BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-341N19
Chromosome7 (Build37)
Map Location 78,934,181 - 79,067,555
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC665535
Downstream geneMctp2, LOC100042873, LOC100042880, LOC233391, LOC665570, LOC100042029
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-341N19.bB6Ng01-341N19.g
ACCGA125124GA125125
length970322
definitionB6Ng01-341N19.b B6Ng01-341N19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,934,181 - 78,935,176)(79,067,234 - 79,067,555)
sequence
gaattcctaaatgcatcaaaagtatggaaaagcattctaagtatagtgaa
gtccctcaatgcatgcagacagagcaccaagtagaggattgggctgaaat
acagatcgttggagctggagagatggctccattggtaaaactttcctcac
ggcatggacccacattttaaatctccaatacccatatagaaatctggggt
ggatggcatgcatctataatcctagcattgcaggggcagaggcagaggca
gaggcagaggcagaggcagaggcagaggcagaggcagaggcagaggcaga
ggcagaggcagaggcagaggcagaggcagaggcagaggcagaggcagagg
cagaggcagaggcagaggcagaggcagaggcagaggcagaggcagaggca
ggtgttcatggaaatcattaaccagtgaacttggtaagcttcaaattcag
tgagagaccctgtcagtcaaaacgactaaatggacagcaatataggaaaa
tatccaaagttgaccttttgactatatatacatgtacacacacacacagt
cacatcactttattcacatcaagcatctgtgtcttctactccagggttga
actctgagtcagcatgtactatgtttacattattcattcattctccaagg
atgtaatggctatctgtgacctgtctattcttggatcaggtgatggcatg
acagcagtgctcataacataccctctaccccccacaagcctcaaatccaa
ccagagatgaatggttactcttataacaacaggcatgccactattacaac
tatatgcaccagtgttggcaagttactgcattaccatctggcttggtggc
acccaagcaaggtgtgccttagggtagtctagggctcctacagcgtatct
caatggatgcataccacatctggcattgattcactatgtatctagtgaga
tacatgcatgatagtacatc

aggaagtctaaccaggggcggtgacattgacagtgaggttgaagccttga
aggaactgtagaattttgatacacagcatagctgggattgatatgctaat
tttctagtgtgatcccagggtaaaagtgttcctttgagtgttctgtcttt
tgttagacaaatttgcactagtgggaatgatatctctgggtatccaagaa
ccttatcacatggtatatctattttctatgcagcccatctcagacttaat
gtgaactattctggcaatgacaaggatcactctctctggttgtttgtaga
gatgtggatggagggtagaagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_78934181_78935176
seq2: B6Ng01-341N19.b_51_1020

seq1  GAATTCCTAAATGCATCAAAAGTATGGAAAAGCATTCTAAGTATAGTGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAAATGCATCAAAAGTATGGAAAAGCATTCTAAGTATAGTGAA  50

seq1  GTCCCTCAATGCATGCAGACAGAGCACCAAGTAGAGGATTGGGCTGAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTCAATGCATGCAGACAGAGCACCAAGTAGAGGATTGGGCTGAAAT  100

seq1  ACAGATCGTTGGAGCTGGAGAGATGGCTCCATTGGTAAAACTTTCCTCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATCGTTGGAGCTGGAGAGATGGCTCCATTGGTAAAACTTTCCTCAC  150

seq1  GGCATGGACCCACATTTTAAATCTCCAATACCCATATAGAAATCTGGGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGGACCCACATTTTAAATCTCCAATACCCATATAGAAATCTGGGGT  200

seq1  GGATGGCATGCATCTATAATCCTAGCATTGCAGGGGCAGAGGCAGAGGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGCATGCATCTATAATCCTAGCATTGCAGGGGCAGAGGCAGAGGCA  250

seq1  GAGGCAGAGGCAGAGGCAGAGGCAGAGGCAGAGGCAGAGGCAGAGGCAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGAGGCAGAGGCAGAGGCAGAGGCAGAGGCAGAGGCAGAGGCAGA  300

seq1  GGCAGAGGCAGAGGCAGAGGCAGAGGCAGAGGCAGAGGCAGAGGCAGAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGGCAGAGGCAGAGGCAGAGGCAGAGGCAGAGGCAGAGGCAGAGG  350

seq1  CAGAGGCAGAGGCAGAGGCAGAGGCAGAGGCAGAGGCAGAGGCAGAGGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGCAGAGGCAGAGGCAGAGGCAGAGGCAGAGGCAGAGGCAGAGGCA  400

seq1  GGTGTTCATGGAAATCATTAACCAGTGAACTTGGTAAGCTTCAAATTCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTCATGGAAATCATTAACCAGTGAACTTGGTAAGCTTCAAATTCAG  450

seq1  TGAGAGACCCTGTCAGTCAAAACGACTAAATGGACAGCAATATAGGAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGACCCTGTCAGTCAAAACGACTAAATGGACAGCAATATAGGAAAA  500

seq1  TATCCAAAGTTGACCTTTTGACTATATATACATGTACACACACACACAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCAAAGTTGACCTTTTGACTATATATACATGTACACACACACACAGT  550

seq1  CACATCACTTTATTCACATCAAGCATCTGTGTCTTCTACTCCAGGGTTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCACTTTATTCACATCAAGCATCTGTGTCTTCTACTCCAGGGTTGA  600

seq1  ACTCTGAGTCAGCATGTACTATGTTTACATTATTCATTCATTCTCCAAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGAGTCAGCATGTACTATGTTTACATTATTCATTCATTCTCCAAGG  650

seq1  ATGTAATGGCTATCTGTGACCTGTCTATTCTTGGATCAGGTGATGGCATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAATGGCTATCTGTGACCTGTCTATTCTTGGATCAGGTGATGGCATG  700

seq1  ACAGCAGTGCTCATAACATACCCTCTACCCCCCACAAGCCTCAAATCCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAGTGCTCATAACATACCCTCTACCCCCCACAAGCCTCAAATCCAA  750

seq1  CCAGAGATGAATGGTTACTCTTATAACAACAGGCATGCCACTATTACAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGATGAATGGTTACTCTTATAACAACAGGCATGCCACTATTACAAC  800

seq1  TATATGCACCAGTGTTTGGCAAGTTACTGCATTACCATCTGGCCTTTGTG  850
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||  
seq2  TATATGCACCAGTG-TTGGCAAGTTACTGCATTACCATCTGGC--TTGGT  847

seq1  GGCAACCCAAAGCAAAGGTGTGCCTTAGGGGTTAGTTCCTAGGGCCTCCT  900
      ||||  || |||| ||||||||||||||||  ||||  |||||| |||||
seq2  GGCA--CCCAAGC-AAGGTGTGCCTTAGGG--TAGT--CTAGGG-CTCCT  889

seq1  ACAGCGTTATCTCATATGGATGCATACCACATCTGGCAATATGATTTTCA  950
      |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||   |||  ||||
seq2  ACAGCG-TATCTCA-ATGGATGCATACCACATCTGGCA--TTGA--TTCA  933

seq1  CCTATGTATTCTAGGTGAAGGATTACCAATGCATAGATAGTACATC  996
       ||||||| |||| ||||  || |||  |||||| |||||||||||
seq2  -CTATGTA-TCTA-GTGA--GA-TAC--ATGCAT-GATAGTACATC  970


seq1: chr7_79067234_79067555
seq2: B6Ng01-341N19.g_75_396 (reverse)

seq1  ACTTCTACCCTCCATCCACATCTCTACAAACAACCAGAGAGAGTGATCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTACCCTCCATCCACATCTCTACAAACAACCAGAGAGAGTGATCCT  50

seq1  TGTCATTGCCAGAATAGTTCACATTAAGTCTGAGATGGGCTGCATAGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATTGCCAGAATAGTTCACATTAAGTCTGAGATGGGCTGCATAGAAA  100

seq1  ATAGATATACCATGTGATAAGGTTCTTGGATACCCAGAGATATCATTCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATATACCATGTGATAAGGTTCTTGGATACCCAGAGATATCATTCCC  150

seq1  ACTAGTGCAAATTTGTCTAACAAAAGACAGAACACTCAAAGGAACACTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTGCAAATTTGTCTAACAAAAGACAGAACACTCAAAGGAACACTTT  200

seq1  TACCCTGGGATCACACTAGAAAATTAGCATATCAATCCCAGCTATGCTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTGGGATCACACTAGAAAATTAGCATATCAATCCCAGCTATGCTGT  250

seq1  GTATCAAAATTCTACAGTTCCTTCAAGGCTTCAACCTCACTGTCAATGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCAAAATTCTACAGTTCCTTCAAGGCTTCAACCTCACTGTCAATGTC  300

seq1  ACCGCCCCTGGTTAGACTTCCT  322
      ||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGCCCCTGGTTAGACTTCCT  322


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |