BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-340A03
Chromosome7 (Build37)
Map Location 37,926,643 - 38,037,107
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043874
Upstream geneEG668988, LOC668507, Tshz3
Downstream geneZfp536, LOC100043453, EG627844, C80913, Ccne1, 1600014C10Rik, Plekhf1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-340A03.bB6Ng01-340A03.g
ACCGA123847GA123848
length1,2001,128
definitionB6Ng01-340A03.b B6Ng01-340A03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,035,889 - 38,037,107)(37,926,643 - 37,927,783)
sequence
gaattctgtggctgctcatgtggcttaagaccaggaagcagaaaatgtgg
gccaagatatatcttttatagagttactttttagtggcttgcctctcttg
acccttctctaccagccaggtcttacctcctgaaggctccacaccctccc
taaacagcaccagtaatcagggaaatatgttgaaaacatgagccgatggg
agacatttcaggttcaaaccaaacacgcttcatgtgtctttcttccttat
ctctgaggagcaattggcaattaaagccagaaagagcttaaccctcattc
agttgtagccgtaatgttcagagggaggaggagacttagtgacttgttta
gtatacacagaaagcccagatccagaaggagtccacagacctgttgaagc
tttaccgcctttcctgttgagccattcttggctgctttgcccagttcttc
tctatgctacttccttcagccctgtctcctctctttcttctctgcccaag
gtacatggacccctccatttactagtgcatgcagcagcttcactaagaat
gtaagctgtgcacaggggactgtgctagagaaacatgtggcatttgttag
agctattcctcgagggtcactaggatgtgttactagggtactgaagagtg
gtcacaggggttggacccacagatcgtgttggagcatgggaactgactct
ggcccagcttcatgggtcaggtttaactgtgttccttcccaccccatcct
ggtcccttcccactggcttggagggacagatgattgctggggagttggtg
tttatccattcatttttgaacaaagatttatttactttctttttatgtgt
atgagtgttttgtctgcatgtatttatgtgaatgacatgtgtggagcatc
catgggaagccagaagaggtgtcagatccatggaactgggagttacacca
gttgtgaaccattagctgggcactgggaacggagcctgtaacctcttgag
agtagccagtgctctaaatactgatccatctccccagtctctgttttatt
agaaacttctccctaggtgtttctgtcactggggctcaatttaaaacaca
caaacacatcaacaagcatagaatcttccccacagactgaaactatttat
tacagccaggcaagctcttgaagcatgcattgtgtgtgtgccgagttaac

gaattcctggcttaaaagggatatgaagtgactctctagaaagagaaagt
ggctgtggtagatgtcctcactccgtgctggtagagatcctcaaaaaaaa
aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagataactctctaacgagga
ttaatttttagagcctgttctaagagctgatcatttgcaaccatctctca
gtgtctgtgggggattggccccaggatcctggtggatacccaaatctgag
gatgctcaaatcctttgtatgaaatagagtaatgtatgtgctgctaacac
tgtcattttaatccgtacagaagcatcattaagagctattgttgtaccag
tttatgaatgagaaaatatatgctcagacaggttcaaactcctgtcctag
atcacgcatcctagggctggcagggccaatcatcagctcctggtaccctg
gtccagcatctgtttgcatacctgtctttgctctcttttgacctgtgaca
aaataatgttgttctatgtcactagtacacttacatagacacttactgac
acatgaaaagaacagatctacccaggcagccacacagggaccagtccttg
ggaaaggaagcctggcttcaggctgctgagacattgttgaatgaggggta
acagcaggagtccagagagctggggttcagtgagaagtgttcactctttc
tttccatgagactaaagagcagaagagagctatgaacccaggaaaggata
ggaccaggaggaagtgtgaaggtacttaaggacctgggacgagggcagaa
tggaaaggagagctgtcctcatctctgggagtggtggggcagtttgagaa
gccagagggatcatagtgctgagttacgaggttgcataggacatgttgag
tttttctttgcttgaacatcagcaaagagctgtcccaggctttgccgtca
ccctctgcttagtctctttctgtggtctgccgtctactgcttcgctctcc
tattgagtgggcatgtgagcgtagagctcacctcttctgtcatctttctc
ctcttcatcattcatgactcaattctgaacctcggatatagagaaagctt
tctgtcctccaatgtttggtttattttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_38035889_38037107
seq2: B6Ng01-340A03.b_49_1248 (reverse)

seq1  GTTAACTCTGGCCACACACAATGCCCATGCCTTCAAAAGGAGTTTGGCCC  50
      |||||||| |  |||||||||||  |||| ||||||   ||| |||  ||
seq2  GTTAACTCGGCACACACACAATG--CATG-CTTCAA---GAGCTTG--CC  42

seq1  TGGGCTGTAAT-AATAGTTTTCCAGTCTGTGGG--AGA-TCTATGGTTTT  96
      | ||||||||| ||||||||  |||||||||||  ||| ||||      |
seq2  T-GGCTGTAATAAATAGTTT--CAGTCTGTGGGGAAGATTCTA------T  83

seq1  GTTTGTTTGTTTGTTTGTGTTGTTTTTAATTTTGAGCCCAAGTGAACAGA  146
      | |||||  | |||||||| |||||| ||  |||||||| |||| |||||
seq2  GCTTGTTGATGTGTTTGTG-TGTTTTAAA--TTGAGCCCCAGTG-ACAGA  129

seq1  AACACCTAGGGAGAGGTTTCTAATAAAACAGAGACTGGGGAGATGGATCA  196
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCTAGGGAGAAGTTTCTAATAAAACAGAGACTGGGGAGATGGATCA  179

seq1  GTATTTAAGAGCACTGGCTACTCTTCAAGAGGTTACAGGCTCCGTTCCCA  246
      |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTT-AGAGCACTGGCTACTC-TCAAGAGGTTACAGGCTCCGTTCCCA  227

seq1  GTGCCCAGCTAATGGTTCACAACTGGTGTAACT-CCAGTTCCAATGGATC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
seq2  GTGCCCAGCTAATGGTTCACAACTGGTGTAACTCCCAGTTCC-ATGGATC  276

seq1  TGACACCCTCTTCTGGCTT-CCATGGATGCTCCACACATGTCATTCACAT  344
      ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACA-CCTCTTCTGGCTTCCCATGGATGCTCCACACATGTCATTCACAT  325

seq1  AAATACATGCAGACAAAACACTCATACACATAAAAAGAAAGTAAATAAAT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACATGCAGACAAAACACTCATACACATAAAAAGAAAGTAAATAAAT  375

seq1  CTTTGTTCAAAAATGAATGGATAAACACCAACTCCCCAGCAATCATCTGT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTTCAAAAATGAATGGATAAACACCAACTCCCCAGCAATCATCTGT  425

seq1  CCCTCCAAGCCAGTGGGAAGGGACCAGGATGGGGTGGGAAGGAACACAGT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCAAGCCAGTGGGAAGGGACCAGGATGGGGTGGGAAGGAACACAGT  475

seq1  TAAACCTGACCCATGAAGCTGGGCCAGAGTCAGTTCCCATGCTCCAACAC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCTGACCCATGAAGCTGGGCCAGAGTCAGTTCCCATGCTCCAACAC  525

seq1  GATCTGTGGGTCCAACCCCTGTGACCACTCTTCAGTACCCTAGTAACACA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGTGGGTCCAACCCCTGTGACCACTCTTCAGTACCCTAGTAACACA  575

seq1  TCCTAGTGACCCTCGAGGAATAGCTCTAACAAATGCCACATGTTTCTCTA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGTGACCCTCGAGGAATAGCTCTAACAAATGCCACATGTTTCTCTA  625

seq1  GCACAGTCCCCTGTGCACAGCTTACATTCTTAGTGAAGCTGCTGCATGCA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGTCCCCTGTGCACAGCTTACATTCTTAGTGAAGCTGCTGCATGCA  675

seq1  CTAGTAAATGGAGGGGTCCATGTACCTTGGGCAGAGAAGAAAGAGAGGAG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTAAATGGAGGGGTCCATGTACCTTGGGCAGAGAAGAAAGAGAGGAG  725

seq1  ACAGGGCTGAAGGAAGTAGCATAGAGAAGAACTGGGCAAAGCAGCCAAGA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGCTGAAGGAAGTAGCATAGAGAAGAACTGGGCAAAGCAGCCAAGA  775

seq1  ATGGCTCAACAGGAAAGGCGGTAAAGCTTCAACAGGTCTGTGGACTCCTT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTCAACAGGAAAGGCGGTAAAGCTTCAACAGGTCTGTGGACTCCTT  825

seq1  CTGGATCTGGGCTTTCTGTGTATACTAAACAAGTCACTAAGTCTCCTCCT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATCTGGGCTTTCTGTGTATACTAAACAAGTCACTAAGTCTCCTCCT  875

seq1  CCCTCTGAACATTACGGCTACAACTGAATGAGGGTTAAGCTCTTTCTGGC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTGAACATTACGGCTACAACTGAATGAGGGTTAAGCTCTTTCTGGC  925

seq1  TTTAATTGCCAATTGCTCCTCAGAGATAAGGAAGAAAGACACATGAAGCG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTGCCAATTGCTCCTCAGAGATAAGGAAGAAAGACACATGAAGCG  975

seq1  TGTTTGGTTTGAACCTGAAATGTCTCCCATCGGCTCATGTTTTCAACATA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGGTTTGAACCTGAAATGTCTCCCATCGGCTCATGTTTTCAACATA  1025

seq1  TTTCCCTGATTACTGGTGCTGTTTAGGGAGGGTGTGGAGCCTTCAGGAGG  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCTGATTACTGGTGCTGTTTAGGGAGGGTGTGGAGCCTTCAGGAGG  1075

seq1  TAAGACCTGGCTGGTAGAGAAGGGTCAAGAGAGGCAAGCCACTAAAAAGT  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACCTGGCTGGTAGAGAAGGGTCAAGAGAGGCAAGCCACTAAAAAGT  1125

seq1  AACTCTATAAAAGATATATCTTGGCCCACATTTTCTGCTTCCTGGTCTTA  1194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTATAAAAGATATATCTTGGCCCACATTTTCTGCTTCCTGGTCTTA  1175

seq1  AGCCACATGAGCAGCCACAGAATTC  1219
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACATGAGCAGCCACAGAATTC  1200

seq1: chr7_37926643_37927783
seq2: B6Ng01-340A03.g_66_1193

seq1  GAATTCCTGGCTTAAAAGGGATATGAAGTGACTCTCTAGAAAGAGAAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGGCTTAAAAGGGATATGAAGTGACTCTCTAGAAAGAGAAAGT  50

seq1  GGCTGTGGTAGATGTCCTCACTCCGTGCTGGTAGAGATCCTCAAAAAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTGGTAGATGTCCTCACTCCGTGCTGGTAGAGATCCTCAAAAAAAA  100

seq1  AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGATAACTCTCTAACGAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGATAACTCTCTAACGAGGA  150

seq1  TTAATTTTTAGAGCCTGTTCTAAGAGCTGATCATTTGCAACCATCTCTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTTTAGAGCCTGTTCTAAGAGCTGATCATTTGCAACCATCTCTCA  200

seq1  GTGTCTGTGGGGGATTGGCCCCAGGATCCTGGTGGATACCCAAATCTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTGTGGGGGATTGGCCCCAGGATCCTGGTGGATACCCAAATCTGAG  250

seq1  GATGCTCAAATCCTTTGTATGAAATAGAGTAATGTATGTGCTGCTAACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTCAAATCCTTTGTATGAAATAGAGTAATGTATGTGCTGCTAACAC  300

seq1  TGTCATTTTAATCCGTACAGAAGCATCATTAAGAGCTATTGTTGTACCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATTTTAATCCGTACAGAAGCATCATTAAGAGCTATTGTTGTACCAG  350

seq1  TTTATGAATGAGAAAATATATGCTCAGACAGGTTCAAACTCCTGTCCTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGAATGAGAAAATATATGCTCAGACAGGTTCAAACTCCTGTCCTAG  400

seq1  ATCACGCATCCTAGGGCTGGCAGGGCCAATCATCAGCTCCTGGTACCCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACGCATCCTAGGGCTGGCAGGGCCAATCATCAGCTCCTGGTACCCTG  450

seq1  GTCCAGCATCTGTTTGCATACCTGTCTTTGCTCTCTTTTGACCTGTGACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGCATCTGTTTGCATACCTGTCTTTGCTCTCTTTTGACCTGTGACA  500

seq1  AAATAATGTTGTTCTATGTCACTAGTACACTTACATAGACACTTACTGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATGTTGTTCTATGTCACTAGTACACTTACATAGACACTTACTGAC  550

seq1  ACATGAAAAGAACAGATCTACCCAGGCAGCCACACAGGGACCAGTCCTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAAAAGAACAGATCTACCCAGGCAGCCACACAGGGACCAGTCCTTG  600

seq1  GGAAAGGAAGCCTGGCTTCAGGCTGCTGAGACATTGTTGAATGAGGGGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGGAAGCCTGGCTTCAGGCTGCTGAGACATTGTTGAATGAGGGGTA  650

seq1  ACAGCAGGAGTCCAGAGAGCTGGGGTTCAGTGAGAAGTGTTCACTCTTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAGGAGTCCAGAGAGCTGGGGTTCAGTGAGAAGTGTTCACTCTTTC  700

seq1  TTTCCATGAGACTAAAGAGCAGAAGAGAGCTATGAACCCAGGAAAGGATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCATGAGACTAAAGAGCAGAAGAGAGCTATGAACCCAGGAAAGGATA  750

seq1  GGACCAGGAGGAAGTGTGAAGGTACTTAAGGACCTGGGACGAGGGCAGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCAGGAGGAAGTGTGAAGGTACTTAAGGACCTGGGACGAGGGCAGAA  800

seq1  TGGAAAGGAGAGCTGTCCTCATCTCTGGGAGTGGTGGGGCAGTTTGAGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAGGAGAGCTGTCCTCATCTCTGGGAGTGGTGGGGCAGTTTGAGAA  850

seq1  GCCAGAGGGATCATAGTGCTGAGTTACGAGGTTGCATAGGACATGTTGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGAGGGATCATAGTGCTGAGTTACGAGGTTGCATAGGACATGTTGAG  900

seq1  TTTTTCTTTGCTTGAACATCAGCAAAGAGCTGTCCCAGGCTTTGCCGGTC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTTTTCTTTGCTTGAACATCAGCAAAGAGCTGTCCCAGGCTTTGCC-GTC  949

seq1  ACCCTCTGCTTAGTCTCTTTCTGTGGTCTGCCGTCTACTGCTTCGCTCTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCTGCTTAGTCTCTTTCTGTGGTCTGCCGTCTACTGCTTCGCTCTC  999

seq1  CTATGAAGTGGGCATGTGAGCGTTAGAGCTTCACCTCTTCTGGTCATCTT  1050
      ||||  |||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||
seq2  CTATTGAGTGGGCATGTGAGCG-TAGAGC-TCACCTCTTCT-GTCATCTT  1046

seq1  TCTCCTCTTCATTCATTTCATGGACTCAAATCCTGACCCTCGGGATATAG  1100
      ||||||||||| ||| ||||| ||||| ||| |||| |||| ||||||||
seq2  TCTCCTCTTCA-TCA-TTCAT-GACTC-AATTCTGAACCTC-GGATATAG  1091

seq1  AGAAGGCTTTCTGTCCTCTACAATGTTTTGGGTTTATTTTT  1141
      |||| |||||||||||||  ||||||||  |||||||||||
seq2  AGAAAGCTTTCTGTCCTC--CAATGTTT--GGTTTATTTTT  1128