BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-336H24
Chromosome7 (Build37)
Map Location 89,675,760 - 89,827,123
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAdamtsl3, 1700129I04Rik, Eftud1
Upstream geneFsd2, Whdc1, Homer2, 2610204K14Rik, 3110040N11Rik, Btbd1, Tm6sf1, LOC100043161, Hdgfrp3, Bnc1, Sh3gl3
Downstream geneLOC100038986, LOC619808, Rkhd3, LOC619909, A530021J07Rik, EG666160, Tmc3, Stard5, Il16
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-336H24.bB6Ng01-336H24.g
ACCGA121403GA121404
length1,193627
definitionB6Ng01-336H24.b B6Ng01-336H24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(89,825,932 - 89,827,123)(89,675,760 - 89,676,386)
sequence
gaattccctgggaaaatcaggttggagactgtgctcaggaagggaggctt
ccaggatggactctgaagctgccgacaggtcctggattgggtctgcaagt
ctcagtggaggtctgcggcctgcggcctgcttggcaacctgcatatataa
ctataaagctacagagacagtgtctccgagtgtgtgtctaaataaagctt
tgtctcataaccagggcaccagagagaagccctggctccttttacctatc
agtgcactgagcaggcacaccaagcagagcttcccagtgggggtcaccct
gcatctgcaggaagaggcaggagagctcctaggcaccgtcttttcctgtg
cacacctgactgacacattctgtacaaccttcagtatttgaactctgtcc
cctgtgcttcacgtggcaagcctctggatgcgttttccttctcttaatga
agaattttgtgtatctgccacaactgtttagatgaggaagatttccaggt
catttttttttaaacttttatctgcatttattttatgctgactttattcc
tgtgtgtaagttttcgtttcttcagtttcttcagggctatctttttcttc
ggtgcagcctcctcttctggctttggaataatctactcctcttcagtgag
gatcacttccatgtggcagggagctcatgcgtgggttaacccagccacac
gccctgtagtcagtccgcacatcttaggtgctctgttcgtggatatattc
aacgactagagaatctacatctaaagccttacgctcagcattactctctg
cattggtaagcatgtgcagcaaaaagtcagcactctcctatggccatcac
ccgtgtccagtcccatcgcttggcctgggcgtgcctatcaattccaccat
tacagcccacggcacacatggcttctttaaagtgacatctgtcagacact
tggtgggtttttcagatatgtacacccttgaagcctggctagtttcacca
gggttttaaagtgaacatgaagatttgacctctgggatttgcatggtttg
caggctttgtggtcatcctttacaatgtcacctcagcttgcataataagg
cagaaggagcagtaaaggttttacactcatgttttcagatttaaaaattg
ttaactatgttaccgaacaagtcatatgtttccatttttataa
gaattcttggccttttaaaaactgtggaacctgaacagagcttcaagtag
tcgcctcacacatatgctcatgcatgcacacacaggtatgcacccccaaa
cacatgcatgtgtatgatacacacacatgtatgcacccacatataaagta
gtcagaggattatttacaaaaaggaaggagtctagtgggtgggacattgg
ggagggtaatgccagtgaatgtggcccatacatggtatactttgaatgaa
gatgtcttcatgctccctaccactttgtacagtgagcatgtgctagtaaa
acactttagagcataaccatttaaagaggcacataggctcacatacatgc
tatcaaagagccacataggctcatatatatatatatatatatatatatat
atatatatgcaaataaactcaaagtctttactagattttcacatgacttg
aaaacacttgatttataggccagagtacctatcaaattataaatgagttt
taatagtacattgaataaaatgctaacaacacaaacttcatggcaagtca
ggggaaaaaaataatgtttcatgacttttaactgttctatacacttatgc
ctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_89825932_89827123
seq2: B6Ng01-336H24.b_48_1240 (reverse)

seq1  TTATAAAATAG--AACATATGACTTGTTTGGGTAACATAGTTAACATATT  48
      ||||||||  |  ||||||||||||| || |||||||||||||||| |||
seq2  TTATAAAAATGGAAACATATGACTTG-TTCGGTAACATAGTTAACA-ATT  48

seq1  TTAAAATCTTGAAAACATGA-AGTAAAAACCTTACTGGCTC--TCTGCCT  95
      || ||||| |||||||||||  |||||| | ||||| ||||  |||||||
seq2  TTTAAATC-TGAAAACATGAGTGTAAAACCTTTACT-GCTCCTTCTGCCT  96

seq1  --ATATGCAGCCTGAGGTGACA-TGTAAA-GATGACCCACAAAGCCCTGC  141
         ||||||  ||||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||
seq2  TATTATGCAAGCTGAGGTGACATTGTAAAGGATGA-CCACAAAG-CCTGC  144

seq1  AAAACCATGCAAAT-CCAGAGGTTCAAATCTTCATGTTCACTTTAAAAAC  190
       ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
seq2  -AAACCATGCAAATCCCAGAGG-TCAAATCTTCATGTTCACTTT-AAAAC  191

seq1  CCTGGTGAAACTAGCCAGGCCTTCAAGGGTGTACATATCTGAAAAA-CCA  239
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CCTGGTGAAACTAGCCAGG-CTTCAAGGGTGTACATATCTGAAAAACCCA  240

seq1  CCAAGTGTCTGACAGATGTCACTTTAAAGAAGCCATGTGTGCCGTGGGCT  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTGTCTGACAGATGTCACTTTAAAGAAGCCATGTGTGCCGTGGGCT  290

seq1  GTAATGGTGGAATTGATAGGCACGCCCAGGCCAAGCGATGGGACTGGACA  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGGTGGAATTGATAGGCACGCCCAGGCCAAGCGATGGGACTGGACA  340

seq1  CGGGTGATGGCCATAGGAGAGTGCTGACTTTTTGCTGCACATGCTTACCA  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGTGATGGCCATAGGAGAGTGCTGACTTTTTGCTGCACATGCTTACCA  390

seq1  ATGCAGAGAGTAATGCTGAGCGTAAGGCTTTAGATGTAGATTCTCTAGTC  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGAGAGTAATGCTGAGCGTAAGGCTTTAGATGTAGATTCTCTAGTC  440

seq1  GTTGAATATATCCACGAACAGAGCACCTAAGATGTGCGGACTGACTACAG  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAATATATCCACGAACAGAGCACCTAAGATGTGCGGACTGACTACAG  490

seq1  GGCGTGTGGCTGGGTTAACCCACGCATGAGCTCCCTGCCACATGGAAGTG  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGTGTGGCTGGGTTAACCCACGCATGAGCTCCCTGCCACATGGAAGTG  540

seq1  ATCCTCACTGAAGAGGAGTAGATTATTCCAAAGCCAGAAGAGGAGGCTGC  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCACTGAAGAGGAGTAGATTATTCCAAAGCCAGAAGAGGAGGCTGC  590

seq1  ACCGAAGAAAAAGATAGCCCTGAAGAAACTGAAGAAACGAAAACTTACAC  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGAAGAAAAAGATAGCCCTGAAGAAACTGAAGAAACGAAAACTTACAC  640

seq1  ACAGGAATAAAGTCAGCATAAAATAAATGCAGATAAAAGTTTAAAAAAAA  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAATAAAGTCAGCATAAAATAAATGCAGATAAAAGTTTAAAAAAAA  690

seq1  ATGACCTGGAAATCTTCCTCATCTAAACAGTTGTGGCAGATACACAAAAT  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCTGGAAATCTTCCTCATCTAAACAGTTGTGGCAGATACACAAAAT  740

seq1  TCTTCATTAAGAGAAGGAAAACGCATCCAGAGGCTTGCCACGTGAAGCAC  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCATTAAGAGAAGGAAAACGCATCCAGAGGCTTGCCACGTGAAGCAC  790

seq1  AGGGGACAGAGTTCAAATACTGAAGGTTGTACAGAATGTGTCAGTCAGGT  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGACAGAGTTCAAATACTGAAGGTTGTACAGAATGTGTCAGTCAGGT  840

seq1  GTGCACAGGAAAAGACGGTGCCTAGGAGCTCTCCTGCCTCTTCCTGCAGA  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACAGGAAAAGACGGTGCCTAGGAGCTCTCCTGCCTCTTCCTGCAGA  890

seq1  TGCAGGGTGACCCCCACTGGGAAGCTCTGCTTGGTGTGCCTGCTCAGTGC  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGGTGACCCCCACTGGGAAGCTCTGCTTGGTGTGCCTGCTCAGTGC  940

seq1  ACTGATAGGTAAAAGGAGCCAGGGCTTCTCTCTGGTGCCCTGGTTATGAG  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATAGGTAAAAGGAGCCAGGGCTTCTCTCTGGTGCCCTGGTTATGAG  990

seq1  ACAAAGCTTTATTTAGACACACACTCGGAGACACTGTCTCTGTAGCTTTA  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGCTTTATTTAGACACACACTCGGAGACACTGTCTCTGTAGCTTTA  1040

seq1  TAGTTATATATGCAGGTTGCCAAGCAGGCCGCAGGCCGCAGACCTCCACT  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTATATATGCAGGTTGCCAAGCAGGCCGCAGGCCGCAGACCTCCACT  1090

seq1  GAGACTTGCAGACCCAATCCAGGACCTGTCGGCAGCTTCAGAGTCCATCC  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTTGCAGACCCAATCCAGGACCTGTCGGCAGCTTCAGAGTCCATCC  1140

seq1  TGGAAGCCTCCCTTCCTGAGCACAGTCTCCAACCTGATTTTCCCAGGGAA  1189
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGCCTCCCTTCCTGAGCACAGTCTCCAACCTGATTTTCCCAGGGAA  1190

seq1  TTC  1192
      |||
seq2  TTC  1193

seq1: chr7_89675760_89676386
seq2: B6Ng01-336H24.g_62_688

seq1  GAATTCTTGGCCTTTTAAAAACTGTGGAACCTGAACAGAGCTTCAAGTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGGCCTTTTAAAAACTGTGGAACCTGAACAGAGCTTCAAGTAG  50

seq1  TCGCCTCACACATATGCTCATGCATGCACACACAGGTATGCACCCCCAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCCTCACACATATGCTCATGCATGCACACACAGGTATGCACCCCCAAA  100

seq1  CACATGCATGTGTATGATACACACACATGTATGCACCCACATATAAAGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGCATGTGTATGATACACACACATGTATGCACCCACATATAAAGTA  150

seq1  GTCAGAGGATTATTTACAAAAAGGAAGGAGTCTAGTGGGTGGGACATTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGAGGATTATTTACAAAAAGGAAGGAGTCTAGTGGGTGGGACATTGG  200

seq1  GGAGGGTAATGCCAGTGAATGTGGCCCATACATGGTATACTTTGAATGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGTAATGCCAGTGAATGTGGCCCATACATGGTATACTTTGAATGAA  250

seq1  GATGTCTTCATGCTCCCTACCACTTTGTACAGTGAGCATGTGCTAGTAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCTTCATGCTCCCTACCACTTTGTACAGTGAGCATGTGCTAGTAAA  300

seq1  ACACTTTAGAGCATAACCATTTAAAGAGGCACATAGGCTCACATACATGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTTAGAGCATAACCATTTAAAGAGGCACATAGGCTCACATACATGC  350

seq1  TATCAAAGAGCCACATAGGCTCATATATATATATATATATATATATATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAAGAGCCACATAGGCTCATATATATATATATATATATATATATAT  400

seq1  ATATATATGCAAATAAACTCAAAGTCTTTACTAGATTTTCACATGACTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATGCAAATAAACTCAAAGTCTTTACTAGATTTTCACATGACTTG  450

seq1  AAAACACTTGATTTATAGGCCAGAGTACCTATCAAATTATAAATGAGTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACACTTGATTTATAGGCCAGAGTACCTATCAAATTATAAATGAGTTT  500

seq1  TAATAGTACATTGAATAAAATGCTAACAACACAAACTTCATGGCAAGTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGTACATTGAATAAAATGCTAACAACACAAACTTCATGGCAAGTCA  550

seq1  GGGGAAAAAAATAATGTTTCATGACTTTTAACTGTTCTATACACTTATGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAAAAAATAATGTTTCATGACTTTTAACTGTTCTATACACTTATGC  600

seq1  CTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  627
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  627