BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-336O03
Chromosome7 (Build37)
Map Location 106,970,121 - 107,071,471
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNeu3, Spcs2, Xrra1
Upstream geneWnt11, LOC666978, Uvrag, EG666529, Dgat2, Mogat2, Mtap6, Serpinh1, Gdpd5, 2810406K13Rik, Rps3, Rnu15-b, EG449630, Arrb1, EG245190, Slco2b1, Olfr520, Olfr521
Downstream geneEG330602, Chrdl2, Pold3, 2610209A20Rik, Kcne3, LOC631577, Pgm2l1, Gpx2-ps1, P4ha3, Ppme1, AU020772, Ucp3, Ucp2, Dnajb13, LOC667112, Chchd8, Mrpl48, LOC100041155, Rab6, LOC100041167, Plekhb1, B930006L02Rik, LOC100041204, Tnfrsf19l, Arhgef17
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-336O03.bB6Ng01-336O03.g
ACCGA121674GA121675
length1,1501,092
definitionB6Ng01-336O03.b B6Ng01-336O03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(106,970,121 - 106,971,281)(107,070,365 - 107,071,471)
sequence
gaattccacacccctaagccccttaccccataaaaccccctagctttcga
gcctcgtggctggcatccgttatctcctgtgtgggatacatgtcggtctg
gagctccataattaaacgtcctcatgtaattacaacaagatgggtcctcg
tgtttctttgggtgctctcacactcccaagactagagtgggggtccccga
aagggggtcttacacagaccactgtgaaagatgtctagtgttgagttctt
acgaggcagttcacattatcaactacatgctgtaagtgataaagcagaga
acactcaaggacccaagttcagaaatccaacagggtacactgactggccc
ggctagttttaagtcaacttgatacaagctccagcttgtatctgaaagga
ggggatctcaactgataaaatgcttccacaagatccagctgtaaggcatt
ttcttaattactgattgagaggtgacagcccagcccatgagaaagcaggc
tgggtgagccagtcagcaccacccctccatggcctctgcattggctcctg
cttacaggttcccaccctgtttgagttcctaccctgacttttctcagtgc
tggactgttacctggaaatataggatgaaataaacccgattctcccccag
gttgctttggtcatggtgtttcatcatagcaagagtcagcaatcctaaca
aggacactgactcaagctatgcccctaaccactaagctagaagctgctca
tgaaatcagatttctatatcgagaaatgtttttcctaatttcaaaagtcg
gtgcagtgacgagaaaacacgggaaccatgggactgctggacaatgaggt
tctgcaacacattctgcaagagcaaccaggaaaacaaaacaagcaatgcc
cttgtttagcagctcactggccgcaccagcaagagaagcgacacaggtgg
tgtctgtcctagagaaatgaaacagctaggcctcagctctgacaggccac
aggcggggcctctgtgggtctgatctgccaagctactgataatacagtaa
agaactggccaagtcccaaactacaaaatcctcagagatgggaccactgc
cattttaagcagacagagctcagcaaagtccatcgtcactgtggtcagtg

gaattccccatcttggtgtttgactgaagtccattgcagctacagttgct
gatggggatcccataggagaaaatggaccagggaagagaacgcttgggag
gctggtgagcttgagtggaagacatccttttacagctagaactagctgca
gtcactgcagtcctagcgacctgcacactgcccacattctgctgtgctcc
ttagtgtgtgtgcaaagaggaaactaggagagacaggaggctaagtcttt
ctgatggggaatccaagagatgtgctatgcctcaagagggcttggtagcc
cttctctagaggggaacccttatacctgtttgaagaagtcatctaaatca
tctgggcctgatgtgctggtatcaagtcgggaagtactctgccagcaccc
agcttctggcctcgggcccttagtactctgccagcacccagcctctggcc
tcgggcccttagttgcctctttaaataaaagaaaagaaagaaagaaaaaa
gtctgcctgagacttgactagaaatccttcctaactgacctcatttattt
aaaaaaaaattctttgattatggaagaagtactttttttttttaagtctt
ttttttttttaaggtaaaatgcccctcaaaaattaaagctatttagttat
tgtctgattacaaactggccactgactaaaatgggaggctagtgagggag
gctgtgttcattcagaaggcacttctgagctcttagacctgccaccctgt
gctgggccatgtgtagtgcagtgtgcatggatgcgcttgacccaagagta
tatccatgaactttgaaaggccgttccatccctggcaatgctctacaatg
ttcctgttcaggagatctggctcagcagatcactcacattttctatacct
tatcagtatttctgagtttgattaactctgctttttcctaagtaattttc
ccaaggaagaatggattttccctgcagtgatatagactagtctcccctgt
tcaaagctgcatttagctcaatccaggaagagtcagtctgatcgcctgac
aagctgtcttcacttgagtgactctagtgcatcccagctgac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_106970121_106971281
seq2: B6Ng01-336O03.b_49_1198

seq1  GAATTCCACACCCCTAAGCCCCTTACCCCATAAAACCCCCTAGCTTTCGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACACCCCTAAGCCCCTTACCCCATAAAACCCCCTAGCTTTCGA  50

seq1  GCCTCGTGGCTGGCATCCGTTATCTCCTGTGTGGGATACATGTCGGTCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCGTGGCTGGCATCCGTTATCTCCTGTGTGGGATACATGTCGGTCTG  100

seq1  GAGCTCCATAATTAAACGTCCTCATGTAATTACAACAAGATGGGTCCTCG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCCATAATTAAACGTCCTCATGTAATTACAACAAGATGGGTCCTCG  150

seq1  TGTTTCTTTGGGTGCTCTCACACTCCCAAGACTAGAGTGGGGGTCCCCGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCTTTGGGTGCTCTCACACTCCCAAGACTAGAGTGGGGGTCCCCGA  200

seq1  AAGGGGGTCTTACACAGACCACTGTGAAAGATGTCTAGTGTTGAGTTCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGGTCTTACACAGACCACTGTGAAAGATGTCTAGTGTTGAGTTCTT  250

seq1  ACGAGGCAGTTCACATTATCAACTACATGCTGTAAGTGATAAAGCAGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAGGCAGTTCACATTATCAACTACATGCTGTAAGTGATAAAGCAGAGA  300

seq1  ACACTCAAGGACCCAAGTTCAGAAATCCAACAGGGTACACTGACTGGCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCAAGGACCCAAGTTCAGAAATCCAACAGGGTACACTGACTGGCCC  350

seq1  GGCTAGTTTTAAGTCAACTTGATACAAGCTCCAGCTTGTATCTGAAAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGTTTTAAGTCAACTTGATACAAGCTCCAGCTTGTATCTGAAAGGA  400

seq1  GGGGATCTCAACTGATAAAATGCTTCCACAAGATCCAGCTGTAAGGCATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATCTCAACTGATAAAATGCTTCCACAAGATCCAGCTGTAAGGCATT  450

seq1  TTCTTAATTACTGATTGAGAGGTGACAGCCCAGCCCATGAGAAAGCAGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAATTACTGATTGAGAGGTGACAGCCCAGCCCATGAGAAAGCAGGC  500

seq1  TGGGTGAGCCAGTCAGCACCACCCCTCCATGGCCTCTGCATTGGCTCCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGAGCCAGTCAGCACCACCCCTCCATGGCCTCTGCATTGGCTCCTG  550

seq1  CTTACAGGTTCCCACCCTGTTTGAGTTCCTACCCTGACTTTTCTCAGTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACAGGTTCCCACCCTGTTTGAGTTCCTACCCTGACTTTTCTCAGTGC  600

seq1  TGGACTGTTACCTGGAAATATAGGATGAAATAAACCCGATTCTCCCCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTGTTACCTGGAAATATAGGATGAAATAAACCCGATTCTCCCCCAG  650

seq1  GTTGCTTTGGTCATGGTGTTTCATCATAGCAAGAGTCAGCAATCCTAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTTTGGTCATGGTGTTTCATCATAGCAAGAGTCAGCAATCCTAACA  700

seq1  AGGACACTGACTCAAGCTATGCCCCTAACCACTAAGCTAGAAGCTGCTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACACTGACTCAAGCTATGCCCCTAACCACTAAGCTAGAAGCTGCTCA  750

seq1  TGAAATCAGATTTCTATATCGAGAAATGTTTTTCCTAATTTCAAAAGTCG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATCAGATTTCTATATCGAGAAATGTTTTTCCTAATTTCAAAAGTCG  800

seq1  GTGCAGTGACGAGAAAACACGGGAACCATGGGACTGCTGGACAATGAGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGTGACGAGAAAACACGGGAACCATGGGACTGCTGGACAATGAGGT  850

seq1  TCTGCAACACATTCTGCAAGAGCAACCAGGAAAACAAAACAAGCAATGCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAACACATTCTGCAAGAGCAACCAGGAAAACAAAACAAGCAATGCC  900

seq1  CTTGTTTAGCAGCTCACTGGCCGCACCAGCAAGAGAAGCGACACAGGTGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTTAGCAGCTCACTGGCCGCACCAGCAAGAGAAGCGACACAGGTGG  950

seq1  TGTCTGTCCTAGAGAAAATGAAACAGCTAGGCCTCAGGCTCTGACAGGCC  1000
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TGTCTGTCCTAGAG-AAATGAAACAGCTAGGCCTCA-GCTCTGACAGGCC  998

seq1  ACAGGGCGGGGCCTCTGTGGGGTCTGATCTGCCAAGCTACTGAT-ATACA  1049
      ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ACA-GGCGGGGCCTCTGT-GGGTCTGATCTGCCAAGCTACTGATAATACA  1046

seq1  GTAAAGAACTGG-CAAGTCCCCAAACTACAAAATCCTCAGAAGGAATTGG  1098
      |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  ||  |||
seq2  GTAAAGAACTGGCCAAGT-CCCAAACTACAAAATCCTCAGA--GA--TGG  1091

seq1  GAACCACTGCCATTTAAAGCAAGGACAGAGGCTCAGCAGAGTCCCATCGT  1148
      | ||||||||||||| |||||  |||||| |||||||| ||| |||||||
seq2  G-ACCACTGCCATTTTAAGCA--GACAGA-GCTCAGCAAAGT-CCATCGT  1136

seq1  CACTGT-GTCAGTG  1161
      |||||| |||||||
seq2  CACTGTGGTCAGTG  1150

seq1: chr7_107070365_107071471
seq2: B6Ng01-336O03.g_66_1157 (reverse)

seq1  GTCAGCTTGGGATGCACTAGGAGGTCACTCAAGTGAAGGACAGGCTTTGT  50
      |||||| |||||||||||||   |||||||||||||| |||||   ||||
seq2  GTCAGC-TGGGATGCACTAG--AGTCACTCAAGTGAA-GACAG--CTTGT  44

seq1  CAGGGCGATCCAGACTTGACTCCTTTCTTGGGATTTGAGCTAAATGCAGC  100
      || |||||| ||||| ||||||  ||| |||   ||||||||||||||| 
seq2  CA-GGCGAT-CAGAC-TGACTC--TTCCTGG--ATTGAGCTAAATGCAG-  86

seq1  CTTTGAACAGGGGAGACTAGTCTATAATCACTGCAGGGAAAATCCATTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAACAGGGGAGACTAGTCTAT-ATCACTGCAGGGAAAATCCATTCT  135

seq1  TCCTTGGGAAAATTACTTAGGAAAAAGCAGAGTTAATCAAACTCAGAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGGGAAAATTACTTAGGAAAAAGCAGAGTTAATCAAACTCAGAAAT  185

seq1  ACTGATAAGGTATAGAAAATGTGAGTGATCTGCTGAGCCAGATCTCCTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATAAGGTATAGAAAATGTGAGTGATCTGCTGAGCCAGATCTCCTGA  235

seq1  ACAGGAACATTGTAGAGCATTGCCAGGGATGGAACGGCCTTTCAAAGTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAACATTGTAGAGCATTGCCAGGGATGGAACGGCCTTTCAAAGTTC  285

seq1  ATGGATATACTCTTGGGTCAAGCGCATCCATGCACACTGCACTACACATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATATACTCTTGGGTCAAGCGCATCCATGCACACTGCACTACACATG  335

seq1  GCCCAGCACAGGGTGGCAGGTCTAAGAGCTCAGAAGTGCCTTCTGAATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGCACAGGGTGGCAGGTCTAAGAGCTCAGAAGTGCCTTCTGAATGA  385

seq1  ACACAGCCTCCCTCACTAGCCTCCCATTTTAGTCAGTGGCCAGTTTGTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGCCTCCCTCACTAGCCTCCCATTTTAGTCAGTGGCCAGTTTGTAA  435

seq1  TCAGACAATAACTAAATAGCTTTAATTTTTGAGGGGCATTTTACCTTAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACAATAACTAAATAGCTTTAATTTTTGAGGGGCATTTTACCTTAAA  485

seq1  AAAAAAAAAGACTTAAAAAAAAAAAGTACTTCTTCCATAATCAAAGAATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAGACTTAAAAAAAAAAAGTACTTCTTCCATAATCAAAGAATT  535

seq1  TTTTTTTAAATAAATGAGGTCAGTTAGGAAGGATTTCTAGTCAAGTCTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTAAATAAATGAGGTCAGTTAGGAAGGATTTCTAGTCAAGTCTCA  585

seq1  GGCAGACTTTTTTCTTTCTTTCTTTTCTTTTATTTAAAGAGGCAACTAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGACTTTTTTCTTTCTTTCTTTTCTTTTATTTAAAGAGGCAACTAAG  635

seq1  GGCCCGAGGCCAGAGGCTGGGTGCTGGCAGAGTACTAAGGGCCCGAGGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCGAGGCCAGAGGCTGGGTGCTGGCAGAGTACTAAGGGCCCGAGGCC  685

seq1  AGAAGCTGGGTGCTGGCAGAGTACTTCCCGACTTGATACCAGCACATCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCTGGGTGCTGGCAGAGTACTTCCCGACTTGATACCAGCACATCAG  735

seq1  GCCCAGATGATTTAGATGACTTCTTCAAACAGGTATAAGGGTTCCCCTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGATGATTTAGATGACTTCTTCAAACAGGTATAAGGGTTCCCCTCT  785

seq1  AGAGAAGGGCTACCAAGCCCTCTTGAGGCATAGCACATCTCTTGGATTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGGGCTACCAAGCCCTCTTGAGGCATAGCACATCTCTTGGATTCC  835

seq1  CCATCAGAAAGACTTAGCCTCCTGTCTCTCCTAGTTTCCTCTTTGCACAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCAGAAAGACTTAGCCTCCTGTCTCTCCTAGTTTCCTCTTTGCACAC  885

seq1  ACACTAAGGAGCACAGCAGAATGTGGGCAGTGTGCAGGTCGCTAGGACTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTAAGGAGCACAGCAGAATGTGGGCAGTGTGCAGGTCGCTAGGACTG  935

seq1  CAGTGACTGCAGCTAGTTCTAGCTGTAAAAGGATGTCTTCCACTCAAGCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGACTGCAGCTAGTTCTAGCTGTAAAAGGATGTCTTCCACTCAAGCT  985

seq1  CACCAGCCTCCCAAGCGTTCTCTTCCCTGGTCCATTTTCTCCTATGGGAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGCCTCCCAAGCGTTCTCTTCCCTGGTCCATTTTCTCCTATGGGAT  1035

seq1  CCCCATCAGCAACTGTAGCTGCAATGGACTTCAGTCAAACACCAAGATGG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATCAGCAACTGTAGCTGCAATGGACTTCAGTCAAACACCAAGATGG  1085

seq1  GGAATTC  1107
      |||||||
seq2  GGAATTC  1092