BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-345B17
Chromosome7 (Build37)
Map Location 49,877,826 - 49,985,154
singlet/doubletdoublet
Overlap geneC330019L16Rik, EG434179, EG546965
Upstream gene2610021A01Rik, 2810426N06Rik, LOC668576, Gprc2a-rs5, LOC628372, EG668579, EG628403, EG628422, Gprc2a-rs1, EG628444, EG434174, EG637913, EG434175, LOC100039556, EG637898, Gprc2a-rs2, LOC434177, Vmn2r-ps60, 4933421I07Rik, LOC628503, BC063263, LOC100039449, EG637776
Downstream geneLOC546964, LOC100039706, EG637572, LOC100039507, EG435975, LOC668606, EG668668, LOC100039543, LOC668612, LOC385199, LOC100039589, EG668620, Zfp715, Siglecf, Siglecg, LOC100039610, Lim2, Nkg7, Cldnd2, Etfb, 2210412E05Rik, A230106M20Rik, 4931406B18Rik, LOC668630, LOC100039946, Cd33, BC043301, Zfp719, 4933405K07Rik, Ceacam18, Siglece, Atpbd3, Klk14, Klk13
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-345B17.bB6Ng01-345B17.g
ACCGA127412GA127413
length1,1241,043
definitionB6Ng01-345B17.b B6Ng01-345B17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,877,826 - 49,878,920)(49,984,106 - 49,985,154)
sequence
gaattctttatatattttggatatcaaccttcttctagatgtgggtgaag
atttttcctcaatctgtaggttgctgctttgtcctgttgactatatcctt
gcctacagaagctttccagtttcatatggtaccatttatcaattctagat
cttaaagcatgagccgttagaattctgtgtaggaaatttccctctgtggc
aatacatattagggtctttctcacattctcttctatttaattcattctat
ctggttttatattgaggtcattgatccacttggacttaagctttgtgcaa
tgtgataagtatggatctatattcatttttccacatacagactaccagtt
agaccagcaccatctagtggtcctcaggacttaaatcctgtttcccctct
ctcaaaacctgatcatgttccctccttccccttcctgtccccactccctt
tgccccttcccccactgtgattgctttcttttccctcccaagtgggattg
aggcaaccacacatgcactcttcagctacttctcccacttgcaaaagtgc
ttcacgctttaatgaggaacatgatgttgggacacaaaggtccttgcatc
catagatcaccagggaaaccaggaatcataaatatatagaggcctgcact
caattgaagaaaataaaggactggagagatggctcagtggttaagagtac
caactgctcttcagaaggtcctgagttcaaatcccagcaaacacatggtg
gctcacaaccatccataatgagatctgatgccctcttctggtgcatctga
agacagcaatagtgtacttacatataataataaataaatcttaaaaaaag
aacaagaaaaagaaatgaaaatacctacatacaacctagaagtctagaag
tggatttttctttctttttcagagcaagcagggctagagcaagcagaggt
cctgagttcaattcccagcaaccacatggtagctcacaccatctgtatag
ctacactggtactcattcatatacattaaataataaatatataaataaat
aaataaataataattctttaaaaaaaaagaaagaagaaaacttgggggag
taaaacatctcaaaagcttagagg
gaattcatgtacacacaaccaacagaaatggagacagcaaattgtattat
catatttgagcagacttatttacagatatgtaacaagaaaggaattggct
gggaagaatttaggaagggctgcagagaggacaagaaagaggaaaatgat
ataacatatcttatgatatataaaaataaatgttaaacaaagggcagttg
ctagacgaatggcttagcagttaagaccacagcatgtttttacagaggtt
atagatcccatactcataaaacatatagtagttacctagtaactgctgta
gctccagtcccaaggtatttgatgatctcttctggctttctttgtattgt
gcacagataagttcaggcaaaacccagccattcctatgtaaaatcaaaat
aaagtttaaaaagagtagcatactctacatctatgtcacaaccagtaggc
acacaatacttaaggctagttaaagtgtactcagtctttatggttgttca
tggaagcagctatgaacttctttgagccagcctcctcacaggctaaagca
gcctcattttgaagttagaacagttcagcatatctgttcttctaaggaca
acattcaaaatgctgataactgacctttccttgaagtttttgtatttgtg
ctctctgttctttgtatattagaattgtggcattgatacatatatcggtt
aaatcatacattatggttaacaggtatcactgagcaatctactttcacaa
catcatttatttacttgattagctactaagaccttatggtataaggtgaa
catctttgagggatttctgtccatcatttatgccattttgcatatgtttc
tgaatgattttgattgaagaatgcccttgaatatctctactttttacatt
gtgactatgttcagaagtggacttatttaacttaggattcttaggagtaa
gtgagcctgattgtgacatatccagactccctaagtagatcctaatgcct
cttttatgataaagaataaagcatgcttttgaaatgctcccag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_49877826_49878920
seq2: B6Ng01-345B17.b_76_1169

seq1  TCTTCTAGATGTGGGTGAAGATTTTTCCTCAATCTGTAGGTTGCTGCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTAGATGTGGGTGAAGATTTTTCCTCAATCTGTAGGTTGCTGCTTT  50

seq1  GTCCTGTTGACTATATCCTTGCCTACAGAAGCTTTCCAGTTTCATATGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGTTGACTATATCCTTGCCTACAGAAGCTTTCCAGTTTCATATGGT  100

seq1  ACCATTTATCAATTCTAGATCTTAAAGCATGAGCCGTTAGAATTCTGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTTATCAATTCTAGATCTTAAAGCATGAGCCGTTAGAATTCTGTGT  150

seq1  AGGAAATTTCCCTCTGTGGCAATACATATTAGGGTCTTTCTCACATTCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAATTTCCCTCTGTGGCAATACATATTAGGGTCTTTCTCACATTCTC  200

seq1  TTCTATTTAATTCATTCTATCTGGTTTTATATTGAGGTCATTGATCCACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTTAATTCATTCTATCTGGTTTTATATTGAGGTCATTGATCCACT  250

seq1  TGGACTTAAGCTTTGTGCAATGTGATAAGTATGGATCTATATTCATTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTTAAGCTTTGTGCAATGTGATAAGTATGGATCTATATTCATTTTT  300

seq1  CCACATACAGACTACCAGTTAGACCAGCACCATCTAGTGGTCCTCAGGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATACAGACTACCAGTTAGACCAGCACCATCTAGTGGTCCTCAGGAC  350

seq1  TTAAATCCTGTTTCCCCTCTCTCAAAACCTGATCATGTTCCCTCCTTCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATCCTGTTTCCCCTCTCTCAAAACCTGATCATGTTCCCTCCTTCCC  400

seq1  CTTCCTGTCCCCACTCCCTTTGCCCCTTCCCCCACTGTGATTGCTTTCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGTCCCCACTCCCTTTGCCCCTTCCCCCACTGTGATTGCTTTCTT  450

seq1  TTCCCTCCCAAGTGGGATTGAGGCAACCACACATGCACTCTTCAGCTACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTCCCAAGTGGGATTGAGGCAACCACACATGCACTCTTCAGCTACT  500

seq1  TCTCCCACTTGCAAAAGTGCTTCACGCTTTAATGAGGAACATGATGTTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCACTTGCAAAAGTGCTTCACGCTTTAATGAGGAACATGATGTTGG  550

seq1  GACACAAAGGTCCTTGCATCCATAGATCACCAGGGAAACCAGGAATCATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAAAGGTCCTTGCATCCATAGATCACCAGGGAAACCAGGAATCATA  600

seq1  AATATATAGAGGCCTGCACTCAATTGAAGAAAATAAAGGACTGGAGAGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATAGAGGCCTGCACTCAATTGAAGAAAATAAAGGACTGGAGAGAT  650

seq1  GGCTCAGTGGTTAAGAGTACCAACTGCTCTTCAGAAGGTCCTGAGTTCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAGTGGTTAAGAGTACCAACTGCTCTTCAGAAGGTCCTGAGTTCAA  700

seq1  ATCCCAGCAAACACATGGTGGCTCACAACCATCCATAATGAGATCTGATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAGCAAACACATGGTGGCTCACAACCATCCATAATGAGATCTGATG  750

seq1  CCCTCTTCTGGTGCATCTGAAGACAGCAATAGTGTACTTACATATAATAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTTCTGGTGCATCTGAAGACAGCAATAGTGTACTTACATATAATAA  800

seq1  TAAATAAATCTTAAAAAAAGAACAAGAAAAAGAAATGAAAATACCTACAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAATCTTAAAAAAAGAACAAGAAAAAGAAATGAAAATACCTACAT  850

seq1  ACAACCTAGAAGTCTAGAAGTGGA-TTTTCTTTC-TTTTCAGAGCAAGCA  898
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
seq2  ACAACCTAGAAGTCTAGAAGTGGATTTTTCTTTCTTTTTCAGAGCAAGCA  900

seq1  GGGCTAGAGCAAGCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTAGAGCAAGCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGT  950

seq1  AGCTCACAACCATCTGTATAGCTACACT-GTACTCATTCATATACATTAA  997
      ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAC-ACCATCTGTATAGCTACACTGGTACTCATTCATATACATTAA  999

seq1  ATAAATAAATATATAAATAAATAAATAAATAAATAAATCTTTAAAAAAAA  1047
      || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
seq2  AT-AATAAATATATAAATAAATAAATAAAT-AATAATTCTTTAAAAAAAA  1047

seq1  AGAAAAGAAAGAAAACTT-GGGGAGTAAAACATCTCAAAAGTTTAGAGG  1095
      |||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AGAAA--GAAGAAAACTTGGGGGAGTAAAACATCTCAAAAGCTTAGAGG  1094

seq1: chr7_49984106_49985154
seq2: B6Ng01-345B17.g_67_1109 (reverse)

seq1  CTGGGAGCCATTTCCAAAGCAATGCTTTTATTCTTTATCAATAAAAGAGG  50
      ||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTGGGAG-CATTTCAAAAGC-ATGC-TTTATTCTTTATC-ATAAAAGAGG  46

seq1  CATTAGGATTCTACTTAGGGAGTCTGGATATGTTCACAATCAGGCTCACT  100
      |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CATTAGGA-TCTACTTAGGGAGTCTGGATATG-TCACAATCAGGCTCACT  94

seq1  TACTCCTAAGAATCCTAAGTTAAATAAGTCCACTTCTGAACATAGTCACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCCTAAGAATCCTAAGTTAAATAAGTCCACTTCTGAACATAGTCACA  144

seq1  ATGTAAAAAGTAGAGATATTCAAGGGCATTCTTCAATCAAAATCATTCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAAAAGTAGAGATATTCAAGGGCATTCTTCAATCAAAATCATTCAG  194

seq1  AAACATATGCAAAATGGCATAAATGATGGACAGAAATCCCTCAAAGATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATATGCAAAATGGCATAAATGATGGACAGAAATCCCTCAAAGATGT  244

seq1  TCACCTTATACCATAAGGTCTTAGTAGCTAATCAAGTAAATAAATGATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTTATACCATAAGGTCTTAGTAGCTAATCAAGTAAATAAATGATGT  294

seq1  TGTGAAAGTAGATTGCTCAGTGATACCTGTTAACCATAATGTATGATTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAAGTAGATTGCTCAGTGATACCTGTTAACCATAATGTATGATTTA  344

seq1  ACCGATATATGTATCAATGCCACAATTCTAATATACAAAGAACAGAGAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGATATATGTATCAATGCCACAATTCTAATATACAAAGAACAGAGAGC  394

seq1  ACAAATACAAAAACTTCAAGGAAAGGTCAGTTATCAGCATTTTGAATGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATACAAAAACTTCAAGGAAAGGTCAGTTATCAGCATTTTGAATGTT  444

seq1  GTCCTTAGAAGAACAGATATGCTGAACTGTTCTAACTTCAAAATGAGGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTAGAAGAACAGATATGCTGAACTGTTCTAACTTCAAAATGAGGCT  494

seq1  GCTTTAGCCTGTGAGGAGGCTGGCTCAAAGAAGTTCATAGCTGCTTCCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTAGCCTGTGAGGAGGCTGGCTCAAAGAAGTTCATAGCTGCTTCCAT  544

seq1  GAACAACCATAAAGACTGAGTACACTTTAACTAGCCTTAAGTATTGTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAACCATAAAGACTGAGTACACTTTAACTAGCCTTAAGTATTGTGTG  594

seq1  CCTACTGGTTGTGACATAGATGTAGAGTATGCTACTCTTTTTAAACTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACTGGTTGTGACATAGATGTAGAGTATGCTACTCTTTTTAAACTTTA  644

seq1  TTTTGATTTTACATAGGAATGGCTGGGTTTTGCCTGAACTTATCTGTGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGATTTTACATAGGAATGGCTGGGTTTTGCCTGAACTTATCTGTGCA  694

seq1  CAATACAAAGAAAGCCAGAAGAGATCATCAAATACCTTGGGACTGGAGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATACAAAGAAAGCCAGAAGAGATCATCAAATACCTTGGGACTGGAGCT  744

seq1  ACAGCAGTTACTAGGTAACTACTATATGTTTTATGAGTATGGGATCTATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAGTTACTAGGTAACTACTATATGTTTTATGAGTATGGGATCTATA  794

seq1  ACCTCTGTAAAAACATGCTGTGGTCTTAACTGCTAAGCCATTCGTCTAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTGTAAAAACATGCTGTGGTCTTAACTGCTAAGCCATTCGTCTAGC  844

seq1  AACTGCCCTTTGTTTAACATTTATTTTTATATATCATAAGATATGTTATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCCCTTTGTTTAACATTTATTTTTATATATCATAAGATATGTTATA  894

seq1  TCATTTTCCTCTTTCTTGTCCTCTCTGCAGCCCTTCCTAAATTCTTCCCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTTCCTCTTTCTTGTCCTCTCTGCAGCCCTTCCTAAATTCTTCCCA  944

seq1  GCCAATTCCTTTCTTGTTACATATCTGTAAATAAGTCTGCTCAAATATGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAATTCCTTTCTTGTTACATATCTGTAAATAAGTCTGCTCAAATATGA  994

seq1  TAATACAATTTGCTGTCTCCATTTCTGTTGGTTGTGTGTACATGAATTC  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACAATTTGCTGTCTCCATTTCTGTTGGTTGTGTGTACATGAATTC  1043