BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-336N23
Chromosome7 (Build37)
Map Location 107,583,951 - 107,672,113
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAU020772, Ucp3, Ucp2, Dnajb13
Upstream geneGdpd5, 2810406K13Rik, Rps3, Rnu15-b, EG449630, Arrb1, EG245190, Slco2b1, Olfr520, Olfr521, Neu3, Spcs2, Xrra1, EG330602, Chrdl2, Pold3, 2610209A20Rik, Kcne3, LOC631577, Pgm2l1, Gpx2-ps1, P4ha3, Ppme1
Downstream geneLOC667112, Chchd8, Mrpl48, LOC100041155, Rab6, LOC100041167, Plekhb1, B930006L02Rik, LOC100041204, Tnfrsf19l, Arhgef17, P2ry6, P2ry2, LOC100049539, EG435996, Fchsd2, EG622673, Atg16l2, Stard10, Centd2, Pde2a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-336N23.bB6Ng01-336N23.g
ACCGA121666GA121667
length1,0561,136
definitionB6Ng01-336N23.b B6Ng01-336N23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,671,062 - 107,672,113)(107,583,951 - 107,585,091)
sequence
gaattcctagagctggagttgcagatgggtaccagaagagagcattacat
tccttcgaactagacttataggcagctgtgaattgtcatgtgggtcctgg
gaaccgaacctgggtcttcagcaagagcatcaattgctcttaactgctga
gccgggtctccagtcccctcaggccttcttttccccactgagtgcagtta
gtgctgctcacatgtatacaagagtgagaccacctactggcacattggta
tcctacagttgtccccctcaaataaggactcttccaccaccaactccagc
cccagcagccatcaactgccaaaatgcatgctgcatccatggttctaggg
tcttacctttcattgaaaaattaataaaatgttcctcagaggaaaagtta
tatattcagaaccgtatgcatacaacttagagatgcagagagacccagtc
tattggtgccccccacccccacctcaggagctgaccctgtgctgagccat
gcacaacaccaatggggtttcagactacctgtgtcctatagagcagcgct
gaccagtcagaggtgctggaagcacaccctgtgatggcccctctcttact
cttgtggtcaataaatctctctgactcaagctcggcatggtggtgtacag
ctgtgttcccagtactctggaagctgaagcgagaaggtcagaagttcaag
acctcttcagcaacagggtgagtctgcaaccagcttgaatgtaagagccc
atctgaaaacccatccccccacaactccctagattaatgaaggttaacag
tagggttttgttttcaaattttctttttgaggatttatttatttatatta
gatatatttattttatgtacaatgtgagcacactgtctctgtcttcagca
caccagaagagggcattggattccattacagatggttgtgagccaccatg
tggtgcggttgttgggaattgaactccggacctctgggagagcattcagt
gctcttaatcatctctccagaaccctgaaaggtttattttttattctctc
tctctc
gaattctctcccatagcagttctgcctgcctgcagagcatggggttctgg
cttcaaatcagagatgtgacacttagtattagtgaatgttagtggataga
gtagggacaaggtgatcaggaatgtgaccacttagtattagtgaatgtta
gtagacatagcagggacaaggacaaaatatttctagataccaacaacttc
agattcatgtggcaaatcgtgttgagacctgtggtgtatcacagggaaga
ggcccataagcagcctctaagaggcattctttctcacacaggctttctta
cttccattctcttgcaggggtgtatcccctgtttggaagaaatgcttccg
acctctctggagctgctctgcgcattcatgtgcttctttccccgctttcc
ccacacactgaacctgctcgggagctggactccatggactgcagcagcca
cagtgagtctgagcagcaccccagaaagagcgatgcgctccagctctctc
caccccatgtgctccagacgtctcccacctccacccaggtccacggcaac
agtgctgcagcccaagtgtgccccgcccaggagggccctcctgagttggc
tgggacttttgcagtcagcatcctggtagagagagccatgcatctgagct
tgaaaggtatgctccccatacttacccaaaagcaagtgtccagttcctag
ggttgctctccgtcttcacagaactttcaggttatgccaaaacctacaag
tatggttagttttcttagttgatagttatatttgccaagcctaaaggctg
aactaacatgtaaacctttctaacgttaaagccatctttgttacttgtat
taacactgcagatcataaactcctactcctgtccagaaatccaggggtca
ccctcagtgcttcctcttccttatccaatgtccagggcacataaatggtt
ctatcttttttttttttttttttttagatttatttatttattaatatgta
agtacactgtacccgtctttagatgctccagaagagggtcaagtcttgtt
acggatggttgctggatttgactcgaccttgaagaacagtgctctttacc
cacttagcctattctctctagctgaatggttcatcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_107671062_107672113
seq2: B6Ng01-336N23.b_47_1102 (reverse)

seq1  GAGAGAGAGAGA--TAAAAATAAACC-TTCAGGG-TCTGGAGAGATGATT  46
      ||||||||||||   ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAATAAAAAATAAACCTTTCAGGGTTCTGGAGAGATGATT  50

seq1  AAGAGCACTGAATGCTCTTCCAGAGGTCCGGAGTTCAATTCCCAACAACC  96
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCACTGAATGCTCTCCCAGAGGTCCGGAGTTCAATTCCCAACAACC  100

seq1  GCACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGAATCCAATGCCCTCTT  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGAATCCAATGCCCTCTT  150

seq1  CTGGTGTGCTGAAGACAGAGACAGTGTGCTCACATTGTACATAAAATAAA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGTGCTGAAGACAGAGACAGTGTGCTCACATTGTACATAAAATAAA  200

seq1  TATATCTAATATAAATAAATAAATCCTCAAAAAGAAAATTTGAAAACAAA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCTAATATAAATAAATAAATCCTCAAAAAGAAAATTTGAAAACAAA  250

seq1  ACCCTACTGTTAACCTTCATTAATCTAGGGAGTTGTGGGGGGATGGGTTT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTACTGTTAACCTTCATTAATCTAGGGAGTTGTGGGGGGATGGGTTT  300

seq1  TCAGATGGGCTCTTACATTCAAGCTGGTTGCAGACTCACCCTGTTGCTGA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATGGGCTCTTACATTCAAGCTGGTTGCAGACTCACCCTGTTGCTGA  350

seq1  AGAGGTCTTGAACTTCTGACCTTCTCGCTTCAGCTTCCAGAGTACTGGGA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTCTTGAACTTCTGACCTTCTCGCTTCAGCTTCCAGAGTACTGGGA  400

seq1  ACACAGCTGTACACCACCATGCCGAGCTTGAGTCAGAGAGATTTATTGAC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGCTGTACACCACCATGCCGAGCTTGAGTCAGAGAGATTTATTGAC  450

seq1  CACAAGAGTAAGAGAGGGGCCATCACAGGGTGTGCTTCCAGCACCTCTGA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGAGTAAGAGAGGGGCCATCACAGGGTGTGCTTCCAGCACCTCTGA  500

seq1  CTGGTCAGCGCTGCTCTATAGGACACAGGTAGTCTGAAACCCCATTGGTG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCAGCGCTGCTCTATAGGACACAGGTAGTCTGAAACCCCATTGGTG  550

seq1  TTGTGCATGGCTCAGCACAGGGTCAGCTCCTGAGGTGGGGGTGGGGGGCA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCATGGCTCAGCACAGGGTCAGCTCCTGAGGTGGGGGTGGGGGGCA  600

seq1  CCAATAGACTGGGTCTCTCTGCATCTCTAAGTTGTATGCATACGGTTCTG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATAGACTGGGTCTCTCTGCATCTCTAAGTTGTATGCATACGGTTCTG  650

seq1  AATATATAACTTTTCCTCTGAGGAACATTTTATTAATTTTTCAATGAAAG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATAACTTTTCCTCTGAGGAACATTTTATTAATTTTTCAATGAAAG  700

seq1  GTAAGACCCTAGAACCATGGATGCAGCATGCATTTTGGCAGTTGATGGCT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGACCCTAGAACCATGGATGCAGCATGCATTTTGGCAGTTGATGGCT  750

seq1  GCTGGGGCTGGAGTTGGTGGTGGAAGAGTCCTTATTTGAGGGGGACAACT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGGCTGGAGTTGGTGGTGGAAGAGTCCTTATTTGAGGGGGACAACT  800

seq1  GTAGGATACCAATGTGCCAGTAGGTGGTCTCACTCTTGTATACATGTGAG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGATACCAATGTGCCAGTAGGTGGTCTCACTCTTGTATACATGTGAG  850

seq1  CAGCACTAACTGCACTCAGTGGGGAAAAGAAGGCCTGAGGGGACTGGAGA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACTAACTGCACTCAGTGGGGAAAAGAAGGCCTGAGGGGACTGGAGA  900

seq1  CCCGGCTCAGCAGTTAAGAGCAATTGATGCTCTTGCTGAAGACCCAGGTT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGGCTCAGCAGTTAAGAGCAATTGATGCTCTTGCTGAAGACCCAGGTT  950

seq1  CGGTTCCCAGGACCCACATGACAATTCACAGCTGCCTATAAGTCTAGTTC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTTCCCAGGACCCACATGACAATTCACAGCTGCCTATAAGTCTAGTTC  1000

seq1  GAAGGAATGTAATGCTCTCTTCTGGTACCCATCTGCAACTCCAGCTCTAG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAATGTAATGCTCTCTTCTGGTACCCATCTGCAACTCCAGCTCTAG  1050

seq1  GAATTC  1052
      ||||||
seq2  GAATTC  1056

seq1: chr7_107583951_107585091
seq2: B6Ng01-336N23.g_69_1204

seq1  GAATTCTCTCCCATAGCAGTTCTGCCTGCCTGCAGAGCATGGGGTTCTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCCCATAGCAGTTCTGCCTGCCTGCAGAGCATGGGGTTCTGG  50

seq1  CTTCAAATCAGAGATGTGACACTTAGTATTAGTGAATGTTAGTGGATAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAATCAGAGATGTGACACTTAGTATTAGTGAATGTTAGTGGATAGA  100

seq1  GTAGGGACAAGGTGATCAGGAATGTGACCACTTAGTATTAGTGAATGTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGGACAAGGTGATCAGGAATGTGACCACTTAGTATTAGTGAATGTTA  150

seq1  GTAGACATAGCAGGGACAAGGACAAAATATTTCTAGATACCAACAACTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGACATAGCAGGGACAAGGACAAAATATTTCTAGATACCAACAACTTC  200

seq1  AGATTCATGTGGCAAATCGTGTTGAGACCTGTGGTGTATCACAGGGAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCATGTGGCAAATCGTGTTGAGACCTGTGGTGTATCACAGGGAAGA  250

seq1  GGCCCATAAGCAGCCTCTAAGAGGCATTCTTTCTCACACAGGCTTTCTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCATAAGCAGCCTCTAAGAGGCATTCTTTCTCACACAGGCTTTCTTA  300

seq1  CTTCCATTCTCTTGCAGGGGTGTATCCCCTGTTTGGAAGAAATGCTTCCG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCATTCTCTTGCAGGGGTGTATCCCCTGTTTGGAAGAAATGCTTCCG  350

seq1  ACCTCTCTGGAGCTGCTCTGCGCATTCATGTGCTTCTTTCCCCGCTTTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTCTGGAGCTGCTCTGCGCATTCATGTGCTTCTTTCCCCGCTTTCC  400

seq1  CCACACACTGAACCTGCTCGGGAGCTGGACTCCATGGACTGCAGCAGCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACACTGAACCTGCTCGGGAGCTGGACTCCATGGACTGCAGCAGCCA  450

seq1  CAGTGAGTCTGAGCAGCACCCCAGAAAGAGCGATGCGCTCCAGCTCTCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAGTCTGAGCAGCACCCCAGAAAGAGCGATGCGCTCCAGCTCTCTC  500

seq1  CACCCCATGTGCTCCAGACGTCTCCCACCTCCACCCAGGTCCACGGCAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCATGTGCTCCAGACGTCTCCCACCTCCACCCAGGTCCACGGCAAC  550

seq1  AGTGCTGCAGCCCAAGTGTGCCCCGCCCAGGAGGGCCCTCCTGAGTTGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTGCAGCCCAAGTGTGCCCCGCCCAGGAGGGCCCTCCTGAGTTGGC  600

seq1  TGGGACTTTTGCAGTCAGCATCCTGGTAGAGAGAGCCATGCATCTGAGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACTTTTGCAGTCAGCATCCTGGTAGAGAGAGCCATGCATCTGAGCT  650

seq1  TGAAAGGTATGCTCCCCATACTTACCCAAAAGCAAGTGTCCAGTTCCTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGGTATGCTCCCCATACTTACCCAAAAGCAAGTGTCCAGTTCCTAG  700

seq1  GGTTGCTCTCCGTCTTCACAGAACTTTCAGGTTATGCCAAAACCTACAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCTCTCCGTCTTCACAGAACTTTCAGGTTATGCCAAAACCTACAAG  750

seq1  TATGGTTAGTTTTCTTAGTTGATAGTTATATTTGCCAAGCCTAAAGGCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGTTAGTTTTCTTAGTTGATAGTTATATTTGCCAAGCCTAAAGGCTG  800

seq1  AACTAACATGTAAACCTTTCTAACGTTAAAGCCATCTTTGTTACTTGTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAACATGTAAACCTTTCTAACGTTAAAGCCATCTTTGTTACTTGTAT  850

seq1  TAACACTGCAGATCATAAACTCCTACTCCTGTCCAGAAATCCAGGGGTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACTGCAGATCATAAACTCCTACTCCTGTCCAGAAATCCAGGGGTCA  900

seq1  CCCTCAGTGCTTCCTCTTCCTTATCCAATGTCCAGGGCACATAAATGGTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCAGTGCTTCCTCTTCCTTATCCAATGTCCAGGGCACATAAATGGTT  950

seq1  CTATTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGATTTATTTATTTATT-ATATGT  999
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTA-TCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGATTTATTTATTTATTAATATGT  999

seq1  AAGTACACTGTACCCGTCTTTAGATGCTCCAGAAGAGGGTCAGGTCTTGT  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AAGTACACTGTACCCGTCTTTAGATGCTCCAGAAGAGGGTCAAGTCTTGT  1049

seq1  TACGGATGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGAACCTTTGGAAGAACAGTGCT  1099
      |||||||||||||| ||||||| ||||   |||||  |||||||||||||
seq2  TACGGATGGTTGCT-GGATTTG-ACTC--GACCTT--GAAGAACAGTGCT  1093

seq1  C-TTACCCACTAAG-CTA-TCTCTCTAGCTCAAATGGTTCTATCC  1141
      | ||||||||| || ||| |||||||||||  |||||||| ||||
seq2  CTTTACCCACTTAGCCTATTCTCTCTAGCT-GAATGGTTC-ATCC  1136