BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-344M24
Chromosome7 (Build37)
Map Location 137,523,131 - 137,634,192
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAte1
Upstream genePpapdc1a, Brwd2, LOC100043150, Fgfr2, LOC546005
Downstream geneLOC100043163, Nsmce4a, Tacc2, LOC619876, Btbd16, EG434249, Plekha1, Htra1, Dmbt1, 4933402N03Rik, 5430419D17Rik, LOC546006, LOC100043173, Cuzd1, 1700007K09Rik, 1700063I17Rik, 2310057M21Rik, Pstk, Ikzf5, Acadsb
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-344M24.bB6Ng01-344M24.g
ACCGA127201GA127202
length1,1391,104
definitionB6Ng01-344M24.b B6Ng01-344M24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(137,633,053 - 137,634,192)(137,523,131 - 137,524,237)
sequence
gaattctcctatagtcaccgttcagcataaatgatagaacagttgcatgc
tgaaaggtctgttttctttgatcagtatactaccactcagaggttaacta
ctgtagagtaattttaattattttgcacagataatgagaatctttcaaga
ggcatttcaaaaggcagcatcctgtggttgttggcccatttgtgaatccc
aagtgttattaatgccaggattctcttgaagaattgggtagaaagcagaa
ctcatttttttaaacatttatttattattatatgtaagtatactgtagct
gtcttcagaaaccagaagagcgtcagatctcattacagatggttgtgagc
caccaccatgtggttgctgggatttgaactcaggacctccggaagagcag
tcggctctcttaaccgctaagctatctctccagccccgaaagcagaactc
attaaaacaaatttttaagttataatttatttaagttttaatttatttta
tgtgtttttgcctagaggttagaggacacctggctgcagttaactctgtt
tccatttggatcaaactgggattgtagacttcatggtagcctaggttcct
ttaccagcagaacaacctcacttgctccagaaaggaactttttatttctt
tttaaatttatgtgtatggttattctgcttgcatgtatatgtgtgtatca
cattcatgcttgacatctataggggtcacaagaaggcatcagatctcctg
gagctggagttagaggtggttgtgagccatcatatgggttctaggaattg
aacccaggtcatctggaggagcaacaagtgctgttaaccactgagccatc
tttccgacctccaataatttggagttagttggcatggaccagtgtttctt
aaagttttggtggaagaatttggttcttgtgcagtgttgatagagcttac
atgaatataaagccaagcacaagttttcttatgatgtaactttacaaaca
ctatattaatgaaagtcagatttttttaaacatggggagtcagaggtctt
tagactatcaggattgcttgtatgaagtaagccaaggtgaaaaatgcaac
ttgtggctggggaatttactcaactactagactggaatc
gaattcattacgcaaagcaattgttctaccaagagccaaatgccctcctc
atatgtatcctgccctgctcaggggtttgtcccacctttgtttgtaggag
cgaacttgtatttggtcccttctcttgctttcatctagacaagcagctga
acatgaaggtcccttagcacacatgtccacatgttgcctgcatacctact
cacctatctgtctactgggtccaagtgaccacacaagcaggcagaacaaa
aggcacgccccttggagatgatccttagtaactgcacatctgaaagcaaa
cagattggtacttccctagggttataaagcaacattcttttatatgcctt
aaatttacaacttccctttatgggtgtttccgatattcttaatgcgtgaa
gagcctatgaaattcaatgtggtctagtttggtctcgcttcttgggaatg
cttcctagacattccccagtgctgtgtcagggaagagcaaacccagtctg
cattctggatgttaggatgttggcactcacatgacacacaggactctcaa
atgagcccagtcttgcgctcatttgacagacactcacaggcaccattccc
atggaccagctgtgacgttgacttcctaggctccctaagaaatggccaag
gaagaagggatttaggtagtgaagacaatggagtgcttctgagaaggcct
gctgcagactttagagatttgaactcatggaactggaagaaatgcaggcc
tggtggctgggaacaggcttcagtgaggatcaagaaaaaacagtgtggag
agagacagctgggctggatattatgggggtgcaagaaatgaaagataagc
cttccaggatgggtggccttatcctcactggatacatggtagggacttgc
tgaggtatagaggatgtgctgggcagataaccccagtgtctgtatactgt
ggctgaagaagtgtggagactgactgaaagctgactacaaattccatatc
ccaggggggtcaggctgcctagcccaacaggttggaagtgcagaggcatc
agaaatgagacgtactgcactggcgatccacggggcatagcaactgattc
gtga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_137633053_137634192
seq2: B6Ng01-344M24.b_46_1184 (reverse)

seq1  GATTCCAGGTCTAAGTAAATTGA-TAAATTCTCCCAGCCAC-AGCTGCCT  48
      ||||||| |||| ||| | |||| ||||||| ||||||||| || ||| |
seq2  GATTCCA-GTCT-AGT-AGTTGAGTAAATTC-CCCAGCCACAAGTTGCAT  46

seq1  TTTCTCACCTTTGCCTTACCTCAATTACAAGCAATCCTGATAGTCTAAAG  98
      ||| ||||| ||| ||||| |||  |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTT-TCACC-TTGGCTTACTTCA--TACAAGCAATCCTGATAGTCTAAAG  92

seq1  A-CTCTGGACT-CCCATGTTTAAAAAAATCTTGACTTTCATTTAATATAG  146
      | |||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||
seq2  ACCTCT-GACTCCCCATGTTTAAAAAAATC-TGACTTTCA-TTAATATAG  139

seq1  TGTTTGTAAAGTTACATCATAAG-AAACTTGTGCTT-GCTTTATATTTCA  194
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||
seq2  TGTTTGTAAAGTTACATCATAAGAAAACTTGTGCTTGGCTTTATA-TTCA  188

seq1  TGTAAGCTCTATCAACACTGCAC-AGAACC-AATTC-TCCA-CAAAACTT  240
      ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||
seq2  TGTAAGCTCTATCAACACTGCACAAGAACCAAATTCTTCCACCAAAACTT  238

seq1  TAAGAAACACTGGTCCATGCCAACTAACT-CAAATTATTGGAGGTCGGAA  289
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAACACTGGTCCATGCCAACTAACTCCAAATTATTGGAGGTCGGAA  288

seq1  AGATGGCTCAGTGGTTAACAGCACTTGTTGCTCCTCCAGATGACCTGGGT  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGCTCAGTGGTTAACAGCACTTGTTGCTCCTCCAGATGACCTGGGT  338

seq1  TCAATTCCTAGAACCCATATGATGGCTCACAACCACCTCTAACTCCAGCT  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTCCTAGAACCCATATGATGGCTCACAACCACCTCTAACTCCAGCT  388

seq1  CCAGGAGATCTGATGCCTTCTTGTGACCCCTATAGATGTCAAGCATGAAT  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAGATCTGATGCCTTCTTGTGACCCCTATAGATGTCAAGCATGAAT  438

seq1  GTGATACACACATATACATGCAAGCAGAATAACCATACACATAAATTTAA  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATACACACATATACATGCAAGCAGAATAACCATACACATAAATTTAA  488

seq1  AAAGAAATAAAAAGTTCCTTTCTGGAGCAAGTGAGGTTGTTCTGCTGGTA  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAATAAAAAGTTCCTTTCTGGAGCAAGTGAGGTTGTTCTGCTGGTA  538

seq1  AAGGAACCTAGGCTACCATGAAGTCTACAATCCCAGTTTGATCCAAATGG  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAACCTAGGCTACCATGAAGTCTACAATCCCAGTTTGATCCAAATGG  588

seq1  AAACAGAGTTAACTGCAGCCAGGTGTCCTCTAACCTCTAGGCAAAAACAC  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGAGTTAACTGCAGCCAGGTGTCCTCTAACCTCTAGGCAAAAACAC  638

seq1  ATAAAATAAATTAAAACTTAAATAAATTATAACTTAAAAATTTGTTTTAA  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATAAATTAAAACTTAAATAAATTATAACTTAAAAATTTGTTTTAA  688

seq1  TGAGTTCTGCTTTCGGGGCTGGAGAGATAGCTTAGCGGTTAAGAGAGCCG  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTCTGCTTTCGGGGCTGGAGAGATAGCTTAGCGGTTAAGAGAGCCG  738

seq1  ACTGCTCTTCCGGAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGT  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTCTTCCGGAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGT  788

seq1  GGCTCACAACCATCTGTAATGAGATCTGACGCTCTTCTGGTTTCTGAAGA  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCACAACCATCTGTAATGAGATCTGACGCTCTTCTGGTTTCTGAAGA  838

seq1  CAGCTACAGTATACTTACATATAATAATAAATAAATGTTTAAAAAAATGA  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTACAGTATACTTACATATAATAATAAATAAATGTTTAAAAAAATGA  888

seq1  GTTCTGCTTTCTACCCAATTCTTCAAGAGAATCCTGGCATTAATAACACT  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGCTTTCTACCCAATTCTTCAAGAGAATCCTGGCATTAATAACACT  938

seq1  TGGGATTCACAAATGGGCCAACAACCACAGGATGCTGCCTTTTGAAATGC  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATTCACAAATGGGCCAACAACCACAGGATGCTGCCTTTTGAAATGC  988

seq1  CTCTTGAAAGATTCTCATTATCTGTGCAAAATAATTAAAATTACTCTACA  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGAAAGATTCTCATTATCTGTGCAAAATAATTAAAATTACTCTACA  1038

seq1  GTAGTTAACCTCTGAGTGGTAGTATACTGATCAAAGAAAACAGACCTTTC  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTTAACCTCTGAGTGGTAGTATACTGATCAAAGAAAACAGACCTTTC  1088

seq1  AGCATGCAACTGTTCTATCATTTATGCTGAACGGTGACTATAGGAGAATT  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGCAACTGTTCTATCATTTATGCTGAACGGTGACTATAGGAGAATT  1138

seq1  C  1140
      |
seq2  C  1139

seq1: chr7_137523131_137524237
seq2: B6Ng01-344M24.g_68_1171

seq1  GAATTCATTACGCAAAGCAATTGTTCTACCAAGAGCCAAATGCCCTCCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTACGCAAAGCAATTGTTCTACCAAGAGCCAAATGCCCTCCTC  50

seq1  ATATGTATCCTGCCCTGCTCAGGGGTTTGTCCCACCTTTGTTTGTAGGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTATCCTGCCCTGCTCAGGGGTTTGTCCCACCTTTGTTTGTAGGAG  100

seq1  CGAACTTGTATTTGGTCCCTTCTCTTGCTTTCATCTAGACAAGCAGCTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAACTTGTATTTGGTCCCTTCTCTTGCTTTCATCTAGACAAGCAGCTGA  150

seq1  ACATGAAGGTCCCTTAGCACACATGTCCACATGTTGCCTGCATACCTACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAAGGTCCCTTAGCACACATGTCCACATGTTGCCTGCATACCTACT  200

seq1  CACCTATCTGTCTACTGGGTCCAAGTGACCACACAAGCAGGCAGAACAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTATCTGTCTACTGGGTCCAAGTGACCACACAAGCAGGCAGAACAAA  250

seq1  AGGCACGCCCCTTGGAGATGATCCTTAGTAACTGCACATCTGAAAGCAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACGCCCCTTGGAGATGATCCTTAGTAACTGCACATCTGAAAGCAAA  300

seq1  CAGATTGGTACTTCCCTAGGGTTATAAAGCAACATTCTTTTATATGCCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTGGTACTTCCCTAGGGTTATAAAGCAACATTCTTTTATATGCCTT  350

seq1  AAATTTACAACTTCCCTTTATGGGTGTTTCCGATATTCTTAATGCGTGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTACAACTTCCCTTTATGGGTGTTTCCGATATTCTTAATGCGTGAA  400

seq1  GAGCCTATGAAATTCAATGTGGTCTAGTTTGGTCTCGCTTCTTGGGAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTATGAAATTCAATGTGGTCTAGTTTGGTCTCGCTTCTTGGGAATG  450

seq1  CTTCCTAGACATTCCCCAGTGCTGTGTCAGGGAAGAGCAAACCCAGTCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTAGACATTCCCCAGTGCTGTGTCAGGGAAGAGCAAACCCAGTCTG  500

seq1  CATTCTGGATGTTAGGATGTTGGCACTCACATGACACACAGGACTCTCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTGGATGTTAGGATGTTGGCACTCACATGACACACAGGACTCTCAA  550

seq1  ATGAGCCCAGTCTTGCGCTCATTTGACAGACACTCACAGGCACCATTCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCCCAGTCTTGCGCTCATTTGACAGACACTCACAGGCACCATTCCC  600

seq1  ATGGACCAGCTGTGACGTTGACTTCCTAGGCTCCCTAAGAAATGGCCAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACCAGCTGTGACGTTGACTTCCTAGGCTCCCTAAGAAATGGCCAAG  650

seq1  GAAGAAGGGATTTAGGTAGTGAAGACAATGGAGTGCTTCTGAGAAGGCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAGGGATTTAGGTAGTGAAGACAATGGAGTGCTTCTGAGAAGGCCT  700

seq1  GCTGCAGACTTTAGAGATTTGAACTCATGGAACTGGAAGAAATGCAGGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCAGACTTTAGAGATTTGAACTCATGGAACTGGAAGAAATGCAGGCC  750

seq1  TGGTGGCTGGGAACAGGCTTCAGTGAGGATCAAGAAAAAACAGTGTGGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGCTGGGAACAGGCTTCAGTGAGGATCAAGAAAAAACAGTGTGGAG  800

seq1  AGAGACAGCTGGGCTGGATATTAT-GGGGTGCAAG-AATGAAAGATAAGC  848
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGAGACAGCTGGGCTGGATATTATGGGGGTGCAAGAAATGAAAGATAAGC  850

seq1  CTTCCAGGATGGGTGGCCTTATCCTCACTGGATACATGGTAAGGACTTGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTTCCAGGATGGGTGGCCTTATCCTCACTGGATACATGGTAGGGACTTGC  900

seq1  TGAGGTATAGAGGATGTGCTGGGCAGATAACCCCAGTGTCTGTATACTGT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTATAGAGGATGTGCTGGGCAGATAACCCCAGTGTCTGTATACTGT  950

seq1  GGCTGAAGAAGTGTGGAGACTGACTGAAAGCTGACTACCAAAATCCATAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
seq2  GGCTGAAGAAGTGTGGAGACTGACTGAAAGCTGACTA-CAAATTCCATAT  999

seq1  CCCAGGGGGGTCAGGCTGCCCTAGCCCAACAAGGTTGGAAGTGCAGAGGG  1048
      |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||
seq2  CCCAGGGGGGTCAGGCTG-CCTAGCCCAAC-AGGTTGGAAGTGCAGA-GG  1046

seq1  CACCAGAAATGAGGACGTTACTGCACT-GCGTTCCACGGGGGATAGCAAC  1097
      || ||||||||| |||| ||||||||| ||| ||||||||| ||||||||
seq2  CATCAGAAATGA-GACG-TACTGCACTGGCGATCCACGGGGCATAGCAAC  1094

seq1  TGAATCGTGA  1107
      ||| ||||||
seq2  TGATTCGTGA  1104