BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-340E01
Chromosome7 (Build37)
Map Location 141,235,112 - 141,350,052
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAdam12
Upstream geneCtbp2, LOC668747, 4930404H21Rik, LOC100043237, 2700050L05Rik, Mmp21, Uros, Bccip, Dhx32, LOC100043695, Fank1
Downstream geneA130023I24Rik, 4933400E14Rik, LOC100043248, LOC100043699, LOC668750, Dock1, B830028B13Rik, EG668693
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-340E01.bB6Ng01-340E01.g
ACCGA124016GA124017
length674915
definitionB6Ng01-340E01.b B6Ng01-340E01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(141,349,380 - 141,350,052)(141,235,112 - 141,236,024)
sequence
gaattcacactttaagagatcaatgtggttagatggtatagggtatagaa
tagagtgactgaactcacccttgacactggaatgacaaaatagtccaaat
accttcaactaaaatcacagagactgaatgggagttgctgttccccaaag
aacctggcataaaagcagactggacagtaagcaggcaaaaatgccaccct
ggtttcttctcccggtgctatggtagaataacctagtgaaaagcagcttt
aaggaagaaaaagcatatacagctcacagttccaggttacagtgcatcat
tgcagcgaagtcaaggaacttaaggcagctacatgcacagtcaagagcag
aacaagaatgactggatcatgcttgctcatgctcagccgcctctctgtgc
acactcagtcccaatgccctccatagggaatggtgcttcccacagtagga
gtgtctgtgcgtatcaattaatataactaagacaggtcccccacagatat
tcccacgggccaccttgatctaggtaatatctcatgaagattctctatcc
agagtttctagatagtgtcacattgacaagtatgactaccacacatggtc
agagtctatttggttgtataaatacatgtaataccctggagttagcccag
gggagcttcatgaggcctgacaca
gaattcactgctttcgtaccttcacacaactcagccctgagaatgactta
gcccagacaagcacactttgccttctaccttgccaaatgtggagcagagg
taaagcagagctgtgtgggataagcatgaagacacaagttttctcaagaa
agaaagtcagagttatcccttccagttaaatagacctcatgcttctcctt
tcaaatgtcaatttctctcagctcacccagacatttcttggatgtcttcc
atgttcccacacattatcctaggttctgagagcctgatggagacagagaa
aggtggggtccatcttcttccctcccccagcatagtggcaggcctcccac
aacagctttttcccagagtcatacaacaagtcctccacataagtcatgaa
tggatggactgctggaaaaatgaacacatgagagaatgttttgaaatcca
aacacagggatgttatggcaatttccatgtaactgtagaagactctatta
ctgaattctgtgactaacactcaaaaacttggcaccacaaggtttcctaa
atccacacttaataaatgattgtatatttgatattctttctttactttat
tactgtccttatattttgcttggttttcttcaaaaagagcatgaaatttc
tattagcatcaacactcatgagccaaggaatctggacctattcctagcag
ctctgtaccagaaccaaggccacgtcttatgaaaggtgtgcatcttggct
ccttgcatgatccatgccaaattctcttctacccaggcctttgctcttcc
cagctctatttcagagcacatcaagattgaacgattagacaaaagctgaa
atcacaaagttgtgttgtaatggcccttagacttggtcttctgggtatgg
ggaaggtggtgggtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_141349380_141350052
seq2: B6Ng01-340E01.b_52_725 (reverse)

seq1  TGTGTCAGGCCTCATGAAGCTCCCCTGGGCTAACTCCA-GGTATTACATG  49
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGTGTCAGGCCTCATGAAGCTCCCCTGGGCTAACTCCAGGGTATTACATG  50

seq1  TATTTATACAACCAAATAGACTCTGACCATGTGTGGTAGTCATACTTGTC  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATACAACCAAATAGACTCTGACCATGTGTGGTAGTCATACTTGTC  100

seq1  AATGTGACACTATCTAGAAACTCTGGATAGAGAATCTTCATGAGATATTA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGACACTATCTAGAAACTCTGGATAGAGAATCTTCATGAGATATTA  150

seq1  CCTAGATCAAGGTGGCCCGTGGGAATATCTGTGGGGGACCTGTCTTAGTT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGATCAAGGTGGCCCGTGGGAATATCTGTGGGGGACCTGTCTTAGTT  200

seq1  ATATTAATTGATACGCACAGACACTCCTACTGTGGGAAGCACCATTCCCT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAATTGATACGCACAGACACTCCTACTGTGGGAAGCACCATTCCCT  250

seq1  ATGGAGGGCATTGGGACTGAGTGTGCACAGAGAGGCGGCTGAGCATGAGC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGGGCATTGGGACTGAGTGTGCACAGAGAGGCGGCTGAGCATGAGC  300

seq1  AAGCATGATCCAGTCATTCTTGTTCTGCTCTTGACTGTGCATGTAGCTGC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATGATCCAGTCATTCTTGTTCTGCTCTTGACTGTGCATGTAGCTGC  350

seq1  CTTAAGTTCCTTGACTTCGCTGCAATGATGCACTGTAACCTGGAACTGTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGTTCCTTGACTTCGCTGCAATGATGCACTGTAACCTGGAACTGTG  400

seq1  AGCTGTATATGCTTTTTCTTCCTTAAAGCTGCTTTTCACTAGGTTATTCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTATATGCTTTTTCTTCCTTAAAGCTGCTTTTCACTAGGTTATTCT  450

seq1  ACCATAGCACCGGGAGAAGAAACCAGGGTGGCATTTTTGCCTGCTTACTG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATAGCACCGGGAGAAGAAACCAGGGTGGCATTTTTGCCTGCTTACTG  500

seq1  TCCAGTCTGCTTTTATGCCAGGTTCTTTGGGGAACAGCAACTCCCATTCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTCTGCTTTTATGCCAGGTTCTTTGGGGAACAGCAACTCCCATTCA  550

seq1  GTCTCTGTGATTTTAGTTGAAGGTATTTGGACTATTTTGTCATTCCAGTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTGTGATTTTAGTTGAAGGTATTTGGACTATTTTGTCATTCCAGTG  600

seq1  TCAAGGGTGAGTTCAGTCACTCTATTCTATACCCTATACCATCTAACCAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGGTGAGTTCAGTCACTCTATTCTATACCCTATACCATCTAACCAC  650

seq1  ATTGATCTCTTAAAGTGTGAATTC  673
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATCTCTTAAAGTGTGAATTC  674

seq1: chr7_141235112_141236024
seq2: B6Ng01-340E01.g_66_980

seq1  GAATTCACTGCTTTCGTACCTTCACACAACTCAGCCCTGAGAATGACTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGCTTTCGTACCTTCACACAACTCAGCCCTGAGAATGACTTA  50

seq1  GCCCAGACAAGCACACTTTGCCTTCTACCTTGCCAAATGTGGAGCAGAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGACAAGCACACTTTGCCTTCTACCTTGCCAAATGTGGAGCAGAGG  100

seq1  TAAAGCAGAGCTGTGTGGGATAAGCATGAAGACACAAGTTTTCTCAAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCAGAGCTGTGTGGGATAAGCATGAAGACACAAGTTTTCTCAAGAA  150

seq1  AGAAAGTCAGAGTTATCCCTTCCAGTTAAATAGACCTCATGCTTCTCCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGTCAGAGTTATCCCTTCCAGTTAAATAGACCTCATGCTTCTCCTT  200

seq1  TCAAATGTCAATTTCTCTCAGCTCACCCAGACATTTCTTGGATGTCTTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATGTCAATTTCTCTCAGCTCACCCAGACATTTCTTGGATGTCTTCC  250

seq1  ATGTTCCCACACATTATCCTAGGTTCTGAGAGCCTGATGGAGACAGAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCCCACACATTATCCTAGGTTCTGAGAGCCTGATGGAGACAGAGAA  300

seq1  AGGTGGGGTCCATCTTCTTCCCTCCCCCAGCATAGTGGCAGGCCTCCCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGGGTCCATCTTCTTCCCTCCCCCAGCATAGTGGCAGGCCTCCCAC  350

seq1  AACAGCTTTTTCCCAGAGTCATACAACAAGTCCTCCACATAAGTCATGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCTTTTTCCCAGAGTCATACAACAAGTCCTCCACATAAGTCATGAA  400

seq1  TGGATGGACTGCTGGAAAAATGAACACATGAGAGAATGTTTTGAAATCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGGACTGCTGGAAAAATGAACACATGAGAGAATGTTTTGAAATCCA  450

seq1  AACACAGGGATGTTATGGCAATTTCCATGTAACTGTAGAAGACTCTATTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAGGGATGTTATGGCAATTTCCATGTAACTGTAGAAGACTCTATTA  500

seq1  CTGAATTCTGTGACTAACACTCAAAAACTTGGCACCACAAGGTTTCCTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATTCTGTGACTAACACTCAAAAACTTGGCACCACAAGGTTTCCTAA  550

seq1  ATCCACACTTAATAAATGATTGTATATTTGATATTCTTTCTTTACTTTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACACTTAATAAATGATTGTATATTTGATATTCTTTCTTTACTTTAT  600

seq1  TACTGTCCTTATATTTTGCTTGGTTTTCTTCAAAAAGAGCATGAAATTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTCCTTATATTTTGCTTGGTTTTCTTCAAAAAGAGCATGAAATTTC  650

seq1  TATTAGCATCAACACTCATGAGCCAAGGAATCTGGACCTATTCCTAGCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGCATCAACACTCATGAGCCAAGGAATCTGGACCTATTCCTAGCAG  700

seq1  CTCTGTACCAGAACCAAGGCCACGTCTTATGAAAGGTGTGCATCTTGGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTACCAGAACCAAGGCCACGTCTTATGAAAGGTGTGCATCTTGGCT  750

seq1  CCTTGCATGATCCATGCCAAATTCTCTTCTACCCAGGCCTTTGCTCTTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCATGATCCATGCCAAATTCTCTTCTACCCAGGCCTTTGCTCTTCC  800

seq1  CAGCTCTATTTCAGAGCACATCAAGATTGAACGATTAGACAAAAGCTGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCTATTTCAGAGCACATCAAGATTGAACGATTAGACAAAAGCTGAA  850

seq1  ATCACAAAGTTGTGTTGTAATGG-CCTTAGACTTGGTCTTCTGGGTATGG  899
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAAAGTTGTGTTGTAATGGCCCTTAGACTTGGTCTTCTGGGTATGG  900

seq1  GG-AGGTGGTGGGTT  913
      || ||||||||||||
seq2  GGAAGGTGGTGGGTT  915