BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-342G13
Chromosome7 (Build37)
Map Location 104,748,565 - 104,865,130
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRsf1, LOC100040211, Clns1a
Upstream geneOdz4, Nars2, Gab2, LOC100040457, Usp35, EG622320, Alg8, Ndufc2, Thrsp, Kctd14, Ints4, 1810020D17Rik, LOC622994
Downstream geneAqp11, LOC100040594, Pak1, Gdpd4, Myo7a, Capn5, Omp, B3gnt6, Phca, Tsku, LOC100040269, Gucy2d, LOC100040721, EG434215, A630091E08Rik, 2210018M11Rik, LOC100040769, Prkrir
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-342G13.bB6Ng01-342G13.g
ACCGA125504GA125505
length8131,031
definitionB6Ng01-342G13.b B6Ng01-342G13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,864,318 - 104,865,130)(104,748,565 - 104,749,346)
sequence
gaattctcttgaattatgaatttttaaaatcaatcatttcagggatcttc
atgttgtaacaagaaagaataagctactcactgtatagtaggtcagccat
cctcagtgatccacatctgcatcctcaaactgtccggcaacagttggtgt
ggtttccacctccatgccatctgaacagaaaggggttgcatttcaggata
ggtagactcaacaaggtctgcgcatggtggtacctgcctttagtcccagc
acttgggaagcagtcttgtagaactctgcaagtttgaggccaccctagtc
tgtgtagtaatttccaagctacatgtgagacccaatcgaaaaagtaaaat
aaaaataactggattttaaaatttggacattttgttgtttttgaaacagg
gtctcctgtggtccaggctgcgctccgttcctgacctcagtccccatgtg
ctgggaccgctctgtcctatcacatcaggctaatgcctccaattccactg
tttctattttgaaaactaaattacctgaaaagagattgcaaggaagatgc
tacctgtggacttaagtcagttaaaatttgatttatacatctaacttagt
aaatccacaacagcagcacacatacaaatcctaggtgggagtcagtttat
gccttttctttaaaaaaaaaaaaaattggaatgttttgctatgcagccta
ggctggctcaaagtgaccagtgtagtccaggctcacctccaaggatcaca
aatgtgtgccatcatgtctggctggcaggaattaaaaaaaaaagaaagaa
aaaaaaagggggg
gaattcaagattagattgattctcacattcctcactcactccatgcttca
gggtccttttcaggcagtggagggcacctccctcagtaaggagctgaggg
aactgtcatgggcagagttatcagaggtgctgcctttactttcagttttg
cctcaatggagaaaaaaatttttaactcttttactaactttaatgtttga
tcaacctcattattaatatcttccttaagcattttgataacagttcatag
taatgcccaagtgacccaaaattgaacagggatccgaaatagaaacttaa
gggttctttgtaagtcatttgtgttggatggtgttttgctgaggcaaaca
cattttcctgaagtgtacataggtgaaaggctaaggtagacttgtgaagg
accgtttggcttaagtagacaaaggtaagttgatgttctgctaaagcaaa
cacatgaaaggacatgtgatgaaggatcctttgctaaggacatggattgg
tccaccttaagttgcatagttgagctccattttgtcagaactccatagag
agaaatgcaccaaacaacttttggtggtgtggttgtgctgaggcggacac
acaagctgaggaagacacatgctgagacatgacctgtgatgtttgtaggg
ggaataaaaggactcgaccaaccacataaagggaggctgagcttggctcg
atggtagagcttagttatgcagtgcctgttagattgctgggagagtcata
gcagagaacttctccagtgttcctgcttgtccctcttgctgactcatgca
atgttgagattgagacctggctgtctctgctaggtagtgccatgctgcta
attcatgttcgctatcccaactctactgtgaagtgtttatgagtagatca
tggtgttgctgctgacctgtgaactgaagattcccagacacacagatggg
agttgctgatagacttatttctagacaggtccatttcccctgtatcctag
tacttttcttttctactacttctggcagtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_104864318_104865130
seq2: B6Ng01-342G13.b_47_859 (reverse)

seq1  CCCCCCTTTTTTTTTCTTTCTTTTTTTTTTAATTCCTGCCAGCCAGACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCTTTTTTTTTCTTTCTTTTTTTTTTAATTCCTGCCAGCCAGACAT  50

seq1  GATGGCACACATTTGTGATCCTTGGAGGTGAGCCTGGACTACACTGGTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCACACATTTGTGATCCTTGGAGGTGAGCCTGGACTACACTGGTCA  100

seq1  CTTTGAGCCAGCCTAGGCTGCATAGCAAAACATTCCAATTTTTTTTTTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAGCCAGCCTAGGCTGCATAGCAAAACATTCCAATTTTTTTTTTTT  150

seq1  TTAAAGAAAAGGCATAAACTGACTCCCACCTAGGATTTGTATGTGTGCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGAAAAGGCATAAACTGACTCCCACCTAGGATTTGTATGTGTGCTG  200

seq1  CTGTTGTGGATTTACTAAGTTAGATGTATAAATCAAATTTTAACTGACTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGTGGATTTACTAAGTTAGATGTATAAATCAAATTTTAACTGACTT  250

seq1  AAGTCCACAGGTAGCATCTTCCTTGCAATCTCTTTTCAGGTAATTTAGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCACAGGTAGCATCTTCCTTGCAATCTCTTTTCAGGTAATTTAGTT  300

seq1  TTCAAAATAGAAACAGTGGAATTGGAGGCATTAGCCTGATGTGATAGGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAATAGAAACAGTGGAATTGGAGGCATTAGCCTGATGTGATAGGAC  350

seq1  AGAGCGGTCCCAGCACATGGGGACTGAGGTCAGGAACGGAGCGCAGCCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCGGTCCCAGCACATGGGGACTGAGGTCAGGAACGGAGCGCAGCCTG  400

seq1  GACCACAGGAGACCCTGTTTCAAAAACAACAAAATGTCCAAATTTTAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACAGGAGACCCTGTTTCAAAAACAACAAAATGTCCAAATTTTAAAA  450

seq1  TCCAGTTATTTTTATTTTACTTTTTCGATTGGGTCTCACATGTAGCTTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTTATTTTTATTTTACTTTTTCGATTGGGTCTCACATGTAGCTTGG  500

seq1  AAATTACTACACAGACTAGGGTGGCCTCAAACTTGCAGAGTTCTACAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTACTACACAGACTAGGGTGGCCTCAAACTTGCAGAGTTCTACAAGA  550

seq1  CTGCTTCCCAAGTGCTGGGACTAAAGGCAGGTACCACCATGCGCAGACCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCCCAAGTGCTGGGACTAAAGGCAGGTACCACCATGCGCAGACCT  600

seq1  TGTTGAGTCTACCTATCCTGAAATGCAACCCCTTTCTGTTCAGATGGCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGAGTCTACCTATCCTGAAATGCAACCCCTTTCTGTTCAGATGGCAT  650

seq1  GGAGGTGGAAACCACACCAACTGTTGCCGGACAGTTTGAGGATGCAGATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTGGAAACCACACCAACTGTTGCCGGACAGTTTGAGGATGCAGATG  700

seq1  TGGATCACTGAGGATGGCTGACCTACTATACAGTGAGTAGCTTATTCTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCACTGAGGATGGCTGACCTACTATACAGTGAGTAGCTTATTCTTT  750

seq1  CTTGTTACAACATGAAGATCCCTGAAATGATTGATTTTAAAAATTCATAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTACAACATGAAGATCCCTGAAATGATTGATTTTAAAAATTCATAA  800

seq1  TTCAAGAGAATTC  813
      |||||||||||||
seq2  TTCAAGAGAATTC  813

seq1: chr7_104748565_104749346
seq2: B6Ng01-342G13.g_66_847

seq1  GAATTCAAGATTAGATTGATTCTCACATTCCTCACTCACTCCATGCTTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGATTAGATTGATTCTCACATTCCTCACTCACTCCATGCTTCA  50

seq1  GGGTCCTTTTCAGGCAGTGGAGGGCACCTCCCTCAGTAAGGAGCTGAGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCCTTTTCAGGCAGTGGAGGGCACCTCCCTCAGTAAGGAGCTGAGGG  100

seq1  AACTGTCATGGGCAGAGTTATCAGAGGTGCTGCCTTTACTTTCAGTTTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTCATGGGCAGAGTTATCAGAGGTGCTGCCTTTACTTTCAGTTTTG  150

seq1  CCTCAATGGAGAAAAAAATTTTTAACTCTTTTACTAACTTTAATGTTTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAATGGAGAAAAAAATTTTTAACTCTTTTACTAACTTTAATGTTTGA  200

seq1  TCAACCTCATTATTAATATCTTCCTTAAGCATTTTGATAACAGTTCATAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACCTCATTATTAATATCTTCCTTAAGCATTTTGATAACAGTTCATAG  250

seq1  TAATGCCCAAGTGACCCAAAATTGAACAGGGATCCGAAATAGAAACTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCCCAAGTGACCCAAAATTGAACAGGGATCCGAAATAGAAACTTAA  300

seq1  GGGTTCTTTGTAAGTCATTTGTGTTGGATGGTGTTTTGCTGAGGCAAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCTTTGTAAGTCATTTGTGTTGGATGGTGTTTTGCTGAGGCAAACA  350

seq1  CATTTTCCTGAAGTGTACATAGGTGAAAGGCTAAGGTAGACTTGTGAAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTCCTGAAGTGTACATAGGTGAAAGGCTAAGGTAGACTTGTGAAGG  400

seq1  ACCGTTTGGCTTAAGTAGACAAAGGTAAGTTGATGTTCTGCTAAAGCAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGTTTGGCTTAAGTAGACAAAGGTAAGTTGATGTTCTGCTAAAGCAAA  450

seq1  CACATGAAAGGACATGTGATGAAGGATCCTTTGCTAAGGACATGGATTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGAAAGGACATGTGATGAAGGATCCTTTGCTAAGGACATGGATTGG  500

seq1  TCCACCTTAAGTTGCATAGTTGAGCTCCATTTTGTCAGAACTCCATAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCTTAAGTTGCATAGTTGAGCTCCATTTTGTCAGAACTCCATAGAG  550

seq1  AGAAATGCACCAAACAACTTTTGGTGGTGTGGTTGTGCTGAGGCGGACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATGCACCAAACAACTTTTGGTGGTGTGGTTGTGCTGAGGCGGACAC  600

seq1  ACAAGCTGAGGAAGACACATGCTGAGACATGACCTGTGATGTTTGTAGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCTGAGGAAGACACATGCTGAGACATGACCTGTGATGTTTGTAGGG  650

seq1  GGAATAAAAGGACTCGACCAACCACATAAAGGGAGGCTGAGCTTGGCTCG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATAAAAGGACTCGACCAACCACATAAAGGGAGGCTGAGCTTGGCTCG  700

seq1  ATGGTAGAGCTTAGTTATGCAGTGCCTGTTAGATTGCTGGGAGAGTCATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTAGAGCTTAGTTATGCAGTGCCTGTTAGATTGCTGGGAGAGTCATA  750

seq1  GCAGAGAACTTCTCCAGTGTTCCTGCTTGTCC  782
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGAACTTCTCCAGTGTTCCTGCTTGTCC  782