAGTTTGGGGACCCAGCATGCTGGGGTTGGG  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTGAATTGTCAGTGGCAGTTTGGGGACCCAGCATGCTGGGGTTGGG  299

seq1  ATTAGGTGTTGGCCCCGGGTTTTGATG-AAGAGCCATTTTGCAGATGAAA  340
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGTGTTGGCCCCGGGTTTTGATGAAAGAGCCATTTTGCAGATGAAA  349

seq1  GTGAAGACTACTGGATATCTGAGTCCCTCCCTTGATCAGCCATGATGCCA  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGACTACTGGATATCTGAGTCCCTCCCTTGATCAGCCATGATGCCA  399

seq1  GGACTTCAGCAGCCCCTGAATTGTACACCCAGTGAACACCCTTCAGTTAT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTCAGCAGCCCCTGAATTGTACACCCAGTGAACACCCTTCAGTTAT  449

seq1  GTGGAGCAGGATGCTAAAGTGACCATCCAAAGTCACATAGGCAAAGCCAG  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGCAGGATGCTAAAGTGACCATCCAAAGTCACATAGGCAAAGCCAG  499

seq1  GGCTACTCTTTGAGAAGCCTACATCCACACCCTTAACTCTTATGCTTAAA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTACTCTTTGAGAAGCCTACATCCACACCCTTAACTCTTATGCTTAAA  549

seq1  AACTGTCTTTGGGGGGAGGGTGGCACATGCTTTTTAAGAACTTACCTTTT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTCTTTGGGGGGAGGGTGGCACATGCTTTTTAAGAACTTACCTTTT  599

seq1  TTAATTTTAAAAAGTTTGCATTTGTGTGCATGCATTCATGCCACTTGCAT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTTAAAAAGTTTGCATTTGTGTGCATGCATTCATGCCACTTGCAT  649

seq1  GGGGGCACCCTCAGAGTCTAGAATAGTATGTTGGCTCTCCCGGAGCTGGA  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGCACCCTCAGAGTCTAGAATAGTATGTTGGCTCTCCCGGAGCTGGA  699

seq1  GTTGCAAGCAGTGGTGAGCCACTTGATAGAGGTGCTGGGAACTAAACTTG  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCAAGCAGTGGTGAGCCACTTGATAGAGGTGCTGGGAACTAAACTTG  749

seq1  GGTCCTCTAGAATAGCAGCCAGAGCTCTTAACCACTGAGCCATCCCTCCA  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTCTAGAATAGCAGCCAGAGCTCTTAACCACTGAGCCATCCCTCCA  799

seq1  GCCCCCAAAATGTCTTTCTAAAAAAATAAACTCCAGTGGGCTGGGGAGAT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCCAAAATGTCTTTCTAAAAAAATAAACTCCAGTGGGCTGGGGAGAT  849

seq1  GGCTCAGCAGTTAAGAACCAATACCTAGCGCCAGAACACTCACAGCTATC  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAGCAGTTAAGAACCAATACCTAGCGCCAGAACACTCACAGCTATC  899

seq1  TGTGACTGGCCCTTATTGTACACACGTGGTATAGGTGGAACACTCATCTA  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACTGGCCCTTATTGTACACACGTGGTATAGGTGGAACACTCATCTA  949

seq1  CATAAAGTCATTTATTTTTTTGAGTCAGGGTCTCTCTATGTAGCCCAGGC  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAGTCATTTATTTTTTTGAGTCAGGGTCTCTCTATGTAGCCCAGGC  999

seq1  TGTCCTGGAATTC  1003
      |||||||||||||
seq2  TGTCCTGGAATTC  1012

seq1: chr7_106427541_106428648
seq2: B6Ng01-334F18.g_66_1176

seq1  GAATTCAAGTCCTCATGCTTGTGACACAAGCACCTCACTGACCGGGTTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGTCCTCATGCTTGTGACACAAGCACCTCACTGACCGGGTTGT  50

seq1  CTTCCAAGCTCCTATTTGGGTTTCTCAATGATCAGTTAAGGAAAATCTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAAGCTCCTATTTGGGTTTCTCAATGATCAGTTAAGGAAAATCTAT  100

seq1  GTAGTCCTGGTTGACCTTGAACTTGCTGTGTAGACAAGCCCTCTAACTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTCCTGGTTGACCTTGAACTTGCTGTGTAGACAAGCCCTCTAACTAA  150

seq1  CCGAAGTCCACTTGCCTTCGTCTTCTGAGTTAGTCAGGCTAACGTTACCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAAGTCCACTTGCCTTCGTCTTCTGAGTTAGTCAGGCTAACGTTACCA  200

seq1  TGTAAGAATGTAGAGTCGTTAGGGAAAGGTGGGGACTGAGACCTCATAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGAATGTAGAGTCGTTAGGGAAAGGTGGGGACTGAGACCTCATAGT  250

seq1  CGGTCAGTGGTTTGACAGGCCCAGAAATTCACATCCCCTCATTCCGCGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTCAGTGGTTTGACAGGCCCAGAAATTCACATCCCCTCATTCCGCGCC  300

seq1  ATGGCCCTGTCTGACTTGTGCAGCCTCAGCATGTCCCTGGTGTCCCCCGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCCTGTCTGACTTGTGCAGCCTCAGCATGTCCCTGGTGTCCCCCGG  350

seq1  CTCTCTAGTTCAGCACACTGTTCTAGAAAGAGCTGCTGCCTGTCTTCCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTAGTTCAGCACACTGTTCTAGAAAGAGCTGCTGCCTGTCTTCCTA  400

seq1  AACCTCTGCTGGTCCCCCCTCTCCTAACCACGTATAACCACCCTCCATCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTCTGCTGGTCCCCCCTCTCCTAACCACGTATAACCACCCTCCATCA  450

seq1  ACCTTGTTTGTGTGTTGGAGTTGGGTAAAGGGTATCTCCCTCCTTGTCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGTTTGTGTGTTGGAGTTGGGTAAAGGGTATCTCCCTCCTTGTCCT  500

seq1  AAGCTGTCTGTGGGCCCTGTCCCTCCAGGGTGAGGCCCAGCACTTCGGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGTCTGTGGGCCCTGTCCCTCCAGGGTGAGGCCCAGCACTTCGGCT  550

seq1  CCAGGTCCGAGCTTTCTAGGAGCAGGCCTAGCTTGTGTGTCTAGCCTTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTCCGAGCTTTCTAGGAGCAGGCCTAGCTTGTGTGTCTAGCCTTCC  600

seq1  TGCTTTCACACCTGACGCTTTCCCTGGGGGTTCTCAGCCCTGTTTGCACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTCACACCTGACGCTTTCCCTGGGGGTTCTCAGCCCTGTTTGCACA  650

seq1  TTGACATCCAGGTGCTCTGGCCCAATCCCATCATCCTGAGCCCCACACTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACATCCAGGTGCTCTGGCCCAATCCCATCATCCTGAGCCCCACACTT  700

seq1  AGCTAATGTCAATTTCACTCGGTTTTCCCCCTGAGCCTCTTCCATCTTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAATGTCAATTTCACTCGGTTTTCCCCCTGAGCCTCTTCCATCTTCT  750

seq1  TTCTAAATCCTTCCTATCCTGCGGGGCTTTTAGTCTGTTGTGAAAGAGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAATCCTTCCTATCCTGCGGGGCTTTTAGTCTGTTGTGAAAGAGGC  800

seq1  TTATGCTGTAAAAGCGGGGAATTAGGTTGGATTTACGTGGTCTTAATTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGCTGTAAAAGCGGGGAATTAGGTTGGATTTACGTGGTCTTAATTCC  850

seq1  CTAATAATAATGCAGGGAGATTAATAGTTTTATTCCAAGTTCACTGCAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATAATAATGCAGGGAGATTAATAGTTTTATTCCAAGTTCACTGCAGC  900

seq1  ATCTTAAAAGCATGAAAGGCTGGGGCACCGGGTCTCTCTGTTCCCGGTGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTAAAAGCATGAAAGGCTGGGGCACCGGGTCTCTCTGTTCCCGGTGA  950

seq1  CAAGAGCAGGATCCCGTTTGCAGGGGACTGCTGTCATGAGGGAAAA-CAC  999
      || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CAGGAGCAGGATCCCGTTTGCA-GGGACTGCTGTCATGAGGGAAAACCAC  999

seq1  ATGAATTCATGAGTCTGGGTTACA-GGCAG-ACCACCATGAAGGTGAAAA  1047
      |||||||||||||||| | ||||| ||||| ||||| |||||||||||||
seq2  ATGAATTCATGAGTCT-GCTTACATGGCAGAACCACTATGAAGGTGAAAA  1048

seq1  TCAGGGGCAGAATCGGAG-TCCTG-CAGGGCTCTGTAGGGGCTGGGGG-A  1094
      ||| ||||||| ||| || ||||| |||||||||||| || ||||||| |
seq2  TCA-GGGCAGATTCGAAGTTCCTGCCAGGGCTCTGTAAGGCCTGGGGGAA  1097

seq1  TTCTATTGGAAGAC  1108
      ||||||  ||||||
seq2  TTCTATATGAAGAC  1111