BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-344L19
Chromosome7 (Build37)
Map Location 71,997,704 - 72,120,975
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNdnl2
Upstream geneKlf13, E030018B13Rik, Trpm1, BB128963, Mtmr15, LOC100041582, Mphosph10, Mcee, Apba2, 5730507A09Rik
Downstream geneTjp1, Gm1693, EG665234, Tarsl2, Tm2d3, LOC665241, Pcsk6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-344L19.bB6Ng01-344L19.g
ACCGA127145GA127146
length2971,133
definitionB6Ng01-344L19.b B6Ng01-344L19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,997,704 - 71,998,000)(72,119,847 - 72,120,975)
sequence
tatctcatttaatactctatgaagaacagagggggcaggtagtcatcaca
tacaatatgaaagagaaggaaggacagcaatatcaaccaaccagaccctc
cccattccagagctcccagggactaaatcaccaaccaaagagtacacatg
gagggatccatggctccagcagcatatgtggcagaggatggcctagtcag
tcatcaatgggaggagaggcccttggccctgtgaaggctcagtgcaccag
tgtatgggaatgccagagtggtgaggcgggagtgggtggtggtggga
gaattctttgttcagctctgagccccgtctctcccgtttaactacgttgt
aatcagccagacccaggatgaggactccatcttggggctccctgaatgtc
aagaccaacaatgactacatcgtctgctttaggtgttcttgggggtgatg
taacctcatggtgccatggctgagcgaatttttctgtcaggcaaagctgc
ctcctcctttgctcctgatcatcatggtcccctttgaaggttcagagtga
cttcgaactgtgctcatcatgggtggatgatggttatgatgatgaaaata
ttaactgttaacattcatcgatcatttcttgggcccttctctcgatggtg
tcaatatagctagatctagtcatatatatatatgtgtgtgtgtatacaca
catatatactcatatgtgtgtatgtgtgtatgtacacatatacacacact
ttaattctcttattttaagaatctatatttggggctggagagatggctca
gcagttaagagcactgactgctctccaaaggccctgagttcaaatcccag
caaccacatggtagctcacaaccatccataatgagatctgatgccctctt
ttggtgtgtctgaagacagctacagtgtactcatacacacacacacacac
acacacacacacacacacacacacacacatacatacatataaataaataa
atctttaaaaaataatatattttgtgtcatttccctacttattatccttg
gtaacaagatgaacatcataacatatagttaggtgtttcagatgaattct
aacttaatgtcaatattatacaaaagatgggccttctgtgatttctggct
tcccttctttatgctgttttcatacaaattaagtcttgtatgttgtatgc
ctctcacgccaaccttgccattcttgatttacttgggttgtctttttcaa
ttaagataggaagaagaaaaagttatgttctgttgatgctatccttttct
tcttatttcttataagatatagtcgcaataaacaatgcctctagttttta
tcttgaatgggtccaatttttcttaatttaaacgaatgcttctgctatct
atgaagtcttgaatcatagattctcttctctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_71997704_71998000
seq2: B6Ng01-344L19.b_56_352

seq1  TATCTCATTTAATACTCTATGAAGAACAGAGGGGGCAGGTAGTCATCACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCATTTAATACTCTATGAAGAACAGAGGGGGCAGGTAGTCATCACA  50

seq1  TACAATATGAAAGAGAAGGAAGGACAGCAATATCAACCAACCAGACCCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATATGAAAGAGAAGGAAGGACAGCAATATCAACCAACCAGACCCTC  100

seq1  CCCATTCCAGAGCTCCCAGGGACTAAATCACCAACCAAAGAGTACACATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTCCAGAGCTCCCAGGGACTAAATCACCAACCAAAGAGTACACATG  150

seq1  GAGGGATCCATGGCTCCAGCAGCATATGTGGCAGAGGATGGCCTAGTCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGATCCATGGCTCCAGCAGCATATGTGGCAGAGGATGGCCTAGTCAG  200

seq1  TCATCAATGGGAGGAGAGGCCCTTGGCCCTGTGAAGGCTCAGTGCACCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAATGGGAGGAGAGGCCCTTGGCCCTGTGAAGGCTCAGTGCACCAG  250

seq1  TGTATGGGAATGCCAGAGTGGTGAGGCGGGAGTGGGTGGTGGTGGGA  297
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGGGAATGCCAGAGTGGTGAGGCGGGAGTGGGTGGTGGTGGGA  297

seq1: chr7_72119847_72120975
seq2: B6Ng01-344L19.g_65_1197 (reverse)

seq1  AGAGAGA--AGAACCTATGAATCAAGACTTCTATAGATAGCAGAAGCA-T  47
      |||||||  |||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||| |
seq2  AGAGAGAAGAGAATCTATGATTCAAGACTTC-ATAGATAGCAGAAGCATT  49

seq1  CGTTTTAAAATTAAGGAAAAAATTTGAACCATTCCAAGATAAAAACTAAG  97
      |||||  ||||||||  ||||||| || ||||| ||||||||||||||  
seq2  CGTTT--AAATTAAG--AAAAATTGGACCCATT-CAAGATAAAAACTAGA  94

seq1  AGCATTTGTTA-TGCGAC-ATATCTTATAAGAAATAAG-AGAAAAGGATA  144
       |||||  ||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GGCATTGTTTATTGCGACTATATCTTATAAGAAATAAGAAGAAAAGGATA  144

seq1  GCATCACACAGAAACATAAC-TTTTCTTC-TCCTATCTT-ATTG-AAAAG  190
      |||||| |||| |||||||| |||||||| ||||||||| |||| |||||
seq2  GCATCA-ACAG-AACATAACTTTTTCTTCTTCCTATCTTAATTGAAAAAG  192

seq1  ACAA-CCAAGTAAATCAAGAATGGCAAGGTTGGCGTGAGAGGCATACAAC  239
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCCAAGTAAATCAAGAATGGCAAGGTTGGCGTGAGAGGCATACAAC  242

seq1  ATACAAAGACTTAATTTGTATGGAAACAGCATAAAG-AGGGAAGCCAGAA  288
      |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATAC-AAGACTTAATTTGTATGAAAACAGCATAAAGAAGGGAAGCCAGAA  291

seq1  ATCACAGAAGG-CCATCTTTTGTATAATATTGACATTAAGTTAGAATTCA  337
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAGAAGGCCCATCTTTTGTATAATATTGACATTAAGTTAGAATTCA  341

seq1  TCTGAAACACCTAACTATATGTTATGATGTTCATCTTGTTACCAAGGATA  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAACACCTAACTATATGTTATGATGTTCATCTTGTTACCAAGGATA  391

seq1  ATAAGTAGGGAAATGACACAAAATATATTATTTTTTAAAGATTTATTTAT  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTAGGGAAATGACACAAAATATATTATTTTTTAAAGATTTATTTAT  441

seq1  TTATATGTATGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATGTATGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  491

seq1  GTGTGTGTATGAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACACCAAAAGAGGGC  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTATGAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACACCAAAAGAGGGC  541

seq1  ATCAGATCTCATTATGGATGGTTGTGAGCTACCATGTGGTTGCTGGGATT  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGATCTCATTATGGATGGTTGTGAGCTACCATGTGGTTGCTGGGATT  591

seq1  TGAACTCAGGGCCTTTGGAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACTGCTGAGCCAT  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTCAGGGCCTTTGGAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACTGCTGAGCCAT  641

seq1  CTCTCCAGCCCCAAATATAGATTCTTAAAATAAGAGAATTAAAGTGTGTG  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCAGCCCCAAATATAGATTCTTAAAATAAGAGAATTAAAGTGTGTG  691

seq1  TATATGTGTACATACACACATACACACATATGAGTATATATGTGTGTATA  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTGTACATACACACATACACACATATGAGTATATATGTGTGTATA  741

seq1  CACACACACATATATATATATGACTAGATCTAGCTATATTGACACCATCG  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACATATATATATATGACTAGATCTAGCTATATTGACACCATCG  791

seq1  AGAGAAGGGCCCAAGAAATGATCGATGAATGTTAACAGTTAATATTTTCA  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGGGCCCAAGAAATGATCGATGAATGTTAACAGTTAATATTTTCA  841

seq1  TCATCATAACCATCATCCACCCATGATGAGCACAGTTCGAAGTCACTCTG  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCATAACCATCATCCACCCATGATGAGCACAGTTCGAAGTCACTCTG  891

seq1  AACCTTCAAAGGGGACCATGATGATCAGGAGCAAAGGAGGAGGCAGCTTT  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTCAAAGGGGACCATGATGATCAGGAGCAAAGGAGGAGGCAGCTTT  941

seq1  GCCTGACAGAAAAATTCGCTCAGCCATGGCACCATGAGGTTACATCACCC  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGACAGAAAAATTCGCTCAGCCATGGCACCATGAGGTTACATCACCC  991

seq1  CCAAGAACACCTAAAGCAGACGATGTAGTCATTGTTGGTCTTGACATTCA  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAACACCTAAAGCAGACGATGTAGTCATTGTTGGTCTTGACATTCA  1041

seq1  GGGAGCCCCAAGATGGAGTCCTCATCCTGGGTCTGGCTGATTACAACGTA  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCCCCAAGATGGAGTCCTCATCCTGGGTCTGGCTGATTACAACGTA  1091

seq1  GTTAAACGGGAGAGACGGGGCTCAGAGCTGAACAAAGAATTC  1129
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAACGGGAGAGACGGGGCTCAGAGCTGAACAAAGAATTC  1133