BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-340P12
Chromosome7 (Build37)
Map Location 47,792,754 - 47,911,349
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene3000002G13Rik, EG215208, LOC100039133, LOC100039050, EG668540, 4930558N11Rik, EG628161
Downstream geneLOC100039094, 2900093B09Rik, 4930433I11Rik, EG233164, LOC668555, EG627987, LOC100039269, LOC545955, EG628304, LOC668561, EG434172, LOC100039221, LOC668565, AI987944, EG269902, LOC100039375, EG628359, 2610021A01Rik, 2810426N06Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-340P12.bB6Ng01-340P12.g
ACCGA124502GA124503
length1,1471,054
definitionB6Ng01-340P12.b B6Ng01-340P12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,910,190 - 47,911,349)(47,792,754 - 47,793,806)
sequence
gaattccttgcctctaccccttcttttggggggcagggggaggttctcta
taggatatatcacccttgggtatgttatatattttccccattcacctttc
ccagctagaatgcaagaccaatgctacacccatttgtcattcattgtaca
tattgatttatctctagagataggcatgcatgtgcccaaaaaacatcact
atacaggagcctattgagtgaaaaaagaactccatatttccaaaggaaga
aactgagacttcagtggcatatccaagtgatttgtgcagcaagtgatgga
gtttgccttaaacagactcagcctgactcaggagcccaggctcttagcaa
gtgttctgcacagatgagctcaattaattggacgagtttttcaggggaca
cataatgcaatttaggtgttaaaaatgggggagtttgtggtgctactgct
atagcttgcttggcaagagatggatgtgtggctgataggggaaactgata
tgattttcaacaaagcccacaaattaatcatacttaatgaatgtgactaa
tgcattaaaggaaggggcgattaaaatattagcatgtctgaactcctcct
ccctggataatttcgtctcctccctagggttaccatatttcaaagaggta
ggggtgcagaatcacagaaatggagcttatggaacagaaatgcattttaa
atggcttaaattgggaacagtctgtgccgttctcaagcggctgtcagtct
tcacgtctcactgctcaatcgagggacgtgggctgagtgggggaagctga
agctgtcacatagctggggactggagatgggaagccaggcatttccctgt
gtaatggtgtggaaacaggagacaggcatggggtcccatcgcaggaggca
gttgccattctgtgtagctcaaggtgacatggaaatggctaaagatgatt
gtctcccaaggtgggcctcacagctttgacattatcccagcccacagaca
tgaaatgccaagttacattagggacagcagtgagaatctaactgtttcta
tagaactccctgctcttaccccactccatcggctcggtgagctttctcag
aatatactagagtttggagcagaccagttcaatggcagttgacattt
gaattccaggccaataagctgtcctttctcaaaaagataggtatatggca
ccggagaaatggaacctgagtttggtctctgacctccacatgcaaattaa
cagacaagcatgtgtaagcatgcccacaaaaacacatactaagacactag
ggaacaatcctatagtttactgatctgttggttatgaaggtaggagggct
gtgggaggagatgctgataaactttaccctgcccttgggcaactggcatt
tagccaagatgctgggttggctgggagattttttagctttgctttcattg
agtccattcagaaaaggctgagagacaatgtctgatggagatggctggct
agagcgacttgaggatacaggtccaacattggggattgcttggcacagag
aggccttgtgaagtcatgggattaggggtaataacagggacagagtgcag
agccaggatcaatagatgggaaggttcaagcccttgccctccagtttcac
ctctggaaatgtatcatgaagtcatgatcagcaagcgacaggagggagag
ggtggcacgctggagggaaacagtggtagagttatttgtgaaaactgtaa
gtaacccattcttccaccaagagagaaaagcctaattgtgttgtaaagca
tcgagcactctaaggtcacaattacataaatacatcacagtgtggaactg
ttcaattgctgagaggagtgaactggctccagagatgtaaagtaggctat
catttctgcctaagtgtttgcatacagtcacataaaacactctagaaagc
cacatgctgaaatgtcagctaggacagtgtttgagggaccttaaggataa
gatggttttcctattttgttcgtgtgcatgtgcatgtgtgatctgttcaa
cgcttgccttttttttcacagagaacttccctggctcagatctgagaact
gcctttttgatggtcccttcctgctgaatttcccctagaaagccttctgc
ccttgtctgtctatttttgcttacagcccaccctacatatgaaccacttc
agca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_47910190_47911349
seq2: B6Ng01-340P12.b_46_1192 (reverse)

seq1  AAATGTCAACTGGCAAATGGACT-GTCTTGGCTCCAATATTCTAAGGTAT  49
      ||||||||||| || | || ||| ||||  ||||||| | ||||  ||||
seq2  AAATGTCAACT-GCCATTGAACTGGTCT--GCTCCAA-ACTCTA--GTAT  44

seq1  ATTCTGAGAAGCTTCACCGAGCCGATGG-GTGTGGGTAGAGCAGGGAGTT  98
      ||||||||||   ||||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||
seq2  ATTCTGAGAAAGCTCACCGAGCCGATGGAGTGGGGTAAGAGCAGGGAGTT  94

seq1  CTATAGACACAGTTAAGATTCTCCACTGCTTGTCCCCTTATTGGTAACTT  148
      ||||||| |||||| ||||||| |||||| ||||||  || | |||||||
seq2  CTATAGAAACAGTT-AGATTCT-CACTGC-TGTCCC--TAAT-GTAACTT  138

seq1  GGCATTTCATGTCTGTGGGCTGGGATAATGTTCAAAGCCTGTGAGGCCCA  198
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||
seq2  GGCATTTCATGTCTGTGGGCTGGGATAATG-TCAAAG-CTGTGAGGCCCA  186

seq1  CCCTGGGAGACATTCATCCTTAGCCATTTCCATGTCACCTTGAGCTACAC  248
      || ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGGAGACAATCATCTTTAGCCATTTCCATGTCACCTTGAGCTACAC  236

seq1  AGAATGGCAACTGCCTCCCTGCGATGGGACCCCATGCCTGTCTCCTGTTT  298
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGGCAACTGCCT-CCTGCGATGGGACCCCATGCCTGTCTCCTGTTT  285

seq1  CCACACCATTACACAGGGAAATGCCTGGCTTCCCATCTCCAGTCCCCAGC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACCATTACACAGGGAAATGCCTGGCTTCCCATCTCCAGTCCCCAGC  335

seq1  TATGTGACAGCTTCAGCTTCCCCCACTCAGCCCACGTCCCTCGATTGAGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGACAGCTTCAGCTTCCCCCACTCAGCCCACGTCCCTCGATTGAGC  385

seq1  AGTGAGACGTGAAGACTGACAGCCGCTTGAGAACGGCACAGACTGTTCCC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGACGTGAAGACTGACAGCCGCTTGAGAACGGCACAGACTGTTCCC  435

seq1  AATTTAAGCCATTTAAAATGCATTTCTGTTCCATAAGCTCCATTTCTGTG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAAGCCATTTAAAATGCATTTCTGTTCCATAAGCTCCATTTCTGTG  485

seq1  ATTCTGCACCCCTACCTCTTTGAAATATGGTAACCCTAGGGAGGAGACGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGCACCCCTACCTCTTTGAAATATGGTAACCCTAGGGAGGAGACGA  535

seq1  AATTATCCAGGGAGGAGGAGTTCAGACATGCTAATATTTTAATCGCCCCT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATCCAGGGAGGAGGAGTTCAGACATGCTAATATTTTAATCGCCCCT  585

seq1  TCCTTTAATGCATTAGTCACATTCATTAAGTATGATTAATTTGTGGGCTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTAATGCATTAGTCACATTCATTAAGTATGATTAATTTGTGGGCTT  635

seq1  TGTTGAAAATCATATCAGTTTCCCCTATCAGCCACACATCCATCTCTTGC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGAAAATCATATCAGTTTCCCCTATCAGCCACACATCCATCTCTTGC  685

seq1  CAAGCAAGCTATAGCAGTAGCACCACAAACTCCCCCATTTTTAACACCTA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAAGCTATAGCAGTAGCACCACAAACTCCCCCATTTTTAACACCTA  735

seq1  AATTGCATTATGTGTCCCCTGAAAAACTCGTCCAATTAATTGAGCTCATC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGCATTATGTGTCCCCTGAAAAACTCGTCCAATTAATTGAGCTCATC  785

seq1  TGTGCAGAACACTTGCTAAGAGCCTGGGCTCCTGAGTCAGGCTGAGTCTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCAGAACACTTGCTAAGAGCCTGGGCTCCTGAGTCAGGCTGAGTCTG  835

seq1  TTTAAGGCAAACTCCATCACTTGCTGCACAAATCACTTGGATATGCCACT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGGCAAACTCCATCACTTGCTGCACAAATCACTTGGATATGCCACT  885

seq1  GAAGTCTCAGTTTCTTCCTTTGGAAATATGGAGTTCTTTTTTCACTCAAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCTCAGTTTCTTCCTTTGGAAATATGGAGTTCTTTTTTCACTCAAT  935

seq1  AGGCTCCTGTATAGTGATGTTTTTTGGGCACATGCATGCCTATCTCTAGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCCTGTATAGTGATGTTTTTTGGGCACATGCATGCCTATCTCTAGA  985

seq1  GATAAATCAATATGTACAATGAATGACAAATGGGTGTAGCATTGGTCTTG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAATCAATATGTACAATGAATGACAAATGGGTGTAGCATTGGTCTTG  1035

seq1  CATTCTAGCTGGGAAAGGTGAATGGGGAAAATATATAACATACCCAAGGG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTAGCTGGGAAAGGTGAATGGGGAAAATATATAACATACCCAAGGG  1085

seq1  TGATATATCCTATAGAGAACCTCCCCCTGCCCCCCAAAAGAAGGGGTAGA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATATCCTATAGAGAACCTCCCCCTGCCCCCCAAAAGAAGGGGTAGA  1135

seq1  GGCAAGGAATTC  1160
      ||||||||||||
seq2  GGCAAGGAATTC  1147

seq1: chr7_47792754_47793806
seq2: B6Ng01-340P12.g_67_1120

seq1  GAATTCCAGGCCAATAAGCTGTCCTTTCTCAAAAAGATAGGTATATGGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGCCAATAAGCTGTCCTTTCTCAAAAAGATAGGTATATGGCA  50

seq1  CCGGAGAAATGGAACCTGAGTTTGGTCTCTGACCTCCACATGCAAATTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGAGAAATGGAACCTGAGTTTGGTCTCTGACCTCCACATGCAAATTAA  100

seq1  CAGACAAGCATGTGTAAGCATGCCCACAAAAACACATACTAAGACACTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAAGCATGTGTAAGCATGCCCACAAAAACACATACTAAGACACTAG  150

seq1  GGAACAATCCTATAGTTTACTGATCTGTTGGTTATGAAGGTAGGAGGGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACAATCCTATAGTTTACTGATCTGTTGGTTATGAAGGTAGGAGGGCT  200

seq1  GTGGGAGGAGATGCTGATAAACTTTACCCTGCCCTTGGGCAACTGGCATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAGGAGATGCTGATAAACTTTACCCTGCCCTTGGGCAACTGGCATT  250

seq1  TAGCCAAGATGCTGGGTTGGCTGGGAGATTTTTTAGCTTTGCTTTCATTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCAAGATGCTGGGTTGGCTGGGAGATTTTTTAGCTTTGCTTTCATTG  300

seq1  AGTCCATTCAGAAAAGGCTGAGAGACAATGTCTGATGGAGATGGCTGGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCATTCAGAAAAGGCTGAGAGACAATGTCTGATGGAGATGGCTGGCT  350

seq1  AGAGCGACTTGAGGATACAGGTCCAACATTGGGGATTGCTTGGCACAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCGACTTGAGGATACAGGTCCAACATTGGGGATTGCTTGGCACAGAG  400

seq1  AGGCCTTGTGAAGTCATGGGATTAGGGGTAATAACAGGGACAGAGTGCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTTGTGAAGTCATGGGATTAGGGGTAATAACAGGGACAGAGTGCAG  450

seq1  AGCCAGGATCAATAGATGGGAAGGTTCAAGCCCTTGCCCTCCAGTTTCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGGATCAATAGATGGGAAGGTTCAAGCCCTTGCCCTCCAGTTTCAC  500

seq1  CTCTGGAAATGTATCATGAAGTCATGATCAGCAAGCGACAGGAGGGAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGAAATGTATCATGAAGTCATGATCAGCAAGCGACAGGAGGGAGAG  550

seq1  GGTGGCACGCTGGAGGGAAACAGTGGTAGAGTTATTTGTGAAAACTGTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCACGCTGGAGGGAAACAGTGGTAGAGTTATTTGTGAAAACTGTAA  600

seq1  GTAACCCATTCTTCCACCAAGAGAGAAAAGCCTAATTGTGTTGTAAAGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACCCATTCTTCCACCAAGAGAGAAAAGCCTAATTGTGTTGTAAAGCA  650

seq1  TCGAGCACTCTAAGGTCACAATTACATAAATACATCACAGTGTGGAACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAGCACTCTAAGGTCACAATTACATAAATACATCACAGTGTGGAACTG  700

seq1  TTCAATTGCTGAGAGGAGTGAACTGGCTCCAGAGATGTAAAGTAGGCTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATTGCTGAGAGGAGTGAACTGGCTCCAGAGATGTAAAGTAGGCTAT  750

seq1  CATTTCTGCCTAAGTGTTTGCATACAGTCACATAAAACACTCTAGAAAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCTGCCTAAGTGTTTGCATACAGTCACATAAAACACTCTAGAAAGC  800

seq1  CACATGCTGAAATGTCAGCTAGGACAGTGTTTGAGGGGACCTTAAGGATA  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CACATGCTGAAATGTCAGCTAGGACAGTGTTTGA-GGGACCTTAAGGATA  849

seq1  AGATGGGTTTTCCTATTTTGTTCGTGTGCATGTGCATGTGTGATCTGTTC  900
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAT-GGTTTTCCTATTTTGTTCGTGTGCATGTGCATGTGTGATCTGTTC  898

seq1  AACGCTTGCCTTTTTTTTCACAGAG-ACTTCCCTGGCTCAGATCTGAGAA  949
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGCTTGCCTTTTTTTTCACAGAGAACTTCCCTGGCTCAGATCTGAGAA  948

seq1  CTGCCTTTTTGATGGTTCCCTTCCTGCTGAATTTCCCCTAGAAAGCCTTC  999
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTTTTTGATGG-TCCCTTCCTGCTGAATTTCCCCTAGAAAGCCTTC  997

seq1  TGCCCTTGTCTGTCTA-TTTTGCTTACAGCCCACCCTACATA-ATACCAC  1047
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   |||||
seq2  TGCCCTTGTCTGTCTATTTTTGCTTACAGCCCACCCTACATATGAACCAC  1047

seq1  -TCAGCA  1053
       ||||||
seq2  TTCAGCA  1054